Non-equilibrium phenomena and molecular reaction dynamics: Mode space, energy space and conformer space

Molecular Physics

Volumn 111, Issue 5, 2013, Pages 631-640

  Glowacki, David R ^a   Lightfoot, Robert ^a   Harvey, Jeremy N ^a  

^a UNIVERSITY OF BRISTOL   (United Kingdom)

Author keywords

molecular dynamics; non equilibrium; reaction kinetics; theoretical chemistry

Indexed keywords

DYNAMICAL PHENOMENA; FUTURE RESEARCH DIRECTIONS; HIGHEST RESOLUTIONS; MOLECULAR REACTION DYNAMICS; NON EQUILIBRIUM; NON-EQUILIBRIUM PHENOMENA; REACTION DYNAMICS; THEORETICAL CHEMISTRY;

MOLECULAR DYNAMICS; PHASE SPACE METHODS;

REACTION KINETICS;

EID: 84876722711     PISSN: 00268976     EISSN: 13623028     Source Type: Journal    
DOI: 10.1080/00268976.2013.780100     Document Type: Article

References (86)

1. T. Chou, K. Mallick, and R. K. P. Zia, Rep. Prog. Phys. 74 (11), 41 (2011).
2. D. J. Evans and W. G. Hoover, Annu. Rev. Fluid Mech. 18, 243 (1986)
3. D. J. Evans and G. P. Morriss, Mol. Phys. 64 (3), 521 (1988).
4. D. J. Evans and D. J. Searles, Adv. Phys. 51 (7), 1529 (2002).
5. D. R. Glowacki, R. A. Rose, S. J. Greaves, A. J. Orr-Ewing, and J. N. Harvey, Nat. Chem. 3 (11), 850 (2011).
6. H. A. Kramers, Physica 7, 284 (1940).
7. C. G. Elles and F. F. Crim, Annual Review of Physical Chemistry, 57 vols. (Annual Reviews, Palo Alto, CA, 2006), p. 273.
8. M. Gruebele and R. Bigwood, Int. Rev. Phys. Chem. 17 (2), 91 (1998).
9. V. S. P and e, K. Beauchamp, and G. R. Bowman, Methods 52 (1), 99 (2010).
10. A. F. Voter and J. D. Doll, J. Chem. Phys. 82 (1), 80 (1985)
11. D. Chandler, J. Chem. Phys. 68 (6), 2959 (1978).
12. D. R. Glowacki, E. Paci, and D. V. Shalashilin, J. Chem. Theory Comput. 7 (5), 1244 (2011).
13. B. Widom, J. Chem. Phys. 55 (1), 44 (1971).
14. J. C. Polanyi, Science 236 (4802), 680 (1987).
15. D. C. Clary, Science 321 (5890), 789 (2008).
16. F. F. Crim, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 105 (35), 12654 (2008).
17. R. N. Zare, Science 279 (5358), 1875 (1998).
18. D. R. Killelea, V. L. Campbell, N. S. Shuman, A. L. Utz, Science 319 (5864), 790 (2008)
19. H. Kawamata, W. Q. Zhang, and K. P. Liu, Faraday Discuss. 157, 89 (2012).
20. W. Q. Zhang, H. Kawamata, and K. P. Liu, Science 325 (5938), 303 (2009).
21. A. Sinha, M. C. Hsiao, and F. F. Crim, J. Chem. Phys. 92 (10), 6333 (1990).
22. R. Bigwood, M. Gruebele, D. M. Leitner, and P. G. Wolynes, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95 (11), 5960 (1998)
23. U. Lourderaj and W. L. Hase, J. Phys. Chem. A113 (11), 2236 (2009).
24. C. Brif, R. Chakrabarti, and H. Rabitz, New J. Phys. 12, 68
25. R. Kosloff, S. A. Rice, P. Gaspard, S. Tersigni, and D. J. Tannor, Chem. Phys. 139 (1), 201 (1989).
26. M. Shapiro and P. Brumer, Phys. Rep. Rev. Sec. Phys. Lett. 425 (4), 195 (2006).
27. L. M. M. Quijano and D. A. Singleton, J. Am. Chem. Soc. 133 (35), 13824 (2011).
28. D. R. Glowacki, S. P. Marsden, and M. J. Pilling, J. Am. Chem. Soc. 131 (39), 13896 (2009)
29. P. M. Zimmerman, D. C. Tranca, J. Gomes, D. S. Lambrecht, M. Head-Gordon, and A. T. Bell, J. Am. Chem. Soc. 134 (47), 19468 (2012).
30. M. A. F. de Souza, T. C. Correra, J. M. Riveros, and R. L. Longo, J. Am. Chem. Soc. 134 (46), 19004 (2012).
31. J. Rehbein and B. K. Carpenter, Phys. Chem. Chem. Phys. 13 (47), 20906 (2011).
32. B. K. Carpenter, Annual Review of Physical Chemistry, 56 vols. (Annual Reviews, Palo Alto, CA, 2005), p. 57.
33. S. K. Reed, D. R. Glowacki, and D. V. Shalashilin, Chem. Phys. 370 (1-3), 223 (2010)
34. D. R. Glowacki, S. K. Reed, M. J. Pilling, D. V. Shalashilin, and E. Martinez-Nunez, Phys. Chem. Chem. Phys. 11 (6), 963 (2009).
35. M. Gruebele, Theor. Chem. Acc. 109 (2), 53 (2003).
36. J. A. Miller and S. J. Klippenstein, J. Phys. Chem. A 110 (36), 10528 (2006).
37. S. A. Carr, D. R. Glowacki, C. H. Liang, Baeza-Romero MT, Blitz MA, Pilling MJ, and Seakins PW, J. Phys. Chem. A 115 (6), 1069 (2011)
38. K. W. McKee, M. A. Blitz, P. A. Cleary, D. R. Glowacki, M. J. Pilling, P. W. Seakins, and L. M. Wang, J. Phys. Chem. A 111 (19), 4043 (2007).
39. C. A. Taatjes, N. Hansen, A. McIlroy, J. A. Miller, J. P. Senosiain, S. J. Klippenstein, F. Qi, L. S. Sheng, Y. W. Zhang, T. A. Cool, J. Wang, P. R. Westmorel and , M. E. Law, T. Kasper, and K. Kohse-Hoinghaus, Science 308 (5730), 1887 (2005)
40. D. R. Glowacki and M. J. Pilling, Chem. Phys. Chem. 11 (18), 3836 (2010).
41. D. U. and rews, B. R. Heazlewood, A. T. Maccarone, T. Conroy, R. J. Payne, M. J. T. Jordan, and S. H. Kable, Science 337 (6099), 1203 (2012).
42. D. R. Glowacki, J. Lockhart, M. A. Blitz, S. J. Klippenstein, M. J. Pilling, S. H. Robertson, and P. W. Seakins, Science 337 (6098), 1066 (2012).
43. G. da Silva, J. Phys. Chem. A 116 (22), 5317 (2012).
44. D. R. Glowacki, C. H. Liang, C. Morley, M. J. Pilling, and S. H. Robertson, J. Phys. Chem. A 116 (38), 9545 (2012).
45. J. M. C. Plane, C. L. Whalley, L. Frances-Soriano, A. Goddard, J. N. Harvey, D. R. Glowacki, and A. A. Viggiano, J. Chem. Phys. 137 (1), 13 (2012).
46. A. J. Orr-Ewing, D. R. Glowacki, S. J. Greaves, and R. A. Rose, J. Phys. Chem. Lett. 2 (10), 1139 (2011).
47. J. C. Owrutsky, D. Raftery, and R. M. Hochstrasser, Annu. Rev. Phys. Chem. 45, 519 (1994).
48. A. C. Moskun, A. E. Jailaubekov, S. E. Bradforth, G. H. Tao, and R. M. Stratt, Science 311 (5769), 1907 (2006).
49. I. Benjamin, J. Chem. Phys. 103 (7), 2459 (1995)
50. J. Vieceli, I. Chorny, and I. Benjamin, Chem. Phys. Lett. 364 (5-6), 446 (2002).
51. S. G. Ramesh and E. L. Sibert, J. Chem. Phys. 125 (24), 244512 (2006).
52. S. G. Ramesh and E. L. Sibert, J. Chem. Phys. 125 (24), 244513 (2006).
53. J. L. Skinner, Theor. Chem. Acc. 128 (2), 147 (2011).
54. A. C. Crowther, S. L. Carrier, T. J. Preston, and F. F. Crim, J. Phys. Chem. A 113 (16), 3758 (2009).
55. A. C. Crowther, S. L. Carrier, T. J. Preston, and F. F. Crim, J. Phys. Chem. A 112 (47), 12081 (2008)
56. D. Raftery, E. Gooding, A. Romanovsky, and R. M. Hochstrasser, J. Chem. Phys. 101 (10), 8572 (1994).
57. April N. Sheppard and Orlando Acevedo, J. Am. Chem. Soc. 131 (7), 2530 (2009)
58. G. A. Voth and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. 100 (31), 13034 (1996).
59. S. J. Greaves, R. A. Rose, T. A. A. Oliver, D. R. Glowacki, M. N. R. Ashfold, J. N. Harvey, I. P. Clark, G. M. Greetham, A. W. Parker, M. Towrie, and A. J. Orr-Ewing, Science 331 (6023), 1423 (2011).
60. R. A. Rose, S. J. Greaves, F. Abou-Chahine, D. R. Glowacki, T. A. A. Oliver, M. N. R. Ashfold, I. P. Clark, G. M. Greetham, M. Towrie, and A. J. Orr-Ewing, Phys. Chem. Chem. Phys. 14 (30), 10424 (2012).
61. D. R. Glowacki, A. J. Orr-Ewing, and J. N. Harvey, J. Chem. Phys. 134 (21), 214508 (2011).
62. L. M. Goldman, D. R. Glowacki, and B. K. Carpenter, J. Am. Chem. Soc. 133 (14), 5312 (2011).
63. D. R. Glowacki, C. H. Liang, S. P. Marsden, J. N. Harvey, and M. J. Pilling, J. Am. Chem. Soc. 132 (39), 13621 (2010).
64. Y. Oyola and D. A. Singleton, J. Am. Chem. Soc. 131 (9), 3130 (2009).
65. D. Chandler, Introduction to Modern Statistical Mechanics (Oxford University Press, Oxford, 1987).
66. D. G. Fleming, D. J. Arseneau, O. Sukhorukov, J. H. Brewer, S. L. Mielke, G. C. Schatz, B. C. Garrett, K. A. Peterson, and D. G. Truhlar, Science 331 (6016), 448 (2011)
67. T. Wu, H. J. Werner, and U. Manthe, Science 306 (5705), 2227 (2004).
68. A. Fern and ez-Ramos, J. A. Miller, S. J. Klippenstein, and D. G. Truhlar, Chem. Rev. 106 (11), 4518 (2006).
69. S. A. Adelman, J. Phys. Chem. A 114 (16), 5231 (2010).
70. A. M. A. West, R. Elber, and D. Shalloway, J. Chem. Phys. 126 (14), 14 (2007)
71. J. A. Ihalainen, J. Bredenbeck, R. Pfister, J. Helbing, L. Chi, I. H. M. van Stokkum, G. A. Woolley, and P. Hamm, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 104 (13), 5383 (2007).
72. D. V. Shalashilin, G. S. Beddard, E. Paci, and D. R. Glowacki, J. Chem. Phys. 137 (16), 9 (2012).
73. M. Volk, Y. Kholodenko, H. S. M. Lu, E. A. Gooding, W. F. DeGrado, and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. B 101 (42), 8607 (1997).
74. R. Metzler, J. Klafter, J. Jortner, and M. Volk, Chem. Phys. Lett. 293 (5-6), 477 (1998).
75. K. Adamczyk, M. C and elaresi, R. Kania, K. Robb, C. Bellota-Anton, G. M. Greetham, M. R. Pollard, M. Towrie, A. W. Parker, P. A. Hoskisson, N. P. Tucker, and N. T. Hunt, Phys. Chem. Chem. Phys. 14 (20), 7411 (2012)
76. A. Warshel and W. W. Parson, Q. Rev. Biophys. 34 (4), 563 (2001).
77. D. M. Leitner, Annual Review of Physical Chemistry, 59 vols. (AnnualReviews, PaloAlto, CA, 2008), p. 233
78. Dan Thomas Major and Michal Weitman, J. Am. Chem. Soc. 134 (47), 19454 (2012).
79. N. Boekelheide, R. Salomon-Ferrer, and T. F. Miller, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108 (39), 16159 (2011).
80. M. Garcia-Viloca, J. Gao, M. Karplus, and D. G. Truhlar, Science 303 (5655), 186 (2004).
81. D. R. Glowacki, J. N. Harvey, and A. J. Mulholland , Biochem. Soc. Trans. 40, 515 (2012).
82. D. R. Glowacki, J. N. Harvey, and A. J. Mulholland , Nat. Chem. 4 (3), 169 (2012).
83. M. Devereux and M. Meuwly, J. Phys. Chem. B 113 (39), 13061 (2009).
84. M. H. M. Olsson, W. W. Parson, and A. Warshel, Chem. Rev. 106 (5), 1737 (2006).
85. G. M. Bonner, A. R. Ridley, S. K. Ibrahim, C. J. Pickett, and N. T. Hunt, Faraday Discuss. 145 (0), 429 (2010).
86. J. C. Owrutsky, M. Li, B. Locke and R. M. Hochstrasser, J. Phys. Chem. 99 (13), 4842 (1995).