Recent advances in fluorescent nucleic acid probes for living cell studies

Analyst

Volumn 138, Issue 1, 2013, Pages 62-71

  Wang, Kemin ^a   Huang, Jin ^a   Yang, Xiaohai ^a   He, Xiaoxiao ^a   Liu, Jianbo ^a  

^a HUNAN UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

APTAMER; FLUORESCENT DYE;

ANIMAL; CELL SURVIVAL; CELLS; CHEMISTRY; CYTOLOGY; DNA PROBE; HUMAN; METABOLISM; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; REVIEW; RNA PROBE;

ANIMALS; APTAMERS, NUCLEOTIDE; CELL SURVIVAL; CELLS; DNA PROBES; FLUORESCENT DYES; HUMANS; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; RNA PROBES;

EID: 84876716225     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2an35254k     Document Type: Review

References (102)

1. X. S. Xie, J. Xu, W. Y. Yang, Science, 2006, 312, 228-230
2. P. Santangelo, N. Nitin, G. Bao, Ann. Biomed. Eng., 2006, 34, 39-50
3. W. J. Rhee, G. Bao, BMC Biotechnol., 2009, 9, 30-39
4. S. Tyagi, Nat. Methods, 2009, 6, 331-338
5. H. Kobayashi, M. Ogawa, R. Alford, P. L. Choyke, Y. Urano, Chem. Rev., 2010, 110, 2620-2640
6. A. A. Marti, S. Jockusch, N. Stevens, J. Ju, N. J. Turro, Acc. Chem. Res., 2007, 40, 402-409
7. K. Wang, Z. Tang, C. J. Yang, Y. Kim, X. Fang, W. Li, Y. Wu, C. D. Medley, Z. Cao, J. Li, P. colon, H. Lin, W. Tan, Angew. Chem., Int. Ed., 2009, 48, 856-870
8. J. Liu, Z. Cao, Y. Lu, Chem. Rev., 2009, 109, 1948-1998
9. K. Sefah, J. A. Phillips, X. Xiong, L. Meng, D. V. Simaeys, H. Chen, J. Martin, W. Tan, Analyst, 2009, 134, 1765-1775
10. D. Li, S. Song, C. Fan, Acc. Chem. Res., 2010, 43, 631-641
11. C. Tuerk, L. Gold, Science, 1990, 249, 505-510
12. A. D. Ellington, J. W. Szostak, Nature, 1990, 346, 818-822
13. D. L. Robertson, G. F. Joyce, Nature, 1990, 344, 467-468
14. P. L. Sazani, R. Larralde, J. W. Szostak, J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 8370-8371
15. D. Shangguan, Y. Li, Z. Tang, Z. Cao, H. Chen, P. Mallikaratchy, K. Sefah, C. Yang, W. Tan, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2006, 1
16. Z. Tang, D. Shangguan, K. Wang, H. Shi, K. Sefah, P. Mallikaratchy, H. Chen, Y. Li, W. Tan, Anal. Chem., 2007, 79, 4900-4907
17. E. J. Cho, J. W. Lee, A. D. Ellington, Annu. Rev. Anal. Chem., 2009, 2, 241-264
18. A. D. Keefe, S. Pai, A. D. Ellington, Nat. Rev. Drug Discovery, 2010, 9, 537-550
19. X. Fang, W. Tan, Acc. Chem. Res., 2010, 43, 48-57
20. A. B. Iliuk, L. Hu, W. A. Tao, Anal. Chem., 2011, 83, 4440-4452
21. J. P. Leonetti, N. Mechti, G. Degols, C. Gagnor, B. Lebleu, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1991, 88, 2702-2706
22. D. P. Bratu, B. J. Cha, M. M. Mhlanga, F. R. Framer, S. Tyagi, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2003, 100, 13308-13313
23. D. Y. Vargas, A. Raj, S. A. Marras, F. R. Framer, S. Tyagi, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2005, 102, 17008-17013
24. M. M. Mhlanga, D. V. Fung, F. R. Kramer, S. Tyagi, Nucleic Acids Res., 2005, 33, 1902-1912
25. N. Nitin, P. J. Santangelo, G. Kim, S. Nie, G. Bao, Nucleic Acids Res., 2004, 32, 58
26. K. Melikov, L. V. Chernomordik, Cell. Mol. Life Sci., 2005, 62, 2739-2749
27. H. Y. Yeh, M. V. Yates, A. Mulchandani, W. Chen, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2008, 105, 17522-17525
28. P. J. Santangelo, B. Xie, A. Tsourkas, G. Bao, Nucleic Acids Res., 2004, 32, 57
29. A. K. Chen, M. A. Behlke, A. Tsourkas, Nucleic Acids Res., 2008, 36, 69
30. D. A. Giljohann, D. S. Seferos, W. L. Danile, M. D. Massich, P. C. Patel, C. A. Mirkin, Angew. Chem., Int. Ed., 2010, 49, 3280-3294
31. P. Cheng, W. Hu, Y. Zhou, C. Fan, Q. Huang, Small, 2010, 6, 1686-1692
32. R. Hu, X. Zhang, R. Kong, X. Zhao, J. Jiang, W. Tan, J. Mater. Chem., 2011, 21, 16323-16334
33. T. L. Fisher, T. Terhost, X. Cao, R. W. Wang, Nucleic Acids Res., 1993, 21, 3857-3865
34. Y. Wu, C. J. Yang, L. L. Moroz, W. Tan, Anal. Chem., 2008, 80, 3025
35. X. He, K. Wang, W. Tan, B. Liu, X. Lin, C. He, D. Li, S. Huang, J. Li, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 7168-7169
36. C. Chen, Y. Liu, C. Wu, C. Yeh, M. Su, Y. Wu, Adv. Mater., 2005, 17, 404-407
37. D. S. Seferos, D. A. Giljohann, H. D. Hill, A. E. Prigodich, C. A. Mirkin, J. Am. Chem. Soc., 2007, 129, 15477-15479
38. C. Lu, C. Zhu, J. Li, J. Liu, X. Chen, H. Yang, Chem. Commun., 2010, 46, 3116-3118
39. K. J. Luebke, R. P. Balog, H. R. Garner, Nucleic Acids Res., 2003, 31, 750-758
40. D. P. Bratu, Methods Mol. Biol., 2006, 319, 1-14
41. Y. M. W. Janssen, Lab. Invest., 1993, 69, 261-274
42. T. Schaeffter, Prog. Drug Res., 2005, 62, 15-81
43. V. Ntziachristos, J. Ripoll, R. Weissleder, Opt. Lett., 2002, 27, 333-335
44. V. Ntziachristos, C. Bremer, R. Weissleder, Eur. J. Radiol., 2003, 13, 195-208
45. R. B. Mujumdar, L. A. Ernst, S. R. Mujumdar, C. J. Lewis, A. S. Waggoner, Bioconjugate Chem., 1993, 4, 105-111
46. E. Fluhler, V. G. Burnham, L. M. Loew, Biochemistry, 1985, 24, 5749-5755
47. L. Song, E. J. Hennink, I. T. Young, H. J. Tanke, Biophys. J., 1995, 68, 2588-2600
48. L. Song, C. A. G. O. Varma, J. W. Verhoeven, H. J. Tanke, Biophys. J., 1996, 70, 2959-2968
49. X. He, J. Gao, S. Gambhir, Z. Cheng, Trends Mol. Med., 2010, 16, 574-583
50. X. He, K. Wang, Z. Cheng, WIREs Nanomed. Nanobiotechnol., 2010, 2, 349-366
51. J. Liu, X. Yang, X. He, K. Wang, Q. Wang, Q. Guo, H. Shi, J. Huang, X. Huo, Sci. China-Chem., 2011, 54, 1157-1176
52. S. Sixou, F. C. Szoka, G. A. Green, B. Giusti, G. Zon, D. J. Chin, Nucleic Acids Res., 1994, 22, 662-668
53. Q. Li, G. Luan, Q. Guo, J. Liang, Nucleic Acids Res., 2002, 30, 5
54. A. Tsuji, H. Koshimoto, Y. Sato, M. Hirano, Y. Sei-lida, S. Kondo, K. Ishibashi, Biophys. J., 2000, 78, 3260-3274
55. C. J. Yang, K. Martinez, H. Lin, W. Tan, J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 9986-9987
56. S. Sando, E. T. Kool, J. Am. Chem. Soc., 2002, 124, 9686-9687
57. H. Abe, E. T. Kool, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2006, 103, 263-268
58. S. Tyagi, F. R. Kramer, Nat. Biotechnol., 1996, 14, 303-308
59. S. Tyagi, D. P. Bratu, F. R. Kramer, Nat. Biotechnol., 1998, 16, 49-53
60. P. J. Santangelo, B. Nix, A. Tsourkas, G. Bao, Nucleic Acids Res., 2004, 32, 57
61. A. G. Tkachenko, H. Xie, D. Coleman, W. Glomm, J. Ryan, M. F. Anderson, S. Franzen, D. L. Feldheim, J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 4700-4701
62. N. L. Rosi, D. A. Giljohann, C. S. Thaxton, A. K. R. Lytton-Jean, M. S. Han, C. A. Mirkin, Science, 2006, 312, 1027-1030
63. C. D. Medley, J. E. Smith, Z. Tang, Y. Wu, S. Bamrungsap, W. Tan, Anal. Chem., 2008, 80, 1067-1072
64. A. Jayagopal, K. C. Halfpenny, J. W. Perez, D. W. Wright, J. Am. Chem. Soc., 2010, 132, 9789-9796
65. S. R. Harry, D. J. Hicks, K. I. Amiri, D. W. Wright, Chem. Commun., 2010, 46, 5557-5559
66. M. Hazani, R. Naaman, F. Hennrich, M. M. Kappes, Nano Lett., 2003, 3, 153-155
67. E. K. Hobbie, B. J. Bauer, F. Stephens, M. L. Becker, P. McGuiggan, S. D. Hudson, H. Wang, Langmuir, 2005, 21, 10284-10287
68. J. Chlopek, B. Czajkowska, B. Szaraniec, E. Frackowiak, K. Szostak, F. Beguin, Carbon, 2006, 44, 1106-1111
69. L. Lacerda, A. Bianco, M. Prato, K. Kostarelos, Adv. Drug Delivery Rev., 2006, 58, 1460-1470
70. Y. Wu, J. A. Phillips, H. Liu, R. Yang, W. Tan, ACS Nano, 2008, 2, 2023-2028
71. Z. Liu, J. T. Robinson, X. Sun, H. Dai, J. Am. Chem. Soc., 2008, 130, 10876-10877
72. X. Sun, Z. Liu, K. Welsher, J. T. Robinson, A. Goodwin, S. Zaric, H. Dai, Nano Res., 2008, 1, 203-212
73. A. K. Geim, Science, 2009, 324, 1530-1534
74. H. J. Jang, Y. K. Kim, H. M. Kwon, W. S. Yeo, D. E. Kim, D. H. Min, Angew. Chem., 2010, 122, 5839-5843
75. H. Wang, Q. Zhang, X. Chu, T. Chen, J. Ge, R. Yu, Angew. Chem., 2011, 123, 7203-7207
76. C. Lu, H. Yang, C. L. Zhu, X. Chen, G. Chen, Angew. Chem., 2009, 121, 4879-4881
77. H. W. C. Postma, Nano Lett., 2010, 10, 420-425
78. C. Lu, J. Li, J. Liu, H. Yang, X. Chen, G. Chen, Chem-Eur. J., 2010, 16, 4889-4894
79. R. M. Dirks, N. A. Pierce, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2004, 101, 15275-15278
80. J. Huang, Y. Wu, Y. Chen, Z. Zhu, X. Yang, C. J. Yang, K. Wang, W. Tan, Angew. Chem., Int. Ed., 2011, 50, 401-404
81. F. Wang, J. Elbaz, R. Orbach, N. Magen, I. Willner, J. Am. Chem. Soc., 2011, 133, 17149-17151
82. S. Shimron, F. Wang, R. Orbach, I. Willner, Anal. Chem., 2012, 84, 1042-1048
83. H. M. T. Choi, J. Y. Chang, L. A. Trinh, J. E. Padilla, S. E. Fraser, N. A. Pierce, Nat. Biotechnol., 2010, 28, 1208-1212
84. S. Jayasena, Clin. Chem., 1999, 45, 1628-1650
85. E. N. Brody, L. Gold, Rev. Mol. Biotechnol., 2000, 74, 5-13
86. D. Zheng, D. S. Seferos, D. A. Giljohann, P. C. Patel, C. A. Mirkin, Nano Lett., 2009, 9, 3258-3261
87. Y. Wang, Z. Li, D. Hu, C. Lin, J. Li, Y. Lin, J. Am. Chem. Soc., 2010, 132, 9274-9276
88. H. Chen, C. Medley, K. Sefah, D. Shangguan, Z. Tang, L. Meng, J. E. Smith, W. Tan, ChemMedChem, 2008, 3, 991-1001
89. K. Sefah, Z. Tang, D. Shangguan, W. Tan, Leukemia, 2009, 23, 235-244
90. Z. Zhao, L. Xu, X. Shi, W. Tan, X. Fang, D. Shangguan, Analyst, 2009, 134, 1808-1814
91. J. Herr, J. Smith, C. Medley, D. Shangguan, W. Tan, Anal. Chem., 2006, 18, 2918-2924
92. J. Smith, C. Medley, Z. Tang, D. Shangguan, C. Lofton, W. Tan, Anal. Chem., 2007, 79, 3075-3082
93. W. J. Kang, J. R. Chae, Y. L. Cho, J. Lee, S. Kim, Small, 2009, 22, 2519-2522
94. J. Yin, X. He, K. Wang, Z. Qing, X. Wu, H. Shi, X. Yang, Nanoscale, 2012, 4, 110-112
95. R. Montesano, J. Roth, A. Robert, L. Orci, Nature, 1982, 296, 651-653
96. C. C. Overly, K. D. Lee, E. Berthiaumet, P. J. Hollenbeck, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1995, 92, 3156-3160
97. S. Modi, M. G. Swetha, D. Goswami, G. D. Gupta, S. Mayor, Y. Krishnan, Nat. Nanotechnol., 2009, 4, 325-330
98. S. Surana, J. M. Bhat, S. P. Koushika, Y. Krishnan, Nat. Commun., 2011, 2, 340
99. W. Zhao, S. Schafer, J. Choi, Y. J. Yamanaka, M. L. Lombardi, S. Bose, A. L. Carlson, J. A. Phillips, W. Teo, I. A. Droujinine, C. H. Cui, R. K. Jain, J. Lammerding, J. C. Love, C. P. Lin, D. Sarkar, R. Karnik, J. M. Karp, Nat. Nanotechnol., 2011, 6, 524-531
100. T. Tokunaga, S. Namiki, K. Yamada, T. Imaishi, H. Nonaka, K. Hirose, S. Sando, J. Am. Chem. Soc., 2012, 134, 9561-9564
101. H. Shi, Z. Tang, Y. Kim, H. Nie, Y. Huang, X. He, K. Deng, K. Wang, W. Tan, Chem.–Asian J., 2010, 5, 2209-2213
102. H. Shi, X. He, K. Wang, X. Wu, X. Ye, Q. Guo, W. Tan, Z. Qing, X. Yang, B. Zhou, Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2011, 108, 3900-3905