Nucleic acid aptamers for biosensors and bio-analytical applications

Analyst

Volumn 134, Issue 9, 2009, Pages 1765-1775

  Sefah, Kwame ^a   Phillips, Joseph A ^a   Xiong, Xiangling ^a   Meng, Ling ^a   Van Simaeys, Dimitri ^a   Chen, Hui ^a   Martin, Jennifer ^a   Tan, Weihong ^a  

^a University of Florida ^*  (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

APTAMER; COMPLEMENTARY DNA; PLATELET DERIVED GROWTH FACTOR BB; SINGLE STRANDED DNA; THROMBIN;

BINDING AFFINITY; BIOSENSOR; CATALYSIS; CONFORMATIONAL TRANSITION; DNA SEQUENCE; DRUG RELEASE; MOLECULAR PROBE; MOLECULAR RECOGNITION; PROTEIN BINDING; REVIEW; THERMOSTABILITY;

EID: 70349318575     PISSN: 00032654     EISSN: 13645528     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b905609m     Document Type: Review

References (111)

1. J. S. Marvin E. E. Corcoran N. A. Hattangadi J. V. Zhang S. A. Gere H. W. Hellinga Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 4366 4371
2. J. J. Yang J. Yang L. Wei O. Zurkiya W. Yang S. Li J. Zou Y. Zhou A. L W. Maniccia H. Mao F. Zhao R. Malchow S. Zhao J. Johnson X. Hu E. Krogstad Z. Liu J. Am. Chem. Soc. 2008 130 29 9260 9267
3. Y Y. Goh V. Frecer B. Ho J. L. Ding Protein Eng. 2002 15 6 493 502
4. R. B. F. Turner C. S. Sherwood ACS Symp. Ser. 1994 556 211 221
5. J. P. Chambers B. P. Arulanandam L. L. Matta A. Weis J. J. Valdes Curr. Issues Mol. Biol. 2008 10 1 12
6. J. J. Valdes J. G. Wall J. P. Chambers M. E. Eldefrawi Digest 1988 9 4 10
7. th National Meeting of the American Association for the Advancement of Science, 1990, pp. 15-20
8. A. H. Barhoumi A. Maaref M. Rammah C. Martelet N. Jaffrezic C. Mousty S. Vial C. Forano Mater. Sci. Eng., C 2006 26 328 333
9. L. R. Hirsch J. B. Jackson A. Lee N. J. Halas J. L. West Anal. Chem. 2003 75 2377 2381
10. V. A. Petrenko I. B. Sorokulova J. Microbiol. Methods 2004 58 147 168
11. R. Chakrabarti A. M. Klibanov J. Am. Chem. Soc. 2003 125 12531 12540
12. V. V. Demidov V. N. Potaman M. D. Frank-Kamenetskil M. Egholm O. Sonnichsen S. H. Buchard P. E. Nielsen Biochem. Pharmacol. 1994 48 1310 1313
13. D. F. Tai C. Y. Lin T. Z. Wu L. K. Chen Anal. Chem. 2005 77 5140 5143
14. B. Kim G. S. Cha M. E. Meyerhoff Anal. Chem. 1990 62 2663 2668
15. M. Minunni S. Tombelli A. Gullotto E. Luzi M. Mascini Biosens. Bioelectron. 2004 20 1149 1156
16. C. A. Savran S. M. Knudsen A. D. Ellington S. R. Manalis Anal. Chem. 2004 76 3194 3198
17. M. Liss B. Petersen H. Wolf E. Prohaska Anal. Chem. 2002 74 4488 4495
18. C. Tuerk L. Gold Science 1990 249 4968 505 510
19. A. D. Ellington J. W. Szostak Nature 1990 346 6287 818 822
20. J. Ciesiolka M. Yarus RNA 1996 2 785 93
21. H. P. Hofmann S. Limmer V. Hornung M. Sprinzl RNA 1997 3 1289 300
22. M. Rajendran A. D. Ellington Anal. Bioanal. Chem. 2008 390 1067 1075
23. A. Geiger P. Burgstaller H. von der Eltz A. Roeder M. Famulok Nucleic Acids Res. 1996 24 1029 36
24. G. J. Connell M. Illangesekare M. Yarus Biochemistry 1993 32 5497 502
25. M. Famulok J. Am. Chem. Soc. 1994 116 1698 706
26. K. Harada A. D. Frankel EMBO J. 1995 14 5798 811
27. M. G. Wallis B. Streicher H. Wank U. Ahsen E. Clodi S. T. Wallace M. Famulok R. Schroeder Chem. Biol. 1997 4 5 357 66
28. S. T. Wallace R. Schroeder RNA 1998 4 112 23
29. D. Nieuwlandt M. Wecker L. Gold Biochemistry 1995 34 5651 5659
30. K. P. Williams X.-H. Liu T. N. M. Schumacher H. Y. Lin D. A. Ausiello P. S. Kim D. P. Bartel Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 11285 90
31. C. Tuerk S. MacDougal L. Gold Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1992 89 6988 6992
32. H. Chen D. G. McBroom Y.-Q. Zhu L. Gold T. W. North Biochemistry 1996 35 6923 6930
33. C. Dang S. D. Jayasena J. Mol. Biol. 1996 264 268 278
34. M. F. Kubik A. W. Stephens D. Schneider R. A. Marlar D. Tasset Nucleic Acids Res. 1994 22 2619 2626
35. D. Jellinek L. S. Green C. Bell C. K. Lynott N. Gill C. Vargeese G. Kirschenheuter D. P. C. McGee P. Abesinghe Biochemistry 1995 34 11363 11372
36. L. S. Green D. Jellinek R. Jenison A. Ostman C.-H. Heldin N. Janjic Biochemistry 1996 35 14413 14424
37. T. W. Wiegand P. B. Williams S. C. Dreskin M.-H. Jouvin J.-P. Kinet D. Tasset J. Immunol. 1996 157 231 238
38. K. A. Davis Y. Lin B. Abrams S. D. Jayasena Nucleic Acids Res. 1998 26 3915 3924
39. D. Smith G. P. Kirschenheuter J. Charlton D. M. Guidot J. E. Repine Chem. Biol. 1995 2 741 750
40. P. Mallikaratchy R. V. Stahelin Z. Cao W. Chob W. Tan Chem. Commun. 2006 3229 3231
41. D. Shangguan Y. Li Z. Tang Z. C. Cao H. W. Chen P. Mallikaratchy K. Sefah C. J. Yang W. Tan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 32 11838 11843
42. Z. Tang D. Shangguan K. Wang H. Shi K. Sefah P. Mallikratchy H. W. Chen Y. Li W. Tan Anal. Chem. 2007 79 4900 4907
43. H. W. Chen C. D. Medley K. Sefah D. Shangguan Z. Tang L. Meng J. E. Smith W. Tan ChemMedChem 2008 3 991 1001
44. K. Sefah Z. W. Tang D. H. Shangguan H. Chen D. Lopez-Colon Y. Li P. Parekh J Martin L. Meng J. A. Phillips Y. M. Kim W. H. Tan Leukemia 2009 23 235 244
45. W. Pan R. C. Craven Q. Qiu C. B. Wilson J. W. Wills S. Golovine J. F. Wang Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1995 92 11509 11513
46. J. G. Bruno J. L. Kiel Biosens. Bioelectron. 1999 14 457 464
47. D. Shangguan Z. Cao L. Meng P. Mallikaratchy K. Sefah H. W. Y. Li W. Tan J. Proteome Res. 2008 7 2133 2139
48. P. Mallikaratchy Z. Tang L. Meng D. Shangguan K. Sefah W. Tan Mol. Cell. Proteomics 2007 6 12 2230 2238
49. G. Biesecker L. Dihel K. Enney R. A. Bendele Immunopharmacology 1999 42 219 230
50. M. Mascini, Aptamers in Bioanalysis, John Wiley & Sons, Chichester, 2009
51. D. A. Di Giusto W. A. Wlassoff J. J. Gooding B. A. Messerle G. C. King Nucleic Acids Res. 2005 33 6 e64
52. Z. Wang T. Wilkop D. Xu Y. Dong G. Ma Q. Cheng Anal. Bioanal. Chem. 2007 389 819 825
53. H.-M. So K. Won Y. H. Kim B.-K. Kim B. H. Ryu P. S. Na H. Kim J.-O. Lee J. Am. Chem. Soc. 2005 127 34 11906 11907
54. R. Polsky R. Gill L. Kaganovsky I. Willner Anal. Chem. 2006 78 7 2268 2271
55. M. Zayats Y. Huang R. Gill C. Ma I. Willner J. Am. Chem. Soc. 2006 128 42 13666 13667
56. J. A. Phillips Y. Xu Z. Xia H. Fan W. Tan Anal. Chem. 2009 81 3 1033 1039
57. S. Balamurugan A. Obubuafo S. A. Soper D. A. Spivak Anal. Bioanal. Chem. 2008 390 1009 1021
58. I. Willner M. Zayats Angew. Chem., Int. Ed. 2007 46 6408 6418
59. N. Rupcich R. Nutiu Y. Li J. D. Brennan Anal. Chem. 2005 77 14 4300 4307
60. C. J. Rankin Nucleosides, Nucleotides Nucleic Acids 2006 25 1407 1424
61. N. Rupcich R. Nutiu Y. Li J. D. Brennan Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 3295 3299
62. X. Wang J. Zhou W. Yun S. Xiao Z. Chang P. He Y. Fang Anal. Chim. Acta 2007 598 242 248
63. V. Ostatna H. Vaisocherova J. Homola Anal. Bioanal. Chem. 2008 391 1861 1869
64. A. Numnuam K. Y. Chumbimuni-Torres Y. Xiang R. Bash P. Thavarungkul P. Kanatharana E. Pretsch J. Wang E. Bakker Anal. Chem. 2008 80 3 707 712
65. Y. Xiao B. D. Piorek K. W. Plaxco A. J. Heeger J. Am. Chem. Soc. 2005 127 17990 17991
66. S. Su R. Nutiu C. D. M. Filipe Y. Li R. Pelton Langmuir 2007 23 1300 1302
67. Z.-S. Wu M.-M. Guo S.-B. Zhang C.-R. Chen J.-H. Jiang G.-L. Shen R.-Q. Yu Anal. Chem. 2007 79 7 2933 2939
68. X. Zuo S. Song J. Zhang D. Pan L. Wang C. Fan J. Am. Chem. Soc. 2007 129 1042 1043
69. R. Y. Lai K. W. Plaxco A. J. Heeger Anal. Chem. 2007 79, 1 229 233
70. Y. C. Huang B. Ge D. Sen H.-Z. Yu J. Am. Chem. Soc. 2008 130 8023 8029
71. R. Nutiu Y. Li J. Am. Chem. Soc. 2003 125 4771 4778
72. W. Yoshida Y. Yokobayashi Chem. Commun. 2007 195 197
73. H. Yang H. Liu H. Kang W. Tan J. Am. Chem. Soc. 2008 130 6320 6321
74. N. O. Fischer T. M. Tarasow J. B.-H. Tok Anal. Biochem. 2008 373 121 128
75. L. Zhou L.-J. Ou X. Chu G.-L. Shen R.-Q. Yu Anal. Chem. 2007 79 7492 7500
76. L. Yang C. W. Fung E. J. Cho A. D. Ellington Anal. Chem. 2007 79 3320 3329
77. S. Fredriksson M. Gullberg J. Jarvius C. Olsson K. Pietras S. M. Gustafsdottir A. Ostman U. Landegren Nat. Biotechnol. 2002 20 473 477
78. Y. Kim Z. Cao W. Tan Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 15 5664 5669
79. H. Hasegawa K. Taira K. Sode K. Ikebukuro Sensors 2008 8 1090 1098
80. Y. Weizmann M. K. Beissenhirtz Z. Cheglakov R. Nowarski M. Kotler I. Willner Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 7384 7388
81. C. Frauendorf A. Jaschke Bioorg. Med. Chem. 2001 9 2521 2524
82. S. H. J. Mei Z. Liu J. D. Brennan Y. Li J. Am. Chem. Soc. 2003 125 412 420
83. J. R. Hesselberth M. P. Robertson S. M. Knudsen A. D. Ellington Anal. Biochem. 2003 312 106 112
84. J. Liu Y. Lu Anal. Chem. 2004 76 6 1627 1632
85. Y. Lu J. Liu J. Li P. J. Bruesehoff C. M.-B. Pavot A. K. Brown Biosens. Bioelectron. 2003 18 529 540
86. D. I. Bannon C. Murashchik C. R. Zapf M. R. Farfel J. J. Chisolm Jr Clin. Chem. (Washington, D. C.) 1994 40 1730 1734
87. I.E. Tahan V. A. Granadillo R. A. Romero Anal. Chim. Acta 1994 295 187 197
88. S. K. Aggarwal M. Kinter D. A. Hcrold Clin. Chem. (Washington, D. C.) 1994 40 1494 1502
89. R. J. Bowins R. H. McNutt J. Anal. At. Spectrom. 1994 9 1233 1236
90. B. J. Feldman J. D. Osterloh B. H. Hata A. D'Alessandro Anal. Chem. 1994 66 1983 1987
91. A. B. Blank L. P. Eksperiandova Spectrometry 1998 27 147 160
92. D. A. Carpenter M. A. Taylor Adv. X-Ray Anal. 1991 34 217 221
93. A. Rindby Spectrometry 1993 22 187 191
94. E. Hirayama T. Sugiyama H. Hisamoto K. Suzuki Anal. Chem. 2000 72 465 474
95. M. Shamsipur M. Yousefi M. R. Ganjali Anal. Chem. 2000 12 2391 2394
96. G. K. Walkup S. C. Burdette S. J. Lippard R. Y. Tsien J. Am. Chem. Soc. 2000 122 5644 5645
97. X. Wu J. Kim J. S. Dordick Biotechnology 2000 16 513 516
98. D. A. Blake R. M. Jones R. C. Blake A. R. Pavlov I. A. Darwish H. Yu Biosens. Bioelectron. 2001 16 799 809
99. Y. Hitomi C. E. Outten T. V. O'Halloran J. Am. Chem. Soc. 2001 123 8614 8615
100. S. Deo H. A. Godwin J. Am. Chem. Soc. 2000 122 174 175
101. B. Imperiali D. A. Pearcc J.-E. Sohna Sohna G. Walkup A. Torrado Proc. SPIE-Int. Soc. Opt. Eng. 1999 3858 135 143
102. Handbook of Biosensors and Electronic Noses, ed., E. Kress-Rogers, CRC Press, Boca, Raton, FL, 1997
103. S. Ramanathan W. Shi B. P. Rosen S. Daunert Anal. Chim. Acta 1998 369 189 195
104. L. Wang X. Liu X. Hu S. Songa C. Fan Chem. Commun. 2006 3780 3782
105. A.-E. Radi C. K. O'Sullivan Chem. Commun. 2006 3432 3434
106. C.-C. Huang H.-T. Chang Chem. Commun. 2008 1461 1463
107. H. Wei B. Li J. Li S. Dong E. Wang Nanotechnology 2008 19 1 5
108. D. Li B. Shlyahovsky J. Elbaz I. Willner J. Am. Chem. Soc. 2007 129 18 5804 5805
109. J. W. Liu Y. Lu Angew. Chem., Int. Ed. 2006 45 90 94
110. J. A. Hansen J. Wang A.-N. Kawde Y. Xiang K. V. Gothelf G. Collins J. Am. Chem. Soc. 2006 128 2228 2229
111. B. Shlyahovsky D. Li E. Katz I. Willner Biosens. Bioelectron. 2007 22 2570 2576