Ripples in the pond-using a systems approach to decipher the cellular functions of membrane microdomains

Molecular BioSystems

Volumn 9, Issue 3, 2013, Pages 330-338

  Inder, Kerry L ^a   Davis, Melissa ^a   Hill, Michelle M ^a  

^a UNIVERSITY OF QUEENSLAND   (Australia)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MEMBRANE PROTEIN; PROTEOME;

ANIMAL; CELL MEMBRANE; HUMAN; METABOLISM; PHYSIOLOGY; PROTEIN PROCESSING; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; REVIEW; SIGNAL TRANSDUCTION; SYSTEMS BIOLOGY;

ANIMALS; HUMANS; MEMBRANE MICRODOMAINS; MEMBRANE PROTEINS; PROTEIN INTERACTION MAPS; PROTEIN PROCESSING, POST-TRANSLATIONAL; PROTEOME; SIGNAL TRANSDUCTION; SYSTEMS BIOLOGY;

EID: 84875844779     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2mb25300c     Document Type: Review

References (83)

1. D. Lingwood K. Simons Science 2010 327 46 50
2. K. Simons M. J. Gerl Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010 11 688 699
3. K. Simons J. L. Sampaio Cold Spring Harbor Perspect. Biol. 2011 3 a004697
4. K. Simons D. Toomre Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2000 1 31 39
5. E. J. Smart G. A. Graf M. A. McNiven W. C. Sessa J. A. Engelman P. E. Scherer T. Okamoto M. P. Lisanti Mol. Cell. Biol. 1999 19 7289 7304
6. C. L. de Hoog M. Mann Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2004 5 267 293
7. S. Dhungana B. A. Merrick K. B. Tomer M. B. Fessler Mol. Cell. Proteomics 2009 8 201 213
8. S. L. Lin C. W. Chien C. L. Han E. S. Chen S. H. Kao Y. J. Chen F. Liao J. Proteome Res. 2010 9 283 297
9. D. Huang B. Sherman R. Lempicki Nucleic Acids Res. 2009 37 1 13
10. A. Subramanian P. Tamayo V. Mootha S. Mukherjee S. Ebert M. Gillette E. Lander J. Mesirov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 15545 15550
11. K. L. Inder Y. Z. Zheng M. J. Davis H. Moon D. Loo H. Nguyen J. A. Clements R. G. Parton L. J. Foster M. M. Hill Mol. Cell. Proteomics 2012 11
12. Y. Z. Zheng C. Boscher K. L. Inder M. Fairbank D. Loo M. M. Hill I. R. Nabi L. J. Foster Mol. Cell. Proteomics 2011 10
13. M. Leslie Science 2011 334 1046 1047
14. K. A. McMahon H. Zajicek W. P. Li M. J. Peyton J. D. Minna V. J. Hernandez K. Luby-Phelps R. G. Anderson EMBO J. 2009 28 1001 1015
15. J. F. Hancock Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2006 7 456 462
16. R. G. Parton A. A. Richards Traffic 2003 4 724 738
17. M. Drab P. Verkade M. Elger M. Kasper M. Lohn B. Lauterbach J. Menne C. Lindschau F. Mende F. C. Luft A. Schedl H. Haller T. V. Kurzchalia Science 2001 293 2449 2452
18. B. Razani J. A. Engelman X. B. Wang W. Schubert X. L. Zhang C. B. Marks F. Macaluso R. G. Russell M. Li R. G. Pestell D. Di Vizio H. Hou, Jr. B. Kneitz G. Lagaud G. J. Christ W. Edelmann M. P. Lisanti J. Biol. Chem. 2001 276 38121 38138
19. S. Le Lay T. V. Kurzchalia Biochim. Biophys. Acta 2005 1746 322 333
20. M. M. Hill M. Bastiani R. Luetterforst M. Kirkham A. Kirkham S. J. Nixon P. Walser D. Abankwa V. M. Oorschot S. Martin J. F. Hancock R. G. Parton Cell 2008 132 113 124
21. L. Liu D. Brown M. McKee N. K. Lebrasseur D. Yang K. H. Albrecht K. Ravid P. F. Pilch Cell Metab. 2008 8 310 317
22. A. Bachi T. Bonaldi J. Proteomics 2008 71 357 367
23. S. E. Ong L. J. Foster M. Mann Methods 2003 29 124 130
24. W. Yang H. Steen M. R. Freeman Proteomics 2008 8 832 851
25. L. Bini S. Pacini S. Liberatori S. Valensin M. Pellegrini R. Raggiaschi V. Pallini C. T. Baldari Biochem. J. 2003 369 301 309
26. R. S. Boyd R. Jukes-Jones R. Walewska D. Brown M. J. Dyer K. Cain Mol. Cell. Proteomics 2009 8 1501 1515
27. N. Gupta B. Wollscheid J. D. Watts B. Scheer R. Aebersold A. L. DeFranco Nat. Immunol. 2006 7 625 633
28. M. Kobayashi T. Katagiri H. Kosako N. Iida S. Hattori Electrophoresis 2007 28 2035 2043
29. P. D. von Haller S. Donohoe D. R. Goodlett R. Aebersold J. D. Watts Proteomics 2001 1 1010 1021
30. P. D. von Haller E. Yi S. Donohoe K. Vaughn A. Keller A. I. Nesvizhskii J. Eng X. J. Li D. R. Goodlett R. Aebersold J. D. Watts Mol. Cell. Proteomics 2003 2 428 442
31. M. B. Fessler P. G. Arndt S. C. Frasch J. G. Lieber C. A. Johnson R. C. Murphy J. A. Nick D. L. Bratton K. C. Malcolm G. S. Worthen J. Biol. Chem. 2004 279 39989 39998
32. W. Yang D. Di Vizio M. Kirchner H. Steen M. R. Freeman Mol. Cell. Proteomics 2010 9 54 70
33. M. Vermeulen N. C. Hubner M. Mann Curr. Opin. Biotechnol. 2008 19 331 337
34. A. Wepf T. Glatter A. Schmidt R. Aebersold M. Gstaiger Nat. Methods 2009 6 203 205
35. S. Jiang N. Kotani T. Ohnishi A. Miyagawa-Yamguchi M. Tsuda R. Yamashita Y. Ishiura K. Honke Proteomics 2012 12 54 62
36. J. R. Yates 3rd A. Gilchrist K. E. Howell J. J. Bergeron Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005 6 702 714
37. C. S. Aung M. M. Hill M. Bastiani R. G. Parton M. O. Parat Eur. J. Cell Biol. 2011 90 136 142
38. P. I. Lelkes J. E. Friedman K. Rosenheck A. Oplatka FEBS Lett. 1986 208 357 363
39. J. De Las Rivas C. Fontanillo PLoS Comput. Biol. 2010 6 e1000807
40. T. Ideker N. Krogan Mol. Syst. Biol. 2012 8 565
41. D. Pe'er N. Hacohen Cell 2011 144 864 873
42. S. Kerrien B. Aranda L. Breuza A. Bridge F. Broackes-Carter C. Chen M. Duesbury M. Dumousseau M. Feuermann U. Hinz C. Jandrasits R. C. Jimenez J. Khadake U. Mahadevan P. Masson I. Pedruzzi E. Pfeiffenberger P. Porras A. Raghunath B. Roechert S. Orchard H. Hermjakob Nucleic Acids Res. 2012 40 D841 D846
43. H. W. Mewes A. Ruepp F. Theis T. Rattei M. Walter D. Frishman K. Suhre M. Spannagl K. F. Mayer V. Stumpflen A. Antonov Nucleic Acids Res. 2011 39 D220 D224
44. C. Stark B. J. Breitkreutz A. Chatr-Aryamontri L. Boucher R. Oughtred M. S. Livstone J. Nixon K. Van Auken X. Wang X. Shi T. Reguly J. M. Rust A. Winter K. Dolinski M. Tyers Nucleic Acids Res. 2011 39 D698 D704
45. I. Xenarios D. W. Rice L. Salwinski M. K. Baron E. M. Marcotte D. Eisenberg Nucleic Acids Res. 2000 28 289 291
46. J. Wang M. Li Y. Deng Y. Pan BMC Genomics 2010 11 S10
47. M. Li X. Wu J. Wang Y. Pan BMC Bioinf. 2012 13 109
48. X. Li M. Wu C. K. Kwoh S. K. Ng BMC Genomics 2010 11 Suppl 1 S3
49. T. Ideker R. Sharan Genome Res. 2008 18 644 652
50. R. Bell A. Hubbard R. Chettier D. Chen J. Miller M. Tarnopolsky S. Sahasrabuhde S. Melov R. Hughes PLoS Genet. 2009 5 e1000414
51. M. Dittrich G. Klau A. Rosenwald T. Dandekar T. Müller Bioinformatics 2008 24 i223 i231
52. A. Ghazalpour B. Bennett V. Petyuk L. Orozco R. Hagopian I. Mungrue C. Farber J. Sinsheimer H. Kang N. Furlotte C. Park P. Wen H. Brewer K. Weitz D. Camp C. Pan R. Yordanova I. Neuhaus C. Tilford N. Siemers P. Gargalovic E. Eskin T. Kirchgessner D. Smith R. Smith A. Lusis PLoS Genet. 2011 7 e1001393
53. P. Hu S. C. Janga M. Babu J. J. Diaz-Mejia G. Butland W. Yang O. Pogoutse X. Guo S. Phanse P. Wong S. Chandran C. Christopoulos A. Nazarians-Armavil N. K. Nasseri G. Musso M. Ali N. Nazemof V. Eroukova A. Golshani A. Paccanaro J. F. Greenblatt G. Moreno-Hagelsieb A. Emili PLoS Biol. 2009 7 e96
54. C. J. Shin S. Wong M. J. Davis M. A. Ragan BMC Syst. Biol. 2009 3 28
55. R. Sharan I. Ulitsky R. Shamir Mol. Syst. Biol. 2007 3 88
56. M. A. Mahdavi Y. H. Lin BMC Bioinf. 2007 8 262
57. T. Klingström D. Plewczynski Briefings Bioinf. 2010 702 713
58. B. Lehne T. Schlitt Hum. Genomics 2008 3 291 297
59. S. Mathivanan B. Periaswamy T. Gandhi K. Kandasamy S. Suresh R. Mohmood Y. Ramachandra A. Pandley BMC Bioinf. 2006 7 S19
60. D. Szklarczyk A. Franceschini M. Kuhn M. Simonovic A. Roth P. Minguez T. Doerks S. Muller P. Bork C. von Mering Nucleic Acids Res. 2011 39 D561 D568
61. E. Portales-Casamar S. Thonqiuea A. Kwon D. Arenillas X. Zhao E. Valen D. Yusuf B. Lenhard W. Wasserman A. Sandelin Nucleic Acids Res. 2010 38 D105 D110
62. V. Matys O. Kel-Margoulis E. Fricke I. Leiebich S. Land A. Barre-Dirrie I. Reuter D. Chekmenev M. Krull K. Hornischer N. Voss P. Stegmaier B. Lewicki-Potapov H. Saxel A. Kel E. Wingender Nucleic Acids Res. 2006 34 D108 D110
63. M. Kanehisa Y. Sato M. Furumichi M. Tanabe Nucleic Acids Res. 2012 40 D109 D114
64. P. D'Eustachio Methods Mol. Biol. 2011 694 49 61
65. H. Mi P. Thomas Methods Mol. Biol. 2009 563 123 140
66. R. Caspi T. Altman K. Dreher C. Fulcher P. Subhraveti I. Keseler A. Kothari M. Krummenaker M. Latendresse L. Mueller Q. Ong S. Paley A. Pujar A. Shearer M. Travers D. Weerasinghe P. Zhang P. Karp Nucleic Acids Res. 2012 40 D742 D753
67. M. Smoot J. Ruscheinski P. Wang T. Ideker Bioinformatics 2011 27 431 432
68. V. Batagelj A. Mrvar Connections 1998 21 47 57
69. The igraph library, http://igraph.sourceforge.net/index.html, 2012
70. M. Reich T. Liefeld J. Gould J. Lerner P. Tamayo J. Mesirov Nat. Genetics 2006 38 500 501
71. L. Sang J. J. Miller K. C. Corbit R. H. Giles M. J. Brauer E. A. Otto L. M. Baye X. Wen S. J. Scales M. Kwong E. G. Huntzicker M. K. Sfakianos W. Sandoval J. F. Bazan P. Kulkarni F. R. Garcia-Gonzalo A. D. Seol J. F. O'Toole S. Held H. M. Reutter W. S. Lane M. A. Rafiq A. Noor M. Ansar A. R. Devi V. C. Sheffield D. C. Slusarski J. B. Vincent D. A. Doherty F. Hildebrandt J. F. Reiter P. K. Jackson Cell 2011 145 513 528
72. J. Li F. Zhang J. Chen BMC Syst. Biol. 2011 5 S7
73. S. Orr D. Boutz R. Wang C. Chronis N. Lea T. Thayaparan E. Hamilton H. Milewicz E. Blanc G. Mufti E. Marcotte N. Thomas Mol. Syst. Biol. 2012 8 573
74. V. Michel M. Bakovic Biol. Cell 2007 99 129 140
75. S. Staubach F. G. Hanisch Expert Rev. Proteomics 2011 8 263 277
76. S. M. Thomas N. E. Bhola Q. Zhang S. C. Contrucci A. L. Wentzel M. L. Freilino W. E. Gooding J. M. Siegfried D. C. Chan J. R. Grandis Cancer Res. 2006 66 11831 11839
77. R. G. Saldanha N. Xu M. P. Molloy D. A. Veal M. S. Baker J. Proteome Res. 2008 7 4792 4806
78. K. S. Vetrivel G. Thinakaran Biochim. Biophys. Acta 2010 1801 860 867
79. D. A. Brown E. London Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 1998 14 111 136
80. L. J. Foster Q. W. Chan Subcell. Biochem. 2007 43 35 47
81. L. J. Pike J. Lipid Res. 2006 47 1597 1598
82. R. J. Schroeder S. N. Ahmed Y. Zhu E. London D. A. Brown J. Biol. Chem. 1998 273 1150 1157
83. P. Khatri M. Sirota A. J. Butte PLoS Comput. Biol. 2012 8 e1002375