Photoactivatable RNA derivatives as tools for studying the structural and functional organization of complex cellular ribonucleoprotein machineries

RSC Advances

Volumn 3, Issue 9, 2013, Pages 2858-2872

  Graifer, Dmitri ^a,b   Karpova, Galina ^a  

^a INSTITUTE OF CHEMICAL BIOLOGY AND FUNDAMENTAL MEDICINE   (Russian Federation)

^b NOVOSIBIRSK STATE UNIVERSITY   (Russian Federation)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CURRENT DATA; FUNCTIONAL ORGANIZATION; MESSENGER RNAS (MRNA); MOLECULAR ENVIRONMENT; PHOTOACTIVATABLE; PROTEIN SYNTHESIS; PROTEIN TRANSLATION; REACTIVE GROUP; RIBONUCLEOPROTEINS; RNA LIGAND; RNA-PROTEIN COMPLEXES; SPECIFIC INTERACTION; STRUCTURAL ELEMENTS;

LIGANDS; MACHINERY; PROTEINS;

RNA;

EID: 84874431588     PISSN: None     EISSN: 20462069     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2ra22095d     Document Type: Review

References (69)

1. E. S. Bochkareva V. G. Budker A. S. Girshovich D. G. Knorre N. M. Teplova FEBS Lett. 1971 19 121 124
2. V. G. Budker A. S. Girshovich N. I. Grineva G. G. Karpova D. G. Knorre Dokl Akad Nauk SSSR (in Russian) 1973 211 725 728
3. D. M. Graifer G. T. Babkina N. B. Matasova S. N. Vladimirov G. G. Karpova V. V. Vlassov Biochim. Biophys. Acta, Gene Struct. Expression 1989 1008 146 156
4. S. N. Vladimirov G. T. Babkina A. G. Venijaminova O. I. Gimautdinova M. A. Zenkova G. G. Karpova Biochim. Biophys. Acta, Gene Struct. Expression 1990 1048 245 256
5. K. Stade J. Rinke-Appel R. Brimacombe Nucleic Acids Res. 17 9889 9908
6. J. Rinke-Appel N. Junke R. Brimacombe S. Dokudovskaya O. Dontsova A. Bogdanov Nucleic Acids Res. 1993 21 2853 2859
7. R. Bhangu P. L. Wollenzien Biochemistry 1992 31 5937 5944
8. R. Bhangu D. Juzumiene P. Wollenzien Biochemistry 1994 33 3063 3070
9. V. Ramakrishnan Cell 2002 108 557 72
10. T. A. Steitz Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008 9 242 253
11. J. Rabl M. Leibundgut S. F. Ataide A. Haag N. Ban Science 2011 331 730 736
12. S. Klinge F. Voigts-Hoffmann M. Leibundgut S. Arpagaus N. Ban Science 2011 334 941 948
13. A. Ben-Shem N. Garreau de Loubresse S. Melnikov L. Jenner G. Yusupova G. M. Yusupov Science 2011 334 1524 1529
14. D. Beyer E. Skripkin J. Wadzack K. H. Nierhaus J. Biol. Chem. 1994 269 30713 30717
15. A. Hüttenhofer H. F. Noller EMBO J. 1994 13 3892 3901
16. S. Watanabe J. Mol. Biol. 1972 67 443 457
17. R. Lill J. M. Robertson W. Wintermeyer Biochemistry 1986 25 3245 3255
18. D. M. Graifer S. Yu. Nekhai D. A. Mundus O. S. Fedorova G. G. Karpova Biochim. Biophys. Acta, Gene Struct. Expression 1992 1171 56 64
19. D. M. Graifer M. A. Zenkova A. A. Malygin S. V. Mamaev D. A. Mundus G. G. Karpova J. Mol. Biol. 1990 214 121 128
20. A. A. Malygin D. M. Graifer K. N. Bulygin M. A. Zenkova V. I. Yamkovoy J. Stahl G. G. Karpova Eur. J. Biochem. 1994 226 715 723
21. N. Demeshkina M. Repkova A. Ven'yaminova D. Graifer G. Karpova RNA 2000 6 1727 1736
22. D. Graifer M. Molotkov V. Styazhkina N. Demeshkina K. Bulygin A. Eremina A. Ivanov E. Laletina A. Ven'yaminova G. Karpova Nucleic Acids Res. 2004 32 3282 3293
23. M. Rodnina W. Wintermeyer Curr. Opin. Cell Biol. 2009 21 435 443
24. C. U. T. Hellen P. Sarnow Genes Dev. 2001 15 1593 1612
25. M. V. Molotkov D. M. Graifer E. A. Popugaeva K. N. Bulygin M. I. Meschaninova A. G. Ven'yaminova G. G. Karpova RNA Biol. 2006 3 122 129
26. L. Chavatte A. Seit-Nebi V. Dubovaya A. Favre EMBO J. 2002 21 5302 5311
27. K. Bulygin L. Chavatte L. Frolova G. Karpova A. Favre Biochemistry 2005 44 2153 2162
28. K. N. Bulygin D. M. Graifer M. N. Repkova I. A. Smolenskaya A. G. Veniyaminova G. G. Karpova RNA 1997 3 1480 1485
29. N. Demeshkina E. Laletina M. Meschaninova A. Ven'yaminova D. Graifer G. Karpova Biochim. Biophys. Acta, Gene Struct. Expression 2003 1627 39 46
30. D. M. Graifer D. I. Juzumiene P. Wollenzien G. Karpova Biochemistry 1994 33 3878 3884
31. N. A. Demeshkina E. S. Laletina M. I. Meschaninova M. N. Repkova A. G. Ven'yaminova D. M. Graifer G. G. Karpova Mol. Biol. 2003 37 132 139
32. J. J. Madjar M. Arpin M. Buisson J.P. Reboud Mol. Gen. Genet. 1979 171 121 134
33. A. V. Pisarev V. G. Kolupaeva M. M. Yusupov C. U. T. Hellen T. V. Pestova EMBO J. 2008 27 1609 1621
34. J. Khairulina D. Graifer K. Bulygin A. Ven'yaminova L. Frolova G. Karpova Biochimie 2010 92 820 825
35. K. N. Bulygin Yu. S. Khairulina P. M. Kolosov A. G. Ven'yaminova D. M. Graifer Yu. N. Vorobjev L. Yu. Frolova L. L. Kisselev G. G. Karpova RNA 2010 16 1902 1914
36. K. N. Bulygin Yu. S. Khairulina P. M. Kolosov A. G. Ven'yaminova D. M. Graifer Yu. N. Vorobjev L. Yu. Frolova G. G. Karpova Nucleic Acids Res. 2011 39 7134 7146
37. D. Sharifulin Yu. Khairulina A. Ivanov M. Meschaninova A. Ven'yaminova D. Graifer G. Karpova Nucleic Acids Res. 2012 40 3056 3065
38. J. Stahl N. D. Kobetz Mol. Biol. Rep. 1984 9 219 222
39. J. Stahl G. G. Karpova Biomed. Biochim. Acta 1985 44 1057 1064
40. K. N. Bulygin N. B. Matasova D. M. Graifer A. G. Veniyaminova V. I. Yamkovoy J. Stahl G. G. Karpova Biochim. Biophys. Acta, Gene Struct. Expression 1997 1351 325 332
41. D. M. Graifer D. I. Juzumiene G. G. Karpova P. Wollenzien Biochemistry 1994 33 6201 6206
42. L. Chavatte L. Frolova L. Kisselev A. Favre Eur. J. Biochem. 2001 268 2896 2904
43. K. Bulygin S. Baouz-Drahy D. Graifer A. Favre G. Karpova Biochim. Biophys. Acta, Gene Regul. Mech. 2009 1789 167 174
44. A. V. Pisarev V. G. Kolupaeva V. P. Pisareva W. C. Merrick C. U. T. Hellen T. V. Pestova Genes Dev. 2006 20 624 636
45. R. K. Gaur, in Methods in Molecular Biology, ed., Ren-Jang Lin, Humana Press Inc., Totowa, NJ, 2008, 488
46. M. Hafner M. Landthaler L. Burger et al. Cell 2010 141 129 141
47. A. S. Levina D. R. Tabatadze L. M. Khalimskaya N. A. Prihodko G. V. Shishkin L. A. Alexandrova V. F. Zarytova Bioconjugate Chem. 1993 4 319 325
48. A. S. Levina D. R. Tabatadze M. I. Dobrikov G. V. Shishkin L. M. Khalimskaya V. F. Zarytova Antisense Nucleic Acid Drug Dev. 1996 6 119 126
49. E. L. Chernolovskaya P. P. Cherepanov A. V. Gorozhankin M. I. Dobrikov V. V. Vlassov N. D. Kobetz Bioorgan. Khim. (in Russian) 1993 19 889 896
50. R. P. Haugland in Molecular Probes Handbook: A Guide to Fluorescent Probes and Labeling Technologies, ed., I. Johnson and M. T. Z. Spence, 11th edn, 2010, section 5
51. M. N. Repkova T. M. Ivanova N. I. Komarova M. I. Meschaninova M. A. Kuznetsova A. G. Ven'yaminova Russian J. Bioorgan. Chem. 1999 25 612 622
52. A. M. Belikova V. F. Zarytova N. I. Grineva Tetrahedron Lett. 1967 37 3557 3562
53. K. Bulygin A. Malygin G. Karpova P. Westermann Eur. J. Biochem. 1998 251 175 180
54. E. Laletina D. Graifer A. Malygin A. Ivanov I. Shatsky G. Karpova Nucleic Acids Res. 2006 34 2027 2036
55. E. Babaylova D. Graifer A. Malygin J. Stahl I. Shatsky G. Karpova Nucleic Acids Res. 2009 37 1141 1151
56. R. J. Jackson C. U. T. Hellen T. V. Pestova Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010 11 113 127
57. A. A. Malygin D. M. Graifer E. S. Laletina I. N. Shatsky G. G. Karpova Molekul. Biol. (in Russian) 2003 37 873 879
58. N. A. Demeshkina M. N. Repkova A. G. Ven'yaminova D. M. Graifer G. G. Karpova Mol. Biol. 2004 38 421 426
59. M. Molotkov D. Graifer N. Demeshkina M. Repkova A. Ven'yaminova G. Karpova RNA Biol. 2005 2 63 69
60. A. R. Morgan R. D. Wells H. G. Khorana J. Mol. Biol. 1967 26 477 497
61. A. P. Potapov F. J. Triana-Alonso K. H. Nierhaus J. Biol. Chem. 1995 270 17680 17684
62. D. Graifer A. Zhigailov A. Ven'yaminova A. Malygin B. Iskakov G. Karpova FEBS Lett. 2012 586 3731 3736
63. L. E. Wong Y. Li S. Pillay L. Frolova K. Pervushin Nucleic Acids Res. 2012 40 5751 5765
64. G. A. Otto P. J. Lukavsky A. M. Lancaster P. Sarnow J. D. Puglisi RNA 2002 8 913 923
65. P. Chandramouli M. Topf J.-F. Menetret N. Eswar J. J. Cannone R. R. Gutell A. Sali C. W. Akey Structure 2008 16 535 548
66. C. M. T. Spahn J. S. Kieft R. A. Grassucci P. A. Penczek K. Zhou J. A. Doudna J. Frank Science 2001 291 1959 1962
67. A. A. Malygin I. N. Shatsky G. G. Karpova Biochemistry (Moscow) 2012
68. C. Hountondji K. Bulygin A. Woisard P. Tuffery J.-B. Créchet M. Pech K. H. Nierhaus G. Karpova S. Baouz ChemBioChem 2012 13 1791 1797
69. H. Song P. Mugnier H. M. Webb D. R. Evans M. F. Tuite B. A. Hemmings D. Barford Cell 2000 100 311 321