Alchemical FEP calculations of ligand conformer focusing in explicit solvent

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 2, 2013, Pages 1093-1102

  Zeifman, Alexey A ^a,b   Stroylov, Victor V ^a,c   Novikov, Fedor N ^a,c   Stroganov, Oleg V ^a,c   Kulkov, Val ^d   Chilov, Ghermes G ^a,c  

^a N D ZELINSKY INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY   (Russian Federation)

^b NATIONAL RESEARCH CENTER FOR HEMATOLOGY   (Russian Federation)

^c MolTech Ltd   (Russian Federation)

^d BioMolTech Corp   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84873669687     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300796g     Document Type: Article

References (40)

1. Kitchen, D. B.; Decornez, H.; Furr, J. R.; Bajorath, J. Nat. Rev. Drug Discovery 2004, 3 (11) 935-949
2. Novikov, F. N.; Zeifman, A. A.; Stroganov, O. V.; Stroylov, V. S.; Kulkov, V.; Chilov, G. G. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51 (9) 2090-2096
3. Zwanzig, R. W. J. Chem. Phys. 1954, 22 (8) 1420-1426
4. Kirkwood, J. G. J. Chem. Phys. 1935, 3 (5) 300-313
5. Free Energy Calculations in Rational Drug Design; Reddy, M. R. E.; Mark, D., Eds.; Springer: New York, 2001.
6. Brandsdal, B. O.; Osterberg, F.; Almlof, M.; Feierberg, I.; Luzhkov, V. B.; Aqvist, J. Adv. Protein Chem. 2003, 66, 123-158
7. Jorgensen, W. L.; Ruiz-Caro, J.; Tirado-Rives, J.; Basavapathruni, A.; Anderson, K. S.; Hamilton, A. D. Bioorg. Med. Chem. Lett. 2006, 16 (3) 663-667
8. Zeevaart, J. G.; Wang, L.; Thakur, V. V.; Leung, C. S.; Tirado-Rives, J.; Bailey, C. M.; Domaoal, R. A.; Anderson, K. S.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130 (29) 9492-9499
9. Mouchlis, V. D.; Mavromoustakos, T. M.; Kokotos, G. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2010, 24 (2) 107-115
10. Luccarelli, J.; Michel, J.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6 (12) 3850-3856
11. Palma, P. N.; Bonifacio, M. J.; Loureiro, A. I.; Soares-da-Silva, P. J. Comput. Chem. 2012, 33 (9) 970-986
12. Lawrenz, M.; Wereszczynski, J.; Amaro, R.; Walker, R.; Roitberg, A.; McCammon, J. A. Proteins 2010, 78 (11) 2523-2532
13. Ruiza, F. M.; Grigera, J. R. Med. Chem. 2005, 1 (5) 455-460
14. Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Med. Chem. 2006, 49 (20) 5880-5884
15. Perola, E.; Charifson, P. S. J. Med. Chem. 2004, 47 (10) 2499-2510
16. Li, H. Z.; Fajer, M.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2007, 127 (2) 024106
17. Min, D. H.; Li, H. Z.; Li, G. H.; Bitetti-Putzer, R.; Yang, W. J. Chem. Phys. 2007, 126 (14) 144109
18. Jiang, W.; Roux, B. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6 (9) 2559-2565
19. Wang, L.; Berne, B. J.; Friesner, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2012, 109 (6) 1937-1942
20. Michel, J.; Essex, J. W. J. Med. Chem. 2008, 51 (21) 6654-6664
21. Mobley, D. L.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3 (4) 1231-1235
22. Klimovich, P. V.; Mobley, D. L. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2010, 24 (4) 307-316
23. Mobley, D. L.; Graves, A. P.; Chodera, J. D.; McReynolds, A. C.; Shoichet, B. K.; Dill, K. A. J. Mol. Biol. 2007, 371 (4) 1118-1134
24. Zeifman, A. A.; Titov, I. Y.; Svitanko, I. V.; Rakitina, T. V.; Lipkin, A. V.; Stroylov, V. S.; Stroganov, O. V.; Novikov, F. N.; Chilov, G. G. Mendeleev Commun. 2012, 22 (2) 73-74
25. Friedberg, J. W.; Sharman, J.; Sweetenham, J.; Johnston, P. B.; Vose, J. M.; Lacasce, A.; Schaefer-Cutillo, J.; De Vos, S.; Sinha, R.; Leonard, J. P.; Cripe, L. D.; Gregory, S. A.; Sterba, M. P.; Lowe, A. M.; Levy, R.; Shipp, M. A. Blood 2010, 115 (13) 2578-2585
26. Weinblatt, M. E.; Kavanaugh, A.; Genovese, M. C.; Musser, T. K.; Grossbard, E. B.; Magilavy, D. B. N. Engl. J. Med. 2010, 363 (14) 1303-1312
27. Villasenor, A. G.; Kondru, R.; Ho, H.; Wang, S.; Papp, E.; Shaw, D.; Barnett, J. W.; Browner, M. F.; Kuglstatter, A. Chem. Biol. Drug Des. 2009, 73 (4) 466-470
28. Van Der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. J. Comput. Chem. 2005, 26 (16) 1701-1718
29. Mobley, D. L.; Chodera, J. D.; Dill, K. A. J. Chem. Phys. 2006, 125 (8) 084902
30. Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1989, 90 (6) 3300-3304
31. Braselmann, S.; Taylor, V.; Zhao, H.; Wang, S.; Sylvain, C.; Baluom, M.; Qu, K.; Herlaar, E.; Lau, A.; Young, C.; Wong, B. R.; Lovell, S.; Sun, T.; Park, G.; Argade, A.; Jurcevic, S.; Pine, P.; Singh, R.; Grossbard, E. B.; Payan, D. G.; Masuda, E. S. J. Pharmacol. Exp. Ther. 2006, 319 (3) 998-1008
32. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118 (45) 11225-11236
33. Sousa da Silva, A. W.; Vranken, W. F. BMC Res. Notes 2012, 5, 367
34. Wang, J.; Wang, W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Mol. Graphics Modell. 2006, 25 (2) 247-260
35. Charles H, B. J. Comput. Phys. 1976, 22 (2) 245-268
36. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79 (2) 926-935
37. Michel, J.; Verdonk, M. L.; Essex, J. W. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3 (5) 1645-1655
38. Ma, H.; Deacon, S.; Horiuchi, K. Expert Opin. Drug Discovery 2008, 3 (6) 607-621
39. Radzicka, A.; Pedersen, L.; Wolfenden, R. Biochemistry 1988, 27 (12) 4538-4541
40. Hu, X.; Zhang, W.; Carmichael, I.; Serianni, A. S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132 (13) 4641-4652