A computational study of water and CO migration sites and channels inside myoglobin

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 9, Issue 2, 2013, Pages 1265-1271

  Lapelosa, Mauro ^a   Abrams, Cameron F ^a  

^a Drexel University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84873665906     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300862j     Document Type: Article

References (54)

1. Anselmi, M.; Di Nola, A.; Amadei, A. Biophys. J. 2008, 94, 4277-4281
2. Aranda, R.; Levin, E. J.; Schotte, F.; Anfinrud, P. A.; Phillips, G. N. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2006, 62, 776-783
3. Baron, R.; Riley, C.; Chenprakhon, P.; Thotsaporn, K.; Winter, R. T.; Alfieri, A.; Forneris, F.; van Berkel, W. J. H.; Chaiyen, P.; Fraaije, M. W.; Mattevi, A.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 10603-10608
4. Bossa, C.; Amadei, A.; Daidone, I.; Anselmi, M.; Vallone, B.; Brunori, M.; Di Nola, A. Biophys. J. 2005, 89, 465-474
5. Case, D. A.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1979, 132, 343-368
6. Ceccarelli, M.; Anedda, R.; Casu, M.; Ruggerone, P. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008, 71, 1231-1236
7. Cohen, J.; Arkhipov, A.; Braun, R.; Schulten, K. Biophys. J. 2006, 91, 1844-1857
8. Elber, R.; Gibson, Q. H. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6147-6154
9. Elber, R. Curr. Opin. Struct. Biol. 2010, 20, 162-167
10. Maragliano, L.; Cottone, G.; Ciccotti, G.; Vanden-Eijnden, E. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1010-1017
11. Levy, R.; Sheridan, R.; Keepers, J.; Dubey, G.; Swaminathan, S.; Karplus, M. Biophys. J. 1985, 48, 509-518
12. Olson, J. S.; Soman, J.; Phillips, G. N. IUBMB Life 2007, 59, 552-562
13. Ruscio, J. Z.; Kumar, D.; Shukla, M.; Prisant, M. G.; Murali, T. M.; Onufriev, A. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 9204-9209
14. Schotte, F.; Soman, J.; Olson, J. S.; Wulff, M.; Anfinrud, P. A. J. Struct. Biol. 2004, 147, 235-246
15. Scott, E. E.; Gibson, Q. H.; Olson, J. S. J. Biol. Chem. 2001, 276, 5177-5188
16. Straub, J. E.; Karplus, M. Molecular Dynamics of Carbon Monoxide After Photodissociation from Myoglobin AIP Conf. Proc. 1991, 147-152
17. Wang, P.-h.; Blumberger, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012, 109, 6399-6404
18. Brunori, M. Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 209-210
19. Brunori, M.; Cutruzzolà, F.; Savino, C.; Travaglini-Allocatelli, C.; Vallone, B.; Gibson, Q. H. Biophys. J. 1999, 76, 1259-1269
20. Brunori, M.; Vallone, B.; Cutruzzola, F.; Travaglini-Allocatelli, C.; Berendzen, J.; Chu, K.; Sweet, R. M.; Schlichting, I. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 2058-2063
21. Brunori, M.; Gibson, Q. H. EMBO Rep. 2001, 2, 674-679
22. Collman, J. P.; Decréau, R. A.; Dey, A.; Yang, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009, 106, 4101-4105
23. Ostermann, A.; Waschipky, R.; Parak, F. G.; Nienhaus, G. U. Nature 2000, 404, 205-208
24. Tetreau, C.; Blouquit, Y.; Novikov, E.; Quiniou, E.; Lavalette, D. Biophys. J. 2004, 86, 435-447
25. Quillin, M. L.; Arduini, R. M.; Olson, J. S.; Phillips, G. N. J. Mol. Biol. 1993, 234, 140-155
26. Goldbeck, R. A.; Bhaskaran, S.; Ortega, C.; Mendoza, J. L.; Olson, J. S.; Soman, J.; Kliger, D. S.; Esquerra, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 1254-1259
27. Bossa, C.; Anselmi, M.; Roccatano, D.; Amadei, A.; Vallone, B.; Brunori, M.; Di Nola, A. Biophys. J. 2004, 86, 3855-3862
28. Elber, R.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 9161-9175
29. Scorciapino, M. A.; Robertazzi, A.; Casu, M.; Ruggerone, P.; Ceccarelli, M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 5156-5163
30. Lapelosa, M.; Gallicchio, E.; Levy, R. M. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 47-60
31. Abrams, C. F.; Vanden-Eijnden, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010, 107, 4961-4966
32. Maragliano, L.; Vanden-Eijnden, E. Chem. Phys. Lett. 2006, 426, 168-175
33. E, W.; Ren, W.; Vanden-Eijnden, E. Phys. Rev. B 2002, 66, 052301
34. E, W.; Ren, W.; Vanden-Eijnden, E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 164103
35. Maragliano, L.; Fischer, A.; Vanden-Eijnden, E.; Ciccotti, G. J. Chem. Phys. 2006, 125, 24106
36. Maragliano, L.; Vanden-Eijnden, E. Chem. Phys. Lett. 2007, 446, 182-190
37. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
38. Foloppe, N.; MacKerell, J. J. Comput. Chem. 2000, 21, 86-104
39. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
40. Kuczera, K.; Kuriyan, J.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1990, 213, 351-373
41. Humphrey, W. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38
42. Tilton, R. F.; Kuntz, I. D.; Petsko, G. A. Biochemistry 1984, 23, 2849-2857
43. Bourgeois, D.; Vallone, B.; Arcovito, A.; Sciara, G.; Schotte, F.; Anfinrud, P. A.; Brunori, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 4924-4929
44. Hummer, G.; Schotte, F.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 15330-15334
45. Srajer, V.; Teng, T.; Ursby, T.; Pradervand, C.; Ren, Z.; Adachi, S.; Schildkamp, W.; Bourgeois, D.; Wulff, M.; Moffat, K. Science 1996, 274, 1726-1729
46. Srajer, V.; Ren, Z.; Teng, T. Y.; Schmidt, M.; Ursby, T.; Bourgeois, D.; Pradervand, C.; Schildkamp, W.; Wulff, M.; Moffat, K. Biochemistry 2001, 40, 13802-13815
47. Uchida, T. J. Biol. Chem. 1997, 272, 30108-30114
48. Makarov, V. A.; Andrews, B. K.; Smith, P. E.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 2000, 79, 2966-2974
49. Phillips, S. E. J. Mol. Biol. 1980, 142, 531-554
50. Goldbeck, R. A.; Pillsbury, M. L.; Jensen, R. A.; Mendoza, J. L.; Nguyen, R. L.; Olson, J. S.; Soman, J.; Kliger, D. S.; Esquerra, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12265-12272
51. Yu, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 103-108
52. Scott, E. E.; Gibson, Q. H. Biochemistry 1997, 36, 11909-11917
53. Faradjian, A. K.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10880-10889
54. Kottalam, J.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 7690-7697