-
1
-
-
0041806720
-
-
Frauenfelder, H.; McMahon, B. H.; Fenimore, P. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 8615-8617.
-
(2003)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
, vol.100
, pp. 8615-8617
-
-
Frauenfelder, H.1
McMahon, B.H.2
Fenimore, P.W.3
-
2
-
-
4344700570
-
-
Brunori, M.; Bourgeois, D.; Vallone, B. J. Struct. Biol. 2004, 147, 223-234.
-
(2004)
J. Struct. Biol
, vol.147
, pp. 223-234
-
-
Brunori, M.1
Bourgeois, D.2
Vallone, B.3
-
3
-
-
36949091243
-
-
Kendrew, J.; Dickerson, R.; Strandberg, B.; Hart, R.; Davies, D.; Phillips, D.; Shore, V. Nature 1960, 185, 422-427.
-
(1960)
Nature
, vol.185
, pp. 422-427
-
-
Kendrew, J.1
Dickerson, R.2
Strandberg, B.3
Hart, R.4
Davies, D.5
Phillips, D.6
Shore, V.7
-
4
-
-
42049083187
-
-
Cohen, J.; Olsen, K. W.; Schulten, K. Methods Enzymol. 2008, 437, 437-455.
-
(2008)
Methods Enzymol
, vol.437
, pp. 437-455
-
-
Cohen, J.1
Olsen, K.W.2
Schulten, K.3
-
5
-
-
67649819680
-
-
Baron, R.; Riley, C.; Chenprakhon, P.; Thotsaporn, K.; Winter, R. T.; Alfieri, A.; Forneris, F.; van Berkel, W. J. H.; Chaiyen, P.; Fraaije, M. W.; Mattevi, A.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 10603-10608.
-
(2009)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
, vol.106
, pp. 10603-10608
-
-
Baron, R.1
Riley, C.2
Chenprakhon, P.3
Thotsaporn, K.4
Winter, R.T.5
Alfieri, A.6
Forneris, F.7
van Berkel, W.J.H.8
Chaiyen, P.9
Fraaije, M.W.10
Mattevi, A.11
McCammon, J.A.12
-
7
-
-
0021766921
-
-
Tilton, R. F.; Kuntz, I. D.; Petsko, G. A. Biochemistry 1984, 23, 2849-2857.
-
(1984)
Biochemistry
, vol.23
, pp. 2849-2857
-
-
Tilton, R.F.1
Kuntz, I.D.2
Petsko, G.A.3
-
8
-
-
10544231457
-
-
Srajer, V.; Teng, T. Y.; Ursby, T.; Pradervand, C.; Ren, Z.; Adachi, S. I.; Schildkamp, W.; Bourgeois, D.; Wulff, M.; Moffat, K. Science 1996, 274, 1726-1729.
-
(1996)
Science
, vol.274
, pp. 1726-1729
-
-
Srajer, V.1
Teng, T.Y.2
Ursby, T.3
Pradervand, C.4
Ren, Z.5
Adachi, S.I.6
Schildkamp, W.7
Bourgeois, D.8
Wulff, M.9
Moffat, K.10
-
9
-
-
0038047431
-
-
Schotte, F.; Lim, M.; Jackson, T. A.; Smirnov, A. V.; Soman, J.; Olson, J. S.; Phillips, G. N.; Wulff, M.; Anfinrud, P. A. Science 2003, 300, 1944-1947.
-
(2003)
Science
, vol.300
, pp. 1944-1947
-
-
Schotte, F.1
Lim, M.2
Jackson, T.A.3
Smirnov, A.V.4
Soman, J.5
Olson, J.S.6
Phillips, G.N.7
Wulff, M.8
Anfinrud, P.A.9
-
10
-
-
0034624691
-
-
Ostermann, A.; Waschipky, R.; Parak, F. G.; Nienhaus, G. U. Nature 2000, 404, 205-208.
-
(2000)
Nature
, vol.404
, pp. 205-208
-
-
Ostermann, A.1
Waschipky, R.2
Parak, F.G.3
Nienhaus, G.U.4
-
13
-
-
0035957014
-
-
Frauenfelder, H.; McMahon, B. H.; Austin, R. H.; Chu, K.; Groves, J. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2370-2374.
-
(2001)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
, vol.98
, pp. 2370-2374
-
-
Frauenfelder, H.1
McMahon, B.H.2
Austin, R.H.3
Chu, K.4
Groves, J.T.5
-
14
-
-
0034708201
-
-
Chu, K.; Vojtchovsky, J.; McMahon, B. H.; Sweet, R. M.; Berendzen, J.; Schlichting, I. Nature 2000, 403, 921-923.
-
(2000)
Nature
, vol.403
, pp. 921-923
-
-
Chu, K.1
Vojtchovsky, J.2
McMahon, B.H.3
Sweet, R.M.4
Berendzen, J.5
Schlichting, I.6
-
15
-
-
2942655520
-
-
Bossa, C.; Anselmi, M.; Roccatano, D.; Amadei, A.; Vallone, B.; Brunori, M.; Di Nola, A. Biophys. J. 2004, 86, 3855-3862.
-
(2004)
Biophys. J
, vol.86
, pp. 3855-3862
-
-
Bossa, C.1
Anselmi, M.2
Roccatano, D.3
Amadei, A.4
Vallone, B.5
Brunori, M.6
Di Nola, A.7
-
16
-
-
69049084556
-
-
Scorciapino, M. A.; Robertazzi, A.; Casu, M.; Ruggerone, P.; Ceccarelli, M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 11825-11832.
-
(2009)
J. Am. Chem. Soc
, vol.131
, pp. 11825-11832
-
-
Scorciapino, M.A.1
Robertazzi, A.2
Casu, M.3
Ruggerone, P.4
Ceccarelli, M.5
-
17
-
-
62449307954
-
-
Tomita, A.; Sato, T.; Ichiyanagi, K.; Nozawa, S.; Ichikawa, H.; Chollet, M.; Kawai, F.; Park, S. Y.; Tsuduki, T.; Yamato, T.; Koshihara, S. y.; Adachi, S. i. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 2612-2616.
-
(2009)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
, vol.106
, pp. 2612-2616
-
-
Tomita, A.1
Sato, T.2
Ichiyanagi, K.3
Nozawa, S.4
Ichikawa, H.5
Chollet, M.6
Kawai, F.7
Park, S.Y.8
Tsuduki, T.9
Yamato, T.10
Koshihara, S.Y.11
Adachi, S.I.12
-
18
-
-
58149142789
-
-
Anedda, R.; Era, B.; Casu, M.; Fais, A.; Ceccarelli, M.; Corda, M.; Ruggerone, P. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 15856-15866.
-
(2008)
J. Phys. Chem. B
, vol.112
, pp. 15856-15866
-
-
Anedda, R.1
Era, B.2
Casu, M.3
Fais, A.4
Ceccarelli, M.5
Corda, M.6
Ruggerone, P.7
-
20
-
-
48249120004
-
-
Ruscio, J. Z.; Kumar, D.; Shukla, M.; Prisant, M. G.; Murali, T. M.; Onufriev, A. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 9204-9209.
-
(2008)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
, vol.105
, pp. 9204-9209
-
-
Ruscio, J.Z.1
Kumar, D.2
Shukla, M.3
Prisant, M.G.4
Murali, T.M.5
Onufriev, A.V.6
-
23
-
-
0001374686
-
-
Geissler, P. L.; Dellago, C.; Chandler, D. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 3706-3710.
-
(1999)
J. Phys. Chem. B
, vol.103
, pp. 3706-3710
-
-
Geissler, P.L.1
Dellago, C.2
Chandler, D.3
-
24
-
-
55949117962
-
-
Ferrario, M, Ciccotti, G, Binder, K, Eds, Springer: New York
-
Vanden-Eijnden, E. In Computer Simulations in Condensed Matter Systems: From Materials to Chemical Biology; Ferrario, M., Ciccotti, G., Binder, K., Eds.; Springer: New York, 2007; Vol. 1, pp 453-493.
-
(2007)
Computer Simulations in Condensed Matter Systems: From Materials to Chemical Biology
, vol.1
, pp. 453-493
-
-
Vanden-Eijnden, E.1
-
25
-
-
33746255471
-
-
Maragliano, L.; Fischer, A.; Vanden-Eijnden, E.; Ciccotti, G. J. Chem. Phys. 2006, 125, 024106-024115.
-
(2006)
J. Chem. Phys
, vol.125
, pp. 024106-024115
-
-
Maragliano, L.1
Fischer, A.2
Vanden-Eijnden, E.3
Ciccotti, G.4
-
26
-
-
0031051369
-
-
Vitkup, D.; Petsko, G. A.; Karplus, M. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 202-208.
-
(1997)
Nat. Struct. Biol
, vol.4
, pp. 202-208
-
-
Vitkup, D.1
Petsko, G.A.2
Karplus, M.3
-
27
-
-
0037054838
-
-
Meuwly, M.; Becker, O. M.; Stote, R.; Karplus, M. Biophys. Chem. 2002, 98, 183-207.
-
(2002)
Biophys. Chem
, vol.98
, pp. 183-207
-
-
Meuwly, M.1
Becker, O.M.2
Stote, R.3
Karplus, M.4
-
28
-
-
7444230904
-
-
Hummer, G.; Schotte, F.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 15330-15334.
-
(2004)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
, vol.101
, pp. 15330-15334
-
-
Hummer, G.1
Schotte, F.2
Anfinrud, P.A.3
-
30
-
-
68949115411
-
-
Monteferrante, M.; Bonella, S.; Meloni, S.; Vanden-Eijnden, E.; Ciccotti, G. Sci. Model. Simul. 2008, 15, 187-206.
-
(2008)
Sci. Model. Simul
, vol.15
, pp. 187-206
-
-
Monteferrante, M.1
Bonella, S.2
Meloni, S.3
Vanden-Eijnden, E.4
Ciccotti, G.5
-
31
-
-
70349602773
-
-
Monteferrante, M.; Bonella, S.; Meloni, S.; Ciccotti, G. Mol. Simul. 2009, 35, 1116-1129.
-
(2009)
Mol. Simul
, vol.35
, pp. 1116-1129
-
-
Monteferrante, M.1
Bonella, S.2
Meloni, S.3
Ciccotti, G.4
-
33
-
-
0036696910
-
-
E, W.; Ren, W.; Vanden-Eijnden, E. Phys. Rev. B 2002, 66, 052301-052305.
-
E, W.; Ren, W.; Vanden-Eijnden, E. Phys. Rev. B 2002, 66, 052301-052305.
-
-
-
-
34
-
-
34247881948
-
-
E, W.; Ren, W.; Vanden-Eijnden, E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 164103-164111.
-
E, W.; Ren, W.; Vanden-Eijnden, E. J. Chem. Phys. 2007, 126, 164103-164111.
-
-
-
-
37
-
-
33748460871
-
-
Cohen, J.; Arkhipova, A.; Braun, R.; Schulten, K. Biophys. J. 2006, 91, 1844-1857.
-
(2006)
Biophys. J
, vol.91
, pp. 1844-1857
-
-
Cohen, J.1
Arkhipova, A.2
Braun, R.3
Schulten, K.4
-
38
-
-
42449132544
-
-
Ceccarelli, M.; Anedda, R.; Casu, M.; Ruggerone, P. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2008, 71, 1231-1236.
-
(2008)
Proteins: Struct., Funct., Genet
, vol.71
, pp. 1231-1236
-
-
Ceccarelli, M.1
Anedda, R.2
Casu, M.3
Ruggerone, P.4
-
39
-
-
33644772083
-
-
Bussi, G.; Laio, A.; Parrinello, M. Phys. Rev. Lett. 2006, 96, 090601.
-
(2006)
Phys. Rev. Lett
, vol.96
, pp. 090601
-
-
Bussi, G.1
Laio, A.2
Parrinello, M.3
-
40
-
-
4243661501
-
-
Carter, E. A.; Ciccotti, G.; Hynes, J. T.; Kapral, R. Chem. Phys. Lett. 1989, 156, 472-477.
-
(1989)
Chem. Phys. Lett
, vol.156
, pp. 472-477
-
-
Carter, E.A.1
Ciccotti, G.2
Hynes, J.T.3
Kapral, R.4
-
41
-
-
24944568819
-
-
Ciccotti, G.; Kapral, R.; Vanden-Eijnden, E. ChemPhysChem 2005, 6, 1809-1814.
-
(2005)
ChemPhysChem
, vol.6
, pp. 1809-1814
-
-
Ciccotti, G.1
Kapral, R.2
Vanden-Eijnden, E.3
-
44
-
-
14444272390
-
-
Cheng, X.; Schoenborn, B. P. Acta Crystallogr., B 1990, 46, 195.
-
(1990)
Acta Crystallogr., B
, vol.46
, pp. 195
-
-
Cheng, X.1
Schoenborn, B.P.2
-
45
-
-
0035144443
-
-
Cottone, G.; Cordone, L.; Ciccotti, G. Biophys. J. 2001, 80, 931-938.
-
(2001)
Biophys. J
, vol.80
, pp. 931-938
-
-
Cottone, G.1
Cordone, L.2
Ciccotti, G.3
-
46
-
-
76149142442
-
-
Melchionna, S.; Cozzini, S. The DLPROTEIN 2.1 Manual; University of Rome La Sapienza: Rome, Italy, 2001.
-
Melchionna, S.; Cozzini, S. The DLPROTEIN 2.1 Manual; University of Rome "La Sapienza": Rome, Italy, 2001.
-
-
-
-
47
-
-
4544257392
-
-
Todorov, I.; Smith, W. Philos. Trans. R. Soc. London, A 2004, 362, 1835-1852.
-
(2004)
Philos. Trans. R. Soc. London, A
, vol.362
, pp. 1835-1852
-
-
Todorov, I.1
Smith, W.2
-
49
-
-
0004016501
-
-
Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935.
-
(1983)
J. Chem. Phys
, vol.79
, pp. 926-935
-
-
Jorgensen, W.L.1
Chandrasekhar, J.2
Madura, J.D.3
Impey, R.W.4
Klein, M.L.5
-
51
-
-
33645961739
-
-
Essmann, U.; Perera, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8593.
-
(1995)
J. Chem. Phys
, vol.103
, pp. 8577-8593
-
-
Essmann, U.1
Perera, L.2
Berkowitz, M.L.3
Darden, T.4
Lee, H.5
Pedersen, L.G.6
-
52
-
-
33646940952
-
-
Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341.
-
(1977)
J. Comput. Phys
, vol.23
, pp. 327-341
-
-
Ryckaert, J.P.1
Ciccotti, G.2
Berendsen, H.J.3
-
53
-
-
84925711387
-
-
Melchionna, S.; Ciccotti, G.; Holian, B. L. Mol. Phys. 1993, 78, 533-544.
-
(1993)
Mol. Phys
, vol.78
, pp. 533-544
-
-
Melchionna, S.1
Ciccotti, G.2
Holian, B.L.3
-
54
-
-
84943502952
-
-
Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268.
-
(1984)
Mol. Phys
, vol.52
, pp. 255-268
-
-
Nosé, S.1
-
56
-
-
0035933983
-
-
Tuckerman, M. E.; Liu, Y.; Ciccotti, G.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 1678-1702.
-
(2001)
J. Chem. Phys
, vol.115
, pp. 1678-1702
-
-
Tuckerman, M.E.1
Liu, Y.2
Ciccotti, G.3
Martyna, G.J.4
-
57
-
-
0029878720
-
-
Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38.
-
(1996)
J. Mol. Graphics
, vol.14
, pp. 33-38
-
-
Humphrey, W.1
Dalke, A.2
Schulten, K.3
-
58
-
-
67849094576
-
-
Kiyota, Y.; Hiraoka, R.; Yoshida, N.; Maruyama, Y.; Imai, T.; Hirata, F. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 3852-3853.
-
(2009)
J. Am. Chem. Soc
, vol.131
, pp. 3852-3853
-
-
Kiyota, Y.1
Hiraoka, R.2
Yoshida, N.3
Maruyama, Y.4
Imai, T.5
Hirata, F.6
-
61
-
-
0035895937
-
-
Scott, E. E.; Gibson, Q. H.; Olson, J. S. J. Biol. Chem. 2001, 276, 5177-5188.
-
(2001)
J. Biol. Chem
, vol.276
, pp. 5177-5188
-
-
Scott, E.E.1
Gibson, Q.H.2
Olson, J.S.3
-
63
-
-
4644277323
-
-
Nishihara, Y.; Sakakura, M.; Kimura, Y.; Terazima, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11877-11888.
-
(2004)
J. Am. Chem. Soc
, vol.126
, pp. 11877-11888
-
-
Nishihara, Y.1
Sakakura, M.2
Kimura, Y.3
Terazima, M.4
-
64
-
-
55949099868
-
-
Vanden-Eijnden, E.; Venturoli, M.; Ciccotti, G.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2008, 129, 174102.
-
(2008)
J. Chem. Phys
, vol.129
, pp. 174102
-
-
Vanden-Eijnden, E.1
Venturoli, M.2
Ciccotti, G.3
Elber, R.4
-
66
-
-
23244457434
-
-
Bossa, C.; Amadei, A.; Daidone, I.; Anselmi, M.; Vallone, B.; Brunori, M.; Di Nola, A. Biophys. J. 2005, 89, 465-474.
-
(2005)
Biophys. J
, vol.89
, pp. 465-474
-
-
Bossa, C.1
Amadei, A.2
Daidone, I.3
Anselmi, M.4
Vallone, B.5
Brunori, M.6
Di Nola, A.7
-
67
-
-
27644490825
-
-
Imai, T.; Hiraoka, R.; Kovalenko, A.; Hirata, F. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15334-15335.
-
(2005)
J. Am. Chem. Soc
, vol.127
, pp. 15334-15335
-
-
Imai, T.1
Hiraoka, R.2
Kovalenko, A.3
Hirata, F.4
-
68
-
-
69349104053
-
-
Goldbeck, R. A.; Pillsbury, M. L.; Jensen, R. A.; Mendoza, J. L.; Nguyen, R. L.; Olson, J. S.; Soman, J.; Kliger, D. S.; Esquerra, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12265-12272.
-
(2009)
J. Am. Chem. Soc
, vol.131
, pp. 12265-12272
-
-
Goldbeck, R.A.1
Pillsbury, M.L.2
Jensen, R.A.3
Mendoza, J.L.4
Nguyen, R.L.5
Olson, J.S.6
Soman, J.7
Kliger, D.S.8
Esquerra, R.M.9
-
69
-
-
35349019194
-
-
Imai, T.; Hiraoka, R.; Seto, T.; Kovalenko, A.; Hirata, F. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 11585-11591.
-
(2007)
J. Phys. Chem. B
, vol.111
, pp. 11585-11591
-
-
Imai, T.1
Hiraoka, R.2
Seto, T.3
Kovalenko, A.4
Hirata, F.5
-
70
-
-
35448953685
-
-
Miller, T. F., III.; Vanden-Eijnden, E.; Chandler, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 14559-6002.
-
(2007)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
, vol.104
, pp. 14559-16002
-
-
Miller III, T.F.1
Vanden-Eijnden, E.2
Chandler, D.3
|