Spherical nucleic acid enhanced FO-SPR DNA melting for detection of mutations in Legionella pneumophila

Analytical Chemistry

Volumn 85, Issue 3, 2013, Pages 1734-1742

  Knez, Karel ^a   Janssen, Kris P F ^a   Spasic, Dragana ^a   Declerck, Priscilla ^a   Vanysacker, Louise ^a   Denis, Carla ^a   Tran, Dinh T ^b   Lammertyn, Jeroen ^a  

^a UNIVERSITY OF LEUVEN   (Belgium)

^b VIETNAM NATIONAL UNIVERSITY OF AGRICULTURE   (Viet Nam)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CLINICAL SAMPLES; DNA DUPLEXES; DNA MELTING; GENETIC MUTATIONS; GENETIC SCREENING; GOLD NANOPARTICLES; HIGH RESOLUTION; HUMAN PATHOGENS; LEGIONELLA PNEUMOPHILA; MOLECULAR DIAGNOSTICS; REAL TIME MONITORING; SANGER SEQUENCING; SEROGROUPS; SINGLE-POINT MUTATION; TARGET SEQUENCES; TEMPERATURE CYCLING;

CHEMICAL DETECTION; DNA; GENE ENCODING; MELTING; POLYMERASE CHAIN REACTION; SENSORS;

SURFACE PLASMON RESONANCE;

BACTERIAL DNA; NUCLEIC ACID;

ARTICLE; DNA DENATURATION; FIBER OPTICS; GENETICS; ISOLATION AND PURIFICATION; LEGIONELLA PNEUMOPHILA; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; MUTATION; NUCLEOTIDE SEQUENCE; SURFACE PLASMON RESONANCE;

BASE SEQUENCE; DNA, BACTERIAL; FIBER OPTIC TECHNOLOGY; LEGIONELLA PNEUMOPHILA; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MUTATION; NUCLEIC ACID DENATURATION; NUCLEIC ACIDS; SURFACE PLASMON RESONANCE;

EID: 84873388106     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac303008f     Document Type: Article

References (48)

1. Heller, M. J. Annu. Rev. Biomed. Eng. 2002, 4, 129
2. Poe, B. L.; Haverstick, D. M.; Landers, J. P. Clin. Chem. 2012, 58, 725
3. Stacey, S. N.; Sulem, P.; Jonasdottir, A.; Masson, G.; Gudmundsson, J.; Gudbjartsson, D. F.; Magnusson, O. T.; Gudjonsson, S. A.; Sigurgeirsson, B.; Thorisdottir, K.; Ragnarsson, R.; Benediktsdottir, K. R.; Nexo, B. A.; Tjonneland, A.; Overvad, K.; Rudnai, P.; Gurzau, E.; Koppova, K.; Hemminki, K.; Corredera, C.; Fuentelsaz, V.; Grasa, P.; Navarrete, S.; Fuertes, F.; Garcia-Prats, M. D.; Sanambrosio, E.; Panadero, A.; De Juan, A.; Garcia, A.; Rivera, F.; Planelles, D.; Soriano, V.; Requena, C.; Aben, K. K.; van Rossum, M. M.; Cremers, R. G. H. M.; van Oort, I. M.; van Spronsen, D. J.; Schalken, J. A.; Peters, W. H. M.; Helfand, B. T.; Donovan, J. L.; Hamdy, F. C.; Badescu, D.; Codreanu, O.; Jinga, M.; Csiki, I. E.; Constantinescu, V.; Badea, P.; Mates, I. N.; Dinu, D. E.; Constantin, A.; Mates, D.; Kristjansdottir, S.; Agnarsson, B. A.; Jonsson, E.; Barkardottir, R. B.; Einarsson, G. V.; Sigurdsson, F.; Moller, P. H.; Stefansson, T.; Valdimarsson, T.; Johannsson, O. T.; Sigurdsson, H.; Jonsson, T.; Jonasson, J. G.; Tryggvadottir, L.; Rice, T.; Hansen, H. M.; Xiao, Y. Y.; Lachance, D. H.; Neill, B. P. O.; Kosel, M. L.; Decker, P. A.; Thorleifsson, G.; Johannsdottir, H.; Helgadottir, H. T.; Sigurdsson, A.; Steinthorsdottir, V.; Lindblom, A.; Sandler, R. S.; Keku, T. O.; Banasik, K.; Jorgensen, T.; Witte, D. R.; Hansen, T.; Pedersen, O.; Jinga, V.; Neal, D. E.; Catalona, W. J.; Wrensch, M.; Wiencke, J.; Jenkins, R. B.; Nagore, E.; Vogel, U.; Kiemeney, L. A.; Kumar, R.; Mayordomo, J. I.; Olafsson, J. H.; Kong, A. Nat. Genet. 2011, 43, 1098
4. Tuupanen, S.; Turunen, M.; Lehtonen, R.; Hallikas, O.; Vanharanta, S.; Kivioja, T.; Bjorklund, M.; Wei, G. H.; Yan, J.; Niittymaki, I.; Mecklin, J. P.; Jarvinen, H.; Ristimaki, A.; Di-Bernardo, M.; East, P.; Carvajal-Carmona, L.; Houlston, R. S.; Tomlinson, I.; Palin, K.; Ukkonen, E.; Karhu, A.; Taipale, J.; Aaltonen, L. A. Nat. Genet. 2009, 41, 885
5. Dalemans, W.; Barbry, P.; Champigny, G.; Jallat, S.; Dott, K.; Dreyer, D.; Crystal, R. G.; Pavirani, A.; Lecocq, J. P.; Lazdunski, M. Nature 1991, 354, 526
6. Levy, D. D.; Sharma, B.; Cebula, T. A. Antimicrob. Agents Chemother. 2004, 48, 2355
7. Srinivas, P. R.; Kramer, B. S.; Srivastava, S. Lancet Oncol. 2001, 2, 698
8. Engle, L. J.; Simpson, C. L.; Landers, J. E. Oncogene 2006, 25, 1594
9. Behets, J.; Declerck, P.; Delaedt, Y.; Creemers, B.; Ollevier, F. J. Microbiol. Methods 2007, 68, 137
10. Martinelli, F.; Caruso, A.; Moschini, L.; Turano, A.; Scarcella, C.; Speziani, F. Curr. Microbiol. 2000, 41, 374
11. Ditommaso, S.; Giacomuzzi, M.; Gentile, M.; Moiraghi, A. R.; Zotti, C. M. Am. J. Infect. Control 2010, 38, 344
12. Fields, B. S.; Benson, R. F.; Besser, R. E. Clin. Microbiol. Rev. 2002, 15, 506
13. Imamovic, L.; Balleste, E.; Jofre, J.; Muniesa, M. Appl. Environ. Microbiol. 2010, 76, 5693
14. Zemanick, E. T.; Wagner, B. D.; Sagel, S. D.; Stevens, M. J.; Accurso, F. J.; Harris, J. K. PloS One 2010, 5, e15101
15. Smith, C. J.; Osborn, A. M. FEMS Microbiol. Ecol. 2009, 67, 6
16. Costa, J.; Tiago, I.; da Costa, M. S.; Verissimo, A. Environ. Microbiol. 2010, 12, 2711
17. Morozova, I.; Qu, X. Y.; Shi, S. D.; Asamani, G.; Greenberg, J. E.; Shuman, H. A.; Russo, J. J. Plasmid 2004, 51, 127
18. Ko, K. S.; Miyamoto, H.; Lee, H. K.; Park, M. Y.; Fukuda, K.; Park, B. J.; Kook, Y. H. Clin. Microbiol. Infect. 2006, 12, 254
19. Suss, B.; Flekna, G.; Wagner, M.; Hein, I. J. Microbiol. Methods 2009, 76, 316
20. Holt, K. E.; Parkhill, J.; Mazzoni, C. J.; Roumagnac, P.; Weill, F.-X.; Goodhead, I.; Rance, R.; Baker, S.; Maskell, D. J.; Wain, J.; Dolecek, C.; Achtman, M.; Dougan, G. Nat. Genet. 2008, 40, 987
21. Gresham, D.; Ruderfer, D. M.; Pratt, S. C.; Schacherer, J.; Dunham, M. J.; Botstein, D.; Kruglyak, L. Science 2006, 311, 1932
22. Peterson, A. W.; Wolf, L. K.; Georgiadis, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14601
23. Milkani, E.; Morais, S.; Lambert, C. R.; McGimpsey, W. G. Biosens. Bioelectron. 2010, 25, 1217
24. Knez, K.; Janssen, K. P.; Pollet, J.; Spasic, D.; Lammertyn, J. Small 2012, 8, 868
25. Du, H.; Strohsahl, C. M.; Camera, J.; Miller, B. L.; Krauss, T. D. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 7932
26. Pingel, J.; Buhot, A.; Calemczuk, R.; Livache, T. Biosens. Bioelectron. 2012, 31, 554
27. Crews, N.; Ameel, T.; Wittwer, C.; Gale, B. Lab Chip 2008, 8, 1922
28. Cisse, I. I.; Kim, H.; Ha, T. Nat. Struct Mol. Biol. 2012, 19, 623
29. Crews, N.; Wittwer, C. T.; Montgomery, J.; Pryor, R.; Gale, B. Anal. Chem. 2009, 81, 2053
30. Lytton-Jean, A. K. R.; Mirkin, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12754
31. Oh, J. H.; Lee, J. S. Anal. Chem. 2011, 83, 7364
32. Cutler, J. I.; Auyeung, E.; Mirkin, C. A. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 1376
33. Fiche, J. B.; Buhot, A.; Calemczuk, R.; Livache, T. Biophys. J. 2007, 92, 935
34. Janssen, K. P.; Knez, K.; Vanysacker, L.; Schrooten, J.; Spasic, D.; Lammertyn, J. Nanotechnology 2012, 23, 235503
35. Yanez, M. A.; Carrasco-Serrano, C.; Barbera, V. M.; Catalan, V. Appl. Environ. Microbiol. 2005, 71, 3433
36. Pollet, J.; Delport, F.; Janssen, K. P.; Jans, K.; Maes, G.; Pfeiffer, H.; Wevers, M.; Lammertyn, J. Biosens. Bioelectron. 2009, 25, 864
37. Delport, F.; Pollet, J.; Janssen, K.; Verbruggen, B.; Knez, K.; Spasic, D.; Lammertyn, J. Nanotechnology 2012, 23, 065503
38. Johnson, M.; Zaretskaya, I.; Raytselis, Y.; Merezhuk, Y.; McGinnis, S.; Madden, T. L. Nucleic Acids Res. 2008, 36, W5
39. Bru, D.; Martin-Laurent, F.; Philippot, L. Appl. Environ. Microbiol. 2008, 74, 1660
40. Newton, C. R.; Graham, A.; Heptinstall, L. E.; Powell, S. J.; Summers, C.; Kalsheker, N.; Smith, J. C.; Markham, A. F. Nucleic Acids Res. 1989, 17, 2503
41. Wu, D. Y.; Ugozzoli, L.; Pal, B. K.; Wallace, R. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 2757
42. Wu, J. H.; Hong, P. Y.; Liu, W. T. J. Microbiol. Methods 2009, 77, 267
43. Dwight, Z.; Palais, R.; Wittwer, C. T. Bioinformatics 2011, 27, 1019
44. Jepras, R. I.; Fitzgeorge, R. B.; Baskerville, A. J. Hygiene 1985, 95, 29
45. Gundry, C. N.; Dobrowolski, S. F.; Martin, Y. R.; Robbins, T. C.; Nay, L. M.; Boyd, N.; Coyne, T.; Wall, M. D.; Wittwer, C. T.; Teng, D. H. F. Nucleic Acids Res. 2008, 36, 3401
46. Kwon, M. J.; Lee, J.; Wark, A. W.; Lee, H. J. Anal. Chem. 2012, 84, 1702
47. Thompson, D. G.; Enright, A.; Faulds, K.; Smith, W. E.; Graham, D. Anal. Chem. 2008, 80, 2805
48. Fiche, J. B.; Fuchs, J.; Buhot, A.; Calemczuk, R.; Livache, T. Anal. Chem. 2008, 80, 1049