Modeling complex biological systems: From solution chemistry to membranes and channels

Pure and Applied Chemistry

Volumn 85, Issue 1, 2013, Pages 1-13

  Laurent, Benoist ^a   Murail, Samuel ^a   Da Silva, Franck ^a   Corringer, Pierre Jean ^b   Baaden, Marc ^a  

^a France   (France)

^b INSTITUT PASTEUR   (France)

Author keywords

Biomolecular chemistry; Cys loop receptors; Membranes; Molecular dynamics; Solution chemistry

Indexed keywords

ATOMISTIC LEVELS; BIOMOLECULAR CHEMISTRY; COMPLEX BIOLOGICAL SYSTEMS; COMPLEX SOLUTION; CYS-LOOP RECEPTORS; FLUID MEMBRANE; ION CHANNEL; LIGAND-GATED ION CHANNELS; MODELING APPROACH; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; SOLUTION CHEMISTRY;

HYDRAULIC GATES; MEMBRANES; MOLECULAR DYNAMICS;

BIOLOGICAL SYSTEMS;

EID: 84873038692     PISSN: 00334545     EISSN: 13653075     Source Type: Journal    
DOI: 10.1351/PAC-CON-12-04-10     Document Type: Article

References (68)

1. S. R. McGuffee, A. H. Elcock. PLoS Comput. Biol. 6, e1000694 (2010).
2. A. W. Dalziel, E. S. Rollins, M. G. McNamee. FEBS Lett. 122, 193 (1980).
3. N. Bocquet, H. Nury, M. Baaden, C. Le Poupon, J. P. Changeux, M. Delarue, P. J. Corringer. Nature 457, 111 (2009).
4. R. J. Hilf, R. Dutzler. Nature 457, 115 (2009).
5. N. Bocquet, L. Prado de Carvalho, J. Cartaud, J. Neyton, C. Le Poupon, A. Taly, T. Grutter, J. P. Changeux, P. J. Corringer. Nature 445, 116 (2007).
6. R. E. Hibbs, E. Gouaux. Nature 474, 54 (2011).
7. Y. Weng, L. Yang, P. J. Corringer, J. M. Sonner. Anesth. Analg. 110, 59 (2010).
8. R. J. Howard, S. Murail, K. E. Ondricek, P. J. Corringer, E. Lindahl, J. R. Trudell, R. A. Harris. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 108, 12149 (2011).
9. H. Nury, F. Poitevin, C. Van Renterghem, J. P. Changeux, P. J. Corringer, M. Delarue, M. Baaden. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107, 6275 (2010).
10. F. Zhu, G. Hummer. Biophys. J. 97, 2456 (2009).
11. F. Zhu, G. Hummer. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107, 19814 (2010).
12. G. van Meer, D. R. Voelker, G. W. Feigenson. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 9, 112 (2008).
13. T. J. Piggot, D. A. Holdbrook, S. Khalid. J. Phys. Chem. B 115, 13381 (2011).
14. W. G. Wood, M. Cornwell, L. S. Williamson. J. Lipid Res. 30, 775 (1989).
15. A. Shevchenko, K. Simons. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 11, 593 (2010).
16. H. Alex Brown. Curr. Opin. Chem. Biol. 16, 221 (2012).
17. J. Gumbart, F. Khalili-Araghi, M. Sotomayor, B. Roux. Biochim. Biophys. Acta 1818, 294 (2012).
18. J. N. Sachs, P. S. Crozier, T. B. Woolf. J. Chem. Phys. 121, 10847 (2004).
19. C. Kutzner, H. Grubmuller, B. L. de Groot, U. Zachariae. Biophys. J. 101, 809 (2011).
20. S. J. Lee, Y. Song, N. A. Baker. Biophys. J. 94, 3565 (2008).
21. F. E. Herrera, S. Pantano. J. Chem. Phys. 130, 195105 (2009).
22. D. Bostick, M. L. Berkowitz. Biophys. J. 85, 97 (2003).
23. M. Baaden, M. Burgard, G. Wipff. J. Phys. Chem. B 105, 11131 (2001).
24. S. Murail, B. Wallner, J. R. Trudell, E. Bertaccini, E. Lindahl. Biophys. J. 100, 1642 (2011).
25. M. H. Cheng, R. D. Coalson, P. Tang. J. Am. Chem. Soc. 132, 16442 (2010).
26. D. Willenbring, L. T. Liu, D. Mowrey, Y. Xu, P. Tang. Biophys. J. 101, 1905 (2011).
27. C. Tanford, J. G. Kirkwood. J. Am. Chem. Soc. 79, 5333 (1957).
28. F. Fogolari, A. Brigo, H. Molinari. J. Mol. Recognit. 15, 377 (2002).
29. N. A. Baker, D. Sept, S. Joseph, M. J. Holst, J. A. McCammon. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 10037 (2001).
30. J. E. Nielsen, K. V. Andersen, B. Honig, R. W. Hooft, G. Klebe, G. Vriend, R. C. Wade. Protein Eng. 12, 657 (1999).
31. E. G. Alexov, M. R. Gunner. Biophys. J. 72, 2075 (1997).
32. S. Donnini, F. Tegeler, G. Groenhof, H. Grubmuller. J. Chem. Theory Comput. 7, 1962 (2011).
33. S. L. Williams, P. G. Blachly, J. A. McCammon. Proteins 79, 3381 (2011).
34. Y. Meng, A. E. Roitberg. J. Chem. Theory Comput. 6, 1401 (2010).
35. H. Li, A. D. Robertson, J. H. Jensen. Proteins 61, 704 (2005).
36. D. C. Bas, D. M. Rogers, J. H. Jensen. Proteins 73, 765 (2008).
37. E. Krieger, G. Koraimann, G. Vriend. Proteins 47, 393 (2002).
38. E. Krieger, J. E. Nielsen, C. A. Spronk, G. Vriend. J. Mol. Graphics Model. 25, 481 (2006).
39. O. Beckstein, P. C. Biggin, M. S. P. Sansom. J. Phys. Chem. B 105, 12902 (2001).
40. O. Beckstein, M. S. Sansom. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 100, 7063 (2003).
41. A. Anishkin, S. Sukharev. Biophys. J. 86, 2883 (2004).
42. A. Anishkin, B. Akitake, K. Kamaraju, C. S. Chiang, S. Sukharev. J. Phys.: Condens. Matter 22, 454120 (2010).
43. R. Roth, D. Gillespie, W. Nonner, R. E. Eisenberg. Biophys. J. 94, 4282 (2008).
44. D. N. Lebard, J. Henin, R. G. Eckenhoff, M. L. Klein, G. Brannigan. PLoS Comput. Biol. 8, e1002532 (2012).
45. F. Zhu, G. Hummer. Biophys. J. 103, 219 (2012).
46. D. E. Shaw, P. Maragakis, K. Lindorff-Larsen, S. Piana, R. O. Dror, M. P. Eastwood, J. A. Bank, J. M. Jumper, J. K. Salmon, Y. Shan, W. Wriggers. Science 330, 341 (2010).
47. D. M. Zuckerman. Annu. Rev. Biophys. 40, 41 (2011).
48. S. Chakrapani, A. Auerbach. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102, 87 (2005).
49. H. Nury, C. Van Renterghem, Y. Weng, A. Tran, M. Baaden, V. Dufresne, J. P. Changeux, J. M. Sonner, M. Delarue, P. J. Corringer. Nature 469, 428 (2011).
50. Q. Chen, M. H. Cheng, Y. Xu, P. Tang. Biophys. J. 99, 1801 (2010).
51. G. Brannigan, D. N. LeBard, J. Henin, R. G. Eckenhoff, M. L. Klein. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 107, 14122 (2010).
52. R. J. Hilf, C. Bertozzi, I. Zimmermann, A. Reiter, D. Trauner, R. Dutzler. Nat. Struct. Mol. Biol. 17, 1330 (2010).
53. T. A. Soares, T. P. Straatsma. Mol. Simul. 34, 295 (2008).
54. D. L. Parton, J. W. Klingelhoefer, M. S. Sansom. Biophys. J. 101, 691 (2011).
55. F. J. de Meyer, J. M. Rodgers, T. F. Willems, B. Smit. Biophys. J. 99, 3629 (2010).
56. B. Hess. Phys. Rev. E 62, 8438 (2000).
57. J. D. Faraldo-Gomez, L. R. Forrest, M. Baaden, P. J. Bond, C. Domene, G. Patargias, J. Cuthbertson, M. S. Sansom. Proteins 57, 783 (2004).
58. A. Grossfield, S. E. Feller, M. C. Pitman. Proteins 67, 31 (2007).
59. A. Grossfield, D. M. Zuckerman. Annu. Rep. Comput. Chem. 5, 23 (2009).
60. X. Zhang, D. Bhatt, D. M. Zuckerman. J. Chem. Theory Comput. 6, 3048 (2010).
61. F. Zhu, G. Hummer. J. Comput. Chem. 33, 453 (2012).
62. L. Darré, A. Tek, M. Baaden, S. Pantano. J. Chem. Theory Comput. 8, 3880 (2012).
63. P. M. Kasson, E. Lindahl, V. S. Pande. PLoS Comput. Biol. 6, e1000829 (2010).
64. H. J. Risselada, H. Grubmuller. Curr. Opin. Struct. Biol. 22, 187 (2012).
65. A. Arkhipov, W. H. Roos, G. J. Wuite, K. Schulten. Biophys. J. 97, 2061 (2009).
66. P. L. Freddolino, A. S. Arkhipov, S. B. Larson, A. McPherson, K. Schulten. Structure 14, 437 (2006).
67. E. R. May, C. L. Brooks III. J. Phys. Chem. B 116, 8604 (2012).
68. W. H. Roos, I. Gertsman, E. R. May, C. L. Brooks III, J. E. Johnson, G. J. Wuite. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 109, 2342 (2012).