Molecular modeling of bioactive neuropeptides: Substrates of angiotensin I-converting enzyme

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 112, Issue 20, 2012, Pages 3414-3420

  Dos Santos, Luísa Silva Nangi ^a   Sonoda, Milton Taidi ^a   Gomes, Roseli Aparecida Da Silva ^a   Abrahão Jr , Odonírio ^a  

^a FEDERAL UNIVERSITY OF TRIÂNGULO MINEIRO   (Brazil)

Author keywords

angiotensin I converting enzyme; angiotensin (1 7); clustering analysis; conformational analysis; molecular dynamics; molecular modeling; Monte Carlo; neurotensin; substance P

Indexed keywords

ANGIOTENSIN I-CONVERTING ENZYME; ANGIOTENSIN-(1-7); CLUSTERING ANALYSIS; CONFORMATIONAL ANALYSIS; MONTE CARLO; NEUROTENSIN; SUBSTANCE-P;

CHLORINE COMPOUNDS; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; ENZYMES; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR MODELING; MOLECULAR RECOGNITION;

PEPTIDES;

EID: 84872917778     PISSN: 00207608     EISSN: 1097461X     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/qua.24276     Document Type: Article

References (42)

1. C. R. Esther, Jr., E. M. Marino, K. E. Bernstein, Trends Endocrinol. Metab. 1997, 8, 181.
2. K. R. Acharya, E. D. Sturrock, J. F. Riordan, M. R. W. Ehlers, Nat. Rev. Drug Discov. 2003, 2, 891.
3. R. A. Skidgel, E. G. Erdos, Peptides 2004, 25, 521.
4. C. B. Nemeroff, Biol. Psychiatry 1980, 15, 283.
5. L. H. Lindstrom, E. Widerlov, G. Bissette, C. B. Nemeroff, Schizophr. Res. 1988, 1, 55.
6. B. M. Tyler-McMahon, M. Boules, E. Richelson, Regul. Peptides 2000, 93, 125.
7. S. Harrison, P. Geppetti, Int. J. Biochem. Cell B. 2001, 33, 555.
8. P. V. Dicpinigaitis, Chest 2006, 129, 169S.
9. M. De Mos, F. J. P. M. Huygen, B. H. C. Stricker, J. P. Dieleman, M. C. J. M. Sturkenboom, Pain 2009, 142, 218.
10. P. A. Deddish, B. Marcic, H. L. Jackman, H. Z. Wang, R. A. Skidgel, E. G. Erdös, Hypertension 1998, 31, 912.
11. R. A. S. Santos, M. J. Campagnole-Santos, S. P. Andrade, Regul. Peptides 2000, 91, 45.
12. R. A. S. Gomes, L. G. V. L. Teodoro, I. C. R. Lopes, P. A. Bersanetti, A. K. Carmona, V. Hial, Arq. Bras. Cardiol. 2008, 91, 156.
13. X. Wang, S. Wu, D. Xu, D. Xie, H. Guo, J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 1074.
14. J. Einsiedel, H. Hübner, M. Hervet, S. Härterich, S. Koschatzky, P. Gmeiner, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008, 18, 2013.
15. R. Bergmann, M. Scheunemann, C. Heichert, P. Mäding, H. Wittrisch, M. Kretzschmar, H. Rodig, D. Tourwé, K. Iterbeke, K. Chavatte, D. Zips, J. C. Reubi, B. Johannsen, Nucl. Med. Biol. 2002, 29, 61.
16. G. Bitan, I. Zeltser, G. Byk, D. Halle, Y. Mashriki, E. V. Gluhov, I. Sukhotinsky, M. Hanani, Z. Selinger, C. Gilon, J. Pept. Sci. 1996, 2, 261.
17. S. Sagan, J. Quancard, O. Lequin, P. Karoyan, G. Chassaing, S. Lavielle, Chem. Biol. 2005, 12, 555.
18. MacroModel: Reference Manual, Version 9.7; Schrodinger, LLC: New York, NY, 2009.
19. MacroModel: User Manual, Version 9.7; Schrodinger, LLC: New York, NY, 2009.
20. G. A. Kaminski, R. A. Friesner, J. Tirado-Rives, W. L. Jorgensen, J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474.
21. G. Chang, W. C. Guida, W. C. Still, J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 4379.
22. M. Saunders, K. N. Houk, Y. D. Wu, W. C. Still, M. Lipton, G. Chang, W. C. Guida, J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 1419.
23. I. Kolossváry, W. C. Guida, J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 5011.
24. I. Lula, A. L. Denadai, J. M. Resende, F. B. de Sousa, G. F. de Lima, D. Pilo-Veloso, T. Heine, H. A. Duarte, R. A. S. Santos, R. D. Sinisterra, Peptides 2007, 28, 2199.
25. D. A. Case, T. E. Cheatham III, T. Darden, H. Gohlke, R. Luo, K. M. Merz Jr., A. Onufriev, C. Simmerling, B. Wang, R. J. Woods, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668.
26. J. J. P. Stewart, Int. J. Quantum Chem. 1996, 58, 133.
27. M. J. S. Dewar, A. J. Holder, R. D. Dennington II, D. A. Liotard, D. G. Truhlar, T. A. Keith, J. M. Millam, C. D. Harris, AMPAC User Manual; Semichem: Shawnee (KS), Estados Unidos, 2009.
28. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, J. A. Pople, Gaussian 03, Revision E.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2005.
29. D. van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, A. R. van Buuren, E. Apol, P. J. Meulenhoff, D. P. Tieleman, A. L. T. M. Sijbers, K. A. Feenstra, R. van Drunen, H. J. C. Berendsen, Gromacs User Manual version 4.5.4, Available at: www.gromacs.org, 2010.
30. H. Bekker, H. J. C. Berendsen, E. J. Dijkstra, S. Achterop, R. van Drunen, D. van der Spoel, A. Sijbers, H. Keegstra, B. Reitsma, M. K. R. Renardus, In Physics Computing 92;, R. A. de Groot, J. Nadrchal, Eds.; World Scientific: Singapore, 1993.
31. H. J. C. Berendsen, D. van der Spoel, R. van Drunen, Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43.
32. E. Lindahl, B. Hess, D. van der Spoel, J. Mol. Model. 2001, 7, 306.
33. D. van der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark, H. J. C. Berendsen, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701.
34. B. Hess, C. Kutzner, D. van der Spoel, E. Lindahl, J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435.
35. D. Shortle, K. T. Simons, D. Baker, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 11158.
36. H. Heise, S. Luca, B. L. de Groot, H. Grubmüller, M. Baldus, Biophys. J. 2005, 89, 2113.
37. J. K. Young, C. Anklin, R. P. Hicks, Biopolymers 1994, 34, 1449.
38. F. J. Corcho, J. Canto, J. J. Perez, J. Comput. Chem. 2004, 25, 1937.
39. G. Chassaing, O. Convert, S. Lavielle, Eur. J. Biochem. 1986, 154, 77.
40. P. A. Bersanetti, M. C. Andrade, D. E. Casarini, M. A. Juliano, A. T. Nchinda, E. D. Sturrock, L. Juliano, A. K. Carmona, Biochemistry 2004, 43, 15729.
41. A. Michaud, M. T. Chauvet, P. Corvol, Biochem. Pharmacol. 1999, 57, 611.
42. E. F. Pettersen, T. D. Goddard, C. C. Huang, G. S. Couch, D. M. Greenblatt, E. C. Meng, T. E. Ferrin,. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1605.