Molecular dynamic studies of transportan interacting with a DPPC lipid bilayer

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 117, Issue 1, 2013, Pages 230-241

  Pourmousa, Mohsen ^a   Wong Ekkabut, Jirasak ^b   Patra, Michael ^c   Karttunen, Mikko ^d  

^a UNIVERSITY OF WESTERN ONTARIO   (Canada)

^b KASETSART UNIVERSITY   (Thailand)

^c LUND UNIVERSITY   (Sweden)

^d UNIVERSITY OF WATERLOO   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CELL MEMBRANES; DRUG DELIVERY; LIPID BILAYERS; MOLECULAR DYNAMICS;

ANTIMICROBIAL PEPTIDE; BI-LAYER; CELL-PENETRATING PEPTIDE; CELLULAR MEMBRANES; ENERGY PROFILE; LARGE-SCALE MOLECULAR DYNAMICS; LYSINE RESIDUES; PENETRATION MECHANISMS; PENETRATION PROCESS; PHYSICAL MECHANISM;

PEPTIDES;

EID: 84872340895     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp310255r     Document Type: Article

References (62)

1. Zorko, M.; Langel, Ü. Adv. Drug Delivery Rev. 2005, 57, 529-545
2. El-Andaloussi, E.; Holm, T.; Langel, Ü. Curr. Pharm. Des. 2005, 11, 529-545
3. Almeida, P. F.; Pokorny, A. Biochemistry 2009, 48, 8083-8093
4. ViveÌs, E.; Richard, J. P.; Rispal, C.; Lebleu, B. Curr. Protein Pept. Sci. 2003, 4, 13-20
5. Leifert, J. A.; Whitton, J. L. Mol. Ther. 2003, 8, 13-20
6. Taylor, C. T.; Furuta, G. T.; Synnestvedt, K.; Colgan, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 12091-12096
7. Ehrenstein, G.; Lehar, H. Q. Rev. Biophys. 1977, 10, 1-34
8. Matsuzaki, K.; Murase, O.; Fujii, N.; Miyajima, K. Biochemistry 1996, 35, 11361-11368
9. Yandek, L. E.; Pokorny, A.; Florén, A.; Knoelke, K.; Langel, Ü.; Almeida, P. F. Biophys. J. 2007, 92, 2434-2444
10. Derossi, D.; Calvet, S.; Trembleau, A.; Brunissen, A.; Chassaing, G.; Prochiantz, A. J. Biol. Chem. 1996, 271, 18188-18193
11. Drin, G.; Cottin, S.; Blanc, E.; Rees, A. R.; Temsamani, J. J. Biol. Chem. 2003, 278, 31192-31201
12. Yesylevskyy, S.; Marrink, S. J.; Mark, A. E. Biophys. J. 2009, 97, 40-49
13. Schwarze, S. R.; Hruska, K. A.; Dowdy, S. F. Trends. Cell Biol. 2000, 10, 290-295
14. Langel, Ü.; Pooga, M.; Kairane, C.; Zilmer, M.; Bartfai, T. Regul. Pept. 1996, 62, 47-52
15. Land, T.; Langel, O.; Löw, M.; Berthold, M.; Undén, A.; Bartfai, T. Int. J. Pept. Protein Res. 1991, 38, 267-272
16. Higashijima, T.; S., U.; Nakajima, T.; Ross, E. M. J. Biol. Chem. 1988, 263, 6491-6494
17. Dunkin, C. M.; Pokorny, A.; Almeida, P. F.; Lee, H. S. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 1188-1198
18. Soomets, U.; Lindgren, M.; Gallet, X.; Hällbrink, M.; Elmquist, A.; Balaspiri, L.; Zorko, M.; Pooga, M.; Brasseur, R.; Langel, Ü. Biochim. Biophys. Acta 2000, 1467, 165-176
19. Barany-Wallje, E.; Andersson, A.; Gräslund, A.; Maler, L. FEBS Lett. 2004, 567, 265-269
20. Barany-Wallje, E.; Andersson, A.; Gräslund, A.; Maler, L. J. Biomol. NMR 2006, 35, 137-147
21. Pooga, M.; Hallbrink, M.; Zorko, M.; Langel, Ü. FASEB J. 1998, 12, 67-77
22. Lindberg, M.; Jarvet, J.; Langel, Ü.; Gräslund, A. Biochemistry 2001, 40, 3141-3149
23. Chugh, A.; Eudes, F. J. Pept. Sci. 2008, 14, 477-481
24. Lensink, M. F.; Christiaens, B.; Vandekerckhove., J.; Prochiantz, A.; M., R. Biophys. J. 2005, 88, 939-952
25. Sengupta, D.; Leontiadou, H.; Mark, A. E.; Marrink, S. J. Biochim. Biophys. Acta 2008, 1778, 2308-2317
26. Leontiadou, H.; Mark, A. E.; Marrink, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12156-12161
27. Herce, H. D.; Garcia, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 20805-20810
28. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-477
29. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvönen, M. T.; Falck, E.; Vattulainen, I. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4485-4494
30. Berger, O.; Edholm, O.; Jahnig, F. Biophys. J. 1997, 72, 2002-2013
31. van Buuren, A. R.; Marrink, S. J.; Berendsen, H. J. C. J. Phys. Chem. 1993, 97, 9206-9212
32. Mark, A. E.; van Helden, S. P.; Smith, P. E.; Janssen, L. H. M.; van Gunsteren, W. F. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6293-6302
33. Cino, E.; Choy, W. Y.; Karttunen, M. J. Chem. Theory Comput. 2012, 8, 2725-2740
34. Wong-Ekkabut, J.; Karttunen, M. J. Chem. Theory Comput. 2012, 2905-2911
35. Kukol, A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 615-626
36. Ulmschneider, J. P.; B., U. M. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1803-1813
37. Poger, D.; van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. J. Comput. Chem. 2009, 31, 1117-1125
38. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. In Intermolecular Forces; Pullman, B., Ed.; Reidel: Dordrecht, The Netherlands, 1981; p 331.
39. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
40. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
41. Patra, M.; Karttunen, M.; Hyvönen, M. T.; Falck, E.; Lindqvist, P.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2003, 84, 3636-3645
42. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
43. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199
44. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
45. Murzyn, K.; Zhao, W.; Karttunen, M.; Róg, T. Biointerfaces 2006, 1, 98-105
46. Guardia, E.; Marti, J.; Garcia-Tarres, L.; Laria, D. J. Mol. Liq. 2005, 117, 63-67
47. Luzar, A.; Chandler, D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 8160-8173
48. Kupiainen, M.; Falck, E.; Ollila, S.; Niemelä, P. S.; Gurtovenko, A. A.; Hyvönen, M. T.; Patra, M.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. J. Comput. Theor. Nanosci. 2005, 2, 401-413
49. Wender, P. A.; Mitchell, D. J.; Pattabiraman, K.; Pelkey, E. T.; Sterinman, L.; Rothbard, J. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13003-13008
50. Yang, L.; Gordon, V. D.; Trinkle, D. R.; Schmidt, N. W.; Davis, M. A.; DeVries, C.; Som, A.; Cronan, J. E., Jr.; Tew, G. N.; Wong, G. C. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 20595-20600
51. Lee, B. W.; Faller, R.; Sum, A. K.; Vattulainen, I.; Patra, M.; Karttunen, M. Fluid Phase Equilib. 2004, 225, 63-68
52. Nagle, J. F.; Zhang, R.; Tristram-Nagle, S.; Sun, W.; Petrache, H. I.; Suter, R. M. Biophys. J. 1996, 70, 1419-1431
53. Robinson, A.; Richards, W. G.; Thomas, P. J.; Hann, M. M. Biophys. J. 1995, 68, 164-170
54. Davis, J. H. Biochim. Biophys. Acta 1983, 737, 117-171
55. Douliez, J. P.; Leonard, A.; Dufourc, E. J. Biophys. J. 1995, 68, 1727-1739
56. Patra, M.; Salonen, E.; Terama, E.; Vattulainen, I.; Faller, R.; Lee, B. W.; Holopainen, J.; Karttunen, M. Biophys. J. 2006, 90, 1121-1135
57. Bachar, M.; Becker, O. M. Biophys. J. 2000, 78, 1359-1375
58. Vattulainen, I.; Gurtovenko, A. A. Biophys. J. 2007, 92, 1878-1890
59. Chen, F.-Y.; Lee, M.-T.; Huang, H. W. Biophys. J. 2003, 84, 3751-3758
60. Eyring, H. J. Chem. Phys. 1935, 3, 107-115
61. Evans, M. G.; Polanyi, M. Trans. Faraday Soc. 1935, 31, 875-894
62. Sapay, N.; Bennett, W. F. D.; Tieleman, D. P. Soft Matter 2009, 5, 3295-3302