Rapid and label-free monitoring of exonuclease III-assisted target recycling amplification

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 24, 2012, Pages 10845-10851

  Xu, Qinfeng ^a   Cao, Anping ^a   Zhang, Ling Fei ^a,b   Zhang, Chun Yang ^a  

^a SHENZHEN INSTITUTES OF ADVANCED TECHNOLOGY   (China)

^b Weihai Municipal Center for Disease Control and Prevention   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

2-AMINOPURINE; APTAMERS; DOUBLE-STRANDED DNA (DS-DNA); EXONUCLEASE; HIGH SENSITIVITY; HYBRIDIZATION ASSAY; INHERENT LIMITATIONS; LABEL FREE; LABEL-FREE APPROACH; LABEL-FREE MONITORING; MULTIPLEXED DETECTION; NUCLEOTIDE ANALOGUES; SENSITIVE DETECTION; SMALL MOLECULES;

DNA; PROBES; PROTEINS; RNA;

RECYCLING;

EXODEOXYRIBONUCLEASE; EXODEOXYRIBONUCLEASE III;

ARTICLE; GENE TARGETING; GENETICS; METHODOLOGY; TIME;

EXODEOXYRIBONUCLEASES; GENE TARGETING; TIME FACTORS;

EID: 84871275124     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac303095z     Document Type: Article

References (56)

1. Li, J. W. J.; Chu, Y. Z.; Lee, B. Y. H.; Xie, X. L. S. Nucleic Acids Res. 2008, 36, e36
2. Goodrich, T. T.; Lee, H. J.; Corn, R. M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4086-4087
3. Goodrich, T. T.; Lee, H. J.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2004, 76, 6173-6178
4. Narita, A.; Ogawa, K.; Sando, S.; Aoyama, Y. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 2879-2883
5. Kim, J. H.; Chung, B. H. Small 2010, 6, 126-131
6. Ogawa, A. ChemBioChem 2011, 12, 881-885
7. Kiesling, T.; Cox, K.; Davidson, E. A.; Dretchen, K.; Grater, G.; Hibbard, S.; Lasken, R. S.; Leshin, J.; Skowronski, E.; Danielsen, M. Nucleic Acids Res. 2007, 35, e117
8. Nakayama, S.; Yan, L.; Sintim, H. O. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 12560-12561
9. Zou, B. J.; Ma, Y. J.; Wu, H. P.; Zhou, G. H. Angew. Chem., Int. Ed. 2011, 50, 7395-7398
10. Xu, W.; Xue, X. J.; Li, T. H.; Zeng, H. Q.; Liu, X. G. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 6849-6852
11. Lyamichev, V.; Mast, A. L.; Hall, J. G.; Prudent, J. R.; Kaiser, M. W.; Takova, T.; Kwiatkowski, R. W.; Sander, T. J.; de Arruda, M.; Arco, D. A.; Neri, B. P.; Brow, M. A. D. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 292-296
12. Hall, J. G.; Eis, P. S.; Law, S. M.; Reynaldo, L. P.; Prudent, J. R.; Marshall, D. J.; Allawi, H. T.; Mast, A. L.; Dahlberg, J. E.; Kwiatkowski, R. W.; de Arruda, M.; Neri, B. P.; Lyamichev, V. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000, 97, 8272-8277
13. Lyamichev, V. I.; Kaiser, M. W.; Lyamicheva, N. E.; Vologodskii, A. V.; Hall, J. G.; Ma, W. P.; Allawi, H. T.; Neri, B. P. Biochemistry 2000, 39, 9523-9532
14. Eis, P. S.; Olson, M. C.; Takova, T.; Curtis, M. L.; Olson, S. M.; Vener, T. I.; Ip, H. S.; Vedvik, K. L.; Bartholomay, C. T.; Allawi, H. T.; Ma, W. P.; Hall, J. G.; Morin, M. D.; Rushmore, T. H.; Lyamichev, V. I.; Kwiatkowski, R. W. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 673-676
15. Lu, C. H.; Li, J. A.; Lin, M. H.; Wang, Y. W.; Yang, H. H.; Chen, X.; Chen, G. N. Angew. Chem., Int. Ed. 2010, 49, 8454-8457
16. Cui, L.; Lin, X. Y.; Lin, N. H.; Song, Y. L.; Zhu, Z.; Chen, X.; Yang, C. J. Chem. Commun. 2012, 48, 194-196
17. Yin, B. C.; Liu, Y. Q.; Ye, B. C. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 5064-5067
18. Xiao, X. J.; Song, C.; Zhang, C.; Su, X.; Zhao, M. P. Chem. Commun. 2012, 48, 1964-1966
19. Xiao, X. J.; Zhang, C.; Su, X.; Song, C.; Zhao, M. P. Chem. Sci. 2012, 3, 2257-2261
20. Lee, H. J.; Li, Y.; Wark, A. W.; Corn, R. M. Anal. Chem. 2005, 77, 5096-5100
21. Zuo, X. L.; Xia, F.; Xiao, Y.; Plaxco, K. W. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 1816-1868
22. Freeman, R.; Liu, X. Q.; Willner, I. Nano Lett. 2011, 11, 4456-4461
23. Liu, X. Q.; Aizen, R.; Freeman, R.; Yehezkeli, O.; Willner, I. ACS Nano 2012, 6, 3553-3563
24. Zhang, L. B.; Guo, S. J.; Dong, S. J.; Wang, E. K. Anal. Chem. 2012, 84, 3568-3573
25. Hsieh, K.; Xiao, Y.; Soh, H. T. Langmuir 2010, 26, 10392-10396
26. Dougan, J. A.; MacRae, D.; Graham, D.; Faulds, K. Chem. Commun. 2011, 47, 4649-4651
27. Richards, C. C. J. Biol. Chem. 1966, 241, 2084-2092
28. Rogers, S. G.; Weiss, B. In Methods in Enzymolog y; Moldave, K.; Grossman, L., Eds.; Academic Press: 1980; Vol. 65, pp 201-211.
29. Yoo, S. M.; Kang, T.; Kang, H.; Lee, H.; Kang, M.; Lee, S. Y.; Kim, B. Small 2011, 7, 3371-3376
30. Xuan, F.; Luo, X. T.; Hsing, I. M. Anal. Chem. 2012, 84, 5216-5220
31. Peng, L.; Zhu, Z.; Chen, Y.; Han, D.; Tan, W. H. Biosens. Bioelectron. 2012, 35, 475-478
32. Hu, P.; Zhu, C. Z.; Jin, L. H.; Dong, S. J. Biosens. Bioelectron. 2012, 34, 83-87
33. Hoheisel, J. D. Anal. Biochem. 1993, 209, 238-246
34. Yang, Z. Y.; Sismour, A. M.; Benner, S. A. Nucleic Acids Res. 2007, 35, 3118-3127
35. Okano, K.; Kambara, H. Anal. Biochem. 1995, 228, 101-108
36. Yang, C. J.; Cui, L.; Huang, J. H.; Yan, L.; Lin, X. Y.; Wang, C. M.; Zhang, W. Y.; Kang, H. Z. Biosens. Bioelectron. 2011, 27, 119-124
37. Zuo, X. L.; Xia, F.; Patterson, A.; Soh, H. T.; Xiao, Y.; Plaxco, K. W. ChemBioChem 2011, 12, 2745-2747
38. Cui, L. A.; Ke, G. L.; Wang, C. M.; Yang, C. J. Analyst 2010, 135, 2069-2073
39. Mitsis, P. G.; Kwagh, J. G. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 3057-3063
40. Su, X.; Zhu, X. C.; Zhang, C.; Xiao, X. J.; Zhao, M. P. Anal. Chem. 2012, 84, 5059-5065
41. Ward, D. C.; Reich, E.; Stryer, L. J. Biol. Chem. 1969, 244, 1228-1237
42. Tyagi, S.; Kramer, F. R. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 303-308
43. Jean, J. M.; Hall, K. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 37-41
44. Putney, S. D.; Benkovic, S. J.; Schimmel, P. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1981, 78, 7350-7354
45. Cui, L. A.; Ke, G. L.; Zhang, W. Y.; Yang, C. Y. J. Biosens. Bioelectron. 2011, 26, 2796-2800
46. Tang, Z. W.; Mallikaratchy, P.; Yang, R. H.; Kim, Y. M.; Zhu, Z.; Wang, H.; Tan, W. H. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 11268-11269
47. Li, Q. Q.; Luan, G. Y.; Guo, Q. P.; Liang, J. X. Nucleic Acids Res. 2002, 30, e5
48. Shen, Y. Q.; Kuznetsov, S. V.; Ansari, A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 12202-12211
49. Marti, A. A.; Jockusch, S.; Li, Z. M.; Ju, J. Y.; Turro, N. J. Nucleic Acids Res. 2006, 34, e50
50. Li, B. L.; Ellington, A. D.; Chen, X. Nucleic Acids Res. 2011, 39, e110
51. Bock, L. C.; Griffin, L. C.; Latham, J. A.; Vermaas, E. H.; Toole, J. J. Nature 1992, 355, 564-566
52. Katilius, E.; Katiliene, Z.; Woodbury, N. W. Anal. Chem. 2006, 78, 6484-6489
53. Xue, L. Y.; Zhou, X. M.; Xing, D. Anal. Chem. 2012, 84, 3507-3513
54. Liu, J. W.; Cao, Z. H.; Lu, Y. Chem. Rev. 2009, 109, 1948-1998
55. Zhang, C. Y.; Johnson, L. W. Anal. Chem. 2009, 81, 3051-3055
56. Rist, M. J.; Marino, J. P. Curr. Org. Chem. 2002, 6, 775-793