Peek at the potential energy surfaces of the LSSmKate1 and LSSmKate2 proteins

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 49, 2012, Pages 14302-14310

  Randino, Carlos ^a   Moreno, Miquel ^a   Gelabert, Ricard ^a   Lluch, José M ^a  

^a UNIVERSITAT AUTÒNOMA DE BARCELONA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ABSORPTION WAVELENGTHS; CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE; DFT AND TDDFT; DIABATIZATION PROCEDURES; FLUORESCENT SPECIES; FRANCK-CONDON; LARGE CLUSTERS; OSCILLATOR STRENGTHS; PHOTOACTIVE STATE; POTENTIAL ENERGY PROFILES; REACTION COORDINATES; RED FLUORESCENT PROTEINS;

CHROMOPHORES; FLUORESCENCE; POTENTIAL ENERGY; QUANTUM CHEMISTRY;

PROTEINS;

PHOTOPROTEIN; RED FLUORESCENT PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY; SURFACE PROPERTY; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; LUMINESCENT PROTEINS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; QUANTUM THEORY; SURFACE PROPERTIES;

EID: 84871009449     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3104134     Document Type: Article

References (39)

1. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 5369-5374
2. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 10762-10770
3. Chalfie, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 5603-5611
4. Shimomura, O. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 5590-5602
5. Tsien, R. Y. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 5612-5626
6. Remington, S. J. Protein Sci. 2011, 20, 1509-1519
7. Dooley, C. T.; Dore, T. M.; Hanson, G. T.; Jackson, W. C.; Remington, S. J.; Tsien, R. Y. J. Biol. Chem. 2004, 279, 22284-22293
8. Remington, S. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2006, 16, 714-721
9. Remington, S. J.; Wachter, R. M.; Yarbrough, D. K.; Branchaud, B.; Anderson, D. C.; Kallio, K.; Lukyanov, K. A. Biochemistry 2005, 44, 202-212
10. Shcherbakova, D. M.; Hink, M. A.; Joosen, L.; Gadella, T. W.; Verkhusha, V. V. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 7913-7923
11. Tsien, R. Y. Annu. Rev. Biochem. 1998, 67, 509-544
12. Zimmer, M. Chem. Rev. 2002, 102, 759-781
13. Shimomura, O. FEBS Lett. 1979, 104, 220-222
14. Sanders, J. K. M.; Jackson, S. E. Chem. Soc. Rev. 2009, 38, 2821-2822
15. Prasher, D. C.; Eckenrode, V. K.; Ward, W. W.; Prendergast, F. G.; Cormier, M. J. Gene 1992, 111, 229-233
16. Yang, F.; Moss, L. G.; Phillips, G. N. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 1246-1251
17. Chattoraj, M.; King, B. A.; Bublitz, G. U.; Boxer, S. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 8362-8367
18. van Thor, J. J.; Zanetti, G.; Ronayne, K. L.; Towrie, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 16099-16108
19. Erez, Y.; Gepshtein, R.; Presiado, I.; Trujillo, K.; Kallio, K.; Remington, S. J.; Huppert, D. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 11776-11785
20. Henderson, J. N.; Gepshtein, R.; Heenan, J. R.; Kallio, K.; Huppert, D.; Remington, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4176-4177
21. Kogure, T.; Karasawa, S.; Araki, T.; Saito, K.; Kinjo, M.; Miyawaki, A. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 577-581
22. Shaner, N. C.; Patterson, G. H.; Davidson, M. W. J. Cell. Sci. 2007, 120, 4247-4260
23. Shcherbo, D.; Merzlyak, E. M.; Chepurnykh, T. V.; Fradkov, A. F.; Ermakova, G. V.; Solovieva, E. A.; Lukyanov, K. A.; Bogdanova, E. A.; Zaraisky, A. G.; Lukyanov, S.; Chudakov, D. M. Nat. Methods 2007, 4, 741-746
24. Piatkevich, K. D.; Hulit, J.; Subach, O. M.; Wu, B.; Abdulla, A.; Segall, J. E.; Verkhusha, V. V. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 5369-5374
25. Piatkevich, K. D.; Malashkevich, V. N.; Almo, S. C.; Verkhusha, V. V. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 10762-10770
26. Henderson, J. N.; Osborn, M. F.; Koon, N.; Gepshtein, R.; Huppert, D.; Remington, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 13212-13213
27. Violot, S.; Carpentier, P.; Blanchoin, L.; Bourgeois, D. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 10356-10357
28. Zhang, M. Y.; Wang, J. Y.; Lin, C. S.; Cheng, W. D. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 10750-10757
29. Dreuw, A.; Head-Gordon, M. Chem. Rev. 2005, 105, 4009-4037
30. Sobolewski, A. L.; Domcke, W. Phys. Chem. Chem. Phys. 1999, 1, 3065-3072
31. Tawada, Y.; Tsuneda, T.; Yanagisawa, S.; Yanai, T.; Hirao, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 8425-8433
32. Aquino, A. J. A.; Lischka, H.; Hattig, C. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 3201-3208
33. Handy, N. C. Mol. Phys. 2004, 102, 2399-2409
34. Yanai, T.; Tew, D.; Handy, N. C. Chem. Phys. Lett. 2004, 393, 51-57
35. List, N. H.; Olsen, J. M.; Rocha-Rinza, T.; Christiansen, O.; Kongsted, J. Int. J. Quantum Chem. 2012, 112, 789-800
36. Francl, M. M.; Pietro, W. J.; Hehre, W. J.; Binkley, J. S.; Gordon, M. S.; Defrees, D. J.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1982, 77, 3654-3665
37. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta. 1973, 28, 213-222
38. Papajak, E.; Zheng, J. J.; Xu, X. F.; Leverentz, H. R.; Truhlar, D. G. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3027-3034
39. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C; Jaramillo, J.; Gomperts, R. E.; Stratmann, O.; Yazyev, A. J.; Austin, R.; Cammi, C.; Pomelli, J. W.; Ochterski, R.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, version C.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.