Mechanistic origin of the vibrational coherence accompanying the photoreaction of biomimetic molecular switches

Chemistry - A European Journal

Volumn 18, Issue 48, 2012, Pages 15296-15304

  Léonard, Jérémie ^a   Schapiro, Igor ^b   Briand, Julien ^a   Fusi, Stefania ^c   Paccani, Riccardo Rossi ^c   Olivucci, Massimo ^b,c   Haacke, Stefan ^a  

^a UNIVERSITÉ DE STRASBOURG   (France)

^b BOWLING GREEN STATE UNIVERSITY   (United States)

^c UNIVERSITY OF SIENA   (Italy)

Author keywords

ab initio calculations; conical intersections; isomerization; molecular dynamics; time resolved spectroscopy

Indexed keywords

BACTERIOPHAGES; BIOMIMETICS; CALCULATIONS; CHROMOPHORES; GROUND STATE; ISOMERIZATION; LASER SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS; REACTION KINETICS; WAVE PACKETS;

AB INITIO CALCULATIONS; CONICAL INTERSECTION; ELECTRONIC GROUND STATE; FEMTOSECOND TRANSIENT ABSORPTION; GROUND STATE ABSORPTION; TIME-RESOLVED SPECTROSCOPY; ULTRA-FAST SPECTROSCOPIES; VIBRATIONAL WAVE PACKETS;

EXCITED STATES;

EID: 84869476439     PISSN: 09476539     EISSN: 15213765     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/chem.201201430     Document Type: Article

References (40)

1. V. Balzani, A. Credi, M. Venturi, Chem. Soc. Rev, 2009, 38, 1542
2. T. Hugel, N. B. Holland, A. Cattani, L. Moroder, M. Seitz, H. E. Gaub, Science 2002, 296, 1103
3. M. Klok, N. Boyle, M. T. Pryce, A. Meetsma, W. R. Browne, B. L. Feringa, J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 10484.
4. R. W. Schoenlein, L. A. Peteanu, R. A. Mathies, C. V. Shank, Science 1991, 254, 412.
5. H. J. A. Dartnall, Vision Res. 1968, 8, 339.
6. D. Polli, P. Altoe, O. Weingart, K. M. Spillane, C. Manzoni, D. Brida, G. Tomasello, G. Orlandi, P. Kukura, R. A. Mathies, M. Garavelli, G. Cerullo, Nature 2010, 467, 440
7. I. Schapiro, M. N. Ryazantsev, L. M. Frutos, N. Ferre, R. Lindh, M. Olivucci, J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 3354
8. R. Siewertsen, J. B. Schoenborn, B. Hartke, F. Renth, F. Temps, Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 1054
9. O. Weingart, P. Altoe, M. Stenta, A. Bottoni, G. Orlandi, M. Garavelli, Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 3645
10. I. Ioffe, A. L. Dobryakov, A. A. Granovsky, N. P. Ernsting, J. L. P. Lustres, ChemPhysChem 2011, 12, 1860.
11. F. Lumento, V. Zanirato, S. Fusi, E. Busi, L. Latterini, F. Elisei, A. Sinicropi, T. Andruniõw, N. Ferré, R. Basosi, M. Olivucci, Angew. Chem. 2007, 119, 418
12. Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 414
13. A. Melloni, R. R. Paccani, D. Donati, V. Zanirato, A. Sinicropi, M. L. Parisi, E. Martin, M. Ryazantsev, W. J. Ding, L. M. Frutos, R. Basosi, S. Fusi, L. Latterini, N. Ferreì, M. Olivucci, J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 9310.
14. A. Sinicropi, E. Martin, M. Ryazantsev, J. Helbing, J. Briand, D. Sharma, J. Léonard, S. Haacke, A. Cannizzo, M. Chergui, V. Zanirato, S. Fusi, F. Santoro, R. Basosi, N. Ferré, M. Olivucci, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2008, 105, 17642.
15. B. G. Levine, T. J. Martinez, Annual Review of Physical Chemistry 2007, 58, 613
16. M. A. Robb, F. Bernardi, M. Olivucci, Pure Appl. Chem. 1995, 67, 783.
17. M. Ben-Nun, F. Molnar, K. Schulten, T. J. Martínez, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 1769.
18. I. Burghardt, J. T. Hynes, E. Gindensperger, L. S. Cederbaum, Phys. Scr. 2006, 73, C 42
19. A. Kahan, A. Wand, S. Ruhman, S. Zilberg, Y. Haas, J. Phys. Chem. A 2011, 115, 10854
20. A. Toniolo, S. Olsen, L. Manohar, T. J. Martinez, Faraday Discuss. 2004, 127, 149
21. A. M. Virshup, C. Punwong, T. V. Pogorelov, B. A. Lindquist, C. Ko, T. J. Martínez, J. Phys. Chem. B 2009, 113, 3280.
22. Q. Wang, R. W. Schoenlein, L. A. Peteanu, R. A. Mathies, C. V. Shank, Science 1994, 266, 422.
23. J. Briand, O. Braem, J. Rehault, J. Leonard, A. Cannizzo, M. Chergui, V. Zanirato, M. Olivucci, J. Helbing, S. Haacke, Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 3178.
24. L. M. Frutos, T. Andruniow, F. Santoro, N. Ferre, M. Olivucci, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2007, 104, 7764.
25. S. L. Dexheimer, Q. Wang, L. A. Peteanu, W. T. Pollard, R. A. Mathies, C. V. Shank, Chem. Phys. Lett. 1992, 188, 61
26. T. Kobayashi, T. Saito, H. Ohtani, Nature 2001, 414, 531
27. A. Kahan, O. Nahmias, N. Friedman, M. Sheves, S. Ruhman, J Am Chem. Soc 2007, 129, 537
28. D. Polli, L. Luer, G. Cerullo, Rev. Sci. Instrum. 2007, 78, 103108
29. G. Zgrablić, S. Haacke, M. Chergui, Chem. Phys. 2007, 338, 168.
30. J. Chesnoy, A. Mokhtari, Phys. Rev. A 1988, 38, 3566
31. A. T. N. Kumar, F. Rosca, A. Widom, P. M. Champion, The Journal of Chemical Physics 2001, 114, 701.
32. R. C. Haddon, L. T. Scott, Pure Appl. Chem. 1986, 58, 137.
33. P. Kukura, D. W. McCamant, S. Yoon, D. B. Wandschneider, R. A. Mathies, Science 2005, 310, 1006.
34. MOLCAS, Version 7.4, K. Andersson, F. Aquilante, M. Barysz, E. Bednarz, A. Bernhardsson, M. R. A. Blomberg, Y. Carissan, D. L. Cooper, M. Cossi, A. Devarajan, L. D. Vico, N. Ferré, M. P. Fülscher, A. Gaenko, L. Gagliardi, G. Ghigo, C. de Graaf, B. A. Hess, D. Hagberg, A. Holt, G. Karlström, J. W. Krogh, R. Lindh, P.-Å. Malmqvist, T. Nakajima, P. Neogrády, J. Olsen, T. B. Pedersen, J. Raab, M. Reiher, B. O. Roos, U. Ryde, B. Schimmelpfennig, M. Schütz, L. Seijo, L. Serrano-Andrés, P. E. M. Siegbahn, J. StÃlring, T. Thorsteinsson, V. Veryazov, P.-O. Widmark, A. Wolf, Lund University, Lund, 2009
35. G. Karlström, R. Lindh, P.-Å. Malmqvist, B. O. Roos, U. Ryde, V. Veryazov, P.-O. Widmark, M. Cossi, B. Schimmelpfennig, P. Neogrady, L. Seijo, Comput. Mater. Sci. 2003, 28, 222.
36. J. W. Ponder, F. M. Richards, J. Comput. Chem. 1987, 8, 1016.
37. AMBER 7, D. A. Case, D. A. Pearlman, J. W. Caldwell, T. E. C. III, J. Wang, W. S. Ross, C. L. Simmerling, T. A. Darden, K. M. Merz, R. V. Stanton, A. L. Cheng, J. J. Vincent, M. Crowley, V. Tsui, H. Gohlke, R. J. Radmer, Y. Duan, J. Pitera, I. Massova, G. L. Seibel, U. C. Singh, P. K. Weiner, P. A. Kollman, University of California, San Francisco, 2002.
38. F. Melaccio, M. Olivucci, R. Lindh, N. Ferre, Int. J. Quantum Chem. 2011, 111, 3339.
39. W. C. Swope, H. C. Andersen, P. H. Berens, K. R. Wilson, J. Chem. Phys. 1982, 76, 637.
40. L. V. Schäfer, G. Groenhof, M. Boggio-Pasqua, M. A. Robb, H. Grubmüller, PLoS Comput. Biol. 2008, 4, e 1000034.