Following photoinduced dynamics in bacteriorhodopsin with 7-fs impulsive vibrational spectroscopy

Journal of the American Chemical Society

Volumn 129, Issue 3, 2007, Pages 537-546

  Kahan, Anat ^a   Nahmias, Omer ^a   Friedman, Noga ^b   Sheves, Mordechai ^b   Ruhman, Sanford ^a  

^a HEBREW UNIVERSITY OF JERUSALEM   (Israel)

^b WEIZMANN INSTITUTE OF SCIENCE   (Israel)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

FOURIER TRANSFORM INFRARED SPECTROSCOPY; GROUND STATE; LATTICE VIBRATIONS; WAVE TRANSMISSION;

BACTERIORHODOPSIN; FOURIER ANALYSIS; PHOTOEXCITE BACTERIORHODOPSIN (BR); WAVE PACKETS;

LASER PULSES;

BACTERIORHODOPSIN;

ABSORPTION SPECTROSCOPY; ARTICLE; DYNAMICS; FOURIER ANALYSIS; HALOBACTERIUM SALINARUM; IMPULSIVE VIBRATIONAL SPECTROSCOPY; MOTION; NONHUMAN; PHOTOCHEMISTRY; RAMAN SPECTROMETRY; SPECTRAL SENSITIVITY; SPECTROSCOPY; SURFACE PROPERTY;

ABSORPTION; BACTERIORHODOPSINS; MODELS, THEORETICAL; PHOTOCHEMISTRY; RHODOBACTER SPHAEROIDES; SPECTRUM ANALYSIS, RAMAN; TIME FACTORS;

EID: 33846455831     PISSN: 00027863     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ja064910d     Document Type: Article

References (69)

1. Ottolenghi, M., Sheves, M., Eds. Isr. J. Chem. 1995, 35.
2. Lanyi, J., Ed. Biochim. Biophys. Acta Bioenerg. 2000, 1460.
3. Haupt, U.; Tittor, J.; Oesterhelt, D. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 21, 367.
4. Oesterhelt, D.; Stoeckenius, W. Nature New Biol. 1971, 233, 149.
5. Sharkov, A. V.; Pakulev, A. V.; Chekalin, S. V.; Matveets, U. V. A. Biochim. Biophys. Acta 1985, 808, 94.
6. Petrich, J. W.; Breton, J.; Martin, J. L.; Antonetti, A. Chem. Phys. Lett. 1987, 137, 369.
7. Dobler, J.; Zinth, W.; Kaiser, K.; Oesterhelt, D. Chem. Phys. 1988, 144, 215.
8. Kobayashi, T.; Kim, M.; Taiji, M.; Iwasa, T.; Nakagawa, M.; Tsuda, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 272.
9. Mathies, R.; Brito Cruz, C. H.; Pollard, T. W.; Shank, C. V. Science 1988, 240, 777.
10. Haran, G.; Wynne, K.; Xie, A.; He, Q.; Chance, M.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. Lett. 1996, 26, 389.
11. Ye, T.; Friedman, N.; Gat, Y.; Atkinson, G. H.; Sheves, M.; Ottolenghi, M.; Ruhman, S. J. Phys. Chem. B 1996, 103, 5122.
12. Hasson, K. C.; Gai, F.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 15124.
13. Haacke, S.; Vinzani, S.; Schenkl, S.; Chergui, M. ChemPhysChem. 2001, 2, 310.
14. Haacke, S.; Schenkl, S.; Vinzani, S.; Chergui, M. Biopolymers 2002, 67, 306.
15. Du, M.; Fleming, G. R. Biophys. Chem. 1993, 48, 101.
16. Kennis, J. T. M.; Larsen, D. S.; Ohta, K.; Facciotti, M. T.; Glaeser, R. M.; Fleming, G. R. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 6067.
17. Govindgee, R.; Balashov, S. P.; Ebrey, T. G. Biophys. J. 1990, 58, 597.
18. Tittor, J.; Oesterhelt, D. FEBS Lett. 1990, 263, 269.
19. Smith, S. O.; Braiman, M. S.; Myers, A. B.; Pardoen, J. A.; Courtin, J. M. L.; Winkel, C.; Lugtenburg, J.; Mathies, R. A. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 31.
20. Myers, A. B.; Harris, R. A.; Mathies, R. A. J. Chem. Phys. 1983, 79, 60.
21. Garavelli, M.; Bernardi, F.; Olivucci, M.; Vreven, T.; Klein, S.; Celani, P.; Robb, M. A. Faraday Discuss. 1998, 110, 51.
22. Song, L.; El-Sayed, M. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 8889.
23. Schmidt, B.; Sobotta, C.; Heinz, B.; Laimgruber, S.; Braun, M.; Gilch, P. Biochim. Biophvs. Acta 2005, 1706, 165.
24. Ruhman, S.; Hou, B.; Friedman, N.; Ottolenghi, M.; Sheves, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 8854.
25. Hayashi, S.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. Biophys. J. 2003, 85, 1440.
26. Herbst, J.; Heyne, K.; Diller, R. Science 2002, 297, 822.
27. McCamant, D. W.; Kukura, P.; Mathies, R. A. Appl. Spectrosc. 2003, 57, 1317.
28. McCamant, D. W.; Kukura, P.; Mathies, R. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 10449.
29. Dhar, L.; Rogers, J. A.; Nelson, K. A. Chem. Rev. 1994, 94, 157.
30. Mukamel, S. Principles of nonlinear optical spectroscopy; Oxford University Press: New York, 1995.
31. Zewail, A. H. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 5660.
32. Chesnoy, J.; Mokhtari, A. Phys. Rev. A 1988, 38, 3566.
33. Ruhman, S.; Kosloff, R. J. Opt. Soc. Am. B 1990, 7, 1748.
34. Banin, U.; Ruhman, S. J. Chem. Phys. 1993, 98, 4391.
35. Ashkenazi, G.; Banin, U.; Bartana, A.; Kosloff, R.; Ruhman, S. Adv. Chem. Phys. 1997, 100, 229.
36. Banin, U.; Bartana, A.; Ruhman, S.; Kosloff, R. J. Chem. Phys. 1994, 101, 8461.
37. Gershgoren, E.; Vala, J.; Kosloff, R.; Ruhman, S. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 5081.
38. Banin, U.; Kosloff, R.; Ruhman, S. Chem. Phys. 1994, 183, 289.
39. Hou, B.; Friedman, N.; Ottolenghi, M.; Sheves, M.; Ruhman, S. Chem. Phys. Lett. 2003, 381, 549.
40. Dexheimer, S. L.; Wang, Q.; Peteanu, L. A.; Pollard, W. T.; Mathies, R. A.; Shank, C. V. Chem. Phys. Lett. 1992, 188, 61.
41. Pollard, W. T.; Dexheimer, S. L.; Wang, Q.; Peteanu, L. A.; Shank, C. V.; Mathies, R. A. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6147.
42. Kobayashi, T.; Saito, T.; Ohtani, H. Nature 2001, 414, 531.
43. Terentis, A. C.; Ujj, L.; Abramczyk, H.; Atkinson, G. H. Chem. Phys. 2005, 313, 51.
44. Kukura, P.; McCamant, D. W.; Yoon, S.; Wandschneider, D. B.; Mathies, R. A. Science 2005, 310, 1006.
45. Oesterhelt, D.; Stoeckenius, W. Methods Enzymol. 1974, 31, 667.
46. Cerullo, G.; De Silvestri, S. Rev. Sci. Instrum. 2003, 74, 1.
47. Zeek, E.; Maginnis, K.; Backus, S.; Russek, U.; Murnane, M.; Mourou, G. R.; Kapteyn, H.; Vdovin, G. Opt. Lett. 1999, 24, 493.
48. Kobayashi, T.; Baltuska A. Meas. Sci. Technol. 2002, 13, 16.
49. Armstrong M.; Plachta, P.; Ponomarev, E. A.; Ogilvie, J. P.; Nagy, A. M.; Miller, R. J. D. Appl. Phys. B: Lasers Opt. 2002, 74, S127.
50. Baum, P.; Lochbrunner, S.; Gallmann, L.; Steinmeyer, G.; Keller, U.; Riedle, E. Appl. Phys. B 2002, 74 [Suppl.], S219.
51. Zeek, E.; Bartels, R.; Murnane, M. M.; Kapteyn, H. C.; Backus, S.; Vdovin, G. Opt. Lett. 2000, 25 (8), 587.
52. Bartels, R. A. Ph.D. thesis, University of Michigan, 2002.
53. Trebino, R.; DeLong, K. W.; Fittinghoff, D. N.; Sweetser, J. N.; Krumbugel, M. A.; Richman, B. A.; Kane, D. J. Rev. Sci. Instrum. 1997, 68 (9), 3277.
54. Carson, E. A.; Diffey, W. M.; Shelly, K. R.; Lampa-Pastirk, S.; Dillman, K. L.; Schleicher, J. M.; Beck, W. F. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 1489.
55. Kumar, A. T. N.; Rosca, F.; Widom, A.; Champion, P. M. J. Chem. Phys. 2001, 114, 701.
56. Malkmus, S.; Durr, R.; Sobotta, C.; Pulvermacher, H.; Zinth, W.; Braun, M. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 10488.
57. Bardeen, C. J.; Wang, Q.; Shank, C. V. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2759.
58. Bardeen, C. J.; Wang, Q.; Shank, C. V. Phys. Rev. Lett. 1995, 75, 3410:
59. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 2759.
60. Lanzani, G.; Zavelani-Rossi, M.; Cerullo, G.; Comoretto, D.; Dellepiane, G. Phys. Rev. B 2004, 69, 134302.
61. Hiller, E. R.; Cina, J. A. J. Chem. Phys. 1996, 105, 3419.
62. Orlandi, G.; Zerbetto, F.; Zgierski, M. Chem. Rev. 1991, 91, 867.
63. Abramczyk, H. J. Chem. Phys. 2004, 120, 11120.
64. Cembran, A.; Bernardi, F.; Olivucci, M.; Garavelli, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 12509.
65. Lin, S. W.; Groesbeek, M.; van der Hoef, I.; Verdegem, P.; Lugtenburg, J.; Mathies, R. A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2787.
66. Schenkl, S.; van Mourik, F.; Friedman, N.; Sheves, M.; Schlesinger, R.; Haacke, S.; Chergui, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 4101.
67. Wise, F. W.; Rosker, M. J.; Milhauser, G. L.; Tang, C. L. IEEE J. Quantum Electron. 1987, QE23, 1116.
68. Wall, M. R.; Neuhauser, D. J. Chem. Phys. 1995, 102, 8011.
69. Pang, J. W.; Mandelshtam, V. A. J. Chem. Phys. 1998, 108, 9999.