Revisiting molecular dynamics on a CPU/GPU system: Water kernel and SHAKE parallelization

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 11, 2012, Pages 4624-4636

  Ruymgaart, A Peter ^a   Elber, Ron ^a  

^a UNIVERSITY OF TEXAS AT AUSTIN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84869059916     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300324k     Document Type: Article

References (28)

1. Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
2. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
3. Harvey, M. J.; Giupponi, G.; De Fabritiis, G. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 1632-1639
4. Shaw, D. E.; Deneroff, M. M.; Dror, R. O.; Kuskin, J. S.; Larson, R. H.; Salmon, J. K.; Young, C.; Batson, B.; Bowers, K. J.; Chao, J. C.; Eastwood, M. P.; Gagliardo, J.; Grossman, J. P.; Ho, C. R.; Ierardi, D. J.; Kolossvary, I.; Klepeis, J. L.; Layman, T.; McLeavey, C.; Moraes, M. A.; Mueller, R.; Priest, E. C.; Shan, Y. B.; Spengler, J.; Theobald, M.; Towles, B.; Wang, S. C. Commun. ACM 2008, 51, 91-97
5. Ruymgaart, A. P.; Cardenas, A. E.; Elber, R. J. Chem. Theory Comput. 2011, 7, 3072-3082
6. Elber, R.; Roitberg, A.; Simmerling, C.; Goldstein, R.; Li, H. Y.; Verkhivker, G.; Keasar, C.; Zhang, J.; Ulitsky, A. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 159-189
7. Kirmizialtin, S.; Nguyen, V.; Johnson, K. A.; Elber, R. Structure 2012, 20, 618-627
8. Kirmizialtin, S.; Elber, R. J. Phys. Chem. A 2011, 115, 6137-6148
9. Majek, P.; Elber, R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1805-1817
10. West, A. M. A.; Elber, R.; Shalloway, D. J. Chem. Phys. 2007, 126, 145104
11. Faradjian, A. K.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10880-10889
12. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
13. Olender, R.; Elber, R. J. Chem. Phys. 1996, 105, 9299-9315
14. Weinbach, Y.; Elber, R. J. Comput. Phys. 2005, 209, 193-206
15. Hess, B. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 116-122
16. Elber, R.; Ruymgaart, A. P.; Hess, B. Eur. Phys. J. Spec. Top. 2011, 200, 211-223
17. Verlet, L. Phys. Rev. 1967, 159, 98-103
18. Barth, E.; Kuczera, K.; Leimkuhler, B.; Skeel, R. D. J. Comput. Chem. 1995, 16, 1192-1209
19. Eastman, P.; Pande, V. S. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 434-437
20. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952-962
21. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463-1472
22. Barrett, R.; Berry, M.; Chan, T. F.; Demmel, J.; Donato, J.; Dongarra, J.; Eijkhout, V.; Pozo, R.; Romine, C.; der Vorst, H. V. Templates for the solution of Linear Systems: Building Blocks for Iterative Methods; SIAM: Philadelphia, PA, 1994.
23. Buatois, L.; Caumon, G.; Levy, B. In High Performance Computing and Communications, Proceedings; Perrott, R.; Chapman, B. M.; Subhlok, J.; DeMello, R. F.; Yang, L. T., Eds.; Springer: New York, 2007; Vol. 4782, p 358.
24. van Meel, J. A.; Arnold, A.; Frenkel, D.; Zwart, S. F. P.; Belleman, R. G. Mol. Simul. 2008, 34, 259-266
25. Stone, J. E.; Phillips, J. C.; Freddolino, P. L.; Hardy, D. J.; Trabuco, L. G.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2007, 28, 2618-2640
26. Eastman, P.; Pande, V. S. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1268-1272
27. Anderson, J. A.; Lorenz, C. D.; Travesset, A. J. Comput. Phys. 2008, 227, 5342-5359
28. Tuckerman, M.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990-2001