Revisiting and computing reaction coordinates with directional milestoning

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 115, Issue 23, 2011, Pages 6137-6148

  Kirmizialtin, Serdal ^a   Elber, Ron ^a  

^a UNIVERSITY OF TEXAS AT AUSTIN   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONAL TRANSITIONS; DYNAMIC TRAJECTORIES; GENERAL EXPRESSION; MAXIMUM FLUX; MINIMUM ENERGY; REACTION COORDINATES; STABLE STATE;

MOLECULAR DYNAMICS;

ALGORITHM; ARTICLE; MOLECULAR DYNAMICS;

ALGORITHMS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION;

EID: 79959945891     PISSN: 10895639     EISSN: 15205215     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp111093c     Document Type: Article

References (56)

1. Bolhuis, P. G.; Chandler, D.; Dellago, C.; Geissler, P. L. Annu. Rev. Phys. Chem. 2002, 53, 291.
2. Bai, D.; Elber, R. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 484.
3. Elber, R.; Meller, J.; Olender, R. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 899.
4. Olender, R.; Elber, R. J. Chem. Phys. 1996, 105, 9299.
5. Shaw, D. E.; Maragakis, P.; Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Dror, R. O.; Eastwood, M. P.; Bank, J. A.; Jumper, J. M.; Salmon, J. K.; Shan, Y. B.; Wriggers, W. Science 2010, 330, 341.
6. Eyring, H. J. Chem. Phys. 1935, 3, 107.
7. Chandler, D. J. Chem. Phys. 1978, 68, 2959.
8. Cardenas, A. E.; Elber, R. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2003, 51, 245.
9. Ma, H. R.; Proctor, D. J.; Kierzek, E.; Kierzek, R.; Bevilacqua, P. C.; Gruebele, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1523.
10. Bourgeois, D.; Vallone, B.; Arcovito, A.; Sciara, G.; Schotte, F.; Anfinrud, P. A.; Brunori, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 4924.
11. Roux, B. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2005, 34, 153.
12. Moroni, D.; Bolhuis, P. G.; van Erp, T. S. J. Chem. Phys. 2004, 120, 4055.
13. Sarich, M.; Noe, F.; Schutte, C. Multiscale Model. Simul. 2010, 8, 1154.
14. Hinrichs, N. S.; Pande, V. S. J. Chem. Phys. 2007, 126.
15. Buchete, N. V.; Hummer, G. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6057.
16. Majek, P.; Elber, R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1805.
17. Faradjian, A. K.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10880.
18. Vanden-Eijnden, E.; Venturoli, M. J. Chem. Phys. 2009, 130, 13.
19. Kuczera, K.; Jas, G. S.; Elber, R. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 7461.
20. Noe, F.; Horenko, I.; Schutte, C.; Smith, J. C. J. Chem. Phys. 2007, 126, 155102.
21. Hummer, G.; Kevrekidis, I. G. J. Chem. Phys. 2003, 118, 10762.
22. Elber, R.; West, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 5001.
23. Elber, R. Biophys. J. 2007, 92, L85.
24. West, A. M. A.; Elber, R.; Shalloway, D. J. Chem. Phys. 2007, 126.
25. van Erp, T. S.; Moroni, D.; Bolhuis, P. G. J. Chem. Phys. 2003, 118, 7762.
26. Allen, R. J.; Frenkel, D.; ten Wolde, P. R. J. Chem. Phys. 2006, 124, 17.
27. Majek, P.; Elber, R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 1805.
28. Vanden Eijnden, E.; Venturoli, M.; Ciccotti, G.; Elber, R. J. Chem. Phys. 2008, 129, 174102.
29. Shalloway, D.; Faradjian, A. K. J. Chem. Phys. 2006, 124.
30. Truhlar, D. G.; Garrett, B. C.; Klippenstein, S. J. J. Phys. Chem. 1996, 100, 12771.
31. Maragliano, L.; Fischer, A.; Vanden-Eijnden, E.; Ciccotti, G. J. Chem. Phys. 2006, 125.
32. E, W. N.; Vanden-Eijnden, E. Annu. Rev. Phys. Chem. 2010, 61, 391.
33. Peters, B.; Beckham, G. T.; Trout, B. L. J. Chem. Phys. 2007, 127, 034109.
34. Ma, A.; Dinner, A. R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 6769.
35. Peters, B.; Trout, B. L. J. Chem. Phys. 2006, 125, 241101.
36. Olender, R.; Elber, R. THEOCHEM 1997, 398, 63.
37. Jonsson, H.; Mills, G.; Jacobsen, K. W. In Classical and quantum dynamics in condensed phase simulations; Berne, B. J., Ciccotti, G., Coker, D. F., Eds.; World Scientific: Singapore, 1998; p 385.
38. Huo, S. H.; Straub, J. E. J. Chem. Phys. 1997, 107, 5000.
39. Elber, R.; Karplus, M. Chem. Phys. Lett. 1987, 139, 375.
40. Berkowitz, M.; Morgan, J. D.; McCammon, J. A.; Northrup, S. H. J. Chem. Phys. 1983, 79, 5563.
41. Zhao, R. J.; Shen, J. F.; Skeel, R. D. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2411.
42. Berezhkovskii, A.; Hummer, G.; Szabo, A. J. Chem. Phys. 2009, 130, 205102.
43. Noe, F.; Schutte, C.; Vanden-Eijnden, E.; Reich, L.; Weikl, T. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2009, 106, 19011.
44. Rich, A. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 247.
45. Rhodes, L. M.; Schimmel, P. R. Biochemistry 1971, 10, 4426.
46. Radhakrishnan, R.; Schlick, T. J. Chem. Phys. 2004, 121, 2436.
47. Altona, C.; Sundaralingam, M. J. Am. Chem. Soc. 1972, 94, 8205.
48. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
49. Weinbach, Y.; Elber, R. J. Comput. Phys. 2005, 209, 193.
50. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
51. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
52. Pranata, J.; Wierschke, S. G.; Jorgensen, W. L. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 2810.
53. Elber, R.; Roitberg, A.; Simmerling, C.; Goldstein, R.; Li, H. Y.; Verkhivker, G.; Keasar, C.; Zhang, J.; Ulitsky, A. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 159.
54. Sugita, Y.; Okamoto, Y. Chem. Phys. Lett. 1999, 314, 141.
55. Duda, R.; Hart, P.; Stork, D. Pattern Classification; John Wiley and Sons: New York, 2001.
56. Juraszek, J.; Bolhuis, P. G. Biophys. J. 2008, 95, 4246.