Charge optimization theory for induced-fit ligands

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 11, 2012, Pages 4580-4592

  Shen, Yang ^a,b   Gilson, Michael K ^c   Tidor, Bruce ^a,b,d  

^a Massachusetts Institute of Technology   (United States)

^b MASSACHUSETTS INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

^c UNIVERSITY OF CALIFORNIA SAN DIEGO   (United States)

^d Department of Electrical Engineering and Computer Science   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84869002025     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200931c     Document Type: Article

References (57)

1. Gilson, M. K.; Honig, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 1524-1528
2. Hendsch, Z. S.; Tidor, B. Protein Sci. 1994, 3, 211-226
3. Lee, L. P.; Tidor, B. J. Chem. Phys. 1997, 106, 8681-8690
4. Chong, L. T.; Dempster, S. E.; Hendsch, Z. S.; Tidor, B. Protein Sci. 1998, 7, 206-210
5. Kangas, E.; Tidor, B. J. Chem. Phys. 1998, 109, 7522-7545
6. Kangas, E.; Tidor, B. Phys. Rev. E 1999, 59, 5958-5961
7. Lee, L. P.; Tidor, B. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 73-76
8. Lee, L. P.; Tidor, B. Protein Sci. 2001, 10, 362-377
9. Kangas, E.; Tidor, B. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 880-888
10. Sulea, T.; Purisima, E. O. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 889-899
11. Sulea, T.; Purisima, E. O. Biophys. J. 2003, 84, 2883-2896
12. Bhat, S.; Sulea, T.; Purisima, E. O. J. Comput. Chem. 2006, 27, 1899-1907
13. Kangas, E.; Tidor, B. J. Chem. Phys. 2000, 112, 9120-9131
14. Sherman, W.; Tidor, B. Chem. Biol. Drug Des. 2008, 71, 387-407
15. Kuo, S. S.; Altman, M. D.; Bardhan, J. P.; Tidor, B.; White, J. K. Proceedings of the 2002 IEEE/ACM International Conference on Computer-Aided Design; San Jose, CA, Nov. 10-14, 2002; ACM Press: New York, 2002; pp 466-473.
16. Bardhan, J. P.; Lee, J. H.; Kuo, S. S.; Altman, M. D.; Tidor, B.; White, J. K. Technical Proceedings of the 2003 Nanotechnology Conference and Trade Show; Cambridge, MA, Feb. 23-27, 2003; Taylor & Francis: Boca Raton, FL, 2003; pp 508-511.
17. Bardhan, J. P.; Lee, J. H.; Altman, M. D.; Leyffer, S.; Benson, S.; Tidor, B.; White, J. K. Technical Proceedings of the 2004 Nanotechnology Conference and Trade Show; Cambridge, MA, March 7-11, 2004; Taylor & Francis: Boca Raton, FL, 2004; pp 164-167.
18. Bardhan, J. P.; Altman, M. D.; Tidor, B.; White, J. K. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3260-3278
19. Altman, M. D.; Bardhan, J. P.; White, J. K.; Tidor, B. Proceedings of the 27th Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society, Shanghai, China, Sept. 1-4, 2005; IEEE: Piscataway, NJ, 2006; pp 7591-7595.
20. Bardhan, J. P.; Altman, M. D.; Willis, D. J.; Lippow, S. M.; Tidor, B.; White, J. K. J. Chem. Phys. 2007, 127, 014701
21. Altman, M. D.; Bardhan, J. P.; White, J. K.; Tidor, B. J. Comput. Chem. 2009, 30, 132-153
22. Mandal, A.; Hilvert, D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5598-5599
23. Green, D. F.; Tidor, B. J. Mol. Biol. 2004, 342, 435-452
24. Green, D. F.; Tidor, B. Proteins 2005, 60, 644-657
25. Sims, P. A.; Wong, C. F.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1416-1429
26. Armstrong, K. A.; Tidor, B.; Cheng, A. C. J. Med. Chem. 2006, 49, 2470-2477
27. Altman, M. D.; Nalivaika, E. A.; Prabu-Jeyabalan, M.; Schiffer, C. A.; Tidor, B. Proteins 2008, 70, 678-694
28. Gilson, M. K. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 259-270
29. Altman, M. D.; Ali, A.; Reddy, G. S.; Nalam, M. N.; Anjum, S. G.; Cao, H.; Chellappan, S.; Kairys, V.; Fernandes, M. X.; Gilson, M.; Schiffer, C. A.; Rana, T. M.; Tidor, B. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 6099-6113
30. Sharp, K. A.; Honig, B. H. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1990, 19, 301-332
31. Sharp, K. A.; Honig, B. H. J. Phys. Chem. 1990, 19, 7684-7692
32. Gill, P. E.; Murray, W.; Wright, M. H. Practical Optimization; Academic Press: New York, 1986.
33. Surleraux, D. L.; Tahri, A.; Verschueren, W. G.; Pille, G. M.; de Kock, H. A.; Jonckers, T. H.; Peeters, A.; De Meyer, S.; Azijn, H.; Pauwels, R.; de Bethune, M. P.; King, N. M.; Prabu-Jeyabalan, M.; Schiffer, C. A.; Wigerinck, P. B. J. Med. Chem. 2005, 48, 1813-1822
34. Brünger, A. T.; Karplus, M. Proteins 1988, 4, 148-156
35. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217
36. Brooks, B. R.; Brooks, C. L., III; Mackerell, A. D., Jr.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S.; Caflisch, A.; Caves, L.; Cui, Q.; Dinner, A. R.; Feig, M.; Fischer, S.; Gao, J.; Hodoscek, M.; Im, W.; Kuczera, K.; Lazaridis, T.; Ma, J.; Ovchinnikov, V.; Paci, E.; Pastor, R. W.; Post, C. B.; Pu, J. Z.; Schaefer, M.; Tidor, B.; Venable, R. M.; Woodcock, H. L.; Wu, X.; Yang, W.; York, D. M.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545-1614
37. Momany, F. A.; Rone, R. J. Comput. Chem. 1992, 13, 888-900
38. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifforde, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, Revision C.02; Gaussian, Inc.; Wallingford, CT, 2004.
39. Bayly, C. I.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269-10280
40. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620-9631
41. Desmet, J.; Maeyer, M. D.; Hazes, B.; Lasters, I. Nature 1992, 356, 539-542
42. Goldstein, R. F. Biophys. J. 1994, 66, 1335-1340
43. Pierce, N. A.; Spriet, J. A.; Desmet, J.; Mayo, S. L. J. Comput. Chem. 2000, 21, 999-1009
44. Gordon, D. B.; Hom, G. K.; Mayo, S. L.; Pierce, N. A. J. Comput. Chem. 2003, 24, 232-243
45. Leach, A. R.; Lemon, A. P. Proteins 1998, 33, 227-239
46. Gilson, M. K.; Honig, B. H. Proteins 1988, 4, 7-18
47. Gilson, M. K.; Sharp, K. A.; Honig, B. H. J. Comput. Chem. 1988, 9, 327-335
48. Nicholls, A.; Honig, B. H. J. Comput. Chem. 1991, 12, 435-445
49. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978-1988
50. Gilson, M. K.; Honig, B. H. Nature 1987, 330, 84-86
51. Klapper, I.; Hagstrom, R.; Fine, R.; Sharp, K.; Honig, B. Proteins 1986, 1, 47-59
52. Drud, A. ORSA J. Comput. 1992, 6, 207-216
53. Drud, A. CONOPT; ARKI Consulting and Development A/S: Bagsvaerd, Denmark, 2003.
54. Brooke, A.; Kendrick, D.; A., M.; Raman, R.; Rosenthal, R. E. GAMS: A Users Guide; GAMS Development Corporation: Washington, DC, 2003.
55. Abadie, J.; Carpentier, J. In Optimization; Fletcher, R., Ed.; Academic Press: London, 1969; pp 33-47.
56. Drud, A. Math. Program. 1985, 31, 153-191
57. Stafford, R. Random Vectors with Fixed Sum. Available via the Internet at http://www.mathworks.com/matlabcentral/fileexchange/9700, 2006 (accessed Dec. 23, 2008).