Thermodynamics of decaalanine stretching in water obtained by adaptive steered molecular dynamics simulations

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 11, 2012, Pages 4837-4844

  Ozer, Gungor ^a   Quirk, Stephen ^b   Hernandez, Rigoberto ^a  

^a GEORGIA INSTITUTE OF TECHNOLOGY   (United States)

^b KIMBERLY CLARK CORPORATION   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84869000947     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300709u     Document Type: Article

References (51)

1. Park, S.; Khalili-Araghi, F.; Tajkhorshid, E.; Schulten, K. J. Chem. Phys. 2003, 119, 3559
2. Park, S.; Schulten, K. J. Chem. Phys. 2004, 120, 5946
3. Minh, D. D. L.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 5892
4. Echeverria, I.; Amzel, L. M. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2010, 78, 1302
5. Ozer, G.; Quirk, S.; Hernandez, R. J. Chem. Phys. 2012, 136, 215104
6. Rohl, C. A.; Chakrabartty, A.; Baldwin, R. L. Protein Sci. 1996, 5, 2623
7. Spek, E. J.; Olson, C. A.; Shi, Z.; Kallenbach, N. R. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5571
8. Blondelle, S. E.; Forood, B.; Houghten, R. A.; Pérez-Payá, E. Biochemistry 1997, 42, 489
9. Williams, L.; Kather, K.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11033
10. Vila, J. A.; Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 13075
11. Park, C.; Goddard, W. A., III. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7784
12. Mortenson, P. N.; Evans, D. A.; Wales, D. J. J. Chem. Phys. 2002, 117, 1363
13. Marqusee, S.; Robbins, V. H.; Baldwin, R. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 5286
14. Kokubo, H.; Hu, C. Y.; Pettitt, B. M. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 1849
15. Reiner, A.; Wildemann, D.; Fischer, G.; Kiefhaber, T. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 8079
16. Jarzynski, C. Phys. Rev. E 1997, 56, 5018
17. Jarzynski, C. Phys. Rev. Lett. 1997, 78, 2690
18. Jarzynski, C. Phys. Rev. E 1997, 56, 5018
19. Crooks, G. E. J. Stat. Phys. 1998, 90, 1481
20. Hummer, G.; Szabo, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 3658
21. Rodriguez-Gomez, D.; Darve, E.; Pohorille, A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 3563
22. Geissler, P. L.; Dellago, C. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 6667
23. Ytreberg, F. M.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10876
24. Hatano, T.; Sasa, S. I. Phys. Rev. Lett. 2001, 86, 3463
25. Wu, D.; Kofke, D. A. J. Chem. Phys. 2004, 121, 8742
26. Zimanyi, E. N.; Silbey, R. J. J. Chem. Phys. 2009, 130, 171102
27. Ozer, G.; Valeev, E.; Quirk, S.; Hernandez, R. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 3026
28. Lu, N.; Wu, D.; Woolf, T. B.; Kofke, D. A. Phys. Rev. E 2004, 69, 057702
29. Ytreberga, F. M.; Zuckerman, D. M. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10876
30. Wu, D.; Kofke, D. A. J. Chem. Phys. 2005, 122, 204104
31. Wu, D.; Kofke, D. A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 084109
32. Cuendet, M. A.; Michielin, O. Biophys. J. 2008, 95, 35753590
33. Guttenberg, N.; Dinner, A. R.; Weare, J. J. Chem. Phys. 2012, 136, 234103
34. Levy, Y.; Jortner, J.; Becker, O. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 2188
35. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenburg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011
36. Liphardt, J.; Dumont, S.; Smith, S. B.; T., I., Jr.; Bustamante, C. Science 2002, 296, 1832
37. Douarche, F.; Ciliberto, S.; Petrosyan, A.; Rabbiosi, L. Europhys. Lett. 2005, 70, 593
38. Berkovich, R.; Klafter, J.; Urbakh, M. J. Phys.: Condens. Matter 2008, 20, 354008
39. Paramore, S.; Ayton, G. S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2007, 126, 051102
40. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 28, 1781
41. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, R. E.; Sates, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187
42. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
43. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33
44. Mezei, M.; Fleming, P. J.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004, 55, 502
45. Kentsis, A.; Mezei, M.; Gindin, T.; Osman, R. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004, 55, 493
46. Lopez, M. M.; Chin, D.-H.; Baldwin, R. L.; Makhatadze, G. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1298
47. Shi, Z.; Olson, C. A.; Rose, G. D.; Baldwin, R. L.; Kallenbach, N. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 9190
48. Scholtz, J. M.; Baldwin, R. L. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1992, 21, 95
49. Baldwin, R. L. Biophys. Chem. 2002, 101-102, 203
50. Doruker, P.; Bahar, I. Biophys. J. 1997, 72, 2445
51. Armen, R.; Alonso, D. O.; Daggett, V. Protein Sci. 2003, 12, 1145