Protein analysis using a combination of an online monolithic trypsin immobilized enzyme reactor and collisionally-activated dissociation/electron transfer dissociation dual tandem mass spectrometry

Bulletin of the Korean Chemical Society

Volumn 33, Issue 10, 2012, Pages 3233-3240

  Hwang, Hyo Jin ^a   Cho, Kun ^a,b   Kim, Jin Young ^b   Kim, Young Hwan ^b,c   Oh, Han Bin ^a  

^a Sogang University   (South Korea)

^b Korea Basic Science Institute (KBSI)   (South Korea)

^c Chungnam National University   (South Korea)

Author keywords

Collisionally activated dissociation (CAD); Electron transfer Dissociation (ETD); Immobilized enzyme reactor (IMER); Monolithic reactor; Trypsin immobilization

Indexed keywords

COLLISIONALLY ACTIVATED DISSOCIATION; ELECTRON-TRANSFER DISSOCIATION; IMMOBILIZED ENZYME REACTORS; MONOLITHIC REACTOR; TRYPSIN-IMMOBILIZATION;

COMPUTER AIDED DESIGN; ELECTRON TRANSITIONS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES;

DISSOCIATION;

EID: 84867858439     PISSN: 02532964     EISSN: 12295949     Source Type: Journal    
DOI: 10.5012/bkcs.2012.33.10.3233     Document Type: Article

References (74)

1. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198.
2. Yates, J. R. Biotechniques 2004, 36, 917.
3. Han, X.; Aslanian, A.; Yates, J. R. Curr. Opin. Chem. Biol. 2008, 12, 483.
4. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64.
5. Karas, M.; Bachmann, D.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1985, 57, 2935.
6. Tanaka, K.; Waki, H.; Ido, Y.; Akita, S.; Yoshida, Y.; Yoshida, T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1988, 2, 151.
7. Shin, M.; Kim, H. J. Bull. Korean Chem. Soc. 2011, 32, 1183.
8. Ha, M.; In, Y.; Maeng, H.; Zee, O. P.; Lee, J.; Kim, Y. Mass Spectrom. Lett. 2011, 2, 61.
9. Park, E.; Song, J. S.; Kim, H. J. Bull. Korean Chem. Soc. 2012, 33, 987.
10. So, H. R.; Han, S. Y.; Oh, H. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. in press (2012).
11. Takáts, Z.; Wiseman, J. M.; Gologan, B.; Cooks, R. G. Science 2004, 306, 471.
12. Takáts, Z.; Wiseman, J. M.; Cooks, R. G. J. Mass Spectrom. 2005, 40, 1261.
13. Henderson, S. C.; Valentine, S. J.; Counterman, A. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem. 1999, 71, 291.
14. Hudgins, R. R.; Jarrold, M. F. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 3494.
15. Wyttenback, T.; Kemper, P. R.; Bowers, M. T. Int. J. Mass Spectrom. 2001, 212, 12.
16. Kanu, A. B.; Dvivedi, P.; Tam, M.; Matz, L.; Hill, H. H. J. Mass Spectrom. 2008, 43, 1.
17. Purves, R. W.; Guevremont, R.; Day, S.; Pipich, C. W.; Matyjaszczyk, M. S. Rev. Sci. Instrum. 1989, 69, 4904.
18. Caldwell, R. L.; Caprioli, R. M. Mol. Cell Proteomics 2005, 4, 394.
19. McDonnell, L. A.; Heeren, R. M. Mass Spectrom. Rev. 2007, 26, 606.
20. Douglas, D. J.; Frank, A. J.; Mao, D. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 1.
21. Mararov, A. Anal. Chem. 2000, 72, 1156.
22. Hu, Q.; Noll, R. J.; Li, H.; Hardman, M.; Graham, R. G. J. Mass Spectrom. 2005, 40, 430.
23. Sze, S. K.; Ge, Y.; Oh, H. B.; McLafferty, F. W. Proc. Nat'l. Acad. Sci. USA 2002, 99, 1774.
24. Charlebois, J. P.; Patrie, S. M.; Kelleher, N. L. Anal. Chem. 2003, 75, 3263.
25. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotech. 1999, 17, 994.
26. Ross, P. L.; Huang, Y. N.; Marchese, J. N.; Williamson, B.; Parker, K.; Hattan, S.; Khainovskim N.; Pillai, S.; Dey, S.; Daniels, S.; Purkayastha, S.; Juhasz, P.; Martin, S.; Bartlet-Jones, M.; He, F.; Jacobson, A.; Pappin, D. J. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1154.
27. Zubarev, R. A.; Kelleher, N. L.; McLafferty, F. W. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 3265.
28. Zubarev, R. A.; Horn, D. M.; Fridriksson, E. K.; Kelleher, N. L.; Kruger, N. A.; Lewis, M. A. Carperter, B. K.; McLafferty, F. W. Anal. Chem. 2000, 72, 563.
29. Lee, S. Y.; Han, S. Y.; Lee, T. G.; Lee, D. H.; Chung, G. S.; Oh, H. B. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2006, 17, 536.
30. Yim, Y. H.; Kim, B. J.; Ahn, S. H.; So, H. Y.; Lee, S. Y.; Oh, H. B. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2006, 20, 1918.
31. Lee, S. Y.; Chung, G. S.; Kim, J. D.; Oh, H. B. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2006, 20, 3167.
32. Lee, S. Y.; Park, S. J.; Ahn, S. H.; Oh, H. B. Int. J. Mass Spectrom. 2009, 279, 47.
33. Cooper, H. J.; Håkansson, K.; Marshall, A. G. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 201.
34. Zubarv, R. A. Mass Spectrom. Rev. 2003, 22, 57.
35. Syka, J. E. P.; Coon, J. J.; Schroeder, M. J.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 2004, 101, 9528.
36. McLuckey, S. A.; Stephenson, J. L. Mass Spectrom. Rev. 1998, 17, 369.
37. Good, D. M.; Wirtala, M.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Mol. Cell Proteomics 2007, 6, 1942.
38. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Coon, J. J. Nat. Methods 2008, 5, 959.
39. Kelleher, N. L.; Zubarev, R. A.; Bush, K.; Furie, B.; Furie, B. C.; McLafferty, F. W.; Walsh, C. T. Anal. Chem. 1999, 4250.
40. Mikesh, L. M.; Ueberheide, B.; Chi, A.; Coon, J. J.; Syka, J. E. P.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1764, 1811.
41. Chi, A.; Huttenhower, C.; Geer, L. Y.; Coon, J. J.; Syka, J. E. P.; Bai, D. L.; Shabonowitz, J.; Burke, D. J.; Troyanskaya, O. G.; Hunt, D. F. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 2007, 104, 2193.
42. Molina, H.; Horn, D. M.; Tang, N.; Mathivanan, S.; Pandey, A. Proc. Nat'l Acad. Sci. USA 2007, 104, 2199.
43. Catalina, M. I.; Koeleman, C. A. M.; Deelder, A. M.; Wuhrer, M. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2007, 21, 1053.
44. Wu, S.-L.; Hühmer, A. F. R.; Hao, Z.; Karger, B. L. J. Proteome Res. 2007, 6, 4230.
45. Viner, R. I.; Zhang, T.; Second, T.; Zabrouskov, V. J. Proteomics 2009, 72, 874.
46. Massolini, G.; Calleri, E. J. Sep. Sci. 2005, 28, 7.
47. Ma, J.; Zhang, L.; Liang, Z.; Shan, Y.; Zhang, Y. Trends Anal. Chem. 2011, 30, 691.
48. Guibault, G. Modern Monographs in Analytical Chemistry II; Marcel Dekker Inc.: New York, 1984.
49. Krogh, T. N.; Berg, T.; Højrup, P. Anal. Biochem. 1999, 274, 153.
50. Nicoli, R.; Rudaz, S.; Stella, C.; Veuthey, J.-L. J. Chromatogr. A 2009, 1216, 2695.
51. Thelohan, S.; Jadaud, P.; Wainer, I. W. Chromatographia 1989, 28, 551.
52. Wang, S.; Regnier, F. E. J. Chromatogr. A 2001, 913, 429.
53. Slysz, G. W.; Schriemer, D. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 1044.
54. Hjertén, S.; Liao, J. L.; Zhang, R. J. Chromatogr. 1989, 473, 273.
55. Svec, F. J. Sep. Sci. 2004, 27, 747.
56. Petro, M.; Svec, F.; Fréchet, J. M. J. Biotech. Bioeng. 1996, 48, 355.
57. Josic, D.; Buchacher, A.; Jungbauer, A. J. Chromatogr. B 2001, 752, 191.
58. Calleri, E.; Temporini, C.; Perani, E.; Stella, C.; Rudaz, S.; Lubda, D.; Mellerio, G.; Veuthey, J. L.; Caccialanza, G.; Massolini, G. J. Chromatogr. A 2004, 1045, 99.
59. Kato, M.; Inuzuka, K.; Sakai-Kato, K.; Toyo'oka, T. Anal. Chem. 2005, 77, 1813.
60. Dulay, M. T.; Bac, Q. J.; Zare, R. N. Anal. Chem. 2005, 77, 4604.
61. Besanger, T. R.; Hodgson, R. J.; Green, J. R. A.; Brennan, J. D. Anal. Chim. Acta 2006, 564, 106.
62. Ma, J.; Liang, Z.; Qiao, X.; Deng, Q.; Tao, D.; Zhang, L.; Zhang, Y. Anal. Chem. 2008, 80, 2949.
63. Haynes, J. D.; Malik, A. Anal. Chem. 2000, 72, 4090.
64. Colón, H.; Zhang, X.; Murphy, J. K.; Rivera, J. G.; Colón, L. A. Chem. Commun. 2005, 22, 2826.
65. Yan, L. J.; Zhang, Q. H.; Zhang, J.; Zhang, L. Y.; LI, T.; Feng, Y. Q.; Zhang, L. H.; Zhang, W. B.; Zhang, Y. K. J. Chromatogr. A 2004, 1046, 255.
66. Yin, H.; Killeen, K.; Brenne, R.; Sobek, D.; Werlich, M.; van de Goor, T. Anal. Chem. 2005, 77, 527.
67. Bond, J. S. Commercially Available Proteases, Appendix II. In: Proteolytic Enzymes, A Practical Approach. Beynon, R. J., Bond, J. S., Eds.; IRL Press, Oxford, U.K. 240, 1989.
68. Feng, S.; Ye, M.; Jiang, X.; Jin, W.; Zou, H. J. Proteome Res. 2006, 5, 422.
69. Klammer, A. A.; MacCoss, M. J. J. Proteome Res. 2006, 5, 695.
70. Håkansson, K.; Cooper, H. J.; Emmett, M. R.; Costello, C. E.; Marshall, A. G.; Nilsson, C. L. Anal. Chem. 2001, 73, 4530.
71. Swaney, D. L.; McAlister, G. C.; Wirtala, M.; Schwartz, J. C.; Syka, J. E. P.; Coon, J. J. Anal. Chem. 2007, 79, 477.
72. Oh, H. B.; Breuker, K.; Sze, S. K.; Ying, G.; Carpenter, B. K.; McLafferty, F. W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 15863.
73. Oh, H. B.; McLafferty, F. W. Bull. Korean Chem. Soc. 2006, 27, 389.
74. Park, S. J.; Ahn, H. K.; Lee, S. Y.; Han, S. Y.; Rhee, B. K.; Oh, H. B. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 23, 3609.