Folding-reaction coupling in a self-cleaving protein

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 10, 2012, Pages 3871-3879

  Wallin, Göran ^a   Härd, Torleif ^b   Åqvist, Johan ^a  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

^b SWEDISH UNIVERSITY OF AGRICULTURAL SCIENCES   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84867386509     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct3001427     Document Type: Article

References (58)

1. Warshel, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1978, 75, 5250-5254
2. Warshel, A.; Sharma, P. K.; Kato, M.; Xiang, Y.; Liu, H.; Olsson, M. H. M. Chem. Rev. 2006, 106, 3210-3235
3. Warshel, A.; Hwang, J. K.; Åqvist, J. Faraday Discuss. 1992, 93, 225-238
4. Feierberg, I.; Åqvist, J. Theor. Chem. Acc. 2002, 108, 71-84
5. Shoichet, B. K.; Baase, W. A.; Kuroki, R.; Matthews, B. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1995, 92, 452-456
6. Macao, B.; Johansson, D. G.; Hansson, G. C.; Härd, T. Nat. Struct. Mol. Biol. 2006, 13, 71-6
7. Johansson, D. G. A.; Macao, B.; Sandberg, A.; Härd, T. J. Mol. Biol. 2008, 377, 1130-1143
8. Sandberg, A.; Johansson, D. G. A.; Macao, B.; Härd, T. J. Mol. Biol. 2008, 377, 1117-1129
9. Johansson, D. G. A.; Wallin, G.; Sandberg, A.; Macao, B.; Åqvist, J.; Härd, T. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 9475-9477
10. Shao, Y.; Paulus, H. J. Peptide Res. 1997, 50, 193-198
11. Paulus, H. Chem. Soc. Rev. 1998, 27, 375-386
12. Babe, L. M.; Craik, C. S. Cell 1997, 91, 427-430
13. Fersht, A. Structure and Mechanism in Protein Science; W.H. Freeman: New York, 1999.
14. Bergmann, B.; Brand, E.; Weinmann, F. Hoppe-Seyler's Z. Physiol. Chem. 1923, 131, 1-17
15. Iwai, K.; Ando, T. Methods Enzymol. 1967, 11, 263-282
16. Mujika, J. I.; Lopez, X.; Mulholland, A. J. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 5607-5616
17. Mujika, J. I.; Lopez, X.; Mulholland, A. J. Org. Biomol. Chem. 2012, 10, 1207-1218
18. Sakakibara, S.; Shin, K.; Hess, G. J. Am. Chem. Soc. 1962, 84, 4921-4928
19. Levitin, F.; Stern, O.; Weiss, M.; Gil-Henn, C.; Ziv, R.; Prokocimer, Z.; Smorodinsky, N. I.; Rubinstein, D. B.; Wreschner, D. H. J. Biol. Chem. 2005, 39, 33374-33386
20. Wang, Q. P.; Bennet, A. J.; Brown, R. S.; Santasiero, B. D. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 5757-5765
21. Greenberg, A.; Moore, D. T.; Dubois, T. D. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 8658-8668
22. Choo, S. J.; Cui, C.; Lee, J. Y.; Park, J. K.; Suh, S. B.; Park, J.; Kim, B. H.; Kim, K. S. J. Org. Chem. 1997, 62, 4068-4071
23. Lopez, X.; Mujika, J. I.; Blackburn, G. M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 2304-2315
24. Mujika, J. I.; Mercero, J. M.; Lopez, X. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 6099-6107
25. Fersht, A. R. J. Am. Chem. Soc. 1971, 93, 3504-3515
26. Pauling, L. Chem. Eng. News 1946, 24, 1375-1377
27. Pauling, L. Nature 1948, 161, 707-709
28. Ford, L. O.; Johnson, L. N.; Machin, P. A.; Phillips, D. C.; Tjian, R. J. Mol. Biol. 1974, 88, 349-371
29. Menger, F. M. Biochemistry 1992, 31, 5368-5373
30. Khanjin, N. A.; Snyder, J. P.; Menger, F. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 11831-11846
31. Bruice, T. C. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 139-148
32. Warshel, A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2003, 32, 425-443
33. Åqvist, J.; Fothergill, M. J. Biol. Chem. 1996, 271, 10010-10016
34. Shurki, A.; Strajbl, M.; Villa, J.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 4097-4107
35. Foster, J. P.; Weinhold, F. J. Am. Chem. Soc. 1980, 102, 7211-7218
36. Reed, A. E.; Weinstock, R. B.; Weinhold, F. J. Chem. Phys. 1985, 83, 735-746
37. Vosko, S. H.; Wilk, L.; Nusair, M. Can. J. Phys. 1980, 58, 1200-1211
38. Lee, C. T.; Yang, W. T.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789
39. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652
40. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Ashvar, C. S.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. Faraday Discuss. 1994, 99, 103-119
41. Stephens, P. J.; Devlin, F. J.; Chabalowski, C. F.; Frisch, M. J. J. Phys. Chem. 1994, 98, 11623-11627
42. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 56, 2257-2261
43. Hariharan, P. C.; Pople, J. A. Theor. Chim. Acta 1973, 28, 213-222
44. Krishnan, R.; Binkley, J. S.; Seeger, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 650-4
45. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Norm, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2009.
46. Torrie, G. M.; Valleau, J. P. J. Comput. Phys. 1977, 23, 187-199
47. Kumar, S.; Rosenberg, J. M.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021
48. Marelius, J.; Kolmodin, K.; Feierberg, I.; Åqvist, J. J. Mol. Graphics Modell. 1998, 16, 213-225
49. Sugita, Y.; Kitao, A.; Okamoto, Y. J. Chem. Phys. 2000, 113, 6042-6051
50. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; TiradoRives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236
51. Jorgensen, W.; Chandrasekhar, J.; Madura, J.; Rw, I.; Klein, M. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
52. Starr, F. W.; Sciortino, F.; Stanley, H. E. Phys. Rev. E 1999, 60, 6757-6768
53. King, G.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1989, 91, 3647-3661
54. Lee, F. S.; Warshel, A. J. Chem. Phys. 1992, 97, 3100-3107
55. Efron, B. Ann. Stat. 1986, 14, 1301-1304
56. Klabunde, T.; Sharma, S.; Telenti, A.; Jacobs, W. R.; Sacchettini, J. C. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 31-36
57. Roca, M.; Messer, B.; Hilvert, D.; Warshel, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 13877-13882
58. Zhao, Y.; Lynch, B. J.; Truhlar, D. G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2005, 7, 43-52