Chemical inhomogeneity in the ultrafast dynamics of the DXCF cyanobacteriochrome Tlr0924

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 35, 2012, Pages 10571-10581

  Freer, Lucy H ^a   Kim, Peter W ^a   Corley, Scott C ^a   Rockwell, Nathan C ^a   Zhao, Lu ^a   Thibert, Arthur J ^a   Lagarias, J Clark ^a   Larsen, Delmar S ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHEMICAL BONDS; ORGANIC POLLUTANTS; POLYCHLORINATED BIPHENYLS;

BOND FORMATION; CHEMICAL INHOMOGENEITIES; COVALENT LINKAGE; CYS RESIDUES; DARK STATE; EXCITED-STATE DECAY; PHOTO-SENSORS; PHOTOCONVERSION; PHOTOCYCLES; PHOTOPRODUCTS; PHYCOVIOLOBILIN; REACTION DIRECTIONS; REVERSE REACTIONS; SPECTRAL RESPONSE; TARGET ANALYSIS; TIME ANALYSIS; ULTRA-FAST DYNAMICS; ULTRAFAST TRANSIENT ABSORPTION SPECTROSCOPY; VISIBLE REGION;

CHROMOPHORES;

EID: 84865972327     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp302637u     Document Type: Article

References (48)

1. Butler, W. L.; Norris, K. H.; Siegelman, H. W.; Hendricks, S. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1959, 45, 1703
2. Yeh, K. C.; Wu, S. H.; Murphy, J. T.; Lagarias, J. C. Science 1997, 277, 1505
3. Giraud, E.; Fardoux, L.; Fourrier, N.; Hannibal, L.; Genty, B.; Bouyer, P.; Dreyfus, B.; Vermeglio, A. Nature 2002, 417, 202
4. Davis, S. J.; Vener, A. V.; Vierstra, R. D. Science 1999, 286, 2517
5. Froehlich, A. C.; Noh, B.; Vierstra, R. D.; Loros, J.; Dunlap, J. C. Eukaryotic Cell 2005, 4, 2140
6. De Riso, V.; Raniello, R.; Maumus, F.; Rogato, A.; Bowler, C.; Falciatore, A. Nucleic Acids Res. 2009, 37.
7. Wu, S. H.; McDowell, M. T.; Lagarias, J. C. J. Biol. Chem. 1997, 272, 25700
8. Hughes, J. Biochem. Soc. Trans. 2010, 38, 710
9. Rockwell, N. C.; Lagarias, J. C. ChemPhysChem 2010, 11, 1172
10. Auldridge, M. E.; Forest, K. T. Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. 2011, 46, 67
11. Ikeuchi, M.; Ishizuka, T. Photochem. Photobiol. Sci. 2008, 7, 1159
12. Wu, S. H.; Lagarias, J. C. Biochemistry 2000, 39, 13487
13. Hahn, J.; Strauss, H. M.; Landgraf, F. T.; Gimenez, H. F.; Lochnit, G.; Schmieder, P.; Hughes, J. FEBS J. 2006, 273, 1415
14. Ishizuka, T.; Shimada, T.; Okajima, K.; Yoshihara, S.; Ochiai, Y.; Katayama, M.; Ikeuchi, M. Plant Cell Physiol. 2006, 47, 1251
15. Song, J. Y.; Cho, H. S.; Cho, J. I.; Jeon, J. S.; Lagarias, J. C.; Park, Y. I. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 10780
16. Yoshihara, S.; Katayama, M.; Geng, X. X.; Ikeuchi, M. Plant Cell Physiol. 2004, 45, 1729
17. Hirose, Y.; Shimada, T.; Narikawa, R.; Katayama, M.; Ikeuchi, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 9528
18. Narikawa, R.; Fukushima, Y.; Ishizuka, T.; Itoh, S.; Ikeuchi, M. J. Mol. Biol. 2008, 380, 844
19. Narikawa, R.; Kohchi, T.; Ikeuchi, M. Photochem. Photobiol. Sci. 2008, 7, 1253
20. Rockwell, N. C.; Martin, S. S.; Feoktistova, K.; Lagarias, J. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 11854
21. Rockwell, N. C.; Martin, S. S.; Lagarias, J. C. Biochemistry 2012, in press.
22. Rockwell, N. C.; Njuguna, S. L.; Roberts, L.; Castillo, E.; Parson, V. L.; Dwojak, S.; Lagarias, J. C.; Spiller, S. C. Biochemistry 2008, 47, 7304
23. Ulijasz, A. T.; Cornilescu, G.; von Stetten, D.; Cornilescu, C.; Escobar, F. V.; Zhang, J. R.; Stankey, R. J.; Rivera, M.; Hildebrandt, P.; Vierstra, R. D. J. Biol. Chem. 2009, 284, 29757
24. Ishizuka, T.; Kamiya, A.; Suzuki, H.; Narikawa, R.; Noguchi, T.; Kohchi, T.; Inomata, K.; Ikeuchi, M. Biochemistry 2011, 50, 953
25. Rockwell, N. C.; Martin, S. S.; Lagarias, J. C. Biochemisry 2012, 51, 3576
26. Carroll, E. C.; Compton, O. C.; Madsen, D.; Osterloh, F. E.; Larsen, D. S. J. Phys. Chem. C 2008, 112, 2394
27. Holzwarth, A. R. Data Analysis of Time-Resolved Measurements. In Biophysical techniques in photosynthesis; Amesz, J.; Hoff, A. J., Eds.; Springer: The Netherlands, 1996; p 75.
28. van Stokkum, I. H. M.; Larsen, D. S.; van Grondelle, R. Biochim. Biophys. Acta, Bioenerg. 2004, 1657, 82
29. Kim, P. W.; Freer, L. H.; Rockwell, N. C.; Martin, S. S.; Lagarias, J. C.; Larsen, D. S. Biochemistry 2012, 51, 619
30. Kim, P. W.; Freer, L. H.; Rockwell, N. C.; Martin, S. S.; Lagarias, J. C.; Larsen, D. S. Biochemistry 2012, 51, 608
31. Heyne, K.; Herbst, J.; Stehlik, D.; Esteban, B.; Lamparter, T.; Hughes, J.; Diller, R. Biophys. J. 2002, 82, 1004
32. Muller, M. G.; Lindner, I.; Martin, I.; Gartner, W.; Holzwarth, A. R. Biophys. J. 2008, 94, 4370
33. Toh, K. C.; Stojkovic, E. A.; van Stokkum, I. H. M.; Moffat, K.; Kennis, J. T. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 9170
34. Lamparter, T.; Mittmann, F.; Gartner, W.; Borner, T.; Hartmann, E.; Hughes, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 11792
35. Remberg, A.; Lindner, I.; Lamparter, T.; Hughes, J.; Kneip, C.; Hildebrandt, P.; Braslavsky, S. E.; Gartner, W.; Schaffner, K. Biochemistry 1997, 36, 13389
36. Kneip, C.; Hildebrandt, P.; Schlamann, W.; Braslavsky, S. E.; Mark, F.; Schaffner, K. Biochemistry 1999, 38, 15185
37. van Thor, J. J.; Borucki, B.; Crielaard, W.; Otto, H.; Lamparter, T.; Hughes, J.; Hellingwerf, K. J.; Heyn, M. P. Biochemistry 2001, 40, 11460
38. Schwinte, P.; Foerstendorf, H.; Hussain, Z.; Gartner, W.; Mroginski, M.-A.; Hildebrandt, P.; Siebert, F. Biophys. J. 2008, 95, 1256
39. Yang, X.; Ren, Z.; Kuk, J.; Moffat, K. Nature 2011, 479, 428
40. Rockwell, N. C.; Martin, S. S.; Gulevich, A. G.; Lagarias, J. C. Biochemistry 2012, 51, 1449
41. Kim, P. W.; Freer, L. H.; Rockwell, N. C.; Lagarias, J. C.; Larsen, D. S. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 130
42. Song, C.; Psakis, G.; Lang, C.; Mailliet, J.; Gartner, W.; Hughes, J.; Matysik, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 3842
43. von Stetten, D.; Gunther, M.; Scheerer, P.; Murgida, D. H.; Mroginski, M. A.; Krauss, N.; Lamparter, T.; Zhang, J.; Anstrom, D. M.; Vierstra, R. D.; Forest, K. T.; Hildebrandt, P. Angew. Chem., Int. Ed. 2008, 47, 4753
44. Kaminski, S.; Daminelli, G.; Mroginski, M. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 945
45. Wagner, J. R.; Zhang, J. R.; Brunzelle, J. S.; Vierstra, R. D.; Forest, K. T. J. Biol. Chem. 2007, 282, 12298
46. Xiaojing, Y.; Stojkovic, E. A.; Kuk, J.; Moffat, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 12571
47. Essen, L. O.; Mailliet, J.; Hughes, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 14709
48. Yang, X.; Kuk, J.; Moffat, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 14715