Spectroscopic and computational study of melittin, cecropin A, and the hybrid peptide CM15

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 35, 2012, Pages 10600-10608

  Schlamadinger, Diana E ^a,b   Wang, Yi ^a   McCammon, J Andrew ^a   Kim, Judy E ^a  

^a UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^b YALE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; AMINO ACIDS; MEMBRANES; MOLECULAR DYNAMICS;

ANTI-MICROBIAL ACTIVITY; ANTIMICROBIAL PEPTIDE; BACKBONE STRUCTURES; BI-LAYER; CECROPIN A; COMPUTATIONAL STUDIES; DEFENSIVE WEAPONS; EUKARYOTIC CELLS; HYBRID PEPTIDES; INNATE IMMUNE SYSTEMS; LOCAL ENVIRONMENTS; MELITTIN; MEMBRANE DISRUPTION; PEPTIDE TOXIN; PEPTIDE-MEMBRANE INTERACTIONS; PROKARYOTIC CELLS; SINGLE TRYPTOPHANS; UV RESONANCE RAMAN SPECTRA;

PEPTIDES;

EID: 84865958985     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp304021t     Document Type: Article

References (50)

1. Zasloff, M. Nature 2002, 415, 389-395
2. Brogden, K. A. Nat. Rev. Microbiol. 2005, 3, 238-250
3. Steiner, H.; Hultmark, D.; Engström, Å.; Bennich, H.; Boman, H. G. Nature 1981, 292, 246-248
4. Sato, H.; Feix, J. B. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1758, 1245-1256
5. Andreu, D.; Ubach, J.; Boman, A.; Wåhlin, B.; Wade, D.; Merrifield, R. B.; Boman, H. G. FEBS Lett. 1992, 296, 190-194
6. Bechinger, B. J. Membr. Biol. 1997, 156, 197-211
7. Blondelle, S. E.; Houghten, R. A. Biochemistry 1991, 30, 4671-4678
8. Blondelle, S. E.; Houghten, R. A. Peptide Res. 1991, 4, 12-18
9. Andreu, D.; Merrifield, R. B.; Steiner, H.; Boman, H. G. Biochemistry 1985, 24, 1683-1688
10. Andreu, D.; Merrifield, R. B.; Steiner, H.; Boman, H. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 6475-6479
11. Fink, J.; Boman, A.; Boman, H. G.; Merrifield, R. B. Int. J. Pept. Protein Res. 1989, 33, 412-421
12. Rex, S. Biophys. Chem. 2000, 85, 209-228
13. Dempsey, C. E.; Bazzo, R.; Harvey, T. S.; Syperek, I.; Boheim, G.; Campbell, I. D. FEBS Lett. 1991, 281, 240-244
14. Rivas, L.; Andreu, D. In Pore-Forming Peptides and Protein Toxins; Menestrina, G.; Serra, M. D.; Lazarovici, P., Eds.; Taylor and Francis, Inc.: New York, 2003.
15. Respondek, M.; Madl, T.; Göbl, C.; Golser, R.; Zangger, K. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5228-5234
16. Abrunhosa, F.; Faria, S.; Gomes, P.; Tomaz, I.; Pessoa, J. C.; Andreu, D.; Bastos, M. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 17311-17319
17. Fernández, I.; Ubach, J.; Fuxreiter, M.; Andreu, J. M.; Andreu, D.; Pons, M. Chem.-Eur. J. 1996, 2, 838-846
18. McMahon, H. A.; Alfieri, K. N.; Clark, K. A. A.; Londergan, C. H. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1, 850-855
19. Alfieri, K. N.; Vienneau, A. R.; Londergan, C. H. Biochemistry 2011, 50, 11097-11108
20. Lakowicz, J. R. Principles of Fluorescence Spectroscopy, 3 rd ed.; Springer: New York, 2006.
21. Sanchez, K. M.; Neary, T. J.; Kim, J. E. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 9507-9511
22. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kalé, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781-1802
23. Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613-4621
24. MacKerell, A. D., Jr.; Bashforde, D.; Bellott, M.; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, I. W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
25. Mackerell, A. D.; Feig, M.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-1415
26. Klauda, J. B.; Venable, R. M.; Freites, J. A.; O'Connor, J. W.; Tobias, D. J.; Mondragon-Ramirez, C.; Vorobyov, I.; Mackerell, A. D.; Pastor, R. W. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7830-7843
27. Wang, Y.; Schlamadinger, D. E.; Kim, J. E.; McCammon, J. A. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2012, 1818, 1402-1409
28. Raghuraman, H.; Chattopadhyay, A. Biosci. Rep. 2006, 27, 189-223
29. Ellens, H.; Bentz, J.; Szoka, F. C. Biochemistry 1984, 23, 1532-1538
30. Schlamadinger, D. E.; Gable, J. E.; Kim, J. E. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 14769-14778
31. Huang, C.-Y.; Balakrishnan, G.; Spiro, T. G. J. Raman Spectrosc. 2006, 37, 277-282
32. Caswell, D. S.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 2796-2800
33. Asher, S. A.; Ianoul, A.; Mix, G.; Boyden, M. N.; Karnoup, A.; Diem, M.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11775-11781
34. Dreaden, T. M.; Chen, J.; Rexroth, S.; Barry, B. A. J. Biol. Chem. 2011, 286, 22632-22641
35. Mancheño, J. M.; Oñaderra, M.; Martínez del Pozo, A.; Díaz-Achirica, P.; Andreu, D.; Rivas, L.; Gavilanes, J. G. Biochemistry 1996, 35, 9892-9899
36. Wimley, W. C.; White, S. H. Nat. Struct. Biol. 1996, 3, 842-848
37. Ladokhin, A. S.; Holloway, P. W. Biophys. J. 1995, 69, 506-517
38. Kyte, J.; Doolittle, R. F. J. Mol. Biol. 1982, 157, 105-132
39. Sul, S.; Feng, Y.; Le, U.; Tobias, D. J.; Ge, N.-H. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 1180-1190
40. White, S. H.; Wimley, W. C. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 319-365
41. Killian, J. A.; von Heijne, G. Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 429-434
42. Sanchez, K. M.; Gable, J. E.; Schlamadinger, D. E.; Kim, J. E. Biochemistry 2008, 47, 12844-12852
43. Becker, M. D.; Greathouse, D. V.; Koeppe, R. E.; Andersen, O. S. Biochemistry 1991, 30, 8830-8839
44. Chi, Z.; Chen, X. G.; Holtz, J. S.; Asher, S. A. Biochemistry 1998, 37, 2854-2864
45. Schlamadinger, D. E.; Gable, J. E.; Kim, J. E. Proc. SPIE 2009, 7397, 73970J-1-73970J-13
46. Jordan, T.; Mukerji, I.; Wang, Y.; Spiro, T. G. J. Mol. Struct. 1996, 379, 51-64
47. Ahmed, Z.; Myshakina, N. S.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 11252-11259
48. Snider, C.; Jayasinghe, S.; Hristova, K.; White, S. H. Protein Sci. 2009, 18, 2624-2628
49. Oren, Z.; Shai, Y. Biochemistry 1997, 36, 1826-1835
50. Oren, Z.; Shai, Y. Eur. J. Biochem. 1996, 237, 303-310