Dependence of the AmII'p proline Raman band on peptide conformation

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 113, Issue 32, 2009, Pages 11252-11259

  Ahmed, Zeeshan ^a   Myshakina, Nataliya S ^a   Asher, Sanford A ^a  

^a UNIVERSITY OF PITTSBURGH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMIDES; DENSITY FUNCTIONAL THEORY; PEPTIDES; RADAR ANTENNAS;

CONFORMATION CHANGE; DENSITY FUNCTIONAL THEORY CALCULATIONS; DIHEDRAL ANGLES; FREQUENCY DEPENDENCE; FREQUENCY SHIFT; PEPTIDE BONDS; PEPTIDE CONFORMATION; PLANARITY; POLYPROLINE; RAMAN BANDS; TEMPERATURE-INDUCED; UV RESONANCE RAMAN;

AMINES;

EID: 68549099726     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp809857y     Document Type: Article

References (85)

1. Reiersen, H.; Rees, A. R. Trends Biochem. Sci. 2001, 26, 679.
2. Madison, V. Biopolymers 1977, 16, 2671.
3. Venkatachalam, C. M.; Price, B. J.; Krimm, S. Biopolymers 1975, 14, 1121.
4. Johnston, N.; Krimm, S. Biopolymers 1971, 10, 2597.
5. Dorman, D. E.; Torchia, D. A.; Bovey, F. A. Macromolecules 1973, 6, 80.
6. Tamburro, A. M.; Guantieri, V.; Pandolfo, L.; Scopa, A. Biopolymers 1990, 29, 855.
7. Chiu, C. H.; Bersohn, R. Biopolymers 1977, 16, 277.
8. Mclachlan, A. D. Biopolymers 1977, 16, 1271.
9. Nemethy, G.; Scheraga Harold, A. Biopolymers 1984, 32, 2781.
10. Harper, E. T.; Rose, G. D. Biochemistry 1993, 32, 7605.
11. Tamaki, M.; Akabori, S.; Muramatsu, I. Biopolymers 1996, 39, 129.
12. Garrett, R. H. G.; Charles, M.; Biochemistry, 2nd ed.; Saunders College Publishing: Philadelphia, PA, 1999.
13. Glaser, R. Biophysics; Springer: New York, 2000.
14. Piela, L.; Nemethy, G.; Scheraga, H. A. Biopolymers 1987, 26, 1587.
15. Sankararamakrishnan, R.; Vishveshwara, S. Biopolymers 1990, 30, 287.
16. Deber, C. M.; Glibowicka, M.; Woolley, G. A. Biopolymers 1990, 29, 149.
17. Seshadri, S.; Oberg, K. A.; Fink, A. L. Biochemistry 1994, 33, 1351.
18. Houry, W. A.; Scheraga Harold, A. Biochemistry 1996, 35, 11719.
19. Mayr, L. M.; Odefey, C.; Schutkowski, M.; Schmid, F. X. Biochemistry 1996, 35, 5550.
20. Pascher, T.; Chesick, J. P.; Winkler, J. R.; Gray, H. B. Science 1996, 27, 1558.
21. Hagen, S. J.; Hofrichter, L.; Szabo, A.; Eaton, W. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 11615.
22. Kubelka, J.; Hofrichter, J.; Eaton, W. A. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 76.
23. Lyubovitsky, J. G.; Gray, H. B.; Winkler, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5481.
24. Reimer, U.; Scherer, G.; Drewello, M.; Kruber, S.; Schutkowski, M.; Fischer, G. J. Mol. Biol. 1998, 279, 449.
25. Grathwohl, C.; Wuthrich, K. Biopolymers 1976, 15, 2043.
26. Grathwohl, C.; Wuthrich, K. Biopolymers 1976, 15, 2025.
27. Swenson, C. A. Biopolymers 1971, 10, 2591.
28. Rippon, W. B.; Koeing, J. L.; Walton, A. G. J. Am. Chem. Soc. 1970, 92, 7455.
29. Harhay, G. P.; Hudson, B. J. Phys. Chem. 1993, 97, 8158.
30. Harhay, G. P.; Hudson, B. S. J. Phys. Chem. 1991, 95, 3511.
31. Caswell, D. S.; Spiro, T. G. J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 2796.
32. Mayne, L.; Hudson, B. J. Phys. Chem. 1987, 91, 4438.
33. Mayne, L.; Hudson, B. Methods Enzymol. 1986, 130, 331.
34. Takeuchi, H.; Harada, I. J. Raman Spectrosc. 1990, 21, 509.
35. Song, S.; Asher, S. A.; Krimm, S. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1155.
36. Qian, W.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. Chem. Phys. Lett. 1999, 315, 125.
37. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Mol. Struct. 1996, 377, 219.
38. Cheam, T. C.; Krimm, S. Spectrochim. Acta, Part A 1984, 40, 481.
39. Jordon, T.; Mukerji, I.; Yang, W.; Spiro, T. G. J. Biol. Chem. 1996, 379, 51.
40. Triggs, N. E.; Valentini, J. J. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6922.
41. Myshakina, N. S.; Ahmed, Z.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 11873.
42. Urry, D. W. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 11007.
43. Bykov, S. B.; Lednev, I. K.; Ianoul, A.; Mikhonin, A. V.; Asher, S. A. Appl. Spectrosc. 2005, 59, 1541.
44. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.01; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
45. Kohn, W.; Sham, L. J. Phys. Rev. 1965, 137, 1697.
46. Parr, R. G.; Yang, W. Density-functional theory of atoms and molecules; Oxford Univ. Press: Oxford, U.K., 1989.
47. Hohenberg, P.; Kohn, W. Phys. Rev. 1964, 136, B864.
48. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
49. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1988, 37, 785.
50. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200.
51. Irikura, K. K.; Johnson, R. D., III; Kacker, R. N. J. Phys. Chem. A 2005, 109, 8430.
52. Halls, M. D.; Velkovski, J.; Schlegel, H. B. Theor. Chem. Acc. 2001, 105, 413.
53. Ponder, J. W. TINKER, Software Tools for Molecular Design. In http://dasher.wustl.edu/tinker.
54. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33.
55. Hinderaker, M. P.; Raines, R. T. Protein Sci. 2003, 12, 1188.
56. Mikhonin, A. V.; Ahmed, Z.; Ianoul, A.; Asher, S. A. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 19020.
57. Lednev, I. K.; Karnoup, A. S.; Sparrow, M. C.; Asher, S. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8074.
58. Manas, E. S.; Getahun, Z.; Wright, W. W.; DeGrado, W. F.; Vanderkooi, J. M. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9883.
59. Neidigh, J. W.; Fesinmeyer, R. M.; Andersen, N. H. Nat. Struct. Biol. 2002, 9, 425.
60. Chen, X. G.; Asher, S. A.; Schweitzer-Stenner, R.; Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 2884.
61. Torii, H.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 81.
62. Torii, H.; Tatsumi, T.; Tasumi, M. J. Raman Spectrosc. 1998, 29, 537.
63. Eaton, G.; Symons, C. R.; Rastogi, P. P. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1 1989, 85, 3257.
64. Ham, S.; Kim, J.-H.; Lee, H.; Cho, M. J. Chem. Phys. 2003, 118, 3491.
65. Ramachandran, G. N.; Lakshminarayanan, A. V.; Kolaskar, A. S. Biochim. Biophys. Acta 1973, 303, 8.
66. Ramek, M.; Yu, C.-H.; Sakon, J.; Schafer, L. J. Phys. Chem. A. 2000, 104, 9636.
67. Selvarengan, P.; Kolandaivel, P. Bioorg. Chem. 2005, 33, 253.
68. Ramachandran, G. N. Biopolymers 1968, 6, 1494.
69. MacArthur, M. W.; Thornton, J. M. J. Mol. Biol. 1996, 264, 1180.
70. Otani, Y.; Nagae, O.; Naruse, Y.; Inagaki, S.; Ohno, M.; Yamaguchi, K.; Yamada, G.; Uchiyama, M.; Ohwada, T. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15191.
71. Krimm, S.; Mirkin, N. G. J. Phys. Chem. A. 2004, 108, 5438.
72. Lopez-Garriga, J. J.; Hanton, S.; Babcock, G. T.; Harrison, J. F. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 7251.
73. Lopez, X.; Mujika, J. I.; Blackburn, G. M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. A 2003, 107, 2304.
74. Alkorta, I.; Cativiela, C.; Elguero, J.; Gil, A. M.; Jimenez, A. I. New J. Chem. 2005, 29, 1450.
75. Esposito, L.; De Simone, A.; Zagari, A.; Vitagliano, L. J. Mol. Struct. 2005, 347, 483.
76. Asher, S. A.; Ianoul, A.; Mix, G.; Boyden, M. N.; Karnoup, A.; Diem, M.; Schweitzer-Stenner, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11775.
77. Mirkin, N. G.; Krimm, S. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 5438.
78. Milner-White, E. J. Protein Sci. 1997, 6, 2477.
79. Creamer, T. P. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998, 33, 218.
80. Tiffany, M. L.; Krimm, S. Biopolymers 1968, 6, 1379.
81. Tiffany, M. L.; Krimm, S. Biopolymers 1969, 8, 347.
82. Tiffany, M. L.; Krimm, S. Biopolymers 1972, 11, 2309.
83. Kakinoki, S.; Hirano, Y.; Oka, M. Polym. Bull. 2005, 53, 109.
84. Swenson, C. A.; Formanek, R. J. Phys. Chem. 1967, 71, 4073.
85. Mezei, M.; Fleming, P. J.; Srinivasan, R.; Rose, G. D. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2004, 55, 502.