GAFFlipid: A General Amber Force Field for the accurate molecular dynamics simulation of phospholipid

Soft Matter

Volumn 8, Issue 37, 2012, Pages 9617-9627

  Dickson, Callum J ^a   Rosso, Lula ^a   Betz, Robin M ^b   Walker, Ross C ^b,c   Gould, Ian R ^a  

^a IMPERIAL COLLEGE LONDON   (United Kingdom)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

^c UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMBER; COMPUTER GRAPHICS; GRAPHICS PROCESSING UNIT; MOLECULAR DYNAMICS; PHOSPHOLIPIDS; PROGRAM PROCESSORS;

BILAYER THICKNESS; CONSTANT-PRESSURE CONDITIONS; EXPERIMENTAL VALUES; HIGH ORDER PARAMETERS; LENNARD-JONES PARAMETERS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PHOSPHOLIPID BILAYER; STABLE SIMULATION;

LIPID BILAYERS;

EID: 84865722478     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2sm26007g     Document Type: Article

References (69)

1. J. F. Nagle S. Tristram-Nagle Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2000 1469 159 195
2. J. Gullingsrud K. Schulten Biophys. J. 2004 86 3496 3509
3. R. W. Pastor A. D. Mackerell Jr J. Phys. Chem. Lett. 2011 2 1526 1532
4. L. Monticelli E. Salonen P. C. Ke I. Vattulainen Soft Matter 2009 5 4433 4445
5. M. Orsi J. W. Essex Soft Matter 2010 6 3797 3808
6. A. Jusufi R. H. DeVane W. Shinoda M. L. Klein Soft Matter 2011 7 1139 1146
7. M. Alwarawrah J. Dai J. Huang J. Phys. Chem. B 2010 114 7516 7523
8. V. Vivcharuk Y. N. Kaznessis J. Phys. Chem. B 2011 115 14704 14712
9. A. Cordomí G. Caltabiano L. Pardo J. Chem. Theory Comput. 2012 8 948 958
10. A. P. Lyubartsev A. L. Rabinovich Soft Matter 2010 7 25 39
11. D. Poger W. F. Van Gunsteren A. E. Mark J. Comput. Chem. 2010 31 1117 1125
12. J. B. Klauda R. M. Venable J. A. Freites J. W. O'Connor D. J. Tobias C. Mondragon-Ramirez I. Vorobyov A. D. MacKerell R. W. Pastor J. Phys. Chem. B 2010 114 7830 7843
13. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. Roberts, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, J. Swails, A. W. Goetz, I. Kolossváry, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, R. M. Wolf, J. Liu, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, Q. Cai, X. Ye, J. Wang, M.-J. Hsieh, G. Cui, D. R. Roe, D. H. Mathews, M. G. Seetin, R. Salomon-Ferrer, C. Sagui, V. Babin, T. Luchko, S. Gusarov, A. Kovalenko and P. A. Kollman, AMBER 12, University of California, San Francisco, 2012
14. Å. A. Skjevik B. D. Madej R. C. Walker K. Teigen J. Phys. Chem. B 2012
15. J. Wang R. M. Wolf J. W. Caldwell P. A. Kollman D. A. Case J. Comput. Chem. 2004 25 1157 1174
16. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179 5197
17. V. Hornak R. Abel A. Okur B. Strockbine A. Roitberg C. Simmerling Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2006 65 712 725
18. C. I. Bayly P. Cieplak W. Cornell P. A. Kollman J. Chem. Phys. 1993 97 10269 10280
19. A. W. Götz M. J. Williamson D. Xu D. Poole S. Le Grand R. C. Walker J. Chem. Theory Comput. 2012 8 1542 1555
20. S. L. Grand A. W. Götz R. C. Walker Comput. Phys. Commun. 2012
21. B. Jójárt T. A. Martinek J. Comput. Chem. 2007 28 2051 2058
22. S. W. Siu R. Vacha P. Jungwirth R. A. Bockmann J. Chem. Phys. 2008 128 125103
23. L. Rosso I. R. Gould J. Comput. Chem. 2008 29 24 37
24. F. Jahnig Biophys. J. 1996 71 1348 1349
25. J. Wang T. Hou J. Chem. Theory Comput. 2011 7 2151 2165
26. C. Caleman P. J. van Maaren M. Hong J. S. Hub L. T. Costa D. van der Spoel J. Chem. Theory Comput. 2011 8 61 74
27. F. Castro-Román R. W. Benz S. H. White D. J. Tobias J. Phys. Chem. B 2006 110 24157 24164
28. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. Roberts, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossváry, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, J. Liu, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, Q. Cai, X. Ye, J. Wang, M.-J. Hsieh, G. Cui, D. R. Roe, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin, T. Luchko, S. Gusarov, A. Kovalenko and P. A. Kollman, AMBER 11, University of California, San Francisco, 2010
29. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
30. H. J. C. Berendsen J. P. M. Postma W. F. van Gunsteren A. DiNola J. R. Haak J. Chem. Phys. 1984 81 3684 3690
31. W. M. Haynes, CRC Handbook of Chemistry and Physics 92nd Edition, CRC Press, Boca Raton, FL, 2011-2012
32. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, G. Scalmani, V. Barone, B. Mennucci, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Caricato, X. Li, H. P. Hratchian, A. F. Izmaylov, J. Bloino, G. Zheng, J. L. Sonnenberg, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, T. Vreven, J. A. Montgomery, Jr, J. E. Peralta, F. Ogliaro, M. Bearpark, J. J. Heyd, E. Brothers, K. N. Kudin, V. N. Staroverov, R. Kobayashi, J. Normand, K. Raghavachari, A. Rendell, J. C. Burant, S. S. Iyengar, J. Tomasi, M. Cossi, N. Rega, N. J. Millam, M. Klene, J. E. Knox, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. W. Ochterski, R. L. Martin, K. Morokuma, V. G. Zakrzewski, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, S. Dapprich, A. D. Daniels, Ö. Farkas, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, J. Cioslowski and D. J. Fox, Gaussian 09, Gaussian Inc., Wallingford CT, 2009
33. U. Essmann L. Perera M. L. Berkowitz T. Darden H. Lee L. G. Pedersen J. Chem. Phys. 1995 103 8577 8593
34. W. H. Press, S. A. Teukolsky, W. T. Vetterling and B. P. Flannery, Numerical Recipes: The Art of Scientific Computing, Cambridge University Press, New York, 2007
35. R. Pastor B. Brooks A. Szabo Mol. Phys. 1988 65 1409 1419
36. N. Kučerka Y. Liu N. Chu H. I. Petrache S. Tristram-Nagle J. F. Nagle Biophys. J. 2005 88 2626 2637
37. N. Kučerka S. Tristram-Nagle J. Nagle J. Membr. Biol. 2006 208 193 202
38. J.-P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
39. J. B. Klauda N. Kučerka B. R. Brooks R. W. Pastor J. F. Nagle Biophys. J. 2006 90 2796 2807
40. W. Rawicz K. C. Olbrich T. McIntosh D. Needham E. Evans Biophys. J. 2000 79 328 339
41. N. Kučerka J. F. Nagle J. N. Sachs S. E. Feller J. Pencer A. Jackson J. Katsaras Biophys. J. 2008 95 2356 2367
42. J. Pan S. Tristram-Nagle N. Kučerka J. F. Nagle Biophys. J. 2008 94 117 124
43. S. Tristram-Nagle H. I. Petrache J. F. Nagle Biophys. J. 1998 75 917 925
44. N. Kučerka M.-P. Nieh J. Katsaras Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2011 1808 2761 2771
45. H. Binder K. Gawrisch J. Phys. Chem. B 2001 105 12378 12390
46. M. Rappolt A. Hickel F. Bringezu K. Lohner Biophys. J. 2003 84 3111 3122
47. D. Poger A. E. Mark J. Chem. Theory Comput. 2009 6 325 336
48. S. Nosé M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 78 6928 6939
49. H. C. Andersen J. Chem. Phys. 1980 72 2384 2393
50. S. E. Feller Y. H. Zhang R. W. Pastor B. R. Brooks J. Chem. Phys. 1995 103 4613 4621
51. S. C. Costigan P. J. Booth R. H. Templer Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2000 1468 41 54
52. C. Anézo A. H. de Vries H.-D. Höltje D. P. Tieleman S.-J. Marrink J. Phys. Chem. B 2003 107 9424 9433
53. N. Kučerka S. Tristram-Nagle J. F. Nagle Biophys. J. 2006 90 L83 L85
54. N. Kučerka J. Katsaras J. Nagle J. Membr. Biol. 2010 235 43 50
55. J. P. Douliez A. Léonard E. J. Dufourc Biophys. J. 1995 68 1727 1739
56. A. Seelig J. Seelig Biochemistry 1974 13 4839 4845
57. A. Seelig J. Seelig Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 1975 406 1 5
58. J. B. Klauda N. V. Eldho K. Gawrisch B. R. Brooks R. W. Pastor J. Phys. Chem. B 2008 112 5924 5929
59. H. Akutsu T. Nagamori Biochemistry 1991 30 4510 4516
60. J. Taylor N. E. Whiteford G. Bradley G. W. Watson Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2009 1788 638 649
61. J. P. M. Jämbeck A. P. Lyubartsev J. Phys. Chem. B 2012 116 3164 3179
62. J. M. Boggs Biochim. Biophys. Acta 1987 906 353 404
63. A. S. Ulrich A. Watts Biophys. J. 1994 66 1441 1449
64. N. Kučerka J. Gallová D. Uhríková P. Balgavý M. Bulacu S.-J. Marrink J. Katsaras Biophys. J. 2009 97 1926 1932
65. H. I. Petrache S. W. Dodd M. F. Brown Biophys. J. 2000 79 3172 3192
66. J. Seelig N. Waespe-Sarcevic Biochemistry 1978 17 3310 3315
67. A. Seelig J. Seelig Biochemistry 1977 16 45 50
68. B. Perly I. C. P. Smith H. C. Jarrell Biochemistry 1985 24 4659 4665
69. S. R. Shaikh M. R. Brzustowicz N. Gustafson W. Stillwell S. R. Wassall Biochemistry 2002 41 10593 10602