Building multivariate systems biology models

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 16, 2012, Pages 7064-7071

  Kirwan, Gemma M ^a   Johansson, Erik ^b   Kleemann, Robert ^c   Verheij, Elwin R ^c   Wheelock, Åsa M ^d   Goto, Susumu ^a   Trygg, Johan ^e   Wheelock, Craig E ^a,d  

^a KYOTO UNIVERSITY   (Japan)

^b MKS Umetrics   (Sweden)

^c TNO   (Netherlands)

^d KAROLINSKA INSTITUTE   (Sweden)

^e UMEÅ UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATHEROGENESIS; ATHEROGENIC DIETS; CHOLESTEROL LEVELS; DATA SETS; DATA SPACE; DIGLYCERIDES; DISCRIMINATE ANALYSIS; FENOFIBRATE; FREE FATTY ACID; LATENT STRUCTURES; LIPIDOMICS; LIQUID CHROMATOGRAPHY-MASS SPECTROMETRY; MULTI VARIATE ANALYSIS; MULTIVARIATE SYSTEMS; ORTHOGONAL PROJECTION; SYSTEMATIC VARIATION; SYSTEMS BIOLOGY; THERAPEUTIC INTERVENTION;

MAMMALS; METABOLITES; NUTRITION; PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS;

CHOLESTEROL;

ANTILIPEMIC AGENT; DIACYLGLYCEROL;

ANIMAL; ARTICLE; CHOLESTEROL INTAKE; DISCRIMINANT ANALYSIS; DRUG EFFECT; FEMALE; LIVER; METABOLISM; METHODOLOGY; MOUSE; MULTIVARIATE ANALYSIS; PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS; REGRESSION ANALYSIS; SYSTEMS BIOLOGY;

ANIMALS; CHOLESTEROL, DIETARY; DIGLYCERIDES; DISCRIMINANT ANALYSIS; FEMALE; HYPOLIPIDEMIC AGENTS; LEAST-SQUARES ANALYSIS; LIVER; MICE; MULTIVARIATE ANALYSIS; PRINCIPAL COMPONENT ANALYSIS; SYSTEMS BIOLOGY;

EID: 84865514704     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac301269r     Document Type: Article

References (40)

1. Morrisson, N.; Cochrane, G.; Faruque, N.; Tatusova, T.; Tateno, Y.; Hancock, D.; Field, D. OMICS 2006, 10, 127-137
2. Hood, L. Mech. Ageing Dev. 2003, 124, 9-16
3. Kettaneh, N.; Berglund, A.; Wold, S. Comput. Stat. Data Anal. 2005, 48, 69-85
4. Trygg, J.; Wold, S. Chemometrics 2002, 16, 119-128
5. Shi, L. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 827-838
6. Bylesjö, M.; Rantalainen, M.; Cloarec, O.; Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Trygg, J. Chemometrics 2006, 20, 341-351
7. Gabrielsson, J.; Jonsson, H.; Airiau, C.; Schmidt, B.; Escott, R.; Trygg, J. Chemometrics 2006, 20, 362-369
8. Trygg, J. Chemometrics 2002, 16, 283-293
9. Skova, T.; Ballabiob, D.; Bro, R. Anal. Chim. Acta 2008, 615, 18-29
10. Wiklund, S.; Johansson, E.; Sjöström, L.; Mellerowicz, E. J.; Edlund, U.; Shockcor, J. P.; Gottfries, J.; Moritz, T.; Trygg, J. Anal. Chem. 2008, 80, 115-122
11. Bylesjö, M.; Eriksson, D.; Kusano, M.; Moritz, T.; Trygg, J. Plant J. 2007, 52, 1181-1191
12. Bylesjö, M.; Nilsson, R.; Srivastava, V.; Grönlund, A.; Johansson, A. I.; Jansson, S.; Karlsson, J.; Moritz, T.; Wingsle, G.; Trygg, J. J. Proteome Res. 2009, 8, 199-210
13. Richards, S. E.; Dumas, M.; Fonville, J. M.; Ebbels, T. M. D.; Holmes, E.; Nicholson, J. K. Chemom. Intell. Lab. Syst. 2010, 104, 121-131
14. Molteni, C. G.; Cazzaniga, G.; Condorelli, D. F.; Fortuna, C. G.; Biondi, A.; Musumarra, G. QSAR Comb. Sci. 2009, 28, 822-828
15. Musumarra, G.; Condorelli, D. F.; Fortuna, C. G. Comb. Chem. High Throughput Screening 2011, 14, 36-46
16. Ni, Y.; Su, M.; Lin, J.; Wang, X.; Qiu, Y.; Zhao, A.; Chen, T.; Jia, W. Fed. Eur. Biochem. Soc., Lett. 2008, 582, 2627-2636
17. Fonville, J. M.; Bylesjö, M.; Coena, M.; Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Rantalainen, M. Anal. Chim. Acta 2011, 705, 72-80
18. Hedenström, M.; Wiklund, S.; Sundberg, B.; Edlund, U. Chemom. Intell. Lab. Syst. 2008, 92, 110-117
19. Lundstedt, T.; Hedenström, M.; Soeria-Atmadja, D.; Hammerling, U.; Gabrielsson, J.; Olsson, J.; Trygg, J. Chemom. Intell. Lab. Syst. 2010, 104, 112-120
20. Lundström, S. L.; Levänen, B.; Nording, M.; Klepczynska-Nyström, A.; Sköld, M.; Haeggström, J. Z.; Grunewald, J.; Svartengren, M.; Hammock, B. D.; Larsson, B. M.; Eklund, A.; Wheelock, A. M.; Wheelock, C. E. PLoS One 2011, 6, e23864
21. Croixmarie, V.; Umbdenstock, T.; Cloarec, O.; Moreau, A.; Pascussi, J.; Boursier-Neyret, C.; Walthe, B. Anal. Chem. 2009, 81, 6061-6069
22. Fonville, J. M.; Richards, S. E.; Barton, R. H.; Boulange, C. L.; Ebbels, T. M. D.; Nicholson, J. K.; Holmes, E.; Dumas, M. Chemometrics 2010, 24, 636-649
23. Kim, Y.; Park, Y.; Yanga, S.; Kima, S.; Hyuna, S.; Cho, S.; Kim, Y.; Kwon, D.; Cha, Y.; Chae, S.; Choi, H. Nutr. Res. (N.Y.) 2010, 30, 455-461
24. Boccard, J.; Badoud, F.; Grata, E.; Ouertani, S.; Hanafi, M.; Mazerolles, G.; Lante, P.; Veuthey, J.; Saugy, M.; Ruda, S. Forensic Sci. Int. 2011, 213, 85-94
25. Bruce, S. J.; Breton, I.; Decombaz, J.; Boesch, C.; Scheurer, E.; Montoliu, I.; Rezzi, S.; Kochhara, S.; Guy, P. A. J. Chromatogr., B 2010, 878, 3015-3023
26. De Roover, K.; Ceulemans, E.; Timmerman, M. E. Behav. Res. Methods 2011, 44, 41-56
27. Kleemann, R.; Verschuren, L.; van Erk, M. J.; Nikolsky, Y.; Cnubben, N. H. P.; Verheij, E. R.; Smilde, A. K.; Hendriks, H. F. J.; Zadelaar, S.; Smith, G. J.; Kaznacheev, V.; Nikolskaya, T.; Melnikov, A.; Hurt-Camejo, E.; van der Greef, J.; van Ommen, B.; Kooistra, T. Genome Biol. 2007, 8, R200
28. Kleemann, R.; Bureeva, S.; Perlina, A.; Kaput, J.; Verschuren, L.; Wielinga, P. Y.; Hurt-Camejo, E.; Nikolsky, Y.; van Ommen, B.; Kooistra, T. BMC Syst. Biol. 2011, 5, 125
29. Rantalainen, M.; Cloarec, O.; Beckonert, O.; Wilson, I. D.; Jackson, D.; Tonge, R.; Rowlinson, R.; Rayner, S.; Nickson, J.; Wilkinson, R. W.; Mills, J. D.; Trygg, J.; Nicholson, J. K.; Holmes, E. J. Proteome Res. 2006, 5, 2642-2655
30. Eliasson, M.; Rännar, S.; Madsen, R.; Donten, M.; Marsden-Edwards, E.; Moritz, T.; Shockcor, J.; Johansson, E.; Trygg, J. Anal. Chem. 2012, 10.1021/ac301482k
31. Zadelaar, S.; Kleemann, R.; Verschuren, L.; de Vries-Van der Weij, J.; van der Hoorn, J.; Princen, H. M.; Kooistra, T. Arterioscler., Thromb., Vasc. Biol. 2007, 21, 1706-1721
32. Greenberg, A. S.; Coleman, R. A.; Kraemer, F. B.; McManaman, J. L.; Obin., M. S.; Puri, V.; Yan, Q. W.; Miyoshi, H.; Mashek, D. G. J. Clin. Invest. 2011, 121, 2102-2110
33. Skålén, K.; Gustafsson, M.; Rydberg, E. K.; Hultén, L. M.; Wiklund, O.; Innerarity, T. L.; Borén, J. Nature 2002, 13, 750-754
34. Hotamisligil, G. S. Nature 2006, 444, 860-867
35. Van Rooyen, D. M.; Farrell, G. C. Gastroenterol. Hepatol. 2011, 26, 789-795
36. Geurian, K.; Pinson, J. B.; Weart, C. W. Ann. Pharmacother. 1992, 26, 1109-1117
37. Aronson, D.; Rayfield, E. J. Cardiovasc. Diabetol. 2002, 1, 1
38. Gorden, D. L.; Ivanova, P. T.; Myers, D. S.; McIntyre, J. O.; VanSaun, M. N.; Wright, J. K.; Matrisian, L. M.; Brown, H. A. PLoS One 2011, 6, e22775
39. Verschuren, L.; de Vries-van der Weij, J.; Zadelaar, S.; Kleemann, R.; Kooistra, T. J. Lipid Res. 2009, 50, 301-311
40. Kleemann, R.; Princen, H. M. G.; Emeis, J. J.; Jukema, J. W.; Fontijn, R. D.; Horrevoets, A. J. G.; Kooistra, T.; Havekes, L. M. Circulation 2003, 108, 1368-1374