Dynamics and thermodynamics of water around EcoRI bound to a minimally mutated DNA chain

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 35, 2012, Pages 12277-12284

  Ramakrishnan, Vigneshwar ^a,b   Rajagopalan, Raj ^a,c  

^a NATIONAL UNIVERSITY OF SINGAPORE   (Singapore)

^b SASTRA UNIVERSITY   (India)

^c SKOLKOVO INSTITUTE OF SCIENCE AND TECHNOLOGY   (Russian Federation)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; TYPE II SITE SPECIFIC DEOXYRIBONUCLEASE; WATER;

ARTICLE; CHEMISTRY; ENZYMOLOGY; ESCHERICHIA COLI; GENETICS; HYDROGEN BOND; METABOLISM; MOLECULAR DYNAMICS; MUTATION; THERMODYNAMICS;

DEOXYRIBONUCLEASE ECORI; DNA; ESCHERICHIA COLI; HYDROGEN BONDING; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; MUTATION; THERMODYNAMICS; WATER;

EID: 84865240289     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp41638g     Document Type: Article

References (51)

1. G. A. Papoian J. Ulander M. P. Eastwood Z. Luthey-Schulten P. G. Wolynes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 3352 3357
2. B. V. Adkar B. Jana B. Bagchi J. Phys. Chem. A 2011 115 3691 3697
3. Y. M. Rhee E. J. Sorin G. Jayachandran E. Lindahl V. S. Pande Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 6456 6461
4. P. M. Kasson E. Lindahl V. S. Pande J. Am. Chem. Soc. 2011 133 3812 3815
5. R. Gnanasekaran Y. Xu D. M. Leitner J. Phys. Chem. B 2010 114 16989 16996
6. A. Ben-Naim Biophys. Chem. 2002 101 309 319
7. C. P. Swaminathan A. Nandi S. S. Visweswariah A. Surolia J. Biol. Chem. 1999 274 31272 31278
8. C. P. Swaminathan N. Surolia A. Surolia J. Am. Chem. Soc. 1998 120 5153 5159
9. M. Ahmad W. Gu T. Geyer V. Helms Nat. Commun. 2011 2 261
10. B. Jana S. Pal P. K. Maiti S.-T. Lin J. T. Hynes B. Bagchi J. Phys. Chem. B 2006 110 19611 19618
11. R. Venable Y. Zhang B. Hardy R. Pastor Science 1993 262 223 226
12. S.-T. Lin P. K. Maiti W. A. Goddard J. Phys. Chem. B 2005 109 8663 8672
13. B. Jayaram T. Jain Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004 33 343 361
14. C. K. Reddy A. Das B. Jayaram J. Mol. Biol. 2001 314 619 632
15. Z. Otwinowski R. W. Schevitz R.-G. Zhang C. L. Lawson A. Joachimiak R. Q. Marmorstein B. F. Luisi P. B. Sigler Nature 1988 335 321 329
16. A. Joachimiak T. E. Haran P. B. Sigler EMBO J. 1994 13 321
17. M. Newman T. Strzelecka L. Dorner I. Schildkraut A. Aggarwal Science 1995 269 656 663
18. S. John WR Curr. Opin. Struct. Biol. 1997 7 126 134
19. B. F. Luisi W. X. Xu Z. Otwinowski L. P. Freedman K. R. Yamamoto P. B. Sigler Nature 1991 352 497 505
20. D. T. Gewirth P. B. Sigler Nat. Struct. Mol. Biol. 1995 2 386 394
21. N. Y. Sidorova D. C. Rau Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 12272 12277
22. N. Y. Sidorova D. C. Rau Biopolymers 2000 53 363 368
23. M. Tarek D. J. Tobias Phys. Rev. Lett. 2002 88 138101
24. M. Grossman B. Born M. Heyden D. Tworowski G. B. Fields I. Sagi M. Havenith Nat. Struct. Mol. Biol. 2011 18 1102 1108
25. S. K. Sinha S. Bandyopadhyay J. Chem. Phys. 2011 135 135101
26. V. Ramakrishnan S. Jagannathan A. R. Shaikh R. Rajagopalan J. Biomol. Struct. Dyn. 2012 29 743 756
27. Y. Kim J. C. Grable R. Love P. J. Greene J. M. Rosenberg Science 1990 249 1307 1309
28. N. Guex M. C. Peitsch Electrophoresis 1997 18 2714 2723
29. B. Hess C. Kutzner D. van der Spoel E. Lindahl J. Chem. Theory Comput. 2008 4 435 447
30. A. Pérez I. Marchán D. Svozil J. Sponer T. E. Cheatham III C. A. Laughton M. Orozco Biophys. J. 2007 92 3817 3829
31. Y. Duan C. Wu S. Chowdhury M. C. Lee G. Xiong W. Zhang R. Yang P. Cieplak R. Luo T. Lee J. Caldwell J. Wang P. Kollman J. Comput. Chem. 2003 24 1999 2012
32. W. L. Jorgensen J. Chandrasekhar J. D. Madura R. W. Impey M. L. Klein J. Chem. Phys. 1983 79 926 935
33. I. S. Joung T. E. Cheatham J. Phys. Chem. B 2008 112 9020 9041
34. T. Darden D. York L. Pedersen J. Chem. Phys. 1993 98 10089 10092
35. J.-P. Ryckaert G. Ciccotti H. J. C. Berendsen J. Comput. Phys. 1977 23 327 341
36. B. Mukherjee P. K. Maiti C. Dasgupta A. K. Sood J. Phys. Chem. B 2009 113 10322 10330
37. A. Luzar J. Chem. Phys. 2000 113 10663
38. A. Luzar D. Chandler Nature 1996 379 55 57
39. S.-T. Lin M. Blanco W. A. Goddard J. Chem. Phys. 2003 119 11792 11805
40. N. Y. Sidorova D. C. Rau J. Biomol. Struct. Dyn. 1999 17 19 31
41. S. Y. Bhide M. L. Berkowitz J. Chem. Phys. 2006 125 094713
42. H. Tan I. R. Piletic M. D. Fayer J. Chem. Phys. 2005 122 174501
43. D. Laage G. Stirnemann F. Sterpone R. Rey J. T. Hynes Annu. Rev. Phys. Chem. 2011 62 395 416
44. G. E. Walrafen Y. C. Chu G. J. Piermarini J. Phys. Chem. A 1996 100 10363 10372
45. G. E. Walrafen Y. C. Chu J. Phys. Chem. 1995 99 11225 11229
46. A. Debnath B. Mukherjee K. G. Ayappa P. K. Maiti S.-T. Lin J. Chem. Phys. 2010 133 174704
47. J. Gorman E. C. Greene Nature 2008 15 768 774
48. H. J. Ehbrecht A. Pingoud C. Urbanke G. Maass C. Gualerzi J. Biol. Chem. 1985 260 6160 6166
49. J. Langowski J. Alves A. Pingoud G. Maass Nucleic Acids Res. 1983 11 501 513
50. C. R. Robinson S. G. Sligar Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 2186 2191
51. C. R. Robinson S. G. Sligar Biochemistry 1994 33 3787 3793