Performance of PNOF5 natural orbital functional for radical formation reactions: Hydrogen atom abstraction and C-C and O-O homolytic bond cleavage in selected molecules

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 8, Issue 8, 2012, Pages 2646-2652

  Lopez, Xabier ^a   Ruipérez, Fernando ^a   Piris, Mario ^a,b   Matxain, Jon M ^a   Matito, Eduard ^c   Ugalde, Jesus M ^a  

^a UNIVERSITY OF THE BASQUE COUNTRY UPV EHU   (Spain)

^b BASQUE FOUNDATION FOR SCIENCE   (Spain)

^c UNIVERSITY OF GIRONA   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84865080396     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct300414t     Document Type: Article

References (62)

1. Valko, M.; Rhodes, C. J.; Moncol, J.; Izakovic, M.; Mazur, M. Chem.-Biol. Interact. 2006, 160, 1-40
2. Breher, F. Coord. Chem. Rev. 2007, 251, 1007-1043
3. Dietl, N.; Schlangen, M.; Schwarz, H. Angew. Chem., Int. Ed. 2012, 51, 5544-5555
4. Stadtman, E. R.; Levine, R. L. Amino Acids 2003, 25, 207-18
5. Lushchak, V. I. Biochemistry (Moscow) 2007, 72, 809-827
6. Davies, K. J.; Lin, S. W; Pacifici, R. E. J. Biol. Chem. 1987, 262, 9914-9920
7. Valko, M.; Leibfritz, D.; Moncol, J.; Cronin, M. T. D.; Mazur, M.; Telser, J. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2007, 39, 44-84
8. Halliwell, J. G. B. Free Radicals in Biology and Medicine; Oxford University Press: Oxford, U.K., 1999.
9. Korchowiec, J. J. Phys. Org. Chem. 2002, 15, 524-528
10. Luga, C.; Ignacio Sainz-Díaz, C.; Vivier-Bunge, A. Geochim. Cosmochim. Acta 2010, 74, 3587-3597
11. Prousek, J. Pure Appl. Chem. 2007, 79, 2325-2338
12. Balasubramanian, B.; Pogozelski, W. K.; Tullius, T. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 9738-43
13. Ramond, T.; Blanksby, S.; Kato, S. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9641-9647
14. Basch, H.; Hoz, S. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 4416-4431
15. Temelso, B.; Sherrill, C. D.; Merkle, R. C.; Freitas, R. a. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 11160-11173
16. Vandeputte, A. G.; Sabbe, M. K.; Reyniers, M. F.; Van Speybroeck, V.; Waroquier, M.; Marin, G. B. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 11771-11786
17. Cramer, C. J.; Truhlar, D. G. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 10757-10816
18. Gilbert, T. L. Phys. Rev. B 1975, 12, 2111
19. Levy, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1979, 76, 6062
20. Valone, S. M. J. Chem. Phys. 1980, 73, 1344
21. Gritsenko, O. V.; Pernal, K.; Baerends, E. J. J. Chem. Phys. 2005, 122 204102
22. Frank, R. L.; Lieb, E. H.; Seiringer, R.; Siedentop, H. Phys. Rev. A 2007, 76 052517
23. Rohr, D. R.; Pernal, K.; Gritsenko, O. V.; Baerends, E. J. J. Chem. Phys. 2008, 129 164105
24. Marques, M. A. L.; Lathiotakis, N. N. Phys. Rev. A 2008, 77 032509
25. Sharma, S.; Dewhurst, J. K.; Lathiotakis, N. N.; Gross, E. K. U. Phys. Rev. B 2008, 78 201103
26. Lathiotakis, N. N.; Sharma, S.; Dewhurst, J. K.; Eich, F. G.; Marquers, M. A. L.; Gross, E. K. U. Phys. Rev. A 2009, 79 040501
27. Lathiotakis, N. N.; Helbig, N.; Zacarias, A.; Gross, E. K. U. J. Chem. Phys. 2009, 130 064109
28. Tsuchimochi, T.; Scuseria, G. E. J. Chem. Phys. 2009, 131 121102
29. Piris, M. Adv. Chem. Phys. 2007, 134, 387
30. Piris, M. Int. J. Quantum Chem. 2012, 10.1002/qua.24020
31. Leiva, P.; Piris, M. J. Chem. Phys. 2005, 123 214102
32. J. Theor. Comput. Chem. 2005, 4, 1165.
33. J. Mol. Struct.: THEOCHEM 2006, 770, 45.
34. Int. J. Quantum Chem. 2007, 107, 1.
35. Piris, M.; Matxain, J. M.; Lopez, X.; Ugalde, J. M. J. Chem. Phys. 2009, 131 021102
36. Piris, M.; Lopez, X.; Ugalde, J. M. J. Chem. Phys. 2007, 126 214103
37. Int. J. Quantum Chem. 2008, 108, 1660.
38. J. Chem. Phys. 2008, 128, 134102
39. Piris, M.; Matxain, J. M.; Ugalde, J. M. J. Chem. Phys. 2008, 129 014108
40. Piris, M.; Matxain, J. M.; Lopez, X.; Ugalde, J. M. J. Chem. Phys. 2010, 132 031103
41. Lopez, X.; Piris, M.; Matxain, J. M.; Ugalde, J. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2010, 12, 12931
42. Matxain, J. M.; Piris, M.; Lopez, X.; Ugalde, J. M. Chem. Phys. Lett. 2010, 499, 164
43. Piris, M.; Matxain, J. M.; Lopez, X.; Ugalde, J. M. J. Chem. Phys. 2010, 133 111101
44. Lopez, X.; Ruipérez, F.; Piris, M.; Matxain, J. M.; Ugalde, J. M. ChemPhysChem 2011, 12, 1061
45. Lopez, X.; Piris, M.; Matxain, J. M.; Ruipérez, F.; Ugalde, J. M. ChemPhysChem 2011, 12, 1673
46. Piris, M.; Lopez, X.; Ruipérez, F.; Matxain, J. M.; Ugalde, J. M. J. Chem. Phys. 2011, 134 164102
47. Matxain, J. M.; Piris, M.; Ruipérez, F.; Lopez, X.; Ugalde, J. M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2011, 13, 20129
48. Matxain, J. M.; Piris, M.; Mercero, J. M.; Lopez, X.; Ugalde, J. M. Chem. Phys. Lett. 2012, 10.11016/j.cplett.2012.02.041
49. Van Aggelen, H.; Bultinck, P.; Verstichel, B.; Van Neck, D.; Ayers, P. W. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 5558
50. Van Aggelen, H.; Verstichel, B.; Bultinck, P.; Van Neck, D.; Ayers, P. W.; Cooper, D. L. J. Chem. Phys. 2010, 132 114112
51. Zhao, Y.; Truhlar, D. G. Theor. Chem. Acc. 2008, 120, 215-241
52. Dunning, T. H. J. Chem. Phys. 1989, 90, 1007
53. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Scalmani, G.; Barone, V.; Mennucci, B.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Caricato, M.; Li, X.; Hratchian, H. P.; Izmaylov, A. F.; Bloino, J.; Zheng, G.; Sonnenberg, J. L.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Vreven, T.; Montgomery, J. A., Jr.; Peralta, J. E.; Ogliaro, F.; Bearpark, M.; Heyd, J. J.; Brothers, E.; Kudin, K. N.; Staroverov, V. N.; Kobayashi, R.; Normand, J.; Raghavachari, K.; Rendell, A.; Burant, J. C.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Cossi, M.; Rega, N.; Millam, J. M.; Klene, M.; Knox, J. E.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Martin, R. L.; Morokuma, K.; Zakrzewski, V. G.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Farkas, O.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cioslowski, J.; Fox, D. J. Gaussian 09, Revision A.1; Gaussian Inc., Wallingford, CT, 2009.
54. Aquilante, F.; De Vico, L.; Ferré, N.; Ghigo, G.; Malmqvist, P.-Å.; Neogrády, P.; Pedersen, T. B.; Pitoňák, M.; Reiher, M.; Roos, B. O.; Serrano-Andrés, L.; Urban, M.; Veryazov, V.; Lindh, R. J. Comput. Chem. 2010, 31, 224
55. Piris, M. PNOFID: Iterative diagonalization for orbital optimization using the PNOF; downloadable at http://www.ehu.es/mario.piris/#Software.
56. Piris, M.; Ugalde, J. M. J. Comput. Chem. 2009, 30, 2078-2086
57. Ervin, K.; DeTuri, V. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 9947-9956
58. NIST Computational Chemistry Comparison and Benchmark Database; NIST Standard Reference Database Number 101, Release 15b, August 2011; Editor: Johnson, R. D., III; http://cccbdb.nist.gov/ (accessed Feb 15, 2012).
59. Pesa, M.; Pilling, M. J.; Robertson, S. H.; Wardlaw, D. M. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 8526-8536
60. Bauschlicher, C. W.; Partridge, H. Chem. Phys. Lett. 1995, 2614, 246-251
61. Bach, R.; Ayala, P. J. Am. Chem. Soc. 1996, 2, 12758-12765
62. Menon, A. S.; Wood, G. P. F.; Moran, D.; Radom, L. J. Phys. Chem. A 2007, 111, 13638