Improving the CHARMM force field for polyunsaturated fatty acid chains

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 31, 2012, Pages 9424-9431

  Klauda, Jeffery B ^a   Monje, Viviana ^a   Kim, Taehoon ^b   Im, Wonpil ^b  

^a UNIVERSITY OF MARYLAND   (United States)

^b UNIVERSITY OF KANSAS   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

APPROXIMATION THEORY; DEUTERIUM; MOLECULAR DYNAMICS; POLYUNSATURATED FATTY ACIDS; X RAY DIFFRACTION;

BI-LAYER; DOUBLE BONDS; EXPERIMENTAL VALUES; FORCE FIELD PARAMETERS; FORCE FIELDS; FORM FACTORS; LIPID MOLECULES; MD SIMULATION; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; ORDER PARAMETER; PHOSPHATIDYLCHOLINE; QUANTUM-MECHANICAL CALCULATION; SURFACE AREA;

LIPID BILAYERS;

EID: 84864933800     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp304056p     Document Type: Article

References (56)

1. Engelman, D. M. Nature 2005, 438, 578
2. McMahon, H. T.; Gallop, J. L. Nature 2005, 438, 590
3. Jordan, J. D.; Landau, E. M.; Iyengar, R. Cell 2000, 103, 193
4. Hunter, T. Cell 2000, 100, 113
5. Pollock, S.; Nichita, N. B.; Bohmer, A.; Radulescu, C.; Dwek, R. A.; Zitzmann, N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 17176
6. Harroun, T. A.; Katsaras, J.; Wassall, S. R. Biochemistry 2006, 45, 1227
7. Harroun, T. A.; Katsaras, J.; Wassall, S. R. Biochemistry 2008, 47, 7090
8. Feller, S. E.; Gawrisch, K.; MacKerell, A. D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 318
9. Eldho, N. V.; Feller, S. E.; Tristram-Nagle, S.; Polozov, I. V.; Gawrisch, K. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 6409
10. Feller, S. E.; Gawrisch, K.; Woolf, T. B. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 4434
11. Pitman, M. C.; Suits, F.; MacKerell, A. D.; Feller, S. E. Biochemistry 2004, 43, 15318
12. Marrink, S. J.; deVries, A. H.; Harroun, T. A.; Katsaras, J.; Wassall, S. R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 10
13. Kucerka, N.; Marquardt, D.; Harroun, T. A.; Nieh, M.-P.; Wassall, S. R.; de Jong, D. H.; Schafer, L. V.; Marrink, S. J.; Katsaras, J. Biochemistry 2010, 49, 7485
14. Carrillo-Tripp, M.; Feller, S. E. Biochemistry 2005, 44, 10164
15. Pitman, M. C.; Grossfield, A.; Suits, F.; Feller, S. E. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 4576
16. Grossfield, A.; Feller, S. E.; Pitman, M. C. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 8907
17. Grossfield, A.; Feller, S. E.; Pitman, M. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006, 103, 4888
18. Klauda, J. B.; Kučerka, N.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W.; Nagle, J. F. Biophys. J. 2006, 90, 2796
19. Benz, R. W.; Castro-Roman, F.; Tobias, D. J.; White, S. H. Biophys. J. 2005, 88, 805
20. Klauda, J. B.; Venable, R. M.; Freites, J. A.; O'Connor, J. W.; Mondragon-Ramirez, C.; Vorobyov, I.; Tobias, D. J.; MacKerell, A. D.; Pastor, R. W. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 7830
21. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Gaussian 03, revision B.03; Gaussian, Inc: Pittsburgh, PA, 2003.
22. Jo, S.; Kim, T.; Iyer, V. G.; Im, W. J. Comput. Chem. 2008, 29, 1859
23. Jo, S.; Lim, J. B.; Klauda, J. B.; Im, W. Biophys. J. 2009, 97, 50
24. Durell, S. R.; Brooks, B. R.; Bennaim, A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 2198
25. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
26. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089
27. Jo, S.; Kim, T.; Im, W. PLoS One 2007, 2, e880
28. Brooks, B. R.; Brooks, C. L.; Mackerell, A. D.; Nilsson, L.; Petrella, R. J.; Roux, B.; Won, Y.; Archontis, G.; Bartels, C.; Boresch, S. J. Comput. Chem. 2009, 30, 1545
29. Phillips, J. C.; Braun, R.; Wang, W.; Gumbart, J.; Tajkhorshid, E.; Villa, E.; Chipot, C.; Skeel, R. D.; Kale, L.; Schulten, K. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1781
30. Hoover, W. G. Phys. Rev. A 1985, 31, 1695
31. Nosé, S.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 78, 6928
32. Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 1980, 72, 2384
33. Feller, S. E.; Zhang, Y.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Chem. Phys. 1995, 103, 4613
34. Martyna, G. J.; Tobias, D. J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1994, 101, 4177
35. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33
36. Feller, S. E.; Venable, R. M.; Pastor, R. W. Langmuir 1997, 13, 6555
37. Feller, S. E.; Pastor, R. W. J. Chem. Phys. 1999, 111, 1281
38. Klauda, J. B.; Roberts, M. F.; Redfield, A. G.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. Biophys. J. 2008, 94, 3074
39. Klauda, J. B.; Eldho, N. V.; Gawrisch, K.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 5924
40. Pastor, R. W.; Venable, R. M.; Feller, S. E. Acc. Chem. Res. 2002, 35, 438
41. Lipad, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546
42. Klauda, J. B.; Brooks, B. R.; MacKerell, A. D., Jr.; Venable, R. M.; Pastor, R. W. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 5300
43. Pandit, K. R.; Klauda, J. B. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2012, 1818, 1205
44. Lim, J. B.; Rogaski, B.; Klauda, J. B. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 203
45. Klauda, J. B.; Garrison, S. L.; Jiang, J.; Arora, G.; Sandler, S. I. J. Phys. Chem. A 2004, 108, 107
46. Klauda, J. B.; Pastor, R. W.; Brooks, B. R. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15684
47. Zajíček, J.; Ellena, J. F.; Williams, G. D.; Khadim, M. A.; Brown, M. F. Collect. Czech. Chem. Commun. 1995, 60, 719
48. Klauda, J. B.; Brooks, B. R.; Pastor, R. W. J. Chem. Phys. 2006, 125, 144710
49. Kučerka, N.; Nagle, J. F.; Sachs, J. N.; Feller, S. E.; Pencer, J.; Jackson, A.; Katsaras, J. Biophys. J. 2008, 95, 2356
50. Needham, D.; Nunn, R. S. Biophys. J. 1990, 58, 997
51. McIntosh, T. J.; Advani, S.; Burton, R. E.; Zhelev, D. V.; Needham, D.; Simon, S. A. Biochemistry 1995, 34, 8520
52. Feller, S. E.; MacKerell, A. D., Jr. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 7510
53. Feller, S. E.; Yin, D. X.; Pastor, R. W.; MacKerell, A. D., Jr. Biophys. J. 1997, 73, 2269
54. Venable, R. M.; Skibinsky, A.; Pastor, R. W. Mol. Simul. 2006, 32, 849
55. Lim, J. B.; Klauda, J. B. Biochim. Biophys. Acta, Biomembr. 2011, 1808, 323
56. Jo, S.; Rui, H.; Lim, J. B.; Klauda, J. B.; Im, W. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 13342