Carbon monoxide recombination dynamics in truncated hemoglobins studied with visible-pump midir-probe spectroscopy

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 30, 2012, Pages 8753-8761

  Lapini, Andrea ^a   Di Donato, Mariangela ^a,b   Patrizi, Barbara ^a   Marcelli, Agnese ^a   Lima, Manuela ^a   Righini, Roberto ^a   Foggi, Paolo ^a,b,c   Sciamanna, Natascia ^d   Boffi, Alberto ^d  

^a UNIVERSITY OF FLORENCE   (Italy)

^b ISTITUTO NAZIONALE DI OTTICA   (Italy)

^c UNIVERSITY OF PERUGIA   (Italy)

^d Pasteur Institute   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACIDS; CARBON MONOXIDE; CHEMICAL REACTIONS; CRYSTAL STRUCTURE; HEMOGLOBIN; PHOTODISSOCIATION; PORPHYRINS; PROTEINS;

AROMATIC AMINO ACID; BACILLUS SUBTILIS; DISTAL POCKET; DOCKING SITES; DYNAMIC EVOLUTION; GEMINATE RECOMBINATION; HEME POCKETS; INFRARED REGIONS; IRON LIGAND; KINETIC TRACES; PROBE PULSE; PROBE SPECTROSCOPY; PROTEIN CAVITY; Q-BANDS; RECOMBINATION DYNAMICS; STRUCTURAL FLEXIBILITIES; SUBNANOSECOND; THERMOBIFIDA FUSCA; TRUNCATED HEMOGLOBINS; TWO DIFFERENT WAVELENGTHS; ULTRA-FAST; VISIBLE LIGHT;

DYNAMICS;

EID: 84864742613     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3019149     Document Type: Article

References (55)

1. Wittenberg, J. B.; Bolognesi, M.; Wittenberg, B. A.; Guertin, M. J. Biol. Chem. 2002, 277 (2) 871-874
2. Wu, G.; Wainwright, L. M.; Poole, R. K., Microbial globins. In Advances in Microbial Physiology, Academic Press: 2003; Vol. 47, pp 255-310.
3. Feis, A.; Lapini, A.; Catacchio, B.; Brogioni, S.; Foggi, P.; Chiancone, E.; Boffi, A.; Smulevich, G. Biochemistry 2007, 47 (3) 902-910
4. Guallar, V.; Lu, C.; Borrelli, K.; Egawa, T.; Yeh, S.-R. J. Biol. Chem. 2009, 284 (5) 3106-3116
5. Ouellet, H.; Milani, M.; LaBarre, M.; Bolognesi, M.; Couture, M.; Guertin, M. Biochemistry 2007, 46 (41) 11440-11450
6. Milani, M.; Pesce, A.; Nardini, M.; Ouellet, H.; Ouellet, Y.; Dewilde, S.; Bocedi, A.; Ascenzi, P.; Guertin, M.; Moens, L.; Friedman, J. M.; Wittenberg, J. B.; Bolognesi, M. J. Inorg. Biochem. 2005, 99 (1) 97-109
7. Pesce, A.; Nardini, M.; Milani, M.; Bolognesi, M. IUBMB Life 2007, 59 (8-9) 535-541
8. Bonamore, A.; Ilari, A.; Giangiacomo, L.; Bellelli, A.; Morea, V.; Boffi, A. FEBS J. 2005, 272 (16) 4189-4201
9. Giangiacomo, L.; Ilari, A.; Boffi, A.; Morea, V.; Chiancone, E. J. Biol. Chem. 2005, 280 (10) 9192-9202
10. Droghetti, E.; Nicoletti, F. P.; Bonamore, A.; Boechi, L.; Arroyo ManÌfez, P.; Estrin, D. A.; Boffi, A.; Smulevich, G.; Feis, A. Biochemistry 2010, 49 (49) 10394-10402
11. Yoshimura, H.; Yoshioka, S.; Kobayashi, K.; Ohta, T.; Uchida, T.; Kubo, M.; Kitagawa, T.; Aono, S. Biochemistry 2006, 45 (27) 8301-8307
12. Frauenfelder, H.; McMahon, B. H.; Fenimore, P. W. Proc. Natl. Acad. Sci. 2003, 100 (15) 8615-8617
13. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Chem. Phys. 1995, 102, 4355-4366
14. Nuernberger, P.; Lee, K. F.; Bonvalet, A.; Bouzhir-Sima, L.; Lambry, J.-C.; Liebl, U.; Joffre, M.; Vos, M. H. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (43) 17110-17113
15. van Wilderen, L. J. G. W.; Key, J. M.; Van Stokkum, I. H. M.; van Grondelle, R.; Groot, M. L. J. Phys. Chem. B 2008, 113 (11) 3292-3297
16. Kim, S.; Lim, M. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127 (16) 5786-5787
17. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. Nat. Struct. Mol. Biol. 1997, 4 (3) 209-214
18. Nienhaus, K.; Dominici, P.; Astegno, A.; Abbruzzetti, S.; Viappiani, C.; Nienhaus, G. U. Biochemistry 2010, 49 (35) 7448-7458
19. Polack, T.; Ogilvie, J. P.; Franzen, S.; Vos, M. H.; Joffre, M.; Martin, J. L.; Alexandrou, A. Phys. Rev. Lett. 2004, 93 (1) 018102
20. Touron Touceda, P.; Mosquera Vazquez, S.; Lima, M.; Lapini, A.; Foggi, P.; Dei, A.; Righini, R. Phys. Chem. Chem. Phys. 14 (2), 1038-1047.
21. Afrawal, G. P.; Baldeck, P. L.; Alfano, R. R. Phys. Rev. A 1989, 40, 5063-5072
22. Hamm, P. Chem. Phys. 1995, 200 (3) 415-429
23. Wynne, K.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 1995, 193 (3) 211-236
24. Lian, T.; Kholodenko, Y.; Locke, B.; Hochstrasser, R. M. J. Phys. Chem. 1995, 99 (19) 7272-7280
25. Lapini, A.; Mosquera Vázquez, S.; TouroÌ n Touceda, P.; Lima, M. J. Mol. Struct. 2011, 993 (1-3) 470-473
26. Hendler, R. W.; Shrager, R. I. J. Biochem. Biophys. Methods 1994, 28 (1) 1-33
27. Henry, E. R. Biophys. J. 1997, 72 (2) 652-673
28. Henry, E. R.; Hofrichter, J.; Ludwig Brand, M. L. J. Singular value decomposition: Application to analysis of experimental data. In Methods Enzymolology; Academic Press: San Diego, CA, 1992; Vol. 210, pp 129-192.
29. Dioumaev, A. K. Biophys. Chem. 1997, 67, 1-25
30. Bonneau, R.; Wirz, J.; Zuberbuhler, A. D. Pure Appl. Chem. 1997, 69, 979-992
31. Henry, E. R. Biophys. J. 1997, 72, 652-673
32. Franzen, S.; Kiger, L.; Poyart, C.; Martin, J. L. Biophys. J. 2001, 80, 2372-2385
33. van Stokkum, I. H. M.; Scherer, T.; Brouwer, A. M.; Verhoeven, J. W. J. Phys. Chem. 1994, 98 (3) 852-866
34. van Stokkum, I. H. M.; Larsen, D. S.; van Grondelle, R. Biochim. Biophys. Acta 2004, 1657, 82
35. Satzger, H.; Zinth, W. Chem. Phys. 2003, 295 (3) 287-295
36. Neumann, K.; Verhoefen, M.-K.; Weber, I.; Glaubitz, C.; Wachtveitl, J. Biophys. J. 2008, 94 (12) 4796-4807
37. Mullen, K. M.; van Stokkum, I. H. M. J. Stat. Software 2007, 18 (1) 1-5
38. Mullen, K. M.; van Stokkum, I. H. M. J. Stat. Software 2007, 18 (3) 1-46
39. Cador, O.; Chabre, F.; Dei, A.; Sangregorio, C.; Slageren, J. V.; Vaz, M. G. F. Inorg. Chem. 2003, 42 (20) 6432-6440
40. Snellenburg, J. J.; Laptenok, S. P.; Seger, R.; Mullen, K. M.; van Stokkum, I. H. M. Glotaran: A Java-Based Graphical User Interface for the R Package TIMP; Journal of Statistical Software, 49 ((3)) 1-22, http://www.jstatsoft.org/v49/i03/.
41. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126 (25) 7946-7957
42. Moore, J. N.; Hansen, P. A.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. 1988, 85 (14) 5062-5066
43. Anfinrud, P. A.; Han, C.; Hochstrasser, R. M. Proc. Natl. Acad. Sci. 1989, 86 (21) 8387-8391
44. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Phys. Chem. 1996, 100 (29) 12043-12051
45. Hush, N. S.; Williams, M. L. J. Mol. Spectrosc. 1974, 50, 349-368
46. Sagnella, D. E.; Straub, J. E.; Jackson, T. A.; Lim, M.; Anfinrud, P. A. Proc. Natl. Acad. Sci. 1999, 96 (25) 14324-14329
47. Nuernberger, P.; Lee, K. F.; Bonvalet, A.; Vos, M. H.; Joffre, M. J. Phys. Chem. Lett. 2010, 1 (14) 2077-2081
48. Jasaitis, A.; Hola, K.; Bouzhir-Sima, L.; Lambry, J.-C.; Balland, V.; Vos, M. H.; Liebl, U. Biochemistry 2006, 45 (19) 6018-6026
49. Boechi, L.; Mañez, P. A.; Luque, F. J.; Marti, M. A.; Estrin, D. A. Proteins: Struct., Funct., Bioinform. 2010, 78 (4) 962-970
50. Grogan, T. G.; Bag, N.; Traylor, T. G.; Magde, D. J. Phys. Chem. 1994, 98 (51) 13791-13796
51. Jasaitis, A.; Ouellet, H.; Lambry, J.-C.; Martin, J.-L.; Friedman, J. M.; Guertin, M.; Vos, M. H. Chem. Phys. 2012, 396, 10-16
52. Kim, J.; Park, J.; Lee, T.; Lim, M. J. Phys. Chem. B 2008, 113 (1) 260-266
53. Lim, M.; Jackson, T. A.; Anfinrud, P. A. J. Biol. Inorg. Chem. 1997, 2, 531-536
54. Silkstone, G.; Jasaitis, A.; Vos, M. H.; Wilson, M. T. Dalton Trans. 2005, 21, 3489-3494
55. Wand, A.; Rozin, R.; Eliash, T.; Jung, K.-H.; Sheves, M.; Ruhman, S. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133 (51) 20922-20932