Self-assembly of short DNA duplexes: From a coarse-grained model to experiments through a theoretical link

Soft Matter

Volumn 8, Issue 32, 2012, Pages 8388-8398

  De Michele, Cristiano ^a   Rovigatti, Lorenzo ^a   Bellini, Tommaso ^b   Sciortino, Francesco ^a  

^a SAPIENZA UNIVERSITY OF ROME   (Italy)

^b UNIVERSITY OF MILAN   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BASE PAIRS; BULK SYSTEM; COARSE GRAINED MODELS; COARSE-GRAINED; CRITICAL CONCENTRATION; DNA DUPLEXES; DNA MODEL; DOUBLE-HELICAL; IN-LINE; ISOTROPIC PHASE; LIQUID CRYSTAL PHASIS; POLYDISPERSES; SELF-ASSEMBLE; SEMI-FLEXIBLE CHAINS; STACKING INTERACTION; THEORETICAL APPROACH; THEORETICAL FRAMEWORK; THEORETICAL PREDICTION; THEORETICAL VALUES;

LIQUID CRYSTALS; SELF ASSEMBLY;

DNA;

EID: 84864443758     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2sm25845e     Document Type: Article

References (66)

1. I. Hamley, Introduction to Soft Matter, Wiley & Sons, 2007
2. S. C. Glotzer Science 2004 306 419 420
3. G. M. Whitesides M. Boncheva Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 4769 4774
4. Y.-S. Cho G.-R. Yi J.-M. Lim S.-H. Kim V. N. Manoharan D. J. Pine S.-M. Yang J. Am. Chem. Soc. 2005 127 15968 15975
5. F. W. Starr F. Sciortino J. Phys.: Condens. Matter 2006 18 L347 L353
6. Z. Nie D. Fava E. Kumacheva S. Zou G. C. Walker M. Rubinstein Nat. Mater. 2007 6 609 614
7. J. P. K. Doye A. A. Louis I.-C. Lin L. R. Allen E. G. Noya A. W. Wilber H. C. Kok R. Lyus Phys. Chem. Chem. Phys. 2007 9 2197 2205
8. C. Mirkin R. Letsinger R. Mucic J. Storhoff Nature 1996 382 607
9. V. Workum J. Douglas Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2006 73 031502
10. A. Khan Curr. Opin. Colloid Interface Sci. 1996 1 614
11. P. van der Schoot M. Cates Langmuir 1994 10 670 679
12. D. M. Kuntz L. M. Walker Soft Matter 2008 4 286 293
13. J.-M. Jung R. Mezzenga Langmuir 2010 26 504 514
14. C. F. Lee Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2009 80 031902
15. A. Ciferri Liq. Cryst. 2007 34 693 696
16. A. Aggeli M. Bell L. M. Carrick C. W. G. Fishwick R. Harding P. J. Mawer S. E. Radford A. E. Strong N. Boden J. Am. Chem. Soc. 2003 125 9619 9628
17. C. Robinson Tetrahedron 1961 13 219 234
18. F. Livolant A. M. Levelut J. Doucet J. P. Benoit Nature 1989 339 724 726
19. K. Merchant R. L. Rill Biophys. J. 1997 73 3154 3163
20. F. Tombolato A. Ferrarini J. Chem. Phys. 2005 122 054908
21. F. Tombolato A. Ferrarini E. Grelet Phys. Rev. Lett. 2006 96 258302
22. E. Barry D. Beller Z. Dogic Soft Matter 2009 5 2563 2570
23. E. Grelet S. Fraden Phys. Rev. Lett. 2003 90 198302
24. S. Tomar M. M. Green L. A. Day J. Am. Chem. Soc. 2007 129 3367 3375
25. A. Minsky E. Shimoni D. Frenkiel-Krispin Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2002 3 50 60
26. J. Lydon J. Mater. Chem. 2010 20 10071 10099
27. K. Liu Z. Nie N. Zhao W. Li M. Rubinstein E. Kumacheva Science 2010 329 197 200
28. M. Nakata G. Zanchetta B. D. Chapman C. D. Jones J. O. Cross R. Pindak T. Bellini N. A. Clark Science 2007 318 1276
29. G. Zanchetta M. Nakata M. Buscaglia N. A. Clark T. Bellini J. Phys.: Condens. Matter 2008 20 494214
30. G. Zanchetta F. Giavazzi M. Nakata M. Buscaglia R. Cerbino N. A. Clark T. Bellini Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 17497 17502
31. K. M. Guckian B. A. Schweitzer R. X.-F. Ren C. J. Sheils D. C. Tahmassebi E. T. Kool J. Am. Chem. Soc. 2000 122 2213 2222
32. T. Bellini, R. Cerbino and G. Zanchetta, Liquid Crystals - Materials Design and Self-Assembly, Springer, Berlin/Heidelberg, 2012, vol. 318, pp. 225-279
33. T. Kuriabova M. Betterton M. Glaser J. Mater. Chem. 2010 20 10366 10383
34. X. Lü J. Kindt J. Chem. Phys. 2004 120 10328 10338
35. G. J. Vroege H. N. W. Lekkerkerker Rep. Prog. Phys. 1992 55 1241 1309
36. M. Dijkstra D. Frenkel Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 1995 51 5891 5898
37. A. Khokhlov A. Semenov Phys. A 1981 108 546 556
38. A. Khokhlov A. Semenov Phys. A 1982 112 605 614
39. P. P. F. Wessels B. M. Mulder J. Phys.: Condens. Matter 2006 18 9335
40. M. Dennison M. Dijkstra R. van Roij Phys. Rev. Lett. 2011 106 208302
41. Z. Wang D. Kuckling D. Johannsmann Soft Matter 2003 1 353 364
42. Z. Y. Chen Macromolecules 1993 26 3419 3423
43. T. Odijk Macromolecules 1986 19 2313 2329
44. C. De Michele T. Bellini F. Sciortino Macromolecules 2012 45 1090 1106
45. C. De Michele J. Comput. Phys. 2010 229 3276 3294
46. F. Sciortino C. De Michele S. Corezzi J. Russo E. Zaccarelli P. Tartaglia Soft Matter 2009 5 2571 2575
47. S. Corezzi C. De Michele E. Zaccarelli P. Tartaglia F. Sciortino J. Phys. Chem. B 2009 113 1233 1236
48. M. Wertheim J. Stat. Phys. 1984 35 19 34
49. M. Wertheim J. Stat. Phys. 1984 35 35 47
50. M. Wertheim J. Stat. Phys. 1986 42 459 476
51. L. Onsager Ann. N. Y. Acad. Sci. 1949 51 627
52. T. E. Ouldridge A. A. Louis J. P. K. Doye J. Chem. Phys. 2011 134 085101
53. T. E. Ouldridge A. A. Louis J. P. K. Doye Phys. Rev. Lett. 2010 104 178101
54. J. SantaLucia Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 1460
55. J. A. Holbrook M. W. Capp R. M. Saecker M. T. Record Biochemistry 1999 38 8409 8422
56. T. E. Ouldridge, Ph.D. thesis, University of Oxford, 2011
57. E. Protozanova P. Yakovchuk M. Frank-Kamenetskii J. Mol. Biol. 2004 342 775 785
58. P. Yakovchuk E. Protozanova M. D. Frank-Kamenetskii Nucleic Acids Res. 2006 34 564 574
59. S. Bommarito N. Peyret J. J. SantaLucia Nucleic Acids Res. 2000 28 1929 1934
60. L. Rovigatti F. Sciortino Mol. Phys. 2011 109 2889 2896
61. M. Allen G. Germano Mol. Phys. 2006 104 3225 3235
62. P. Šulc, F. Romano, T. E. Ouldridge, L. Rovigatti, A. A. Louis and J. P. K. Doye, in preparation, http://dna.physics.ox.ac.uk
63. J. Parsons Phys. Rev. A: At., Mol., Opt. Phys. 1979 19 1225 1230
64. C. Maffeo B. Luan A. Aksimentiev Nucleic Acids Res. 2012 40 3812 3821
65. F. Sciortino E. Bianchi J. F. Douglas P. Tartaglia J. Chem. Phys. 2007 126 194903
66. E. Frezza F. Tombolato A. Ferrarini Soft Matter 2011 7 9291 9296