-
5
-
-
0029011701
-
-
Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197
-
(1995)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.117
, pp. 5179-5197
-
-
Cornell, W.D.1
Cieplak, P.2
Bayly, C.I.3
Gould, I.R.4
Merz, K.M.5
Ferguson, D.M.6
Spellmeyer, D.C.7
Fox, T.8
Caldwell, J.W.9
Kollman, P.A.10
-
7
-
-
0001398008
-
-
Wang, J.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049-1074
-
(2000)
J. Comput. Chem.
, vol.21
, pp. 1049-1074
-
-
Wang, J.1
Cieplak, P.2
Kollman, P.A.3
-
8
-
-
33748518255
-
-
Hornak, V.; Abel, R.; Okur, A.; Strockbine, B.; Roitberg, A.; Simmerling, C. Proteins 2006, 65, 712-725
-
(2006)
Proteins
, vol.65
, pp. 712-725
-
-
Hornak, V.1
Abel, R.2
Okur, A.3
Strockbine, B.4
Roitberg, A.5
Simmerling, C.6
-
9
-
-
77953513118
-
-
Lindorff-Larsen, K.; Piana, S.; Palmo, K.; Maragakis, P.; Klepeis, J. L.; Dror, R. O.; Shaw, D. E. Proteins 2010, 78, 1950-1958
-
(2010)
Proteins
, vol.78
, pp. 1950-1958
-
-
Lindorff-Larsen, K.1
Piana, S.2
Palmo, K.3
Maragakis, P.4
Klepeis, J.L.5
Dror, R.O.6
Shaw, D.E.7
-
10
-
-
0242663237
-
-
Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T.; Caldwell, J.; Wang, J.; Kollman, P. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
-
(2003)
J. Comput. Chem.
, vol.24
, pp. 1999-2012
-
-
Duan, Y.1
Wu, C.2
Chowdhury, S.3
Lee, M.C.4
Xiong, G.5
Zhang, W.6
Yang, R.7
Cieplak, P.8
Luo, R.9
Lee, T.10
Caldwell, J.11
Wang, J.12
Kollman, P.13
-
12
-
-
3142714765
-
-
MacKerell, A. D.; Feig, M.; Brooks, C. L. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1400-1415
-
(2004)
J. Comput. Chem.
, vol.25
, pp. 1400-1415
-
-
MacKerell, A.D.1
Feig, M.2
Brooks, C.L.3
-
13
-
-
0041784950
-
-
MacKerell, A. D.; Bashford, D.; Bellott; Dunbrack, R. L.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E.; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiórkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586-3616
-
(1998)
J. Phys. Chem. B
, vol.102
, pp. 3586-3616
-
-
MacKerell, A.D.1
Bashford, D.2
Bellott3
Dunbrack, R.L.4
Evanseck, J.D.5
Field, M.J.6
Fischer, S.7
Gao, J.8
Guo, H.9
Ha, S.10
Joseph-Mccarthy, D.11
Kuchnir, L.12
Kuczera, K.13
Lau, F.T.K.14
Mattos, C.15
Michnick, S.16
Ngo, T.17
Nguyen, D.T.18
Prodhom, B.19
Reiher, W.E.20
Roux, B.21
Schlenkrich, M.22
Smith, J.C.23
Stote, R.24
Straub, J.25
Watanabe, M.26
Wiórkiewicz- Kuczera, J.27
Yin, D.28
Karplus, M.29
more..
-
16
-
-
0029912748
-
-
Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236
-
(1996)
J. Am. Chem. Soc.
, vol.118
, pp. 11225-11236
-
-
Jorgensen, W.L.1
Maxwell, D.S.2
Tirado-Rives, J.3
-
18
-
-
0035913529
-
-
Kaminski, G. A.; Friesner, R.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474-6487
-
(2001)
J. Phys. Chem. B
, vol.105
, pp. 6474-6487
-
-
Kaminski, G.A.1
Friesner, R.2
Tirado-Rives, J.3
Jorgensen, W.4
-
22
-
-
77952931294
-
-
Thirumalai, D.; OBrien, E. P.; Morrison, G.; Hyeon, C. Annu. Rev. Biophys. 2010, 39, 159-183
-
(2010)
Annu. Rev. Biophys.
, vol.39
, pp. 159-183
-
-
Thirumalai, D.1
Obrien, E.P.2
Morrison, G.3
Hyeon, C.4
-
25
-
-
41949103111
-
-
Ganser-Pornillos, B. K.; Yeager, M.; Sundquist, W. I. Curr. Opin. Struct. Biol. 2008, 18, 203-217
-
(2008)
Curr. Opin. Struct. Biol.
, vol.18
, pp. 203-217
-
-
Ganser-Pornillos, B.K.1
Yeager, M.2
Sundquist, W.I.3
-
26
-
-
74049119771
-
-
Krishna, V.; Ayton, G. S.; Voth, G. A. Biophys. J. 2010, 98, 18-26
-
(2010)
Biophys. J.
, vol.98
, pp. 18-26
-
-
Krishna, V.1
Ayton, G.S.2
Voth, G.A.3
-
30
-
-
75749108534
-
-
Ganapathy, R.; Buckley, M. R.; Gerbode, S. J.; Cohen, I. Science 2010, 327, 445-448
-
(2010)
Science
, vol.327
, pp. 445-448
-
-
Ganapathy, R.1
Buckley, M.R.2
Gerbode, S.J.3
Cohen, I.4
-
31
-
-
23144450194
-
-
Khalili, M.; Liwo, A.; Rakowski, F.; Grochowski, P.; Scheraga, H. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 13785-13797
-
(2005)
J. Phys. Chem. B
, vol.109
, pp. 13785-13797
-
-
Khalili, M.1
Liwo, A.2
Rakowski, F.3
Grochowski, P.4
Scheraga, H.A.5
-
32
-
-
0035424584
-
-
Liwo, A.; Czaplewski, C.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 2001, 115, 2323-2347
-
(2001)
J. Chem. Phys.
, vol.115
, pp. 2323-2347
-
-
Liwo, A.1
Czaplewski, C.2
Pillardy, J.3
Scheraga, H.A.4
-
33
-
-
34547474332
-
-
Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812-7824
-
(2007)
J. Phys. Chem. B
, vol.111
, pp. 7812-7824
-
-
Marrink, S.J.1
Risselada, H.J.2
Yefimov, S.3
Tieleman, D.P.4
De Vries, A.H.5
-
36
-
-
62349124337
-
-
Murtola, T.; Bunker, A.; Vattulainen, I.; Deserno, M.; Karttunen, M. Phys. Chem. Chem. Phys. 2009, 11, 1869-1892
-
(2009)
Phys. Chem. Chem. Phys.
, vol.11
, pp. 1869-1892
-
-
Murtola, T.1
Bunker, A.2
Vattulainen, I.3
Deserno, M.4
Karttunen, M.5
-
37
-
-
73949097591
-
-
Rühle, V.; Junghans, C.; Lukyanov, A.; Kremer, K.; Andrienko, D. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3211-3223
-
(2009)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.5
, pp. 3211-3223
-
-
Rühle, V.1
Junghans, C.2
Lukyanov, A.3
Kremer, K.4
Andrienko, D.5
-
39
-
-
0042783950
-
-
Reith, D.; Pütz, M.; Müller-Plathe, F. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1624-1636
-
(2003)
J. Comput. Chem.
, vol.24
, pp. 1624-1636
-
-
Reith, D.1
Pütz, M.2
Müller-Plathe, F.3
-
42
-
-
46149109506
-
-
Noid, W. G.; Chu, J.-W.; Ayton, G. S.; Krishna, V.; Izvekov, S.; Voth, G. A.; Das, A.; Andersen, H. C. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244114
-
(2008)
J. Chem. Phys.
, vol.128
, pp. 244114
-
-
Noid, W.G.1
Chu, J.-W.2
Ayton, G.S.3
Krishna, V.4
Izvekov, S.5
Voth, G.A.6
Das, A.7
Andersen, H.C.8
-
43
-
-
77950149115
-
-
Lu, L.; Izvekov, S.; Das, A.; Andersen, H. C.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 954-965
-
(2010)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.6
, pp. 954-965
-
-
Lu, L.1
Izvekov, S.2
Das, A.3
Andersen, H.C.4
Voth, G.A.5
-
45
-
-
77952398307
-
-
Larini, L.; Lu, L.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2010, 132, 164107
-
(2010)
J. Chem. Phys.
, vol.132
, pp. 164107
-
-
Larini, L.1
Lu, L.2
Voth, G.A.3
-
51
-
-
0042942352
-
-
Sciortino, F.; Kob, W.; Tartaglia, P. Phys. Rev. Lett. 1999, 83, 3214-3217
-
(1999)
Phys. Rev. Lett.
, vol.83
, pp. 3214-3217
-
-
Sciortino, F.1
Kob, W.2
Tartaglia, P.3
-
52
-
-
0034229306
-
-
Sciortino, F.; Kob, W.; Tartaglia, P. J. Phys.: Condens. Matter 2000, 12, 6525-6534
-
(2000)
J. Phys.: Condens. Matter
, vol.12
, pp. 6525-6534
-
-
Sciortino, F.1
Kob, W.2
Tartaglia, P.3
-
53
-
-
46249092554
-
-
Hess, B.; Kutzner, C.; van der Spoel, D.; Lindahl, E. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 435-447
-
(2008)
J. Chem. Theory Comput.
, vol.4
, pp. 435-447
-
-
Hess, B.1
Kutzner, C.2
Van Der Spoel, D.3
Lindahl, E.4
-
54
-
-
27344454932
-
-
van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; C.Berendsen, H. J. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1719
-
(2005)
J. Comput. Chem.
, vol.26
, pp. 1701-1719
-
-
Van Der Spoel, D.1
Lindahl, E.2
Hess, B.3
Groenhof, G.4
Mark, A.E.5
Berendsen, C.H.J.6
-
55
-
-
0035789518
-
-
Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Model. 2001, 7, 306-317
-
(2001)
J. Mol. Model.
, vol.7
, pp. 306-317
-
-
Lindahl, E.1
Hess, B.2
Van Der Spoel, D.3
-
56
-
-
0029633168
-
-
Berendsen, H. J. C.; van der Spoel, D.; van Drunen, R. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 43-56
-
(1995)
Comput. Phys. Commun.
, vol.91
, pp. 43-56
-
-
Berendsen, H.J.C.1
Van Der Spoel, D.2
Van Drunen, R.3
-
57
-
-
33846823909
-
-
Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
-
(1993)
J. Chem. Phys.
, vol.98
, pp. 10089-10092
-
-
Darden, T.1
York, D.2
Pedersen, L.3
-
58
-
-
33645961739
-
-
Essman, U.; Perela, L.; Berkowitz, M. L.; Darden, T.; Lee, H.; Pedersen, L. G. J. Chem. Phys. 1995, 103, 8577-8592
-
(1995)
J. Chem. Phys.
, vol.103
, pp. 8577-8592
-
-
Essman, U.1
Perela, L.2
Berkowitz, M.L.3
Darden, T.4
Lee, H.5
Pedersen, L.G.6
-
59
-
-
84943502952
-
-
Nosé, S. Mol. Phys. 1984, 52, 255-268
-
(1984)
Mol. Phys.
, vol.52
, pp. 255-268
-
-
Nosé, S.1
-
63
-
-
33750587438
-
-
Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684-3690
-
(1984)
J. Chem. Phys.
, vol.81
, pp. 3684-3690
-
-
Berendsen, H.J.C.1
Postma, J.P.M.2
Van Gunsteren, W.F.3
Dinola, A.4
Haak, J.R.5
-
65
-
-
46149099398
-
-
Noid, W. G.; Liu, P.; Wang, Y.; Chu, J.-W.; Ayton, G. S.; Izvekov, S.; Andersen, H. C.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 244115
-
(2008)
J. Chem. Phys.
, vol.128
, pp. 244115
-
-
Noid, W.G.1
Liu, P.2
Wang, Y.3
Chu, J.-W.4
Ayton, G.S.5
Izvekov, S.6
Andersen, H.C.7
Voth, G.A.8
-
66
-
-
77955729387
-
-
Izvekov, S.; Chung, P. W.; Rice, B. M. J. Chem. Phys. 2010, 133, 064109
-
(2010)
J. Chem. Phys.
, vol.133
, pp. 064109
-
-
Izvekov, S.1
Chung, P.W.2
Rice, B.M.3
-
67
-
-
34248359980
-
-
Noid, W. G.; Chu, J.-W.; Ayton, G. S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 4116-4127
-
(2007)
J. Phys. Chem. B
, vol.111
, pp. 4116-4127
-
-
Noid, W.G.1
Chu, J.-W.2
Ayton, G.S.3
Voth, G.A.4
-
70
-
-
33646236900
-
-
Tuckerman, M. E.; Alejandre, J.; López-Rendón, R.; Jochim, A. L.; Martyna, G. J. J. Phys. A: Math. Gen. 2006, 39, 5629-5652
-
(2006)
J. Phys. A: Math. Gen.
, vol.39
, pp. 5629-5652
-
-
Tuckerman, M.E.1
Alejandre, J.2
López-Rendón, R.3
Jochim, A.L.4
Martyna, G.J.5
-
72
-
-
76549252207
-
-
Pauling, L.; Corey, R. B.; Branson, H. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1951, 37, 205-211
-
(1951)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A.
, vol.37
, pp. 205-211
-
-
Pauling, L.1
Corey, R.B.2
Branson, H.R.3
-
74
-
-
4544369164
-
-
Tironi, I. G.; Sperb, R.; Smith, P. E.; van Gunsteren, W. F. J. Chem. Phys. 1995, 102, 5451-5459
-
(1995)
J. Chem. Phys.
, vol.102
, pp. 5451-5459
-
-
Tironi, I.G.1
Sperb, R.2
Smith, P.E.3
Van Gunsteren, W.F.4
-
77
-
-
41049090929
-
-
Zhou, H.-X.; Rivas, G.; Minton, A. P. Annu. Rev. Biophys. 2008, 37, 375-397
-
(2008)
Annu. Rev. Biophys.
, vol.37
, pp. 375-397
-
-
Zhou, H.-X.1
Rivas, G.2
Minton, A.P.3
-
78
-
-
78049291945
-
-
Dhar, A.; Samiotakis, A.; Ebbinghaus, S.; Nienhaus, L.; Homouz, D.; Gruebele, M.; Cheung, M. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A 2010, 107, 17586-17591
-
(2010)
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A
, vol.107
, pp. 17586-17591
-
-
Dhar, A.1
Samiotakis, A.2
Ebbinghaus, S.3
Nienhaus, L.4
Homouz, D.5
Gruebele, M.6
Cheung, M.S.7
-
79
-
-
63049088713
-
-
Kudlay, A.; Cheung, M. S.; Thirumalai, D. Phys. Rev. Lett. 2009, 102, 118101
-
(2009)
Phys. Rev. Lett.
, vol.102
, pp. 118101
-
-
Kudlay, A.1
Cheung, M.S.2
Thirumalai, D.3
-
80
-
-
28844501708
-
-
Whitfield, T. W.; Martyna, G. J.; Allison, S.; Bates, S. P.; Crain, J. Chem. Phys. Lett. 2005, 414, 210-214
-
(2005)
Chem. Phys. Lett.
, vol.414
, pp. 210-214
-
-
Whitfield, T.W.1
Martyna, G.J.2
Allison, S.3
Bates, S.P.4
Crain, J.5
|