Imaging carbon nanotube interaction with nucleobases in water using the statistical mechanical theory of molecular liquids

Journal of Physical Chemistry C

Volumn 116, Issue 28, 2012, Pages 15087-15092

  Yamazaki, Takeshi ^a   Fenniri, Hicham ^a  

^a UNIVERSITY OF ALBERTA   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

3D-RISM; BIOLOGICAL FLUIDS; MATERIALS DESIGN; MOLECULAR LIQUIDS; NUCLEOBASES; PREDICTIVE INFORMATION; STATISTICAL MECHANICAL THEORY; STRUCTURAL INFORMATION; THEORETICAL FRAMEWORK;

BIOMOLECULES; BODY FLUIDS; SINGLE-WALLED CARBON NANOTUBES (SWCN);

COMPLEXATION;

EID: 84863890787     PISSN: 19327447     EISSN: 19327455     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3026804     Document Type: Article

References (48)

1. Cedervall, T.; Lynch, I.; Lindman, S.; Berggård, T.; Thulin, E.; Nilsson, H.; Dawson, K. A.; Linse, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007, 104, 2050-2055
2. Lynch, I.; Cedervall, T.; Lundqvist, M.; Cabaleiro-Lago, C.; Linse, S.; Dawson, K. A. Adv. Colloid Interface Sci. 2007, 134-135, 167-174
3. Gray, J. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 110-115
4. Heller, D. A.; Jeng, E. S.; Yeung, T.-K.; Martinez, B. M.; Moll, A. E.; Gastala, J. B.; Strano, M. S. Science 2006, 311, 508-511
5. Hughes, M. E.; Brandin, E.; Golovchenko, J. A. Nano Lett. 2007, 7, 1191-1194
6. Aubin-Tam, M.-E.; Hamad-Schifferli, K. Biomed. Mater. 2008, 3, 034001
7. Calzolai, L.; Franchini, F.; Gilliland, D.; Rossi, F. Nano Lett. 2010, 10, 3101-3105
8. Beglov, D.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 7821-7826
9. Kovalenko, A.; Hirata, F. Chem. Phys. Lett. 1998, 290, 237-244
10. Johnson, R.; Yamazaki, T.; Kovalenko, A.; Fenniri, H. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 5735-5743
11. Yamazaki, T.; Blinov, N.; Wishart, D.; Kovalenko, A. Biophys. J. 2008, 95, 4540-4548
12. Yamazaki, T.; Fenniri, H.; Kovalenko, A. ChemPhysChem 2010, 11, 361-367
13. Imai, T.; Hiraoka, R.; Kovalenko, A.; Hirata, F. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15334-15335
14. Zheng, M.; Jagota, A.; Semke, E. D.; Diner, B. A.; Mclean, R. S.; Lustig, S. R.; Richardson, R. E.; Tassi, N. G. Nat. Mater. 2003, 2, 338-342
15. Zheng, M.; Jagota, A.; Strano, M. S.; Santos, A. P.; Barone, P.; Chou, S. G.; Diner, B. A.; Dresselhaus, M. S.; Mclean, R. S.; Onoa, G. B.; Samsonidze, G. G.; Semke, E. D.; Usrey, M.; Walls, D. J. Science 2003, 302, 1545-1548
16. Tu, X.; Manohar, S.; Jagota, A.; Zheng, M. Nature 2009, 460, 250-253
17. Staii, C.; Johnson, A. T., Jr.; Chen, M.; Gelperin, A. Nano Lett. 2005, 5, 1774-1778
18. Jeng, E. S.; Moll, A. E.; Roy, A. C.; Gastala, J. B.; Strano, M. S. Nano Lett. 2006, 6, 371-375
19. Chen, C.-L.; Yang, C.-F.; Agarwal, V.; Kim, T.; Sonkusale, S.; Busnaina, A.; Chen, M.; Dokmeci, M. R. Nanotechnology 2010, 21, 095504
20. Meng, S.; Maragakis, P.; Papaloukas, C.; Kaxiras, E. Nano Lett. 2007, 7, 45-50
21. Rotkin, S. V. Annu. Rev. Phys. Chem. 2010, 61, 241-261
22. Gigliotti, B.; Sakizzie, B.; Bethune, D. S.; Shelby, R. M.; Cha, J. N. Nano Lett. 2006, 6, 159-164
23. Rajendra, J.; Baxendale, M.; Rap, L. G. D.; Rodger, A. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11182-11188
24. Rajendra, J.; Rodger, A. Chem.-Eur. J. 2005, 11, 4841-4847
25. Huang, X.; Mclean, R. S.; Zheng, M. Anal. Chem. 2005, 77, 6225-6228
26. Sowerby, S. J.; Cohn, C. A.; Heckl, W. M.; Holm, N. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2001, 98, 820-822
27. Manohar, S.; Mantz, A. R.; Bancroft, K. E.; Hui, C.-Y.; Jagota, A.; Vezenov, D. V. Nano Lett. 2008, 8, 4365-4372
28. Stepanian, S.; Karachevtsev, M.; Glamazda, A. Y.; Karachevtsev, V.; Adamowicz, L. Chem. Phys. Lett. 2008, 459, 153-158
29. Stepanian, S. G.; Karachevtsev, M. V.; Glamazda, A. Y.; Karachevtsev, V. A.; Adamowicz, L. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 3621-3629
30. Albertorio, F.; Hughes, M. E.; Golovchenko, J. A.; Branton, D. Nanotechnology 2009, 20, 395101
31. Gowtham, S.; Scheicher, R. H.; Ahuja, R.; Pandey, R.; Karna, S. P. Phys. Rev. B 2007, 76, 033401
32. Gowtham, S.; Scheicher, R. H.; Pandey, R.; Karna, S. P.; Ahuja, R. Nanotechnology 2008, 19, 125701
33. Johnson, R. R.; Johnson, A. T. C.; Klein, M. L. Nano Lett. 2008, 8, 69-75
34. Johnson, R. R.; Johnson, A. T. C.; Klein, M. L. Small 2010, 6, 31-34
35. Spiwok, V.; Hobza, P.; Řezáč, J. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 19455-19462
36. Shukla, M.; Dubey, M.; Zakar, E.; Namburu, R.; Czyznikowska, Z.; Leszczynski, J. Chem. Phys. Lett. 2009, 480, 269-272
37. Shukla, M. K.; Dubey, M.; Zakar, E.; Namburu, R.; Leszczynski, J. Chem. Phys. Lett. 2010, 496, 128-132
38. Imai, T.; Oda, K.; Kovalenko, A.; Hirata, F.; Kidera, A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12430-12440
39. Imai, T.; Miyashita, N.; Sugita, Y.; Kovalenko, A.; Hirata, F.; Kidera, A. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 8288-8295
40. Morris, G. M.; Huey, R.; Lindstrom, W.; Sanner, M. F.; Belew, R. K.; Goodsell, D. S.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 2009, 30, 2785-2791
41. Hirata, F., Ed. Molecular Theory of Solvation; Understanding Chemical Reactivity; Kluwer Academic Publishers: Dordrecht, The Netherlands, 2003; Vol. 24.
42. Kovalenko, A.; Hirata, F. J. Chem. Phys. 1999, 110, 10095-10112
43. Wang, J. M.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1049-1074
44. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
45. Case, D. A. AMBER 10, University of California, San Francisco, 2008.
46. Das, A.; Sood, A.; Maiti, P. K.; Das, M.; Varadarajan, R.; Rao, C. Chem. Phys. Lett. 2008, 453, 266-273
47. Santosh, M.; Panigrahi, S.; Bhattacharyya, D.; Sood, A. K.; Maiti, P. K. J. Chem. Phys. 2012, 136, 065106
48. Humphrey, W.; Dalke, A.; Schulten, K. J. Mol. Graphics 1996, 14, 33-38