Multidimensional free energy volumes offer unique insights into reaction mechanisms, molecular conformation and association

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 25, 2012, Pages 9026-9036

  Naidoo, Kevin J ^a  

^a UNIVERSITY OF CAPE TOWN   (South Africa)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84862281687     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp23802k     Document Type: Article

References (70)

1. A. Einstein Philos. Sci. 1934 1 163 169
2. H. Eyring M. Polanyi Z. Phys. Chem., Abt. B 1931 12 279 311
3. D. J. Wales Science 2001 293 2067 2070
4. P. G. Wolynes J. N. Onuchic D. Thirumalai Science 1995 267 1619 1620
5. A. Fersht, Structure and mechanism in protein science: a guide to enzyme catalysis and protein folding, W.H. Freeman, 1999
6. M. Karplus Nat. Chem. Biol. 2011 17 401 404
7. B. Ensing M. De Vivo Z. W. Liu P. Moore M. L. Klein Acc. Chem. Res. 2006 39 73 81
8. B. K. Carpenter Acc. Chem. Res. 1992 25 520 528
9. P. R. Schreiner H. P. Reisenauer D. Ley D. Gerbig C.-H. Wu W. D. Allen Science 2011 332 1300 1303
10. I. R. McDonald K. Singer J. Chem. Phys. 1967 47 4766 4772
11. I. R. McDonald K. Singer Discuss. Faraday Soc. 1967 43 40 49
12. P. L. Geissler C. Dellago D. Chandler J. Hutter M. Parrinello Science 2001 291 2121 2124
13. P. L. Geissler C. Dellago D. Chandler J. Phys. Chem. B 1999 103 3706 3710
14. P. G. Bolhuis D. Chandler C. Dellago P. L. Geissler Annu. Rev. Phys. Chem. 2002 53 291 318
15. C. Dellago P. G. Bolhuis P. L. Geissler Adv. Chem. Phys. 2002 123 1 78
16. B. Peters J. Chem. Phys. 2006 125 241101
17. D. L. Beveridge Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1989 18 431 492
18. K. J. Naidoo J. W. Brady J. Am. Chem. Soc. 1999 121 2244 2252
19. A. M. Ferrenberg R. H. Swendsen Phys. Rev. Lett. 1988 61 2635 2638
20. M. M. Kuttel J. W. Brady K. J. Naidoo J. Comput. Chem. 2002 23 1236 1243
21. M. M. Kuttel K. J. Naidoo J. Phys. Chem. B 2005 109 7468 7474
22. R. Rajamani K. J. Naidoo J. Gao J. Comput. Chem. 2003 24 1775 1781
23. C. B. Barnett K. J. Naidoo Mol. Phys. 2009 107 1243 1250
24. J. Strümpfer K. J. Naidoo J. Comput. Chem. 2010 31 308 316
25. K. J. Naidoo Sci. China: Chem. 2011 54 1962 1973
26. B. A. Berg T. Neuhaus Phys. Rev. Lett. 1992 68 9 12
27. J. Lee Phys. Rev. Lett. 1993 71 211 214
28. F. G. Wang D. P. Landau Phys. Rev. Lett. 2001 86 2050 2053
29. F. G. Wang D. P. Landau Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2001 64 056101
30. A. Laio M. Parrinello Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 12562 12566
31. G. Sulzenbacher H. Driguez B. Henrissat M. Schulein G. J. Davies Biochemistry 1996 35 15280 15287
32. A. Vasella G. J. Davies M. Böhm Curr. Opin. Chem. Biol. 2002 6 619 629
33. V. L. Schramm Annu. Rev. Biochem. 1998 67 693 720
34. D. J. Vocadlo G. J. Davies R. Laine S. G. Withers Nature 2001 412 835 838
35. A. L. Lovering M. Gretes N. C. Strynadka Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 534 543
36. B. Yang D. M. Willies C. E. Wyman Biotechnol. Bioeng. 2006 94 1122 1128
37. C. B. Barnett K. A. Wilkinson K. J. Naidoo J. Am. Chem. Soc. 2011 133 19474 19482
38. C. Divne J. Stahlberg T. T. Teeri T. A. Jones J. Mol. Biol. 1998 275 309 325
39. J. Ståhlberg C. Divne A. Koivula K. Piens M. Claeyssens T. T. Teeri T. A. Jones J. Mol. Biol. 1996 264 337 349
40. C. Divne J. Stahlberg T. Reinikainen L. Ruohonen G. Pettersson J. Knowles T. Teeri T. Jones Science 1994 265 524 528
41. C. B. Barnett K. A. Wilkinson K. J. Naidoo J. Am. Chem. Soc. 2010 132 12800 12803
42. A. Berces G. Enright T. Nukada D. M. Whitfield J. Am. Chem. Soc. 2001 123 5460 5464
43. D. Cremer J. A. Pople J. Am. Chem. Soc. 1975 96 1354 1358
44. A. D. Hill P. J. Reilly J. Chem. Inf. Model. 2007 47 1031 1035
45. C. B. Barnett and K. J. Naidoo, in Theory and Applications of Computational Chemistry 2008, AIP, Shanghai (China), 2009, pp. 214-218
46. S. Fushinobu B. Mertz A. D. Hill M. Hidaka M. Kitaokac P. J. Reilly Carbohydr. Res. 2008 343 1023 1033
47. G. P. Johnson L. Petersen A. D. French P. J. Reilly Carbohydr. Res. 2009 344 2157 2166
48. L. S. Devi-Kesavan J. Gao J. Am. Chem. Soc. 2003 125 1532 1540
49. M. J. S. Dewar E. G. Zoebisch E. F. Healy J. J. P. Stewart J. Am. Chem. Soc. 1985 107 3902 3909
50. J. J. P. Stewart J. Comput. Chem. 1989 10 209 220
51. J. P. McNamara A. Muslim H. Abdel-Aal H. Wang M. Mohr I. H. Hillier R. A. Bryce Chem. Phys. Lett. 2004 394 429 436
52. Q. Cui M. Elstner E. Kaxiras T. Frauenheim M. Karplus J. Phys. Chem. B 2001 105 569 585
53. C. B. Barnett K. J. Naidoo J. Phys. Chem. B 2010 114 17142 17154
54. A. Boscaino K. J. Naidoo J. Phys. Chem. B 2011 115 2608 2616
55. K. J. Naidoo A. Lopis A. N. Westra D. J. Robinson K. R. Koch J. Am. Chem. Soc. 2003 125 13330 13331
56. R. P. Matthews K. J. Naidoo J. Phys. Chem. B 2010 114 7286 7293
57. K. J. Naidoo, in Structure and Function, ed., P. Comba, Elsevier, Amsterdam, NL, 2010, pp. 1-21
58. P. E. Mason J. W. Brady J. Phys. Chem. B 2007 111 5669 5679
59. A. K. Soper J. Chem. Phys. 1994 101 6888 6901
60. B. J. Smith D. J. Swanton J. A. Pople H. F. I. Schaefer L. Radom J. Chem. Phys. 1990 92 1240 1247
61. T. Taketsugu D. J. Wales Mol. Phys. 2002 100 2793 2806
62. P. Linse J. Am. Chem. Soc. 1992 114 4366 4373
63. M. O. Sinnokrot C. D. Sherrill J. Phys. Chem. A 2006 110 10656 10668
64. W. L. Jorgensen D. L. Severance J. Am. Chem. Soc. 1990 112 4768 4774
65. C. Chipot R. Jaffe B. Maigret D. A. Pearlman P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1996 118 11217 11224
66. R. Podeszwa R. Bukowski K. Szalewicz J. Phys. Chem. A 2006 110 10345 10354
67. S. K. Burley G. A. Petsko Science 1985 229 23 28
68. J. Singh J. M. Thornton FEBS Lett. 1985 191 1 6
69. M. R. Gamieldien J. Strümpfer K. J. Naidoo J. Phys. Chem. B 2012 116 324 331
70. J. Grafenstein D. Cremer J. Chem. Phys. 2009 130 16