Standard tensorial analysis of local ordering in proteins from residual dipolar couplings

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 21, 2012, Pages 6106-6117

  Meirovitch, Eva ^a   Lee, Donghan ^b   Walter, Korvin F A ^b   Griesinger, Christian ^b  

^a BAR ILAN UNIVERSITY   (Israel)

^b MAX PLANCK INSTITUTE FOR BIOPHYSICAL CHEMISTRY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EIGENVALUES AND EIGENFUNCTIONS; HARMONIC ANALYSIS; PROBES; TENSORS;

A-FRAMES; ANISOTROPIC DISORDER; ARBITRARY ORIENTATION; EIGENVALUES; ENSEMBLE AVERAGES; GLOBAL ORDERING; LOCAL MOTIONS; LOCAL ORDERING; MOLECULAR FRAME; ORDER PARAMETER; PRINCIPAL AXIS; RESIDUAL DIPOLAR COUPLINGS; SPHERICAL HARMONICS; STANDARD PROCEDURES; TENSORIAL ANALYSIS; UBIQUITIN; WIGNER ROTATION;

PROTEINS;

EID: 84861698237     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp301451v     Document Type: Article

References (52)

1. Tjandra, N; Bax, A. Science 1997, 278, 1111-1114
2. Tolman, J. R.; Flanagan, J. M.; Kennedy, M. A.; Prestegard, J. H. Nat. Struct. Biol. 1997, 4, 292-297
3. Blackledge, M. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2005, 46, 26-61
4. Lakomek, N. A.; Walter, K. F. A.; Fares, C.; Lange, O. F.; de Groot, B. L.; Grübmuller, H.; Brüschweiler, R.; Munk, R. B. A.; Becker, S.; Meiler, J.; Griesinger, C. J. Biomol. NMR. 2008, 41, 139-155
5. Meiler, J; Prompers, J. J.; Peti, W.; Griesinger, C.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6098-6107
6. Peti, W.; Meiler, J.; Brüschweiler, R.; Griesinger, C. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 5822-5833
7. Hus, J.-C.; Peti, W.; Griesinger, C.; Bruschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5596-5597
8. Meiler, J.; Peti, W.; Griesinger, C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8072-8073
9. Lakomek, N. A.; Fares, C.; Becker, S.; Carlomagno, T.; Meiler, J.; Griesinger, C. Angew. Chem., Int. Ed. 2005, 44, 7776-7778
10. Lakomek, N. A.; Carlomagno, T.; Becker, S.; Griesinger, C.; Meiler, J. J. Biomol. NMR 2006, 34, 101-115
11. Lange, O. F.; Lakomek, N. A.; Fares, C.; Schroder, G. F.; Walter, K. F. A.; Becker, S.; Meiler, J.; Grübmuller, H.; Griesinger, C. B.L. de Groot Science 2008, 320, 1471-1475
12. Jensen, M. R.; Markwick, P.; Meier, S.; Griesinger, C.; Zweckstetter., M.; Grzesiek, S.; Bernado, P.; Blackledge, M. Structure 2009, 17, 1169-1185
13. Fares, C.; Lakomek, N. A.; Walter, K. F. A.; Frank, B. T. C.; Meiler, J.; Becker, S.; Griesinger, C. J. Biomol. NMR 2009, 45, 23-44
14. Tolman, J. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 12020-12030
15. Deschamps, M.; Campbell, I. D.; Boyd, J. J. Magn. Reson. 2005, 172, 118-132
16. Bouvignies, G.; Markwick, P.; Brüschweiler, R.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 15100-15101
17. Yao, L.; Vögeli, B.; Torchia, D. A.; Bax, A. J. Phys. Chem. B 2008, 112, 6045-6056
18. Salmon, L.; Bouvignies, G.; Markwick, P.; Lakomek, N.; Showalter, S.; Li, A.-W.; Walter, K.; Griesinger, C.; Brüschweiler, R.; Blackledge, M. Angew. Chem., Int. Ed. 2009, 48, 4154-4157
19. Guo, C.; Godoy-Ruiz, R.; Tugarinov, V. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 13984-13987
20. Salmon, L.; Nodet, G.; Ozenne, V.; Yin, G.; Jensen, M. R.; Zweckstetter, M.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 8407-8418
21. Salmon, L.; Bouvignies, G.; Marckwick, P.; Blackledge, M. Biochemistry 2011, 50, 5735
22. Fitzkee, N. C.; Bax, A. J. Biomol. NMR 2010, 48, 65-70
23. Sgourakis, N. G.; Lange, O. F.; DiMaio, F.; André, I.; Fitzkee, N. C.; Rossi, P.; Montelione, G. T.; Bax, A.; Baker, D. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 6288-6298
24. Higman, V. A.; Boyd, J.; Smith, L. J.; Redfield, C. J. Biomol NMR 2011, 49, 53-60
25. Jarymowycz, V. A.; Stone, M. J. Chem. Rev. 2006, 106, 1624-1671
26. Palmer, A. G., III; Massi., F. Chem. Rev. 2006, 106, 1700-1719
27. NMR of Liquid Crystals; Emsley, J. W., Ed.; Reidel: Dordrecht, 1983.
28. The Molecular Dynamics of Liquid Crystals; Luckhurst, G. R.; Veracini, C. A., Eds.; Kluwer Academic Publishers: The Netherlands, 1994.
29. Emsley, J. W.; Luckhurst, G. R. Mol. Phys. 1980, 41, 19-29
30. Almond, A.; Bunkenborg, J.; Franch, T.; Gotfredsen, H.; Duus, J. O. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4792-4802
31. Samulski, E. T.; Dong, R. Y. J. Chem. Phys. 1982, 77, 5090-5096
32. Polnaszek, C. F.; Freed, J. H. J. Phys. Chem. 1975, 79, 2283-2306
33. Meirovitch, E.; Shapiro, Yu. E.; Polimeno, A.; Freed, J. H. J. Phys. Chem. A 2006, 110, 8366-8396
34. Meirovitch, E.; Shapiro, Yu. E.; Polimeno, A.; Freed, J. H. Prog. NMR Spectrosc. 2010, 56, 360-405
35. Moltke, S.; Grzesiek, S. J. Biomol NMR 1999, 15, 77-82
36. Lipari, G.; Szabo, A. J. Am. Chem. Soc. 1982, 104, 4546-4559
37. Szabo, A. J. Chem. Phys. 1980, 72, 4620-4626
38. Barnes, J. P.; Freed, J. H. Biophys. J. 1998, 75, 2532-2546
39. MINPACK: numerical library for functionminimization andleast-squares solutions, by Nelson H. F. Beebe Department of Mathematics, University of Utah; www.math.edu/software/minpack.html.
40. Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1998, 133, 216-221
41. Bernado, P.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4907-4920
42. Bremi, T.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 6672-6673
43. Lienin, S. F.; Bremi, T.; Brutscher, B.; Brüschweiler, R.; Ernst, R. R. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9870-9879
44. Bernado, P.; Blackledge, M. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 7760-7761
45. Bouvignies, G.; Bernado, P.; Meier, S; Cho, K.; Grzesiek, S.; Brüschweiler, R.; Blackledge, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 13885-13890
46. Fadel, A. R.; Jin, D. Q.; Montelione, G. T.; Levy, R. M. J. Biomol. NMR 1995, 6, 221-226
47. Clore, G. M.; Schwieters, C. D. Biochemistry 2004, 43, 10678-10691
48. Buck., M.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9645-9658
49. Friedland, G. D.; Lakomek, N. A.; Griesinger, C.; Meiler, J.; Kortemme, T. PLoS Comput. Biol 2009, 5, e1000393
50. Shapiro, Yu. E.; Polimeno, A.; Freed, J. H.; Meirovitch, E. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 354-365
51. Meirovitch, E.; Polimeno, A.; Freed, J. H. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 20615-20628
52. Tugarinov, V.; Kay, L. E. J. Biomol. NMR 2004, 29, 369-376