Mutation-induced loop opening and energetics for binding of Tamiflu to influenza N8 neuraminidase

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 21, 2012, Pages 6137-6149

  Kar, Parimal ^a   Knecht, Volker ^a  

^a MAX PLANCK INSTITUTE OF COLLOIDS AND INTERFACES   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; VAN DER WAALS FORCES;

ACTIVE SITE; BINDING FREE ENERGY; COMPUTATIONAL STUDIES; DRUG RESISTANCE; ELECTROSTATIC ENERGIES; FREE-ENERGY CALCULATIONS; HIGH AFFINITY; INFLUENZA A; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NEURAMINIDASE; OPEN CONFORMATION; OSELTAMIVIR; POISSON-BOLTZMANN; SOLVENT-ACCESSIBLE SURFACES; STRUCTURE-FUNCTION RELATIONSHIP; TAMIFLU; VAN DER WAALS INTERACTIONS; WILD TYPES;

CONFORMATIONS;

EID: 84861657255     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp3022612     Document Type: Article

References (42)

1. Murphy, B. R.; Webster, R. G. In Fields Virology, 3 rd ed.; Fields, D. B. N., Knipe, M., Howley, P. M., Eds.; Lippincott-Raven: Philadelphia, PA, 1996; pp 1397-1445.
2. World Health Organization. Bull. W. H. O. 1980, 58, 585-591.
3. Russell, R. J.; Haire, L. F.; Stevens, D. J.; Collins, P. J.; Lin, Y. P.; Blackburn, G. M.; Hay, A. J.; Gamblin, S. J.; Skehel, J. J. Nature 2006, 443, 45-49
4. Thompson, J. D.; Higgins, D. G.; Gibson, T. J. Comput. Appl. Biosci. 1994, 10, 19-29
5. Clercq, E. Nat. Rev. Drug Discovery 2006, 5, 1015-1025
6. von Itzstein, M.; Wu, W. Y.; Kok, G. B.; Pegg, M. S.; Dyason, J. C.; Jin, B.; van Phan, T.; Smythe, M. L.; White, H. F.; Oliver, S. W. Nature 1993, 363, 418-423
7. Kim, C. U.; Lew, W.; Williams, M. A.; Liu, H.; Zhang, L.; Swaminathan, S.; Bischofberger, N.; Chen, M. S.; Mendel, D. B.; Tai, C. Y. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 681-690
8. Babu, Y. S.; Chand, P.; Bantia, S.; Kotian, P.; Dehghani, A.; El-Kattan, Y.; Lin, T. H.; Hutchison, T. L.; Elliott, A. J.; Parker, C. D. J. Med. Chem. 2000, 43, 3482-3486
9. Vavricka, C. J.; Li, Q.; Wu, Y.; Qi, J.; Wang, M.; Liu, Y.; Gao, F.; Liu, J.; Feng, E.; He, J. PLoS Pathog. 2011, 7, e1002249
10. Jayaram, B.; Sprous, D.; Young, M. A.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10629-10633
11. Vorobjev, Y. N.; Almagro, J. C.; Hermans, J. Proteins 1998, 32, 399-413
12. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889-897
13. Stoica, I.; Sadiq, S. K.; Coveney, P. V. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 2639-2648
14. Wang, P.; Zhang, J. Z. H. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 12958-12964
15. Masukawa, K. M.; Kollman, P. A.; Kuntz, I. D. J. Med. Chem. 2003, 46, 5628-5637
16. Malaisree, M.; Rungrotmongkol, T.; Nunthaboot, N.; Aruksakunwong, O.; Intharathep, P.; Decha, P.; Sompornpisut, P.; Hannongbua, S. Amino Acids 2009, 37, 725-732
17. Nguyen, T. T.; Mai, B. K.; Li, M. S. J. Chem. Inf. Model. 2011, 51, 2266-2276
18. Worch, R.; Bökel, C.; Höfinger, S.; Schwille, P.; Weidemann, T. Proteomics 2010, 10, 4196-4208
19. Kar, P.; Seel, M.; Weidemann, T.; Höfinger, S. FEBS Lett. 2009, 583, 1909-1915
20. Duan, Y.; Wu, C.; Chowdhury, S.; Lee, M. C.; Xiong, G.; Zhang, W.; Yang, R.; Cieplak, P.; Luo, R.; Lee, T. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1999-2012
21. Wang, J.; Wolf, R. M.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1157-1174
22. Jakalian, A.; Jack, D. B.; Bayly, C. I. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1623-1641
23. Dewar, M. J. S.; Zoebisch, E. G.; Healy, E. F.; Stewart, J. J. P. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 3902-3909
24. Wang, J.; Wang, W.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Mol. Graphics Modell. 2006, 25, 247-260
25. Case, D. A.; Cheatham, T.; Darden, T.; Gohlke, H.; Luo, R.; Merz, K. M.; Onufriev, A., Jr.; Simmerling, C.; Wang, B.; Woods, R. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1668-1688
26. Kar, P.; Lipowsky, R.; Knecht, V. J. Phys. Chem. B 2011, 115, 7661-7669
27. Kar, P.; Knecht, V. J. Phys. Chem. B 2012, 116, 2605-2614
28. Kar, P.; Knecht, V. J. Comput.-Aided Mol. Des. 2012, 26, 215-232
29. Jorgensen, W. L.; Chandrasekar, J.; Madura, J. D.; Impey, R.; Klein, K. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926-935
30. Ryckaert, J.-P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327-341
31. Darden, T.; York, D.; Pedersen, L. J. Chem. Phys. 1993, 98, 10089-10092
32. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978-1988
33. Weise, J.; Shenkin, P. S.; Still, W. C. J. Comput. Chem. 1999, 20, 217-230
34. Swanson, J. M.; Henchman, R. H.; McCammon, J. A. Biophys. J. 2004, 86, 67-74
35. Massova, I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1999, 36, 8133-8143
36. Baker, N. A.; Sept, D.; Joseph, S.; Holst, M. J.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10037-10041
37. Gohlke, H.; Kiel, C.; Case, D. A. J. Mol. Biol. 2003, 330, 891-913
38. Amaro, R. E.; Minh, D. D.; Cheng, L. S.; Lindstrom, W. M., Jr.; Olson, A. J.; Lin, J. H.; Li, W. W.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 7764-7765
39. Amaro, R. E.; Cheng, X.; Ivanov, I.; Xu, D.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 4702-4709
40. Li, Q.; Qi, J.; Zhang, W.; Vavricka, C. J.; Shi, Y.; Wei, J.; Feng, E.; Shen, J.; Chen, J.; Liu, D. Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17, 1266-1268
41. Amaro, R. E.; Swift, R. V.; Votapka, L.; Li, W. W.; Walker, R. C.; Bush, R. M. Nat. Commun. 2011, 2, 388
42. Udommaneethanakit, T.; Rungrotmongkol, T.; Bren, U.; Frecer, V.; Stanislav, M. J. Chem. Inf. Model. 2009, 49, 2323-2332