Protein aggregation: Kinetics versus thermodynamics

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 18, 2012, Pages 5384-5390

  Ricchiuto, Piero ^a   Brukhno, Andrey V ^a   Auer, Stefan ^a  

^a UNIVERSITY OF LEEDS   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

KINETICS; MOLECULAR DYNAMICS; PHASE DIAGRAMS; THERMODYNAMICS;

AGGREGATE STRUCTURES; AGGREGATION MECHANISM; END-PRODUCTS; EQUILIBRIUM PHASE DIAGRAMS; FUNCTIONAL STRUCTURE; INTRINSIC PROPERTY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; MONOMERIC PROTEINS; PROTEIN AGGREGATION; QUANTITATIVE CALCULATION; SHEET FORMING; SPECIAL PROPERTIES;

PROTEINS;

EID: 84861034515     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp302797c     Document Type: Article

References (61)

1. Chiti, F.; Dobson, C. M. Annu. Rev. Biochem. 2006, 75, 333-366
2. Tycko, R. Q. Rev. Biophys. 2006, 39, 1-55
3. Makin, O. S.; Atkins, E.; Sikorski, P.; Johansson, J.; Serpell, L. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 315-320
4. Sawaya, M. R.; Sambashivan, S.; Nelson, R.; Ivanova, M. I.; Sievers, S. A.; Apostol, M. I.; Thompson, M. J.; Balbirnie, M.; Wiltzius, J. J.; McFarlane, H. T. Nature 2007, 447, 453-457
5. Dobson, C. M. Trends Biochem. Sci. 1999, 24, 329-332
6. Thirumalai, D.; Reddy, G. Nat. Chem. 2011, 3, 910-911
7. Honeycutt, J. D.; Thirumalai, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1990, 87, 3526-3529
8. Dinner, A. R.; Karplus, M. Nat. Struct. Biol. 1998, 5, 236-241
9. Thirumalai, D.; Klimov, D. K.; Dima, R. I. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 146-149
10. Baldwin, A. J.; Knowles, T. P. J.; Tartaglia, G. G.; Fitzpatrick, A. W.; Devlin, G. L.; Shammas, S. L.; Waudby, C. A.; Mossuto, M. F.; Meehan, S.; Gras, S. L. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 14160-14163
11. Debenedetti, P. G.; Stillinger, F. H. Nature 2001, 410, 259-267
12. Anderson, V. J.; Lekkerkerker, H. N. W. Nature 2002, 416, 811-815
13. Hoang, T. X.; Trovato, A.; Seno, F.; Banavar, J. R.; Maritan, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 7960-7964
14. Auer, S.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M. HFSP J. 2007, 1, 137-146
15. Auer, S.; Trovato, A.; Vendruscolo, M. PLoS Comput. Biol. 2009, 5, e1000458
16. Auer, S. J. Chem. Phys. 2011, 135, 175103
17. Auer, S.; Kashchiev, D. Phys. Rev. Lett. 2010, 104, 168105
18. Mattisson, C.; Roger, P.; Jonsson, B.; Axelsson, A.; Zacchi, G. J. Chromatogr., B 2000, 743, 151-167
19. Chaikin, P. M.; Lubensky, T. C. Principles of Condensed Matter Physics; Cambridge University Press: Cambridge, 1995.
20. Auer, S.; Meersman, F.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M. PLoS Comput. Biol. 2008, 4, e1000222
21. Cheon, M.; Chang, I.; Hall, C. K. Biophys. J. 2011, 101, 2493-2501
22. Cheon, M.; Chang, I.; Mohanty, S.; Luheshi, L. M.; Dobson, C. M.; Vendruscolo, M.; Favrin, G. PLoS Comput. Biol. 2007, 3, e173
23. Li, M. S.; Klimov, D. K.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. J. Chem. Phys. 2008, 129, 175101
24. Bellesia, G.; Shea, J. E. J. Chem. Phys. 2009, 130, 145103
25. Pellarin, R.; Guarnera, E.; Caflisch, A. J. Mol. Biol. 2007, 374, 917-924
26. Wu, C.; Shea, J. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 2011, 21, 209-220
27. Lomakin, A.; Chung, D. S.; Benedek, G. B.; Kirschner, D. A.; Teplow, D. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 1125-1129
28. Lomakin, A.; Teplow, D. B.; Kirschner, D. A.; Benedek, G. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 7942-7947
29. Serio, T. R.; Cashikar, A. G.; Kowal, A. S.; Sawicki, G. J.; Moslehi, J. J.; Serpell, L.; Arnsdorf, M. F.; Lindquist, S. L. Science 2000, 289, 1317-1321
30. Lee, J.; Culyba, E. K.; Powers, E. T.; Kelly, J. W. Nat. Chem. Biol. 2011, 7, 602-609
31. Eichner, T.; Radford, S. E. Mol. Cell 2011, 43, 8-18
32. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. J. Biol. Chem. 2005, 280, 9074-9082
33. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1890-1901
34. Zhang, J.; Muthukumar, M. J. Chem. Phys. 2009, 130, 035102
35. Jarrett, J. T.; Lansbury, P. T., Jr. Cell 1993, 73, 1055-1058
36. Schmit, J. D.; Ghosh, K.; Dill, K. Biophys. J. 2011, 100, 450-458
37. Bhattacharyya, A. M.; Thakur, A. K.; Wetzel, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 15400-15405
38. Ahmed, M.; Davis, J.; Aucoin, D.; Sato, T.; Ahuja, S.; Aimoto, S.; Elliott, J. I.; Van Nostrand, W. E.; Smith, S. O. Nat. Struct. Mol. Biol. 2010, 17, 561-567
39. Bernstein, S. L.; Dupuis, N. F.; Lazo, N. D.; Wyttenbach, T.; Condron, M. M.; Bitan, G.; Teplow, D. B.; Shea, J. E.; Ruotolo, B. T.; Robinson, C. V.; Bowers, M. T. Nat. Chem. 2009, 1, 326-331
40. Calabrese, M. F.; Eakin, C. M.; Wang, J. M.; Miranker, A. D. Nat. Struct. Mol. Biol. 2008, 15, 965-971
41. Calamai, M.; Canale, C.; Relini, A.; Stefani, M.; Chiti, F.; Dobson, C. M. J. Mol. Biol. 2005, 346, 603-616
42. Chimon, S.; Shaibat, M. A.; Jones, C. R.; Calero, D. C.; Aizezi, B.; Ishii, Y. Nat. Struct. Mol. Biol. 2007, 1157-1164
43. Dusa, A.; Kaylor, J.; Edridge, S.; Bodner, N.; Hong, D. P.; Fink, A. L. Biochemistry 2006, 45, 2752-2760
44. Knaus, K. J.; Morillas, M.; Swietnicki, W.; Malone, M.; Surewicz, W. K.; Yee, V. C. Nat. Struct. Biol. 2001, 8, 770-774
45. Kokubo, H.; Kayed, R.; Glabe, C. G.; Staufenbiel, M.; Saido, T. C.; Iwata, N.; Yamaguchi, H. Int. J. Alzheimer's Dis. 2009, 2009, 689285
46. Lashuel, H. A.; Petre, B. M.; Wall, J.; Simon, M.; Nowak, R. J.; Walz, T.; Lansbury, P. T., Jr. J. Mol. Biol. 2002, 322, 1089-1102
47. Oliveira, C. L.; Behrens, M. A.; Pedersen, J. S.; Erlacher, K.; Otzen, D. J. Mol. Biol. 2009, 387, 147-161
48. Orte, A.; Birkett, N. R.; Clarke, R. W.; Devlin, G. L.; Dobson, C. M.; Klenerman, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 14424-14429
49. Pieri, L.; Bucciantini, M.; Nosi, D.; Formigli, L.; Savistchenko, J.; Melki, R.; Stefani, M. J. Biol. Chem. 2006, 281, 15337-15344
50. Plakoutsi, G.; Bemporad, F.; Monti, M.; Pagnozzi, D.; Pucci, P.; Chiti, F. Structure 2006, 14, 993-1001
51. Poirier, M. A.; Li, H.; Macosko, J.; Cai, S.; Amzel, M.; Ross, C. A. J. Biol. Chem. 2002, 277, 41032-41037
52. Relini, A.; Torrassa, S.; Rolandi, R.; Gliozzi, A.; Rosano, C.; Canale, C.; Bolognesi, M.; Plakoutsi, G.; Bucciantini, M.; Chiti, F.; Stefani, M. J. Mol. Biol. 2004, 338, 943-957
53. Smith, D. P.; Radford, S. E.; Ashcroft, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2010, 107, 6794-6798
54. Sorgjerd, K.; Klingstedt, T.; Lindgren, M.; Kagedal, K.; Hammarstrom, P. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2008, 377, 1072-1078
55. Wahlbom, M.; Wang, X.; Lindstrom, V.; Carlemalm, E.; Jaskolski, M.; Grubb, A. J. Biol. Chem. 2007, 282, 18318-18326
56. Walsh, P.; Neudecker, P.; Sharpe, S. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 7684-7695
57. Weise, K.; Radovan, D.; Gohlke, A.; Opitz, N.; Winter, R. ChemBioChem 2010, 11, 1280-1290
58. Wu, J. W.; Breydo, L.; Isas, J. M.; Lee, J.; Kuznetsov, Y. G.; Langen, R.; Glabe, C. J. Biol. Chem. 2010, 285, 6071-6079
59. Zhao, J.; Yu, X.; Liang, G.; Zheng, J. Biomacromolecules 2011, 12, 210-220
60. Chiti, F.; Dobson, C. M. Nat. Chem. Biol. 2009, 5, 15-22
61. Wetzel, R. Acc. Chem. Res. 2006, 39, 671-679