Coarse grained molecular mechanics (MM)/molecular dynamics (MD) force field for petroleum chemistry: I. coarse grained model for alkanes in petroleum

Acta Chimica Sinica

Volumn 69, Issue 17, 2011, Pages 2053-2062

  Zhang, Hongyu ^a   Wang, Yanyan ^a   Tao, Guoqiang ^a   Gui, Bin ^a   Yin, Changlong ^a   Chai, Yongming ^a   Que, Guohe ^a  

^a CHINA UNIVERSITY OF PETROLEUM   (China)

Author keywords

Alkanes; Coarse grained force field; Density; Molecular dynamics; Petroleum

Indexed keywords

EID: 84860893223     PISSN: 05677351     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Article

References (37)

1. Speight, J. G. The Chemistry and Technology of Petroleum, CRC Press, New York, 2007.
2. Carbognani, L.; Gonzalez, M. F.; Pereira-Almao, P. Energy Fuels 2007, 21, 1631.
3. Ogbuneke, K. U.; Snape, C. E.; Andre'sen, J. M.; Crozier, S.; Russell, C.; Sharpe, R. Energy Fuels 2009, 23, 2157.
4. Klein, M. T.; Hou, G.; Bertolacini, R. J. Molecular Modeling in Heavy Hydrocarbon Conversions, CRC Press, New York, 2006.
5. Rogel, E.; Carbognani, L. Energy Fuels 2003, 17, 378.
6. Boek, E. S.; Yakovlev, D. S.; Headen, T. F. Energy Fuels 2009, 23, 1209.
7. Kuznicki, T.; Masliyah, J. H.; Bhattacharjee, S. Energy Fuels 2009, 23, 5027.
8. Headen, T. F.; Boek, E. S.; Skipper, N. T. Energy Fuels 2009, 23, 1220.
9. Fuhrmans, M.; Knecht, V.; Marrink, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 9166.
10. Esteban-Martin, S.; Risselada, H. J.; Salgado, J. S.; Marrink, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 15194.
11. Bennett, W. F. D.; MacCallum, J. L.; Hinner, M. J.; Marrink, S. J.; Tieleman, D. P. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12714.
12. Periole, X.; word Cavalli, M.; Marrink, S.; Ceruso, M. A. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2531.
13. Lo pez, C. A.; Rzepiela, A. J.; de Vries, A. H.; Dijkhuizen, L.; Hünenberger, P. H.; Marrink, S. J. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 3195.
14. Lee, H.; de Vries, A. H.; Marrink, S.; Pastor, R. W. J. Phys. Chem. B 2009, 113, 13186.
15. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Harroun, T. A.; Katsaras, J.; Wassall, S. R. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 10.
16. Monticelli, L.; Kandasamy, S. K.; Periole, X.; Larson, R. G.; Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 819.
17. Rzepiela, A. J.; Scher, L. V.; Goga, N.; Risselada, H. J.; De Vries, A. H.; Marrink, S. J. J. Comput. Chem. 2010, 31, 1333.
18. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812.
19. Periole, X.; Huber, T.; Marrink, S.; Sakmar, T. P. J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 10126.
20. Tieleman, D. P.; Marrink, S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 12462.
21. Knecht, V.; Mark, A. E.; Marrink, S. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2030.
22. de Vries, A. H.; Mark, A. E.; Marrink, S. J. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 4488.
23. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750.
24. Baron Baron, R.; Trzesniak, D.; de Vries, A. H.; Elsener, A.; Marrink, S. J.; van Gunsteren, W. F. ChemPhysChem 2007, 8, 452.
25. Schweizer, K. S.; Curro, J. G. J. Chem. Phys. 1989, 91, 5059.
26. Pesci, A. I.; Freed, K. F. J. Chem. Phys. 1989, 91, 2003.
27. Bawendi, M. G.; Freed, K. F. J. Chem. Phys. 1988, 88, 2741.
28. Bawendi, M. G.; Freed, K. F. J. Chem. Phys. 1987, 87, 5534.
29. Nemirovsky, A. M.; Bawendi, M. G.; Freed, K. F. J. Chem. Phys. 1987, 87, 7272.
30. Awendi, M. G.; Freed, K. F. J. Chem. Phys. 1986, 84, 7036.
31. Freed, K. F. J. Phys. A: Math. Gen. 1985, 18, 871.
32. Lide, D. R. Handbook of Chemistry and Physics, CRC Press, New York, 2010.
33. Voth, G. A. Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, CRC Press, Boca Raton, 2009.
34. Gautieri, A.; Vesentini, S.; Redaelli, A. J. Mol. Model. 2010, 16, 1845.
35. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 2469.
36. Shinoda, W.; Delvane, R.; Klein, M. L. Mol. Simul. 2007, 33, 27.
37. Sun, Q.; Ghosh, J.; Faller, R. In Coarse-Graining of Condensed Phase and Biomolecular Systems, Ed., Voth, G. A., CRC Press, Boca Raton, 2009.