Computational Spectroscopy by Classical Time-Dependent Approaches

Computational Strategies for Spectroscopy: From Small Molecules to Nano Systems

Volumn , Issue , 2011, Pages 517-547

  Brancato, Giuseppe ^a   Rega, Nadia ^b  

^a CENTER FOR NANOTECHNOLOGY INNOVATION NEST   (Italy)

^b UNIVERSITY OF NAPLES FEDERICO II   (Italy)

Author keywords

Classical molecular dynamics; Spectroscopic computations; Structure spectroscopic relationship

Indexed keywords

EID: 84860321366     PISSN: None     EISSN: None     Source Type: Book    
DOI: 10.1002/9781118008720.ch11     Document Type: Chapter

References (141)

1. S. Carter, S. J. Culik, J. M. Bowman, J. Chem. Phys. 1997, 107, 10458.
2. J. Koput, S. Carter, N. C. Handy, J. Chem. Phys. 2001, 115, 8345.
3. P. Cassam-Chenai, J. Lievin, J. Quant. Chem. 2003, 93, 245.
4. J. M. Bowman, Acc. Chem. Res. 1986, 19, 202.
5. G. M. Chaban, J. O. Jung, R. B. Gerber, J. Chem. Phys. 1999, 111, 1823.
6. N. J. Wright, R. B. Gerber, D. J. Tozer, Chem. Phys. Lett. 2000, 324, 206.
7. N. J. Wright, R. B. Gerber, J. Chem. Phys. 2000, 112, 2598.
8. S. K. Gregurick, G. M. Chaban, R. B. Gerber, J. Phys. Chem. A 2002, 106, 8696.
9. D. A. Clabo, W. D. Allen, R. B. Remington, Y. Yamaguchi, H. F. Schaeffer III, Chem. Phys. 1988, 123, 187.
10. W. Schneider, W. Thiel, Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 367.
11. A. Willets, N. C. Handy, W. H. Green, D. Jayatilaka, J. Phys. Chem. 1990, 94, 5608.
12. S. Dressler, W. Thiel, Chem. Phys. Lett. 1997, 273, 71.
13. J. Neugebauer, B. A. Hess, J. Chem. Phys. 2003, 118, 7215.
14. O. Christiansen, J. Chem. Phys. 2003, 119, 5773.
15. T. A. Ruden, P. R. Taylor, T. Helgaker, J. Chem. Phys. 2003, 119, 1951.
16. K. Yagi, T. Tatetsugu, K. Hirao, M. S. Gordon, J. Chem. Phys. 2000, 113, 1005.
17. V. Barone, J. Chem. Phys 2005, 122, 14108.
18. P. Macak, Y. Luo, H. A gren, Chem. Phys. Lett. 2000, 330, 447.
19. F. Duschinsky, Acta Physicochim. URSS 1937, 7, 551.
20. M. Kemper, J. Van Dijk, H. Buck, Chem. Phys. Lett. 1978, 53, 121.
21. R. Berger, C. Fischer, M. Klessinger, J. Phys. Chem. A 1998, 102, 7157.
22. M. Dierksen, S. Grimme, J. Chem. Phys. 2005, 122, 244101.
23. F. Santoro, R. Improta, A. Lami, J. Bloino, V. Barone, J. Chem. Phys. 2007, 126, 084509.
24. F. Santoro, R. Improta, A. Lami, J. Bloino, V. Barone, J. Chem. Phys. 2007, 126, 184102.
25. H.-C. Jankowiak, J. L. Stuber, R. Berger, J. Chem. Phys. 2007, 127, 234101.
26. M. Schmitz, P. Tavan, J. Chem. Phys. 2004, 121, 12247.
27. R. Ramirez, T. Lopez-Ciudad, P. Kumar, D. Marx, J. Chem. Phys. 2004, 121, 3973.
28. A. L. Kaledin, X. Huang, J. M. Bowman, Chem. Phys. Lett. 2004, 384, 80.
29. M. Schmitz, P. Tavan, J. Chem. Phys. 2004, 121, 12233.
30. H. Koeppel, W. Domcke, L. Cederbaum, Adv. Chem. Phys. 1984, 57, 59.
31. H.-D. Meyer, U. Manthe, L. S. Cederbaum, Chem. Phys. Lett. 1990, 171, 97.
32. A. Raab, G. Worth, H.-D. Meyer, J. Chem. Phys. 1999, 110, 936.
33. N. Rega, G. Brancato, V. Barone, Chem. Phys. Lett. 2006, 422, 367.
34. G. Brancato, N. Rega, V. Barone, J. Chem. Phys. 2008, 128, 144501.
35. M. H. Beck, A. Jackle, G. A. Worth, H. D. Meyer, Phys. Rep. 2000, 324, 1.
36. E. Gindensperger, L. Cederbaum, J. Chem. Phys. 2007, 127, 124107.
37. M. Thoss, G. Stock, Adv. Chem. Phys. 2005, 134, 243.
38. J. C. Tully, J. Chem. Phys. 1990, 93, 1061.
39. R. Carr, M. Parrinello, Phys. Rev. Lett. 1985, 55, 2471.
40. D. Marx, J. Hutter,Ab initio molecular dynamics: Theory and implementation, in Modern Methods and Algorithms of Quantum Chemistry, Vol. 1, John von Neumann Institute for Computing, Julich, 2000, p. 301.
41. M. Sulpizi, U. F. Roehrig, J. Hutter,U. Rothlisberger, Int. J. Quant. Chem. 2005, 101, 671.
42. G. Brancato, N. Rega, V. Barone, J. Chem. Phys. 2006, 125, 164515.
43. M. Cascella, I. Tavernelli, M. Cuendet, U. Rothlisberger, J. Phys. Chem. B 2007, 111, 10248.
44. G. Brancato, N. Rega, V. Barone, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 15380.
45. I. Tavernelli, U. F. Roehrig, U. Rothlisberger, Mol. Phys. 2005, 103, 963.
46. E. Tapavicza, I. Tavernelli, U. Rothlisberger, J. Phys. Chem. A 2009, 113, 9595.
47. H. B. Schlegel, J. M. Millam, S. S. Iyengar,G.A.Voth, A. D. Daniels, G. E. Scuseria, M. J. Frisch, J. Chem. Phys. 2001, 114, 9758.
48. S. S. Iyengar, H. B. Schlegel, J. M. Millam, G. A. Voth, G. E. Scuseria, M. J. Frisch, J. Chem. Phys. 2001, 115, 10291.
49. H. B. Schlegel, S. S. Iyengar, X. Li, J. M. Millam, G. A. Voth, G. E. Scuseria, M. J. Frisch, J. Chem. Phys. 2002, 117, 8694.
50. D. A. McQuarrie, Statistical Mechanics, 2nd ed.,University Science Books, Mill Valley, CA, 2000.
51. S. A. Egorov, E. Rabani, B. J. Berne, J. Chem. Phys 1998, 108, 1407.
52. J. R. Reimers, K. R. Wilson, J. Chem. Phys 1983, 79, 4749.
53. J. P. Bergsma, P. H. Berens, K. R.Wilson, D. R. Fredkin, E. J. Heller, J. Phys. Chem. 1984, 88, 612.
54. S. S. Iyengar, Int. J. Quant. Chem. 2009, 109, 3798.
55. X. Li, D. T. Moore, S. S. Iyengar, J. Chem. Phys. 2008, 128, 184308.
56. S. S. Iyengar, X. Li, I. Sumner, Adv. Quant. Chem. 2008, 55, 333.
57. I. Sumner, S. S. Iyengar, J. Phys. Chem. A 2007, 111, 10313.
58. R. A. Wheeler, H. Dong, S. E. Boesch, Chem. Phys. Chem. 2003, 4, 382.
59. M. Schmitz, P. Tavan, J. Chem. Phys. 2004, 121, 12233.
60. M. Schmitz, P. Tavan, J. Chem. Phys. 2004, 121, 12247.
61. A. Strachan, J. Chem. Phys. 2004, 120, 1.
62. M. Martinez, M.-P. Gaigeot, D. Borgis, R.Vuilleumier, J. Chem. Phys. 2006, 125, 034501.
63. N. Rega, Theor. Chem. Acc. 2006, 116, 347.
64. M. Karplus, J. N. Kushick, Macromolecules 1981, 14, 325.
65. B. R. Brooks, D. Janezic, M. Karplus, J. Comput. Chem. 1995, 16, 1522.
66. M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, V. Barone, J. Comput. Chem. 2003, 24, 669.
67. V. Barone, J. Chem. Phys. 2005, 122, 014108.
68. P. Carbonniere, A. Dargelos, I. Ciofini, C. Adamo, C. Pouchan, Phys. Chem. Chem. Phys 2009, 11, 4375.
69. M.-P. Gaigeot, M. Martinez, R. Vuilleumier, Mol. Phys. 2007, 105, 2857.
70. A. Cimas, P. Maitre, G. Ohanessian, M.-P. Gaigeot, J. Chem. Theor. Comp. 2009, 5, 2388.
71. P. N. Butcher, D. Cotter, The Elements of Nonlinear Optics, Cambridge University Press, Cambridge, 1990.
72. S. Dapprich, I. Komaromi, K. S. Byun, K. Morokuma, M. J. Frisch, J. Mol. Struct. Theochem. 1999, 462, 1.
73. T. Vreven, K. Morokuma, O. Farkas, H. B. Schlegel, M. J. Frisch, J. Comp. Chem. 2003, 24, 760.
74. N. Rega, S. S. Iyengar, G. A. Voth, H. B. Schlegel, T. Vreven, M. J. Frisch, J. Phys. Chem. B 2004, 108, 4210.
75. G. Brancato, A. Di Nola, V. Barone, A. Amadei, J. Chem. Phys. 2005, 122, 154109.
76. G. Brancato, N. Rega, V. Barone, J. Chem. Phys. 2006, 124, 214505.
77. A. Ben-Naim, Solvation Thermodynamics, Plenum, New York, 1987.
78. A. Klamt, G. Schüurmann, J. Chem. Soc. Perkin 2 Trans. 1993, 220, 799.
79. V. Barone, M. Cossi, J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1995.
80. M. Cossi, N. Rega, G. Scalmani, V. Barone, J. Comp. Chem. 2003, 24, 669.
81. J. Tomasi, M. Persico, Chem. Rev. 1994, 94, 2027.
82. J. Tomasi, B. Mennucci, R. Cammi, Chem. Rev. 2005, 105, 2999.
83. C. Benzi, M. Cossi, V. Barone, R. Tarroni, C. Zannoni, J. Phys. Chem. B 2005, 109, 2584.
84. M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, V. Barone, J. Chem. Phys. 2002, 117, 43.
85. J.-L. Pascual-Ahuir, E. Silla, I. Tuñon, J. Comput. Chem. 1994, 15, 1127.
86. G. Scalmani, N. Rega, M. Cossi, V. Barone, J. Comput. Meth. Sci. Eng. 2002, 2, 469.
87. F. M. Floris, J. Tomasi, J. Comput. Chem. 1989, 10, 616.
88. F. M. Floris, J. Tomasi, J. L. Pascual-Ahuir, J. Comput. Chem. 1991, 12, 784.
89. J. D. Thompson, C. J. Cramer, D. G. Truhlar, Theor. Chem. Acc. 2005, 113, 107.
90. C. P. Kelly, C. J. Cramer, D. G. Truhlar, J. Chem. Theory Comp. 2005, 1, 1133.
91. I. Tuñón, M. F. Ruiz-López, D. Rinaldi, J. Bertrán, J. Comp. Chem. 1996, 17, 148.
92. C. Curutchet, M. Orozco, F. J. Luque, J. Comp. Chem. 2001, 22, 1180.
93. C. Curutchet, A. Bidon-Chanal, I. Soteras, M. Orozco, F. J. Luque, J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3565.
94. A. Klamt, V. Jonas, T. Burger, J. C. W. Lohrenz, J. Phys. Chem. A 1998, 102, 5074.
95. D. Beglov, B. Roux, J. Chem. Phys. 1994, 100, 9050.
96. J. W. Essex, W. L. Jorgensen, J. Comput. Chem. 1995, 16, 951.
97. G. Petraglio, M. Ceccarelli, M. Parrinello, J. Chem. Phys. 2005, 123, 044103.
98. J. Kubelka, T. A. Keiderling, J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10922.
99. M. Q. Fatmi, T. S. Hofer, B. R. Randolf, B. M. Rode, J. Chem. Phys. 2005, 123, 054514.
100. A. M. Mohammed, H. H. Loeffler, Y. Inada, K. Tanada, S. Funahashi, J. Mol. Liq. 2005, 119, 55.
101. P. D'Angelo, V. Barone, G. Chillemi, N. Sanna, W. Meyer-Klaucke, N. V. Pavel, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1958.
102. G. Chillemi, P. D'Angelo, N.V. Pavel, N. Sanna, V. Barone, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 1968.
103. H. Kanno, J. Phys. Chem. 1988, 92, 4232.
104. A. M. Buswell, E. C. Dunlop,W. H. Rodebush, J. B. Swartz, J. Am. Chem. Soc. 1940, 62, 325.
105. A. D. Walsh, Trans. Faraday Soc. 1945, 41, 498.
106. G. Mackinney, O. Temmer, J. Am. Chem. Soc. 1948, 70, 3586.
107. K. Inuzuka, Bull. Chem. Soc. Jpn. 1961, 34, 6.
108. R. S. Becker, K. Inuzuka, J. King, J. Chem. Phys. 1970, 52, 5164.
109. E. J. Bair, W. Goietz, D. A. Ramsay, Can. J. Chem. 1971, 49, 2710.
110. G. A. Osborne, D. A. Ramsay, Can. J. Chem. 1973, 51, 1170.
111. A. Luthy, Z. Phys. Chem. 1923, 107, 284.
112. F. E. Blacet, W. G. Young, J. G. Roof, J. Am. Chem. Soc. 1937, 59, 608.
113. K. Inuzuka, Bull. Chem. Soc. Jpn. 1960, 33, 678.
114. N. S. Bayliss, E. G. McRae, J. Phys. Chem. 1954, 58, 1006; A. Balasubramanian, C. N. R. Rao, Spectrochim. Acta 1962 18, 1337; N. S. Bayliss, G. Wills-Johnson, Spectrochim. Acta A 1968, 24, 551.
115. A. Balasubramanian, C. N. R. Rao, Spectrochim. Acta 1962 18, 1337; N. S. Bayliss, G. Wills-Johnson, Spectrochim. Acta A 1968, 24, 551.
116. N. S. Bayliss, G. Wills-Johnson, Spectrochim. Acta A 1968, 24, 551.
117. J. T. Blair, K. Krogh-Jespersen, R. M. Levy, J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 6948. J. Kongsted, A. Osted, T. B. Pedersen, K. V. Mikkelsen, O. Christiansen, J. Phys. Chem. A 2004, 108, 8624.
118. J. Kongsted, A. Osted, T. B. Pedersen, K. V. Mikkelsen, O. Christiansen, J. Phys. Chem. A 2004, 108, 8624.
119. N. S. Bayliss, E. G. McRae, J. Phys. Chem. 1954, 58, 1002.
120. O. Crescenzi, M. Pavone, F. D. Angelis, V. Barone, J. Phys. Chem. B. 2005, 109, 445.
121. M. Pavone, G. Brancato, G. Morelli, V. Barone, Chem. Phys. Chem. 2006, 7, 148.
122. H. J. C. Berendsen, J. R. Grigera, T. P. Straatsma, J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269.
123. G. D. Kerr, R. N. Hamm, M. W. Williams, R. D. Birkhoff, L. R. Painter, Phys. Rev. A 1972, 5, 2523.
124. G. Brancato, N. Rega, V. Barone, Phys. Rev. Lett. 2008, 100, 107401.
125. B. Tiffon, J. E. Dubois, Org. Magn. Reson. 1978, 11, 295.
126. K. Aidas, J.Kongsted, A. Osted, K.V. Mikkelsen, O. Christiansen, J. Phys. Chem. A 2005, 109, 8001.
127. U. F. Röhrig, I. Frank, J. Hutter, A. Laio, J. VandeVondele, U. Rothlisberger, Chem. Phys. Chem. 2003, 4, 1177.
128. Y. Lin, J. Gao, J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1484.
129. E.W.-G. Diau, C. Kötting, A. H. Zewail, Chem. Phys. Chem 2001, 2, 273.
130. C. Angeli, S. Borini, L. Ferrighi, R. Cimiraglia, J. Chem. Phys. 2005, 122, 114304.
131. K. Aidas, K. V. Mikkelsen, B. Mennucci, J. Kongsted, Int. J. Quant. Chem. 2011, 111, 1511.
132. G. Porter, R. W. Yip, J. M. Dunston, A. J. Cessna, S. E. Sugamori, Trans. Faraday Soc. 1971, 67, 3149.
133. G. L. Indig, L. H. Catalani, T. Wilson, J. Phys. Chem. 1992, 96, 8967.
134. G. Porter, S. K. Dogra, R. O. Loutfy, S. E. Sugamori, R. W. Yip, J. Chem. Soc. Faraday Trans. 1973, 69, 1462.
135. U. Pischel, W. M. Nau, J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 9727.
136. W. Adma, G. Cilento, Eds., Chemical and Biological Generation of Excited States, Academic, New York, 1982.
137. G. Brancato, V. Barone, N. Rega, Theor. Chem. Acc. 2007, 117, 1001.
138. G. Brancato, N. Rega, V. Barone, Chem. Phys. Lett. 2009, 481, 177.
139. G. Brancato, N. Rega, V. Barone, Chem. Phys. Lett. 2008, 453, 202.
140. N. S. Bayliss, E. G. McRae, Spectrochim. Acta A 1968, 24, 551.
141. R. F. Borkman, D. R. Kearns, J. Chem. Phys. 1966, 44, 945.