Examination of glycan profiles from IgG-depleted human immunoglobulins facilitated by microscale affinity chromatography

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 7, 2012, Pages 3269-3277

  Svoboda, Martin ^a   Mann, Benjamin F ^a   Goetz, John A ^a   Novotny, Milos V ^a  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BLOOD SERUM; COMPARATIVE STUDIES; GLYCANS; HEALING PROCESS; HIGHLY SENSITIVE; HUMAN BLOODS; HUMAN IMMUNOGLOBULIN; LABEL FREE; LC-MS/MS; LIGHT CHAIN; LUNG CANCER; MACROPOROUS SILICA; MALDI TOF MS; MICRO-SCALES; MICROCOLUMNS; MICROLITERS; PROOF OF PRINCIPLES; PROTEIN G; PROTEOMICS; QUANTITATIVE PROTEOMICS; SMALL GROUPS; WHOLE BLOOD;

AFFINITY CHROMATOGRAPHY; BIOLOGICAL MATERIALS; BIOLOGICAL ORGANS; CARBOHYDRATES; DISEASES; MOLECULAR BIOLOGY; RECOMBINANT PROTEINS; SILICA;

BLOOD;

IMMUNOGLOBULIN G; POLYSACCHARIDE; SEPHAROSE;

AFFINITY CHROMATOGRAPHY; ARTICLE; BLOOD; CHEMISTRY; GLYCOBIOLOGY; HUMAN; ISOLATION AND PURIFICATION; LUNG TUMOR; METABOLISM; METHODOLOGY; MICROTECHNOLOGY; REPRODUCIBILITY;

CHROMATOGRAPHY, AFFINITY; GLYCOMICS; HUMANS; IMMUNOGLOBULIN G; LUNG NEOPLASMS; MICROTECHNOLOGY; POLYSACCHARIDES; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SEPHAROSE;

EID: 84859400586     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac203336u     Document Type: Article

References (53)

1. Klein, A. Adv. Clin. Chem. 2008, 46, 51-85
2. Peracaula, R.; Barrabes, S.; Sarrats, A.; Rudd, P. M.; de Llorens, R. Dis. Markers 2008, 25 (4-5) 207-218
3. Kyselova, Z.; Mechref, Y.; Kang, P.; Goetz, J. A.; Dobrolecki, L. E.; Sledge, G. W.; Schnaper, L.; Hickey, R. J.; Malkas, L. H.; Novotny, M. V. Clin. Chem. 2008, 54 (7) 1166-1175
4. Goldman, R.; Ressom, H. W.; Varghese, R. S.; Goldman, L.; Bascug, G.; Loffredo, C. A.; Abdel-Hamid, M.; Gouda, I.; Ezzat, S.; Kyselova, Z.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Clin. Cancer Res. 2009, 15 (5) 1808-1813
5. Anumula, K. R. Anal. Biochem. 2006, 350 (1) 1-23
6. Bones, J.; Mittermayr, S.; O'Donoghue, N.; Guttman, A.; Rudd, P. M. Anal. Chem. 2010, 82 (24) 10208-10215
7. Weiskopf, A. S.; Vouros, P.; Harvey, D. J. Anal. Chem. 1998, 70 (20) 4441-4447
8. Dallas, D. C.; Martin, W. F.; Strum, J. S.; Zivkovic, A. M.; Smilowitz, J. T.; Underwood, M. A.; Affolter, M.; Lebrilla, C. B.; German, J. B. J. Agric. Food Chem. 2011, 59 (8) 4255-4263
9. Alley, W. R., Jr.; Madera, M.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Anal. Chem. 2010, 82 (12) 5095-5106
10. Mechref, Y.; Hussein, A.; Bekesova, S.; Pungpapong, V.; Zhang, M.; Dobrolecki, L. E.; Hickey, R. J.; Hammoud, Z. T.; Novotny, M. V. J. Proteome Res. 2009, 8 (6) 2656-2666
11. Alley, W. R., Jr.; Novotny, M. V. J. Proteome Res. 2010, 9 (6) 3062-3072
12. Kyselova, Z.; Mechref, Y.; Al Bataineh, M. M.; Dobrolecki, L. E.; Hickey, R. J.; Vinson, J.; Sweeney, C. J.; Novotny, M. V. J. Proteome Res. 2007, 6 (5) 1822-1832
13. Kang, P.; Mechref, Y.; Klouckova, I.; Novotny, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19 (23) 3421-3428
14. Janeway, C. Immunobiology: The Immune System in Health and Disease, 6 th ed.; Garland Science: New York, 2005.
15. Grivennikov, S. I.; Karin, M. Curr. Opin. Genet. Dev. 2010, 20 (1) 65-71
16. Parekh, R. B.; Dwek, R. A.; Sutton, B. J.; Fernandes, D. L.; Leung, A.; Stanworth, D.; Rademacher, T. W.; Mizuochi, T.; Taniguchi, T.; Matsuta, K.; Takeuchi, F.; Nagano, Y.; Miyamoto, T.; Kobata, A. Nature 1985, 316 (6027) 452-457
17. van Zeben, D.; Rook, G. A.; Hazes, J. M.; Zwinderman, A. H.; Zhang, Y.; Ghelani, S.; Rademacher, T. W.; Breedveld, F. C. Br. J. Rheumatol. 1994, 33 (1) 36-43
18. Bond, A.; Alavi, A.; Axford, J. S.; Bourke, B. E.; Bruckner, F. E.; Kerr, M. A.; Maxwell, J. D.; Tweed, K. J.; Weldon, M. J.; Youinou, P.; Hay, F. C. J. Autoimmun. 1997, 10 (1) 77-85
19. Mehta, A. S.; Long, R. E.; Comunale, M. A.; Wang, M.; Rodemich, L.; Krakover, J.; Philip, R.; Marrero, J. A.; Dwek, R. A.; Block, T. M. J. Virol. 2008, 82 (3) 1259-1270
20. Saldova, R.; Royle, L.; Radcliffe, C. M.; Abd Hamid, U. M.; Evans, R.; Arnold, J. N.; Banks, R. E.; Hutson, R.; Harvey, D. J.; Antrobus, R.; Petrescu, S. M.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M. Glycobiology 2007, 17 (12) 1344-1356
21. Alley, W. R., Jr.; Vasseur, J. A.; Goetz, J. A.; Svoboda, M.; Mann, B. F.; Matei, D. E.; Menning, N.; Hussein, A.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. J. Proteome Res. 2012, in press.
22. Huhn, C.; Selman, M. H.; Ruhaak, L. R.; Deelder, A. M.; Wuhrer, M. Proteomics 2009, 9 (4) 882-913
23. Pucic, M.; Knezevic, A.; Vidic, J.; Adamczyk, B.; Novokmet, M.; Polasek, O.; Gornik, O.; Supraha-Goreta, S.; Wormald, M. R.; Redzic, I.; Campbell, H.; Wright, A.; Hastie, N. D.; Wilson, J. F.; Rudan, I.; Wuhrer, M.; Rudd, P. M.; Josic, D.; Lauc, G. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10 (10) M111.010090
24. Jefferis, R. Nat. Rev. Drug. Discov. 2009, 8 (3) 226-234
25. Butler, M.; Quelhas, D.; Critchley, A. J.; Carchon, H.; Hebestreit, H. F.; Hibbert, R. G.; Vilarinho, L.; Teles, E.; Matthijs, G.; Schollen, E.; Argibay, P.; Harvey, D. J.; Dwek, R. A.; Jaeken, J.; Rudd, P. M. Glycobiology 2003, 13 (9) 601-622
26. Field, M. C.; Amatayakul-Chantler, S.; Rademacher, T. W.; Rudd, P. M.; Dwek, R. A. Biochem. J. 1994, 299 (Pt 1) 261-275
27. O'Gorman, M. R. G.; Donnenberg, A. D. Handbook of Human Immunology, 2 nd ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2008.
28. Sauer-Eriksson, A. E.; Kleywegt, G. J.; Uhlen, M.; Jones, T. A. Structure 1995, 3 (3) 265-278
29. Derrick, J. P.; Wigley, D. B. J. Mol. Biol. 1994, 243 (5) 906-918
30. Hober, S.; Nord, K.; Linhult, M. J. Chromatogr. B 2007, 848 (1) 40-47
31. Akerstrom, B.; Bjorck, L. J. Biol. Chem. 1989, 264 (33) 19740-19746
32. Nilson, B. H.; Solomon, A.; Bjorck, L.; Akerstrom, B. J. Biol. Chem. 1992, 267 (4) 2234-2239
33. Spiegelberg, H. L. Methods Enzymol. 1985, 116, 95-101
34. Madera, M.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Anal. Chem. 2005, 77 (13) 4081-4090
35. Kang, P.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22 (5) 721-734
36. Mann, B.; Madera, M.; Sheng, Q.; Tang, H.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22 (23) 3823-3834
37. Kobata, A. Biochim. Biophys. Acta 2008, 1780 (3) 472-478
38. Crocker, P. R.; Redelinghuys, P. Biochem. Soc. Trans. 2008, 36 (Pt 6) 1467-1471
39. Marth, J. D.; Grewal, P. K. Nat. Rev. Immunol. 2008, 8 (11) 874-887
40. Grivennikov, S. I.; Greten, F. R.; Karin, M. Cell 2010, 140 (6) 883-899
41. Dang, F.; Kakehi, K.; Nakajima, K.; Shinohara, Y.; Ishikawa, M.; Kaji, N.; Tokeshi, M.; Baba, Y. J. Chromatogr. A 2006, 1109 (2) 138-143
42. Bynum, M. A.; Yin, H.; Felts, K.; Lee, Y. M.; Monell, C. R.; Killeen, K. Anal. Chem. 2009, 81 (21) 8818-8825
43. Hennig, C.; Rink, L.; Kirchner, H. Lancet 2000, 355 (9215) 1617-1618
44. Arnold, J. N.; Radcliffe, C. M.; Wormald, M. R.; Royle, L.; Harvey, D. J.; Crispin, M.; Dwek, R. A.; Sim, R. B.; Rudd, P. M. J. Immunol. 2004, 173 (11) 6831-6840
45. Calvo, C.; Ulloa, N.; Campos, M.; Verdugo, C.; Ayrault-Jarrier, M. Clin. Chim. Acta 1993, 217 (2) 193-198
46. Abbas, A. K.; Lichtman, A. H. Cellular and Molecular Immunology, 5 th ed.; Elsevier: New York, 2003.
47. Crispin, M. D.; Ritchie, G. E.; Critchley, A. J.; Morgan, B. P.; Wilson, I. A.; Dwek, R. A.; Sim, R. B.; Rudd, P. M. FEBS Lett. 2004, 566 (1-3) 270-274
48. Arnold, J. N.; Wormald, M. R.; Suter, D. M.; Radcliffe, C. M.; Harvey, D. J.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M.; Sim, R. B. J. Biol. Chem. 2005, 280 (32) 29080-29087
49. Mattu, T. S.; Pleass, R. J.; Willis, A. C.; Kilian, M.; Wormald, M. R.; Lellouch, A. C.; Rudd, P. M.; Woof, J. M.; Dwek, R. A. J. Biol. Chem. 1998, 273 (4) 2260-2272
50. Kanoh, Y.; Mashiko, T.; Danbara, M.; Takayama, Y.; Ohtani, S.; Egawa, S.; Baba, S.; Akahoshi, T. Anticancer Res. 2004, 24 (5B) 3135-3139
51. Vasseur, J. A.; Goetz, J. A.; Alley, W. R., Jr.; Novotny, M. V. Glycobiology 2012, in press.
52. Klein, A.; Michalski, J. C.; Morelle, W. Proteomics Clin. Appl. 2010, 4 (4) 372-378
53. Klein, A.; Carre, Y.; Louvet, A.; Michalski, J. C.; Morelle, W. Proteomics Clin. Appl. 2010, 4 (4) 379-393