Glycomic analysis of sialic acid linkages in glycans derived from blood serum glycoproteins

Journal of Proteome Research

Volumn 9, Issue 6, 2010, Pages 3062-3072

  Alley Jr , William R ^a   Novotny, Milos V ^a  

^a INDIANA UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

amidation; cancer; lactonization; permethylation; sialic acid

Indexed keywords

ALPHA 2,3 SIALYLLACTOSE; ALPHA 2,6 SIALYLLACTOSE; GLYCOPROTEIN; SIALIC ACID; SIALIC ACID DERIVATIVE; UNCLASSIFIED DRUG;

AMIDATION; ARTICLE; BREAST CANCER; CANCER PATIENT; CONTROLLED STUDY; FEMALE; GENE EXPRESSION PROFILING; GLYCOBIOLOGY; HUMAN; HUMAN CELL; HUMAN TISSUE; LACTONIZATION; LINKAGE ANALYSIS; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN METHYLATION; PROTEIN PURIFICATION; SIALYLATION;

AMIDES; ANALYSIS OF VARIANCE; BLOOD PROTEINS; BREAST NEOPLASMS; FEMALE; GLYCOMICS; GLYCOPROTEINS; HUMANS; ISOMERISM; LACTONES; METHYLATION; N-ACETYLNEURAMINIC ACID; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 77954601866     PISSN: 15353893     EISSN: 15353907     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr901210r     Document Type: Article

References (48)

1. Ries, L.; Eisner, M.; Kosary, C. L. SEER Cancer Statistics Review; National Cancer Institute: Bethesda, MD, 2005.
2. Kyselova, Z.; Mechref, Y.; Kang, P.; Goetz, J. A.; Dobrolecki, L. E.; Sledge, G. W.; Schnaper, L.; Hickey, R. J.; Malkas, L. H.; Novotny, M. V. Clin. Chem. 2008, 54, 1166-1175
3. Abd Hamid, U. M.; Royle, L.; Saldova, R.; Radcliffe, C. M.; Harvey, D. J.; Storr, S. J.; Pardo, M.; Antrobus, R.; Chapman, C. J.; Zitzmann, N.; Robertson, J. F.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M. Glycobiology 2008, 18, 1105-1118
4. Kirmiz, C.; Li, B.; An, H. J.; Clowers, B. H.; Chew, H. K.; Lam, K. S.; Ferrige, A.; Alecio, R.; Borowsky, A. D.; Sulaimon, S.; Lebrilla, C. B.; Miyamoto, S. Mol. Cell. Proteomics 2007, 44-55.
5. Kyselova, Z.; Mechref, Y.; Al Bataineh, M. M.; Dobrolecki, L. E.; Hickey, R. J.; Vinson, J.; Sweeney, C. J.; Novotny, M. V. J. Proteome Res. 2007, 6, 1822-1832
6. de Leoz, M. L.; An, H. J.; Kronewitter, S.; Kim, J.; Beecroft, S.; Vinall, R.; Miyamoto, S.; de Vere White, R.; Lam, K. S.; Lebrilla, C. Dis. Markers 2008, 25, 243-258
7. Peracaula, R.; Tabares, G.; Royle, L.; Harvey, D. J.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M.; de Llorens, R. Glycobiology 2003, 13, 457-470
8. Tabares, G.; Radcliffe, C. M.; Barrabes, S.; Ramirez, M.; Aleixandre, R. N.; Hoesel, W.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M.; Peracaula, R.; de Llorens, R. Glycobiology 2006, 16, 132-145
9. Saldova, R.; Royle, L.; Radcliffe, C. M.; Abd Hamid, U. M.; Evans, R.; Arnold, J. N.; Banks, R. E.; Hutson, R.; Harvey, D. J.; Antrobus, R.; Petrescu, S. M.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M. Glycobiology 2007, 17, 1344-1356
10. An, H. J.; Miyamoto, S.; Lancaster, K. S.; Kirmiz, C.; Li, B.; Lam, K. S.; Leiserowitz, G. S.; Lebrilla, C. B. J. Proteome Res. 2006, 5, 1629-1635
11. Bereman, M. S.; Williams, T. I.; Muddiman, D. C. Anal. Chem. 2009, 81, 1130-1136
12. Isailovic, D.; Kurulugama, R. T.; Plasencia, M. D.; Stokes, S. T.; Kyselova, Z.; Goldman, R.; Mechref, Y.; Novotny, M. V.; Clemmer, D. E. J. Proteome Res. 2008, 7, 1109-1117
13. Ressom, H. W.; Varghese, R. S.; Goldman, L.; An, Y.; Loffredo, C. A.; Abdel-Hamid, M.; Kyselova, Z.; Mechref, Y.; Novotny, M. V.; Drake, S. K.; Goldman, R. J. Proteome Res. 2008, 7, 603-610
14. Tang, Z.; Varghese, R. S.; Bekesova, S.; Loffredo, C. A.; Hamid, M. A.; Kyselova, Z.; Mechref, Y.; Novotny, M. V.; Goldman, R.; Ressom, H. W. J. Proteome Res. 2010, 9, 104-112.
15. Barrabes, S.; Pages-Pons, L.; Radcliffe, C. M.; Tabares, G.; Fort, E.; Royle, L.; Harvey, D. J.; Moenner, M.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M.; de Llorens, R.; Peracaula, R. Glycobiology 2007, 17, 388-400.
16. Peracaula, R.; Royle, L.; Tabares, G.; Mallorqui-Fernandez, G.; Barrabes, S.; Harvey, D. J.; Dwek, R. A.; Rudd, P. M.; de Llorens, R. Glycobiology 2003, 13, 227-244
17. Kui Wong, N.; Easton, R. L.; Panico, M.; Sutton-Smith, M.; Morrison, J. C.; Lattanzio, F. A.; Morris, H. R.; Clark, G. F.; Dell, A.; Patankar, M. S. J. Biol. Chem. 2003, 278, 28619-28634
18. Dall'Olio, F.; Chiricolo, M.; Lau, J. T. Int. J. Cancer 1999, 81, 243-247
19. Pousset, D.; Piller, V.; Bureaud, N.; Monsigny, M.; Piller, F. Cancer Res. 1997, 57, 4249-4256
20. Wang, P. H.; Lee, W. L.; Juang, C. M.; Chen, Y. J.; Chao, H. T.; Tsai, Y. C.; Yuan, C. C. Gynecol. Oncol. 2003, 89, 395-401.
21. Recchi, M. A.; Hebber, M.; Hornez, L.; Harduin-Lepers, A.; Peyrat, J. P.; Delannoy, P. Cancer Res. 1998, 58, 4066-4070
22. Lise, M.; Belluco, C.; Perera, S. P.; Patel, R.; Thomas, P.; Ganguly, A. Hybridoma 2000, 19, 281-286
23. Seales, E. C.; Jurado, G. A.; Singhal, A.; Bellis, S. L. Cancer Res. 2005, 65, 4645-4652
24. Lin, S.; Kemmner, W.; Grigull, S.; Schlag, P. M. Exp. Cell. Res. 2002, 276, 101-110
25. Christie, D. R.; Shaikh, F. M.; Lucus, V. J. A.; Lucas, I. J. A.; Bellis, S. L. J. Ovarian Res. 2008, 1, 3.
26. Sekiya, S.; Wada, Y.; Tanaka, K. Anal. Chem. 2005, 77, 4962-4968
27. Kang, P.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2008, 22, 721-734
28. Kang, P.; Mechref, Y.; Klouckova, I.; Novotny, M. V. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2005, 19, 3421.
29. Kunishima, M.; Kawachi, C.; Morita, J.; Terao, K.; Iwasaki, F.; Tani, S. Tetrahedron 1999, 55.
30. Chen, P.; Werner-Zwanziger, U.; Wiesler, D.; Pagel, M.; Novotny, M. V. Anal. Chem. 1999, 71, 4969-4973
31. Wheeler, S. F.; Domann, P.; Harvey, D. J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2009, 303-312
32. Alley, Jr. W. R.; Madera, M.; Mechref, Y.; Novotny, M. V. Anal. Chem. Submitted.
33. Green, E. D.; Adelt, G.; Baenziger, J. U.; Wilson, S.; van Halbeek, H. J. Biol. Chem. 1988, 263, 18253-18268
34. Dall'Olio, F.; Chiricolo, M.; D'Errico, A.; Gruppioni, E.; Altimari, A.; Fiorentino, M.; Grigioni, W. F. Glycobiology 2004, 14, 39-49.
35. Lin, S.; Kemmer, W.; Grigull, S.; Schlag, P. M. Exp. Cell. Res. 2002, 276, 101-110
36. Wang, X.; Zhang, L. H.; Ye, X. S. Med. Res. Rev. 2003, 23, 32-47.
37. Kemmner, W.; Hohaus, K.; Schlag, P. M. FEBS Lett. 1997, 409, 347-350
38. Fuster, M. M.; Esko, J. D. Nat. Rev. Cancer 2005, 5, 526-542
39. Kijima-Suda, I.; Miyamoto, Y.; Toyoshima, S.; Itoh, M.; Osawa, T. Cancer Res. 1986, 46, 862.
40. Kijima-Suda, I.; Miyazawa, T.; Itoh, M.; Toyoshima, S.; Osawa, T. Cancer Res. 1988, 48, 3732.
41. Wagner, H. E.; Thomas, P.; Wolf, B. C.; Rapoza, A.; Steele, G., Jr. Arch. Surg. 1990, 125, 351-354
42. O'Hanlon, T. P.; Lau, K. M.; Wang, X. C.; Lau, J. T. Y. J. Biol. Chem. 1989, 264, 17389-17394
43. Paulson, J. C.; Weinstein, J.; Schauer, A. J. Biol. Chem. 1989, 264, 10931-10934
44. Dall'Olio, F.; Malagolini, N.; DiStefano, G.; Minni, F.; Marrano, D.; Serafini-Cessi, F. Int. J. Cancer 1989, 44, 434-439
45. Gessner, P.; Riedl, S.; Quentmaier, A.; Kemmner, W. Cancer Lett. 1993, 75, 143-149
46. Dalziel, M.; Lemaire, S.; Ewing, J.; Kobayashi, L.; Lau, J. T. Y. Glycobiology 1999, 9, 1003-1008
47. Yasukawa, Z.; Sata, C.; Kitajima, K. Glycobiology 2005, 15, 827-837
48. Knupfer, H.; Preiss, R. Breast Cancer Res Treat. 2007, 102, 129-135