The importance of the shape of the protein-water interface of a kinesin motor domain for dynamics of the surface atoms of the protein

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 14, Issue 16, 2012, Pages 5561-5569

  Kuffel, Anna ^a   Zielkiewicz, Jan ^a  

^a GDANSK UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Poland)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

KINESIN; WATER;

ARTICLE; CHEMISTRY; MOLECULAR DYNAMICS; SURFACE PROPERTY;

KINESIN; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; SURFACE PROPERTIES; WATER;

EID: 84859365425     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c2cp40105c     Document Type: Article

References (62)

1. T. Yanagida M. Ueda T. Murata S. Esaki Y. Ishii BioSystems 2007 88 228
2. L. C. Kapitein E. J. G. Peterman B. H. Kwok J. H. Kim T. M. Kapoor C. F. Schmidt Nature 2005 435 114
3. M. Kikkawa Trends Cell Biol. 2008 18 128
4. A. Yildiz M. Tomishige R. D. Vale P. R. Selvin Science 2004 303 676
5. N. F. Endres C. Yoshioka R. A. Milligan R. D. Vale Nature 2006 439 875
6. S. M. Block Biophys. J. 2007 92 2986
7. A. Ciudad J. M. Sancho G. P. Tsironis J. Biol. Phys. 2006 32 455
8. R. F. Fox M. H. Choi Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 2001 63 051901
9. K. Henzler-Wildman D. Kern Nature 2007 450 964
10. A. Ramanathan P. K. Agarwal J. Phys. Chem. B 2009 113 16669
11. J. A. Rupley G. Careri Adv. Protein Chem. 1991 41 37
12. S. Hayward A. Kitao F. Hirata N. Go J. Mol. Biol. 1993 234 1207
13. V. Helms ChemPhysChem 2007 8 23
14. P. W. Fenimore H. Frauenfelder B. H. McMahon F. G. Parak Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 16047
15. P. W. Fenimore H. Frauenfelder B. H. McMahon R. D. Young Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 14408
16. H. Frauenfelder P. W. Fenimore G. Chen B. H. McMahon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 15469
17. H. Frauenfelder G. Chen J. Berendzen P. W. Fenimore H. Jansson B. H. McMahon I. R. Stroe J. Swenson R. D. Young Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 5129
18. N. Shenogina P. Keblinski S. Garde J. Chem. Phys. 2008 129 155105
19. S. Khodadadi J. H. Roh A. Kisliuk E. Mamontov M. Tyagi S. A. Woodson R. M. Briber A. P. Sokolov Biophys. J. 2010 98 1321
20. P. Ball Chem. Rev. 2008 108 74
21. P. Ball ChemPhysChem 2008 9 2677
22. S. R. Kabir K. Yokoyama K. Mihashi T. Kodama M. Suzuki Biophys. J. 2003 85 3154
23. M. Suzuki S. R. Kabir Md. Sh. P. Siddique U. S. Nazia T. Miyazaki T. Kodama Biochem. Biophys. Res. Commun. 2004 322 340
24. T. Wazawa T. Sagawa T. Ogawa N. Morimoto T. Kodama M. Suzuki Biochem. Biophys. Res. Commun. 2011 404 985
25. D. A. Case, T. A. Darden, T. E. Cheatham, III, C. L. Simmerling, J. Wang, R. E. Duke, R. Luo, M. Crowley, R. C. Walker, W. Zhang, K. M. Merz, B. Wang, S. Hayik, A. Roitberg, G. Seabra, I. Kolossváry, K. F. Wong, F. Paesani, J. Vanicek, X. Wu, S. R. Brozell, T. Steinbrecher, H. Gohlke, L. Yang, C. Tan, J. Mongan, V. Hornak, G. Cui, D. H. Mathews, M. G. Seetin, C. Sagui, V. Babin and P. A. Kollman, AMBER 10, University of California, San Francisco, 2008
26. Y. Duan C. Wu S. Chowdhury M. C. Lee G. M. Xiong W. Zhang R. Yang P. Cieplak R. Luo T. Lee J. Caldwell J. M. Wang P. Kollman J. Comput. Chem. 2003 24 1999
27. C. V. Sindelar M. J. Budny S. Rice N. Naber R. Fletterick R. Cooke Nat. Struct. Mol. Biol. 2002 9 844
28. F. J. Kull E. P. Sablin R. Lau R. J. Fletterick R. D. Vale Nature 1996 380 550
29. K. L. Meagher L. T. Redman H. A. Carlson J. Comput. Chem. 2003 24 1016
30. D. Czapiewski J. Zielkiewicz J. Phys. Chem. B 2010 114 4536
31. J. Zielkiewicz J. Chem. Phys. 2008 128 104501
32. Ph. Wernet D. Nordlund U. Bergmann M. Cavalleri M. Odelius H. Ogasawara L. A. Näslund T. K. Hirsch L. Ojamäe P. Glatzel L. G. M. Pettersson A. Nilsson Science 2004 304 995
33. G. Ruocco M. Sampoli R. Vallauri J. Chem. Phys. 1992 96 6167
34. G. Ruocco M. Sampoli A. Torcini R. Vallauri J. Chem. Phys. 1993 99 8095
35. E. C. Dykeman O. F. Sankey J. Phys.: Condens. Matter 2010 22 423202
36. S. L. Chang T.-M. Wu C.-Y. Mou J. Chem. Phys. 2004 121 3605
37. A. Kuffel J. Zielkiewicz J. Phys. Chem. B 2008 112 15503
38. A. Kuffel J. Zielkiewicz J. Chem. Phys. 2010 133 035102
39. P. N. Perera K. R. Fega C. Lawrence E. J. Sundstrom J. Tomlinson-Phillips D. Ben-Amotz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 12230
40. J.-H. Choi H. Kim S. Lee J. Chem. Phys. 1998 109 7001
41. J.-H. Choi S. Lee J. Chem. Phys. 2000 113 6325
42. M. L. Connoly J. Mol. Graphics 1986 4 3
43. R. G. Coleman M. A. Burr D. L. Souvaine A. C. Cheng Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005 61 1068
44. L.-P. Albou B. Schwarz O. Poch J. M. Wurtz D. Moras Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2009 76 1
45. L. Hua X. Huang R. Zhou B. J. Berne J. Phys. Chem. B 2006 110 3704
46. N. Givambattista C. F. Lope P. J. Rossky P. G. Debenedetti Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 2274
47. Y.-K. Cheng P. J. Rossky Nature 1998 392 696
48. F. Pizzitutti M. Marchi F. Sterpone P. J. Rossky J. Phys. Chem. B 2007 111 7584
49. F. Merzel J. C. Smith Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 19 5378
50. K. M. Biswas D. R. DeVido J. Kyte R. F. Doolittle J. Mol. Biol. 1982 157 105
51. T. P. Hopp K. R. Woods Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1981 78 3824
52. S. H. White W. C. Wimley Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999 28 319
53. Y.-C. Liou A. Tocilj P. L. Davies Z. Jia Nature 2000 406 322
54. P. Graether M. J. Kuiper S. M. Gagné V. K. Walker Z. Jia B. D. Sykes P. L. Davies Nature 2000 406 325
55. A. Kitao S. Hayward N. Go Proteins: Struct., Funct., Genet. 1998 33 496
56. A. Amadei A. B. Linssen H. J. Berendsen Proteins 1993 17 412
57. D. Vitkup D. Ringe G. A. Petsko M. Karplus Nat. Struct. Biol. 2000 7 34
58. A. L. Tournier J. C. Xu J. C. Smith Biophys. J. 2003 85 1871
59. A. L. Tournier V. Réat R. Dunn R. Daniel J. C. Smith J. Finney Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 1388
60. E. J. Sorin Y. M. Rhee M. R. Shirts V. S. Pande J. Mol. Biol. 2006 356 248
61. N. V. Nucci M. S. Pometum A. J. Wand Nat. Struct. Mol. Biol. 2011 18 245
62. V. J. Hilser Nature 2011 469 166