Comparison of ternary bilayer mixtures with asymmetric or symmetric unsaturated phosphatidylcholine lipids by coarse grained molecular dynamics simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 116, Issue 11, 2012, Pages 3525-3537

  Rosetti, C ^a,b   Pastorino, C ^a,b  

^a CENTRO ATÓMICO CONSTITUYENTES   (Argentina)

^b Facultad de Ciencias Naturales e Instituto M Lillo   (Argentina)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHOLESTEROL; HYDROPHOBICITY; MELTING; MICROCOMPUTERS; MIXTURES; MOLECULAR DYNAMICS; PHASE BEHAVIOR; SEGREGATION (METALLOGRAPHY);

ACYL CHAIN; BI-LAYER; CLUSTER SIZES; COARSE GRAIN MODEL; COARSE-GRAINED MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; COMPOSITION FLUCTUATIONS; CONFORMATIONAL ORDER; DYNAMIC CLUSTER; HIGH-MELTING; HYDROPHOBIC CHAINS; LINE TENSION; LOCAL PROPERTY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; NON-IDEAL MIXING; ORDER PARAMETER; PHASE DOMAIN; PHOSPHATIDYLCHOLINE; POLYUNSATURATED LIPIDS; PREFERENTIAL ORIENTATION; SATURATED LIPIDS; SINGLE PHASE; SURFACE DENSITY; TEMPERATURE RANGE; UNSATURATED CHAINS;

LIPIDS;

EID: 84858983840     PISSN: 15206106     EISSN: 15205207     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp212406u     Document Type: Article

References (56)

1. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750
2. Singer, S. J.; Nicolson, G. L. Science 1972, 175, 720
3. Engelman, D. M. Nature 2005, 438, 578
4. Plowman, S. J.; Muncke, C.; Parton, R. G.; Hancock, J. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 15500
5. Sharma, P.; Varma, R.; Sarasij, R. C.; Gousset, I. K.; Krishnamoorthy, G.; Rao, M.; Mayor, S. Cell 2004, 116, 577
6. Veatch, S. L.; Keller, S. L. Biophys. J. 2003, 85, 3074
7. Kusumi, A.; Koyama-Honda, I.; Suzuki, K. Traffic 2004, 5, 213
8. Mayor, S.; Rao, M. Traffic 2004, 5, 231
9. Edidin, M. Trends Cell. Biol. 2001, 11, 492
10. Fan, J.; Sammalkorpi, M.; Haataja, M. FEBS Lett. 2010, 584, 1678
11. Honerkamp-Smith, A. R.; Veatch, S. L.; Keller, S. L. Biochim. Biophys. Acta 2009, 1788, 53
12. Yethiraj, A.; Weisshaar, J. C. Biophys. J. 2007, 93, 3113
13. Zhao, J.; Wu, J.; Heberle, F. A.; Mills, T. T.; Klawitter, P.; Huang, G.; Constanza, G.; Feigenson, G. W. Biochim. Biophys. Acta 2007, 1768, 2764
14. Veatch, S. L.; Keller, S. L. Phys. Rev. Lett. 2005, 94, 148101
15. Pokorny, A.; Yandek, L. E.; Elegbede, I. E.; Hinderliter, A.; Almeida, P. F. F. Biophys. J. 2006, 91, 2184
16. Almeida, R.; Loura, L. M. S.; Fedorov, A.; Prieto, M. J. Mol. Biol. 2005, 346, 1109
17. Shaikh, S. R.; Brzustowicz, M. R.; Gustafson, N.; Stillwell, W.; Wassall, S. R. Biochemistry 2002, 41, 10593
18. Zhao, J.; Wu, J.; Shao, H.; Kon, F.; Jain, N.; Hunt, G.; Feigenson, G. Biochim. Biophys. Acta 2007, 178, 2777
19. Heberle, F. A.; Wu, J.; Lin Goh, S.; Petruzielo, R. S.; Feigenson, G. W. Biophys. J. 2010, 99, 3309
20. Konyakhina, T. M.; Lin Goh, S.; Amazon, J.; Heberle, F. A.; Wu, J.; Feigenson, G. W. Biophys. J. 2011, 101, L08
21. Soni, S. P.; LoCascio, D. S.; Liu, Y.; Williams, J. A.; Bittman, R.; Stillwell, W.; Wassall, S. R. Biophys. J. 2008, 95, 203
22. Filippov, A.; Oradd, G.; Lindblom, G. Biophys. J. 2007, 93, 3182
23. Brewster, R.; Pincus, P. A.; Safran, S. A. Biophys. J. 2009, 97, 1087
24. Brewster, R.; Safran, S. A. Biophys. J. 2010, 98, L21
25. Yamamoto, T.; Brewster, R.; Safran, S. A. Europhys. Lett. 2004, 67, 321
26. Yamamoto, T.; Safran, S. A. Soft Matter 2011, 7, 7021
27. Schäfer, L. V.; Marrink, S. J. Biophys. J. 2010, 99, L91
28. de Joannis, J.; Coppock, P. S.; Yin, F.; Mori, M.; Zamorano, A.; Kindt, J. T. J. Am. Chem. Soc. 2010, 133, 3625
29. Niemela, P. S.; Ollila, S.; Hyvonen, M. T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. PLoS Comput. Biol. 2007, 3, 304
30. Aittoniemi, J.; Niemela, P. S.; Hyvonen, M. T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I. Biophys. J. 2007, 92, 1125
31. Pandit, S. A.; Vasudevan, S.; Chiu, S. W.; Mashl, R. J.; Jakobsson, E.; Scott, H. L. Biophys. J. 2004, 87, 1092
32. Martinez-Seara, H.; Róg, T.; Karttunen, M.; Vattulainen, I.; Reigada, R. PLoS One 2010, 5, e11162
33. Pandit, S. A.; Jakobsson, E.; Scott, H. L. Biophys. J. 2004, 87, 3312
34. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812
35. Risselada, H. J.; Marrink, S. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2008, 105, 17367
36. Tumaneng, P. W.; Pandit, S. A.; Zhao, G.; Scott, H. L. J. Chem. Phys. 2010, 132, 065104
37. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Harroun, T. A.; Katsaras, J.; Wassall, S. J. Am. Chem. Soc. 2008, 130, 130
38. van der Spoel, D.; Lindahl, E.; Hess, B.; Groenhof, G.; Mark, A. E.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701
39. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; Van Gunsteren, W. F.; Dinola, A.; Haak, J. R. J. Chem. Phys. 1984, 81, 3684
40. Rycroft, C. H.; Grest, G. S.; Landry, J. W.; Bazant, M. Z. Phys. Rev. E 2006, 74, 021306; http://math.lbl.gov/voro++
41. Frenkel, D.;; Smit, B. Understanding Molecular Simulation, 2 nd ed.; Academic Press: San Diego, CA, 2002.
42. Marrink, S. J.; Risselada, J.; Mark, A. E. Chem. Phys. Lipids 2005, 135, 223
43. Marsh, D. Biochim. Biophys. Acta 2009, 1788, 2114
44. Domański, J.; Marrink, S. J.; Schäfer, L. V. Biochim. Biophys. Acta 2011, 1818, 984
45. Harroun, T. A.; Katsaras, J.; Wassall, S. R. Biochemistry 2006, 45, 1227
46. Bennett, W. F. D.; MacCallum, J. L.; Hinner, M. J.; Marrink, S. J.; Tieleman, D. P. J. Am. Chem. Soc. 2009, 131, 12714
47. Pitman, M. C.; Suits, F.; MacKerell, A. D.; Feller, S. E. Biochemistry 2004, 43, 15318
48. Huster, D.; Arnold, K.; Gawrisch, K. Biochemistry 1998, 37, 17299
49. Brzustowicz, M. R.; Cherezov, V.; Caffrey, M.; Stillwell, W.; Wassall, S. R. Biophys. J. 2002, 82, 285
50. Feller, S. E.; Gawrisch, K.; MacKerell, A. D., Jr. J. Am. Chem. Soc. 2001, 124, 318
51. Saiz, L.; Klein, M. L. Biophys. J. 2001, 81, 204
52. Huber, T.; Rajamoorthi, K.; Kurze, V. F.; Beyer, K.; Brown, M. F. J. Am. Chem. Soc. 2001, 124, 298
53. Rosetti, C. M.; Pastorino, C. J. Phys. Chem. B 2010, 115, 1002
54. Stillwell, W.; Wassall, S. R. Chem. Phys. Lipids 2003, 126, 1
55. Perlmutter, J. D.; Sachs, J. N. J. Am. Chem. Soc. 2011, 133, 6563
56. Schick, M., arXiv: 1111.2350v1 [cond-mat.soft] (2011).