Opportunities for sensitive plasma proteome analysis

Analytical Chemistry

Volumn 84, Issue 4, 2012, Pages 1824-1830

  Landegren, Ulf ^a   Vänelid, Johan ^a   Hammond, Maria ^a   Nong, Rachel Yuan ^a   Wu, Di ^a   Ulleräs, Erik ^a   Kamali Moghaddam, Masood ^a  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CLINICAL UTILITY; EXPERIMENTAL CONDITIONS; PLASMA PROTEIN; PROTEOME ANALYSIS; STATE OF AFFAIRS;

DIAGNOSIS; PLASMAS; PROTEINS;

BIOMARKERS;

BIOLOGICAL MARKER; PLASMA PROTEIN; PROTEOME;

BLOOD; HUMAN; METHODOLOGY; PROTEOMICS; REVIEW;

BIOLOGICAL MARKERS; BLOOD PROTEINS; HUMANS; PROTEOME; PROTEOMICS;

EID: 84858848380     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac2032222     Document Type: Review

References (53)

1. Tiselius, A. Biochem. J. 1937, 31, 1464-1477.
2. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Mol. Cell. Proteomics 2002, 1, 845-867.
3. Anderson, N. L. Clin. Chem. 2010, 56, 177-185.
4. Sizmann, D.; Glaubitz, J.; Simon, C. O.; Goedel, S.; Buergisser, P.; Drogan, D.; Hesse, M.; Kroh, M.; Simmler, P.; Dewald, M.; Gilsdorf, M.; Fuerst, M.; Ineichen, R.; Kirn, A.; Pasche, P.; Wang, Z.; Weisshaar, S.; Young, K.; Haberhausen, G.; Babiel, R. J. Clin. Virol. 2010, 49, 41-46
5. Mullis, K. B. PCR Methods Appl. 1991, 1, 1-4.
6. Kuzyk, M. A.; Smith, D.; Yang, J.; Cross, T. J.; Jackson, A. M.; Hardie, D. B.; Anderson, N. L.; Borchers, C. H. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 1860-1877.
7. Kuhn, E.; Addona, T.; Keshishian, H.; Burgess, M.; Mani, D. R.; Lee, R. T.; Sabatine, M. S.; Gerszten, R. E.; Carr, S. A. Clin. Chem. 2009, 55, 1108-1117.
8. Gold, L.; Ayers, D.; Bertino, J.; Bock, C.; Bock, A.; Brody, E. N.; Carter, J.; Dalby, A. B.; Eaton, B. E.; Fitzwater, T.; Flather, D.; Forbes, A.; Foreman, T.; Fowler, C.; Gawande, B.; Goss, M.; Gunn, M.; Gupta, S.; Halladay, D.; Heil, J.; Heilig, J.; Hicke, B.; Husar, G.; Janjic, N.; Jarvis, T.; Jennings, S.; Katilius, E.; Keeney, T. R.; Kim, N.; Koch, T. H.; Kraemer, S.; Kroiss, L.; Le, N.; Levine, D.; Lindsey, W.; Lollo, B.; Mayfield, W.; Mehan, M.; Mehler, R.; Nelson, S. K.; Nelson, M.; Nieuwlandt, D.; Nikrad, M.; Ochsner, U.; Ostroff, R. M.; Otis, M.; Parker, T.; Pietrasiewicz, S.; Resnicow, D. I.; Rohloff, J.; Sanders, G.; Sattin, S.; Schneider, D.; Singer, B.; Stanton, M.; Sterkel, A.; Stewart, A.; Stratford, S.; Vaught, J. D.; Vrkljan, M.; Walker, J. J.; Watrobka, M.; Waugh, S.; Weiss, A.; Wilcox, S. K.; Wolfson, A.; Wolk, S. K.; Zhang, C.; Zichi, D. PLoS One 2010, 5, e15004.
9. Darmanis, S.; Nong, R. Y.; Vänelid, J.; Siegbahn, A.; Ericsson, O.; Fredriksson, S.; Backlin, C.; Gut, M.; Heath, S.; Gut, I. G.; Wallentin, L.; Gustafsson, M. G.; Kamali-Moghaddam, M.; Landegren, U. PLoS One 2011, 6, e25583.
10. Rhea, J. M.; Molinaro, R. J. MLO Med Lab Obs 2011, 43, 10-12, 16, 18; quiz 20, 22.
11. Polanski, M.; Anderson, N. L. Biomarker Insights 2007, 1, 1-48.
12. Schwenk, J. M.; Igel, U.; Neiman, M.; Langen, H.; Becker, C.; Bjartell, A.; Ponten, F.; Wiklund, F.; Gronberg, H.; Nilsson, P.; Uhlen, M. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 2497-2507.
13. Ledee, N.; Lombroso, R.; Lombardelli, L.; Selva, J.; Dubanchet, S.; Chaouat, G.; Frankenne, F.; Foidart, J. M.; Maggi, E.; Romagnani, S.; Ville, Y.; Piccinni, M. P. Hum. Reprod. 2008, 23, 2001-2009.
14. Lam, P. H.; Anderson, P. R. 3rd; Ahmed, B.; Sobel, B. E.; Vanburen, P.; Schneider, D. J. Coron. Artery Dis. 2011, 22, 311-316.
15. Echan, L. A.; Tang, H. Y.; Ali-Khan, N.; Lee, K.; Speicher, D. W. Proteomics 2005, 5, 3292-3303.
16. Schiess, R.; Wollscheid, B.; Aebersold, R. Mol. Oncol. 2009, 3, 33-44.
17. Clamp, M.; Fry, B.; Kamal, M.; Xie, X.; Cuff, J.; Lin, M. F.; Kellis, M.; Lindblad-Toh, K.; Lander, E. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 19428-19433.
18. Mahotka, C.; Wenzel, M.; Springer, E.; Gabbert, H. E.; Gerharz, C. D. Cancer Res. 1999, 59, 6097-6102.
19. Hatakeyama, K.; Ohshima, K.; Fukuda, Y.; Ogura, S.; Terashima, M.; Yamaguchi, K.; Mochizuki, T. Proteomics 2011, 11, 2275-2282.
20. Hauser, S.; Bickel, L.; Weinspach, D.; Gerg, M.; Schafer, M. K.; Pfeifer, M.; Hazin, J.; Schelter, F.; Weidle, U. H.; Ramser, J.; Volkmann, J.; Meindl, A.; Schmitt, M.; Schrotzlmair, F.; Altevogt, P.; Kruger, A. PLoS One 2011, 6, e18989.
21. Scotlandi, K.; Zuntini, M.; Manara, M. C.; Sciandra, M.; Rocchi, A.; Benini, S.; Nicoletti, G.; Bernard, G.; Nanni, P.; Lollini, P. L.; Bernard, A.; Picci, P. Oncogene 2007, 26, 6604-6618.
22. Simpson, R. J.; Jensen, S. S.; Lim, J. W. Proteomics 2008, 8, 4083-4099.
23. Yalow, R. S.; Berson, S. A. J. Clin. Invest. 1960, 39, 1157-1175.
24. Cooper, H. M.; Patterson, Y. Current Protocols in Immunology; Greene Pub. Associates and Wiley-Interscience: New York, 2008, Chapter 2, Unit 2 4 1-2 4 10.
25. Anderson, N. L.; Jackson, A.; Smith, D.; Hardie, D.; Borchers, C.; Pearson, T. W. Mol. Cell. Proteomics 2009, 8, 995-1005.
26. Kraemer, S.; Vaught, J. D.; Bock, C.; Gold, L.; Katilius, E.; Keeney, T. R.; Kim, N.; Saccomano, N. A.; Wilcox, S. K.; Zichi, D.; Sanders, G. M. PLoS One 2011, 6, e26332.
27. Kramer, A.; Keitel, T.; Winkler, K.; Stocklein, W.; Hohne, W.; Schneider-Mergener, J. Cell 1997, 91, 799-809.
28. Lundberg, E.; Fagerberg, L.; Klevebring, D.; Matic, I.; Geiger, T.; Cox, J.; Algenas, C.; Lundeberg, J.; Mann, M.; Uhlen, M. Mol. Syst. Biol. 2010, 6, 450.
29. Lexmond, W.; der Mee, J.; Ruiter, F.; Platzer, B.; Stary, G.; Yen, E. H.; Dehlink, E.; Nurko, S.; Fiebiger, E. J. Immunol. Methods 2011, 373, 192-199.
30. Lonnberg, M.; Drevin, M.; Carlsson, J. J. Immunol. Methods 2008, 339, 236-244.
31. Rissin, D. M.; Kan, C. W.; Campbell, T. G.; Howes, S. C.; Fournier, D. R.; Song, L.; Piech, T.; Patel, P. P.; Chang, L.; Rivnak, A. J.; Ferrell, E. P.; Randall, J. D.; Provuncher, G. K.; Walt, D. R.; Duffy, D. C. Nat. Biotechnol. 2010, 28, 595-599.
32. Todd, J.; Freese, B.; Lu, A.; Held, D.; Morey, J.; Livingston, R.; Goix, P. Clin. Chem. 2007, 53, 1990-1995.
33. Tessler, L. A.; Mitra, R. D. Proteomics 2011, 11, 1-5.
34. Tessler, L. A.; Reifenberger, J. G.; Mitra, R. D. Anal. Chem. 2009, 81, 7141-7148.
35. Sano, T.; Smith, C. L.; Cantor, C. R. Science 1992, 258, 120-122.
36. Pelletier, J. N.; Arndt, K. M.; Pluckthun, A.; Michnick, S. W. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 683-690.
37. Remy, I.; Michnick, S. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 5394-5399.
38. Cui, Y.; Wei, Q.; Park, H.; Lieber, C. M. Science 2001, 293, 1289-1292.
39. Patolsky, F.; Timko, B. P.; Yu, G.; Fang, Y.; Greytak, A. B.; Zheng, G.; Lieber, C. M. Science 2006, 313, 1100-1104.
40. Hopfield, J. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1974, 71, 4135-4139.
41. Wide, L.; Bennich, H.; Johansson, S. G. Lancet 1967, 2, 1105-1107.
42. Fredriksson, S.; Gullberg, M.; Jarvius, J.; Olsson, C.; Pietras, K.; Gustafsdottir, S. M.; Ostman, A.; Landegren, U. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 473-477.
43. Soderberg, O.; Gullberg, M.; Jarvius, M.; Ridderstrale, K.; Leuchowius, K. J.; Jarvius, J.; Wester, K.; Hydbring, P.; Bahram, F.; Larsson, L. G.; Landegren, U. Nat. Methods 2006, 3, 995-1000.
44. Lundberg, M.; Eriksson, A.; Tran, B.; Assarsson, E.; Fredriksson, S. Nucleic Acids Res. 2011, 39, e102.
45. Darmanis, S.; Nong, R. Y.; Hammond, M.; Gu, J.; Alderborn, A.; Vänelid, J.; Siegbahn, A.; Gustafsdottir, S.; Ericsson, O.; Landegren, U.; Kamali-Moghaddam, M. Mol. Cell. Proteomics 2010, 9, 327-335.
46. Liu, Y.; Gu, J.; Hagner-McWhirter, A.; Sathiyanarayanan, P.; Gullberg, M.; Soderberg, O.; Johansson, J.; Hammond, M.; Ivansson, D.; Landegren, U. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, O111.011031.
47. Fredriksson, S.; Dixon, W.; Ji, H.; Koong, A. C.; Mindrinos, M.; Davis, R. W. Nat. Methods 2007, 4, 327-329.
48. Fredriksson, S.; Horecka, J.; Brustugun, O. T.; Schlingemann, J.; Koong, A. C.; Tibshirani, R.; Davis, R. W. Clin. Chem. 2008, 54, 582-589.
49. Lundberg, M.; Thorsen, S. B.; Assarsson, E.; Villablanca, A.; Tran, B.; Gee, N.; Knowles, M.; Nielsen, B. S.; Gonzalez Couto, E.; Martin, R.; Nilsson, O.; Fermer, C.; Schlingemann, J.; Christensen, I. J.; Nielsen, H. J.; Ekstrom, B.; Andersson, C.; Gustafsson,M.; Brunner, N.; Stenvang, J.; Fredriksson, S. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110.004978.
50. Carlsson, L.; Nilsson, O.; Larsson, A.; Stridsberg, M.; Sahlen, G.; Ronquist, G. Prostate 2003, 54, 322-330.
51. Tavoosidana, G.; Ronquist, G.; Darmanis, S.; Yan, J.; Carlsson, L.; Wu, D.; Conze, T.; Ek, P.; Semjonow, A.; Eltze, E.; Larsson, A.; Landegren, U. D.; Kamali-Moghaddam, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2011, 108, 8809-8814.
52. Wichmann, H. E.; Kuhn, K. A.; Waldenberger, M.; Schmelcher, D.; Schuffenhauer, S.; Meitinger, T.; Wurst, S. H.; Lamla, G.; Fortier, I.; Burton, P. R.; Peltonen, L.; Perola, M.; Metspalu, A.; Riegman, P.; Landegren, U.; Taussig, M. J.; Litton, J. E.; Fransson, M. N.; Eder, J.; Cambon-Thomsen, A.; Bovenberg, J.; Dagher, G.; van Ommen, G. J.; Griffith, M.; Yuille, M.; Zatloukal, K. Nat. Biotechnol. 2011, 29, 795-797.
53. Taussig, M. J.; Stoevesandt, O.; Borrebaeck, C. A.; Bradbury, A. R.; Cahill, D.; Cambillau, C.; de Daruvar, A.; Dubel, S.; Eichler, J.; Frank, R.; Gibson, T. J.; Gloriam, D.; Gold, L.; Herberg, F. W.; Hermjakob, H.; Hoheisel, J. D.; Joos, T. O.; Kallioniemi, O.; Koegl, M.; Konthur, Z.; Korn, B.; Kremmer, E.; Krobitsch, S.; Landegren, U.; van der Maarel, S.; McCafferty, J.; Muyldermans, S.; Nygren, P. A.; Palcy, S.; Pluckthun, A.; Polic, B.; Przybylski, M.; Saviranta, P.; Sawyer, A.; Sherman, D. J.; Skerra, A.; Templin, M.; Ueffing, M.; Uhlen, M. Nat. Methods 2007, 4, 13-17.