Compaction and binding properties of the intrinsically disordered C-terminal domain of Henipavirus nucleoprotein as unveiled by deletion studies

Molecular BioSystems

Volumn 8, Issue 1, 2012, Pages 392-410

  Blocquel, David ^a,b   Habchi, Johnny ^a,b   Gruet, Antoine ^a,b   Blangy, Stéphanie ^a,b   Longhi, Sonia ^a,b  

^a CNRS   (France)

^b AIX MARSEILLE UNIVERSITY   (France)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

NUCLEOPROTEIN; VIRUS PROTEIN;

AMINO ACID SEQUENCE; ARTICLE; CALORIMETRY; CHEMICAL PHENOMENA; CHEMISTRY; CIRCULAR DICHROISM; GEL CHROMATOGRAPHY; GENE DELETION; HENIPAVIRUS; HUMAN; KINETICS; LIGHT; METABOLISM; MOLECULAR GENETICS; PROTEIN BINDING; PROTEIN FOLDING; PROTEIN SECONDARY STRUCTURE; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; RADIATION SCATTERING;

AMINO ACID SEQUENCE; CALORIMETRY; CHROMATOGRAPHY, GEL; CIRCULAR DICHROISM; HENIPAVIRUS; HUMANS; HYDROPHOBIC AND HYDROPHILIC INTERACTIONS; KINETICS; LIGHT; MOLECULAR SEQUENCE DATA; NUCLEOPROTEINS; PROTEIN BINDING; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE, SECONDARY; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SCATTERING, RADIATION; SEQUENCE DELETION; VIRAL PROTEINS;

EID: 82655175457     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1mb05401e     Document Type: Article

References (103)

1. R. Stone Science 2011 331 1128 1131
2. B. T. Eaton, J. S. Mackenzie and L. F. Wang, Henipaviruses, in Fields Virology, ed., B. N. Fields, D. M. Knipe, and, P. M. Howley, 5th edn, Lippincott-Raven, Philadelphia, 2007, pp. 1587-1600
3. J. F. Drexler V. M. Corman F. Gloza-Rausch A. Seebens A. Annan A. Ipsen T. Kruppa M. A. Muller E. K. Kalko Y. Adu-Sarkodie S. Oppong C. Drosten PLoS One 2009 4 e6367
4. M. Enserink Science 2004 303 1121
5. D. Butler Nature 2004 429 7
6. V. P. Hsu M. J. Hossain U. D. Parashar M. M. Ali T. G. Ksiazek I. Kuzmin M. Niezgoda C. Rupprecht J. Bresee R. F. Breiman Emerging Infect. Dis. 2004 10 2082 2087
7. N. Homaira M. Rahman M. J. Hossain J. H. Epstein R. Sultana M. S. Khan G. Podder K. Nahar B. Ahmed E. S. Gurley P. Daszak W. I. Lipkin P. E. Rollin J. A. Comer T. G. Ksiazek S. P. Luby Epidemiol. Infect. 2010 138 1630 1636
8. J. J. Sejvar J. Hossain S. K. Saha E. S. Gurley S. Banu J. D. Hamadani M. A. Faiz F. M. Siddiqui Q. D. Mohammad A. H. Mollah R. Uddin R. Alam R. Rahman C. T. Tan W. Bellini P. Rota R. F. Breiman S. P. Luby Ann. Neurol. 2007 62 235 242
9. L. F. Wang M. Yu E. Hansson L. I. Pritchard B. Shiell W. P. Michalski B. T. Eaton J. Virol. 2000 74 9972 9979
10. B. T. Eaton C. C. Broder D. Middleton L. F. Wang Nat. Rev. Microbiol. 2006 4 23 35
11. D. Karlin S. Longhi B. Canard Virology 2002 302 420 432
12. S. Longhi V. Receveur-Brechot D. Karlin K. Johansson H. Darbon D. Bhella R. Yeo S. Finet B. Canard J. Biol. Chem. 2003 278 18638 18648
13. G. Schoehn M. Mavrakis A. Albertini R. Wade A. Hoenger R. W. Ruigrok J. Mol. Biol. 2004 339 301 312
14. D. Bhella, Measles virus nucleocapsid structure, conformational flexibility and the rule of six, in Measles virus nucleoprotein, ed., S. Longhi, Nova Publishers Inc., Hauppage, NY, 2007
15. D. Bhella A. Ralph L. B. Murphy R. P. Yeo J. Gen. Virol. 2002 83 1831 1839
16. D. Bhella A. Ralph R. P. Yeo J. Mol. Biol. 2004 340 319 331
17. M. Ringkjøbing Jensen G. Communie E. D. Ribeiro Jr. N. Martinez A. Desfosses L. Salmon L. Mollica F. Gabel M. Jamin S. Longhi R. W. Ruigrok M. Blackledge Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2011 108 9839 9844
18. W. S. Tan S. T. Ong M. Eshaghi S. S. Foo K. Yusoff J. Med. Virol. 2004 73 105 112
19. M. Eshaghi W. S. Tan S. T. Ong K. Yusoff J. Clin. Microbiol. 2005 43 3172 3177
20. S. T. Ong K. Yusoff C. L. Kho J. O. Abdullah W. S. Tan J. Gen. Virol. 2009 90 392 397
21. J. Habchi S. Blangy L. Mamelli M. Ringkjobing Jensen M. Blackledge H. Darbon M. Oglesbee Y. Shu S. Longhi J. Biol. Chem. 2011 286 13583 13602
22. K. Halpin B. Bankamp B. H. Harcourt W. J. Bellini P. A. Rota J. Gen. Virol. 2004 85 701 707
23. Y. P. Chan C. L. Koh S. K. Lam L. F. Wang J. Gen. Virol. 2004 85 1675 1684
24. M. Omi-Furutani M. Yoneda K. Fujita F. Ikeda C. Kai J. Virol. 2010 84 9793 9799
25. Z. Lou Y. Xu K. Xiang N. Su L. Qin X. Li G. F. Gao M. Bartlam Z. Rao FEBS J. 2006 273 4538 4547
26. T. A. Bowden M. Crispin D. J. Harvey A. R. Aricescu J. M. Grimes E. Y. Jones D. I. Stuart J. Virol. 2008 82 11628 11636
27. T. A. Bowden A. R. Aricescu R. J. Gilbert J. M. Grimes E. Y. Jones D. I. Stuart Nat. Struct. Mol. Biol. 2008 15 567 572
28. T. A. Bowden M. Crispin D. J. Harvey E. Y. Jones D. I. Stuart J. Virol. 2010 84 6208 6217
29. J. Habchi L. Mamelli H. Darbon S. Longhi PLoS One 2010 5 e11684
30. J. Habchi S. Longhi Mol. BioSyst. 2011 10.1039/c1mb05204g
31. J. Habchi, L. Mamelli and S. Longhi, Structural disorder within the nucleoprotein and phosphoprotein from measles, Nipah and Hendra viruses, in Flexible viruses: structural disorder in viral proteins, ed., V. N. Uversky, and, S. Longhi, John Wiley and Sons, Hoboken, New Yersey, 2011
32. A. K. Dunker J. D. Lawson C. J. Brown R. M. Williams P. Romero J. S. Oh C. J. Oldfield A. M. Campen C. M. Ratliff K. W. Hipps J. Ausio M. S. Nissen R. Reeves C. Kang C. R. Kissinger R. W. Bailey M. D. Griswold W. Chiu E. C. Garner Z. Obradovic J. Mol. Graphics Modell. 2001 19 26 59
33. A. K. Dunker Z. Obradovic Nat. Biotechnol. 2001 19 805 806
34. V. N. Uversky Protein Sci. 2002 11 739 756
35. V. N. Uversky Cell. Mol. Life Sci. 2003 60 1852 1871
36. H. J. Dyson P. E. Wright Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2005 6 197 208
37. P. Radivojac L. M. Iakoucheva C. J. Oldfield Z. Obradovic V. N. Uversky A. K. Dunker Biophys. J. 2007 92 1439 1456
38. A. K. Dunker C. J. Oldfield J. Meng P. Romero J. Y. Yang J. W. Chen V. Vacic Z. Obradovic V. N. Uversky BMC Genomics 2008 9 Suppl 2 S1
39. A. K. Dunker I. Silman V. N. Uversky J. L. Sussman Curr. Opin. Struct. Biol. 2008 18 756 764
40. V. N. Uversky J. Biomed. Biotechnol. 2010 2010 568068
41. V. N. Uversky A. K. Dunker Biochim. Biophys. Acta 2010 1804 1231 1264
42. K. K. Turoverov I. M. Kuznetsova V. N. Uversky Prog. Biophys. Mol. Biol. 2010 102 73 84
43. T. Chouard Nature 2011 471 151 153
44. C. J. Oldfield Y. Cheng M. S. Cortese P. Romero V. N. Uversky A. K. Dunker Biochemistry 2005 44 12454 12470
45. A. Mohan C. J. Oldfield P. Radivojac V. Vacic M. S. Cortese A. K. Dunker V. N. Uversky J. Mol. Biol. 2006 362 1043 1059
46. V. Vacic C. J. Oldfield A. Mohan P. Radivojac M. S. Cortese V. N. Uversky A. K. Dunker J. Proteome Res. 2007 6 2351 2366
47. M. Fuxreiter P. Tompa I. Simon Bioinformatics 2007 23 950 956
48. K. Johansson J. M. Bourhis V. Campanacci C. Cambillau B. Canard S. Longhi J. Biol. Chem. 2003 278 44567 44573
49. R. L. Kingston D. J. Hamel L. S. Gay F. W. Dahlquist B. W. Matthews Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004 101 8301 8306
50. D. Karlin S. Longhi V. Receveur B. Canard Virology 2002 296 251 262
51. J. M. Bourhis V. Receveur-Bréchot M. Oglesbee X. Zhang M. Buccellato H. Darbon B. Canard S. Finet S. Longhi Protein Sci. 2005 14 1975 1992
52. I. Sambi P. Gatti-Lafranconi S. Longhi M. Lotti FEBS J. 2010 277 4438 4451
53. P. Tompa Trends Biochem. Sci. 2002 27 527 533
54. L. M. Iakoucheva A. L. Kimzey C. D. Masselon R. D. Smith A. K. Dunker E. J. Ackerman Protein Sci. 2001 10 1353 1362
55. P. Lieutaud B. Canard S. Longhi BMC Genomics 2008 9 S25
56. X. Li P. Romero M. Rani A. K. Dunker Z. Obradovic Genome Inform. Ser. 1999 10 30 40
57. P. Romero Z. Obradovic X. Li E. C. Garner C. J. Brown A. K. Dunker Proteins 2001 42 38 48
58. V. N. Uversky J. R. Gillespie A. L. Fink Proteins 2000 41 415 427
59. A. H. Mao S. L. Crick A. Vitalis C. L. Chicoine R. V. Pappu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2010 107 8183 8188
60. J. A. Marsh J. D. Forman-Kay Biophys. J. 2010 98 2383 2390
61. V. N. Uversky Eur. J. Biochem. 2002 269 2 12
62. S. Brocca L. Testa F. Sobott M. Samalikova A. Natalello E. Papaleo M. Lotti L. De Gioia S. M. Doglia L. Alberghina R. Grandori Biophys. J. 2011 100 2243 2252
63. I. Baskakov A. Wang D. W. Bolen Biophys. J. 1998 74 2666 2673
64. I. Baskakov D. W. Bolen J. Biol. Chem. 1998 273 4831 4834
65. I. V. Baskakov R. Kumar G. Srinivasan Y. S. Ji D. W. Bolen E. B. Thompson J. Biol. Chem. 1999 274 10693 10696
66. D. W. Bolen I. V. Baskakov J. Mol. Biol. 2001 310 955 963
67. G. Tell L. Perrone D. Fabbro L. Pellizzari C. Pucillo M. De Felice R. Acquaviva S. Formisano G. Damante Biochem. J. 1998 329 395 403
68. Q. X. Hua W. H. Jia B. P. Bullock J. F. Habener M. A. Weiss Biochemistry 1998 37 5858 5866
69. K. Dahlman-Wright I. J. McEwan Biochemistry 1996 35 1323 1327
70. K. Watt T. J. Jess S. M. Kelly N. C. Price I. J. McEwan Biochemistry 2005 44 734 743
71. P. Luo R. L. Baldwin Biochemistry 1997 36 8413 8421
72. A. Cammers-Goodwin T. J. Allen S. L. Oslick K. F. McClure J. H. Lee D. S. Kemp J. Am. Chem. Soc. 1996 118 3082 3090
73. M. Buck H. Schwalbe C. M. Dobson Biochemistry 1995 34 13219 13232
74. P. Fan C. Bracken J. Baum Biochemistry 1993 32 1573 1582
75. Y. Luo R. L. Baldwin J. Mol. Biol. 1998 279 49 57
76. V. N. Uversky V. P. Kutyshenko N. Protasova V. V. Rogov K. S. Vassilenko A. T. Gudkov Protein Sci. 1996 5 1844 1851
77. A. Wang D. W. Bolen Biochemistry 1997 36 9101 9108
78. M. Van Hoy K. K. Leuther T. Kodadek S. A. Johnston Cell 1993 72 587 594
79. J. M. Mouillon P. Gustafsson P. Harryson Plant Physiol. 2006 141 638 650
80. V. Belle S. Rouger S. Costanzo E. Liquiere J. Strancar B. Guigliarelli A. Fournel S. Longhi Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008 73 973 988
81. I. V. Baskakov R. Kumar G. Srinivasan Y. S. Ji D. W. Bolen E. B. Thompson J. Biol. Chem. 1999 274 10693 10696
82. R. Kumar J. M. Serrette S. H. Khan A. L. Miller E. B. Thompson Arch. Biochem. Biophys. 2007 465 452 460
83. L. B. Dyksterhuis E. A. Carter S. M. Mithieux A. S. Weiss Arch. Biochem. Biophys. 2009 487 79 84
84. M. Couturier M. Buccellato S. Costanzo J. M. Bourhis Y. Shu M. Nicaise M. Desmadril C. Flaudrops S. Longhi M. Oglesbee J. Mol. Recognit. 2010 23 301 315
85. J. K. Myers C. N. Pace J. M. Scholtz Biochemistry 1997 36 10923 10929
86. M. Foucault K. Mayol V. Receveur-Brechot M. C. Bussat C. Klinguer-Hamour B. Verrier A. Beck R. Haser P. Gouet C. Guillon Proteins 2009 78 1441 1456
87. S. M. Kelly N. C. Price Curr. Protein Pept. Sci. 2000 1 349 384
88. M. W. Freyer E. A. Lewis Methods Cell Biol. 2008 84 79 113
89. P. Bernado C. W. Bertoncini C. Griesinger M. Zweckstetter M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2005 127 17968 17969
90. M. M. Dedmon K. Lindorff-Larsen J. Christodoulou M. Vendruscolo C. M. Dobson J. Am. Chem. Soc. 2005 127 476 477
91. C. W. Bertoncini Y. S. Jung C. O. Fernandez W. Hoyer C. Griesinger T. M. Jovin M. Zweckstetter Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 1430 1435
92. C. W. Bertoncini C. O. Fernandez C. Griesinger T. M. Jovin M. Zweckstetter J. Biol. Chem. 2005 280 30649 30652
93. P. Vise B. Baral A. Stancik D. F. Lowry G. W. Daughdrill Proteins 2007 67 526 530
94. D. F. Lowry A. C. Hausrath G. W. Daughdrill Proteins 2008 73 918 928
95. D. F. Lowry A. Stancik R. M. Shrestha G. W. Daughdrill Proteins 2008 71 587 598
96. M. K. Cho G. Nodet H. Y. Kim M. R. Jensen P. Bernado C. O. Fernandez S. Becker M. Blackledge M. Zweckstetter Protein Sci. 2009 18 1840 1846
97. L. Salmon G. Nodet V. Ozenne G. Yin M. R. Jensen M. Zweckstetter M. Blackledge J. Am. Chem. Soc. 2010 132 8407 8418
98. F. Ferron C. Rancurel S. Longhi C. Cambillau B. Henrissat B. Canard J. Gen. Virol. 2005 86 743 749
99. M. A. Larkin G. Blackshields N. P. Brown R. Chenna P. A. McGettigan H. McWilliam F. Valentin I. M. Wallace A. Wilm R. Lopez J. D. Thompson T. J. Gibson D. G. Higgins Bioinformatics 2007 23 2947 2948
100. P. Rice I. Longden A. Bleasby Trends Genet. 2000 16 276 277
101. R. Vincentelli S. Canaan V. Campanacci C. Valencia D. Maurin F. Frassinetti L. Scappucini-Calvo Y. Bourne C. Cambillau C. Bignon Protein Sci. 2004 13 2782 2792
102. L. Whitmore B. A. Wallace Nucleic Acids Res. 2004 32 W668 W673
103. L. Whitmore B. A. Wallace Biopolymers 2008 89 392 400