Recursive Taylor series expansion method for rigid-body molecular dynamics

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 7, Issue 10, 2011, Pages 3062-3071

  Akimov, Alexey V ^a   Kolomeisky, Anatoly B ^a  

^a RICE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 80053984229     PISSN: 15499618     EISSN: 15499626     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct200334e     Document Type: Article

References (49)

1. Chennamsetty, N.; Voynov, V.; Kayser, V.; Helk, B.; Trout, B. L. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2011, 79, 888
2. Kuczera, K.; Jas, G. S.; Elber, R. J. Phys. Chem. A 2009, 113, 7461
3. Hall, B. A.; Sansom, M. S. P. J. Chem. Theory Comput. 2009, 5, 2465
4. Karplus, M.; Kuriyan, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 6679
5. Jusufi, A.; DeVane, R. H.; Shinoda, W.; Klein, M. L. Soft Matter 2011, 7, 1139
6. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 637
7. Marrink, S. J.; Risselada, H. J.; Yefimov, S.; Tieleman, D. P.; de Vries, A. H. J. Phys. Chem. B 2007, 111, 7812
8. Treptow, W.; Klein, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2010, 132, 8145
9. Zhong, Q.; Jiang, Q.; Moore, P. B.; Newns, D. M.; Klein, M. L. Biophys. J. 1998, 74, 3
10. Alkis, S.; Jiang, P.; Wang, L.-L.; Roitberg, A. E.; Cheng, H.-P.; Krause, J. L. J. Phys. Chem. C 2007, 111, 14743
11. Hautman, J.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1989, 91, 4994
12. Jung, H. H.; Won, Y. D.; Shin, S.; Kim, K. Langmuir 1999, 15, 1147
13. Sellers, H.; Ulman, A.; Shnidman, Y.; Eilers, J. E. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9389
14. Tierney, H. L.; Baber, A. E.; Sykes, E. C. H.; Akimov, A.; Kolomeisky, A. B. J. Phys. Chem. C 2009, 113, 10913
15. Akimov, A.; Kolomeisky, A. B. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 125
16. Horinek, D.; Michl, J. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 14175
17. Clarke, L. I.; Horinek, D.; Kottas, G. S.; Varaksa, N.; Magnera, T. F.; Hinderer, T. P.; Horansky, R. D.; Michl, J.; Price, J. C. Nanotechnology 2002, 13, 533
18. Chen, J.; Trout, B. L. J. Phys. Chem. B 2010, 114, 13764
19. Amirjalayer, S.; Tafipolsky, M.; Schmid, R. Angew. Chem., Int. Ed. 2007, 46, 463
20. Ovchinnikov, V.; Trout, B. L.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 2010, 395, 815
21. Akimov, A. V.; Nemukhin, A. V.; Moskovsky, A. A.; Kolomeisky, A. B.; Tour, J. M. J. Chem. Theory Comput. 2008, 4, 652
22. Kupchenko, I. V.; Moskovsky, A. A.; Nemukhin, A. V.; Kolomeisky, A. B. J. Phys. Chem. C 2011, 115, 108
23. Konyukhov, S. S.; Kupchenko, I. V.; Moskovsky, A. A.; Nemukhin, A. V.; Akimov, A. V.; Kolomeisky, A. B. J. Chem. Theory Comput. 2010, 6, 2581
24. Dullweber, A.; Leimkuhler, B.; McLachlan, R. J. Chem. Phys. 1997, 107, 5840
25. Kamberaj, H.; Low, R. J.; Neal, M. P. J. Chem. Phys. 2005, 122, 224114
26. van Zon, R.; Schofield, J. J. Comput. Phys. 2007, 225, 145
27. van Zon, R.; Omelyan, I. P.; Schofield, J. J. Chem. Phys. 2008, 128, 136102
28. Miller, T. F.; Eleftheriou, M.; Pattnaik, P.; Ndirango, A.; Newns, D.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 2002, 116, 8649
29. Ikeguchi, M. J. Comput. Chem. 2004, 25, 529
30. Matubayasi, N.; Nakahara, M. J. Chem. Phys. 1999, 110, 3291
31. Omelyan, I. P. Phys. Rev. E 1998, 58, 1169
32. Okumura, H.; Itoh, S. G.; Okamoto, Y. J. Chem. Phys. 2007, 126, 084103
33. Celledoni, E.; Safstrom, N. Int. J. Model., Identification Control 2006, 27, 95
34. Celledoni, E.; Säfström, N. J. Phys. A 2006, 39, 5463
35. Trotter, H. F. Proc. Am. Math. Soc. 1959, 10, 545
36. Raedt, H. D.; Raedt, B. D. Phys. Rev. A 1983, 28
37. Bond, S. D.; Leimkuhler, B. J.; Laird, B. B. J. Comput. Phys. 1999, 151, 114
38. Nose, S. J. Phys. Soc. Jpn. 2001, 70, 75
39. Kleinerman, D. S.; Czaplewski, C.; Liwo, A.; Scheraga, H. A. J. Chem. Phys. 2008, 128, 245103
40. Tuckerman, M. E.; Alejandre, J.; López-Rendón, R.; Jochim, A. L.; Martyna, G. J. J. Phys. A 2006, 39, 5629
41. Tuckerman, M. E.; Berne, B. J. J. Chem. Phys. 1991, 95, 8362
42. Tuckerman, M. E.; Liu, Y.; Ciccotti, G.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 2001, 115, 1678
43. Tuckerman, M.; Berne, B. J.; Martyna, G. J. J. Chem. Phys. 1992, 97, 1990
44. Leimkuhler, B.; Reich, S. Simulating Hamiltonian Dynamics; Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 2004; pp 212-216.
45. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926
46. Alder, B. J.; Wainwright, T. E. J. Chem. Phys. 1959, 31, 459
47. van Zon, R.; Schofield, J. J. Chem. Phys. 2008, 128, 154119
48. de la Peña, H.; L. van Zon, R.; Schofield, J.; Opps, S. B. J. Chem. Phys. 2007, 126, 074105
49. Dokholyan, N. V.; Buldyrev, S. V.; Stanley, H. E.; Shakhnovich, E. I. Fold Des. 1998, 3, 577