Dynamic rewiring of the androgen receptor protein interaction network correlates with prostate cancer clinical outcomes

Integrative Biology

Volumn 3, Issue 10, 2011, Pages 1020-1032

  Paliouras, Miltiadis ^a,b   Zaman, Naif ^c   Lumbroso, Rose ^a   Kapogeorgakis, Laurie ^a   Beitel, Lenore K ^a,b   Wang, Edwin ^c,d   Trifiro, Mark ^a,b  

^a MCGILL UNIVERSITY   (Canada)

^b MCGILL UNIVERSITY   (Canada)

^c NATIONAL RESEARCH COUNCIL CANADA   (Canada)

^d MCGILL UNIVERSITY   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ANDROGEN RECEPTOR;

ANIMAL CELL; ARTICLE; CARCINOGENESIS; COMPARATIVE STUDY; CONTROLLED STUDY; CORRELATION ANALYSIS; GENE MUTATION; GENETIC VARIABILITY; HUMAN; HUMAN TISSUE; MALIGNANT TRANSFORMATION; MASS SPECTROMETRY; MICROARRAY ANALYSIS; NONHUMAN; OUTCOMES RESEARCH; PRIORITY JOURNAL; PROGNOSIS; PROSTATE CANCER; PROTEIN INTERACTION; PROTEOMICS; SYSTEMS BIOLOGY;

ANIMALS; CELL TRANSFORMATION, NEOPLASTIC; CERCOPITHECUS AETHIOPS; CHROMATOGRAPHY, LIQUID; COS CELLS; DISEASE PROGRESSION; GENETIC VARIATION; HUMANS; MALE; POLYMORPHISM, SINGLE NUCLEOTIDE; PROSTATIC NEOPLASMS; PROTEIN INTERACTION MAPS; PROTEIN ISOFORMS; PROTEOMICS; RECEPTORS, ANDROGEN; SYSTEMS BIOLOGY; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

EID: 80053653689     PISSN: 17579694     EISSN: 17579708     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c1ib00038a     Document Type: Article

References (94)

1. E. Ruijter C. van de Kaa G. Miller D. Ruiter F. Debruyne J. Schalken Endocr. Rev. 1999 20 22 45
2. M. D. Sadar M. Hussain N. Bruchovsky Endocr.-Relat. Cancer 1999 6 487 502
3. J. T. Isaacs W. B. Isaacs Nat. Med. (N. Y.) 2004 10 26 27
4. M. E. Taplin S. P. Balk J. Cell. Biochem. 2004 91 483 490
5. Z. Culig A. Hobisch G. Bartsch H. Klocker Urol. Res. 2000 28 211 219
6. A. Hobisch Z. Culig C. Radmayr G. Bartsch H. Klocker A. Hittmair Cancer Res. 1995 55 3068 3072
7. P. Koivisto J. Kononen C. Palmberg T. Tammela E. Hyytinen J. Isola J. Trapman K. Cleutjens A. Noordzij T. Visakorpi O. P. Kallioniemi Cancer Res. 1997 57 314 319
8. C. Y. Chang D. P. McDonnell Mol. Endocrinol. 2002 16 647 660
9. B. Gottlieb L. K. Beitel J. H. Wu M. Trifiro Hum. Mutat. 2004 23 527 533
10. J. Veldscholte C. Ris-Stalpers G. G. Kuiper G. Jenster C. Berrevoets E. Claassen H. C. van Rooij J. Trapman A. O. Brinkmann E. Mulder Biochem. Biophys. Res. Commun. 1990 173 534 540
11. M. E. Taplin G. J. Bubley Y. J. Ko E. J. Small M. Upton B. Rajeshkumar S. P. Balk Cancer Res. 1999 59 2511 2515
12. A. M. De Marzo M. J. Putzi W. G. Nelson Urology 2001 57 103 114
13. C. D. Chen D. S. Welsbie C. Tran S. H. Baek R. Chen R. Vessella M. G. Rosenfeld C. L. Sawyers Nat. Med. (N. Y.) 2004 10 33 39
14. F. M. Sirotnak Y. She N. Z. Khokhar P. Hayes W. Gerald H. I. Scher Mol. Carcinog. 2004 41 150 163
15. S. A. Tomlins R. Mehra D. R. Rhodes X. Cao L. Wang S. M. Dhanasekaran S. Kalyana-Sundaram J. T. Wei M. A. Rubin K. J. Pienta R. B. Shah A. M. Chinnaiyan Nat. Genet. 2007 39 41 51
16. Z. Culig A. Hobisch M. V. Cronauer C. Radmayr J. Trapman A. Hittmair G. Bartsch H. Klocker Cancer Res. 1994 54 5474 5478
17. J. Duff I. J. McEwan Mol. Endocrinol. 2005 19 2943 2954
18. M. P. Steinkamp O. A. O'Mahony M. Brogley H. Rehman E. W. Lapensee S. Dhanasekaran M. D. Hofer R. Kuefer A. Chinnaiyan M. A. Rubin K. J. Pienta D. M. Robins Cancer Res. 2009 69 4434 4442
19. C. L. Bennett D. K. Price S. Kim D. Liu B. D. Jovanovic D. Nathan M. E. Johnson J. S. Montgomery K. Cude J. C. Brockbank O. Sartor W. D. Figg J. Clin. Oncol. 2002 20 3599 3604
20. J. Southwell S. F. Chowdhury B. Gottlieb L. K. Beitel R. Lumbroso E. O. Purisima M. Trifiro J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 2008 111 138 146
21. C. Alvarado L. K. Beitel K. Sircar A. Aprikian M. Trifiro B. Gottlieb Cancer Res. 2005 65 8514 8518
22. W. Bourguet P. Germain H. Gronemeyer Trends Pharmacol. Sci. 2000 21 381 388
23. M. Ci Y. Mayumi B. Andre B. Pascal G. Lin T. Yasukazu L. Fernand J. St-Amand Prostate 2008 68 241 254
24. J. Edwards J. M. Bartlett BJU Int. 2005 95 1327 1335
25. A. Dambara T. Morinaga N. Fukuda Y. Yamakawa T. Kato A. Enomoto N. Asai Y. Murakumo S. Matsuo M. Takahashi Exp. Cell Res. 2007 313 3755 3766
26. N. Escher R. Kob S. P. Tenbaum M. Eisold A. Baniahmad F. von Eggeling C. Melle J. Proteome Res. 2007 6 1158 1164
27. N. Fujimoto S. Yeh H. Y. Kang S. Inui H. C. Chang A. Mizokami C. Chang J. Biol. Chem. 1999 274 8316 8321
28. B. He S. Bai A. T. Hnat R. I. Kalman J. T. Minges C. Patterson E. M. Wilson J. Biol. Chem. 2004 279 30643 30653
29. H. Y. Kang S. Yeh N. Fujimoto C. Chang J. Biol. Chem. 1999 274 8570 8576
30. J. E. Pawlowski J. R. Ertel M. P. Allen M. Xu C. Butler E. M. Wilson M. E. Wierman J. Biol. Chem. 2002 277 20702 20710
31. M. A. Rao H. Cheng A. N. Quayle H. Nishitani C. C. Nelson P. S. Rennie J. Biol. Chem. 2002 277 48020 48027
32. L. K. Beitel N. Sabbaghian A. Alarifi C. Alvarado L. Pinsky M. Trifiro J. Mol. Endocrinol. 1995 15 117 128
33. D. W. Huang B. T. Sherman R. A. Lempicki Nat. Protocols 2009 4 44 57
34. H. V. Heemers D. J. Tindall Endocr. Rev. 2007 28 778 808
35. X. Dong J. Sweet J. R. Challis T. Brown S. J. Lye Mol. Cell. Biol. 2007 27 4863 4875
36. P. Rajan D. J. Elliott C. N. Robson H. Y. Leung Nat. Rev. Urol. 2009 6 454 460
37. R. Cencic M. Carrier G. Galicia-Vazquez M. E. Bordeleau R. Sukarieh A. Bourdeau B. Brem J. G. Teodoro H. Greger M. L. Tremblay J. A. Porco, Jr. J. Pelletier PLoS One 2009 4 e5223
38. L. K. Beitel Y. A. Elhaji R. Lumbroso S. S. Wing V. Panet-Raymond B. Gottlieb L. Pinsky M. A. Trifiro J. Mol. Endocrinol. 2002 29 41 60
39. K. Ito S. Adachi R. Iwakami H. Yasuda Y. Muto N. Seki Y. Okano Eur. J. Biochem. 2001 268 2725 2732
40. A. K. Trivedi D. Bararia M. Christopeit A. A. Peerzada S. M. Singh A. Kieser W. Hiddemann H. M. Behre G. Behre Oncogene 2007 26 1789 1801
41. J. Cheung D. F. Smith Mol. Endocrinol. 2000 14 939 946
42. Y. Kobayashi A. Kume M. Li M. Doyu M. Hata K. Ohtsuka G. Sobue J. Biol. Chem. 2000 275 8772 8778
43. L. Shatkina S. Mink H. Rogatsch H. Klocker G. Langer A. Nestl A. C. Cato Mol. Cell. Biol. 2003 23 7189 7197
44. A. Zoubeidi A. Zardan E. Beraldi L. Fazli R. Sowery P. Rennie C. Nelson M. Gleave Cancer Res. 2007 67 10455 10465
45. E. L. Clark A. Coulson C. Dalgliesh P. Rajan S. M. Nicol S. Fleming R. Heer L. Gaughan H. Y. Leung D. J. Elliott F. V. Fuller-Pace C. N. Robson Cancer Res. 2008 68 7938 7946
46. P. Rajan L. Gaughan C. Dalgliesh A. El-Sherif C. N. Robson H. Y. Leung D. J. Elliott J. Pathol. 2008 215 67 77
47. J. Fu J. Jiang J. Li S. Wang G. Shi Q. Feng E. White J. Qin J. Wong J. Biol. Chem. 2009 284 6832 6840
48. Y. K. Shi Y. P. Yu Z. H. Zhu Y. C. Han B. Ren J. B. Nelson J. H. Luo Am. J. Pathol. 2008 173 1758 1767
49. R. Jasavala H. Martinez J. Thumar A. Andaya A. C. Gingras J. K. Eng R. Aebersold D. K. Han M. E. Wright Mol. Cell. Proteomics 2007 6 252 271
50. S. Y. Park X. Yu C. Ip J. L. Mohler P. N. Bogner Y. M. Park Cancer Res. 2007 67 9294 9303
51. H. Y. Wong J. A. Demmers K. Bezstarosti J. A. Grootegoed A. O. Brinkmann Biochim. Biophys. Acta 2009 1794 193 198
52. L. Leotoing L. Meunier M. Manin C. Mauduit M. Decaussin G. Verrijdt F. Claessens M. Benahmed G. Veyssiere L. Morel C. Beaudoin Oncogene 2008 27 2858 2867
53. Z. Deng M. Wan P. Cao A. Rao S. D. Cramer G. Sui Oncogene 2009 28 3746 3757
54. E. Giovannucci M. J. Stampfer K. Krithivas M. Brown D. Dahl A. Brufsky J. Talcott C. H. Hennekens P. W. Kantoff Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1997 94 3320 3323
55. I. Palazzolo A. Gliozzi P. Rusmini D. Sau V. Crippa F. Simonini E. Onesto E. Bolzoni A. Poletti J. Steroid Biochem. Mol. Biol. 2008 108 245 253
56. J. L. Stanford J. J. Just M. Gibbs K. G. Wicklund C. L. Neal B. A. Blumenstein E. A. Ostrander Cancer Res. 1997 57 1194 1198
57. Z. Yu N. Dadgar M. Albertelli K. Gruis C. Jordan D. M. Robins A. P. Lieberman J. Clin. Invest. 2006 116 2663 2672
58. D. Singh P. G. Febbo K. Ross D. G. Jackson J. Manola C. Ladd P. Tamayo A. A. Renshaw A. V. D'Amico J. P. Richie E. S. Lander M. Loda P. W. Kantoff T. R. Golub W. R. Sellers Cancer Cell 2002 1 203 209
59. A. Chetcuti S. Margan S. Mann P. Russell D. Handelsman J. Rogers Q. Dong Prostate 2001 47 132 140
60. S. M. Dhanasekaran T. R. Barrette D. Ghosh R. Shah S. Varambally K. Kurachi K. J. Pienta M. A. Rubin A. M. Chinnaiyan Nature 2001 412 822 826
61. J. H. Luo Y. P. Yu K. Cieply F. Lin P. Deflavia R. Dhir S. Finkelstein G. Michalopoulos M. Becich Mol. Carcinog. 2002 33 25 35
62. J. B. Welsh L. M. Sapinoso A. I. Su S. G. Kern J. Wang-Rodriguez C. A. Moskaluk H. F. Frierson, Jr. G. M. Hampton Cancer Res. 2001 61 5974 5978
63. J. M. Arencibia M. Del Rio A. Bonnin R. Lopes N. R. Lemoine M. Lopez-Barahona Int. J. Oncol. 2005 27 1617 1623
64. T. J. Dudderidge S. R. McCracken M. Loddo T. R. Fanshawe J. D. Kelly D. E. Neal H. Y. Leung G. H. Williams K. Stoeber Br. J. Cancer 2007 96 1384 1393
65. X. Lu J. Guo T. C. Hsieh Cell Cycle 2003 2 59 63
66. S. Wei H. C. Yang H. C. Chuang J. Yang S. K. Kulp P. J. Lu M. D. Lai C. S. Chen J. Biol. Chem. 2008 283 26759 26770
67. C. S. Chen Y. C. Wang H. C. Yang P. H. Huang S. K. Kulp C. C. Yang Y. S. Lu S. Matsuyama C. Y. Chen Cancer Res. 2007 67 5318 5327
68. H. Yin J. Glass J. Biol. Chem. 2006 281 11496 11505
69. J. H. Bielas K. R. Loeb B. P. Rubin L. D. True L. A. Loeb Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 18238 18242
70. R. N. Venkatesan J. H. Bielas L. A. Loeb DNA Repair 2006 5 294 302
71. S. D. Garbis S. I. Tyritzis T. Roumeliotis P. Zerefos E. G. Giannopoulou A. Vlahou S. Kossida J. Diaz S. Vourekas C. Tamvakopoulos K. Pavlakis D. Sanoudou C. A. Constantinides J. Proteome Res. 2008 7 3146 3158
72. K. Venuprasad H. Huang Y. Harada C. Elly M. Subramaniam T. Spelsberg J. Su Y. C. Liu Nat. Immunol. 2008 9 245 253
73. J. R. Hawse M. Subramaniam J. N. Ingle M. J. Oursler N. M. Rajamannan T. C. Spelsberg J. Cell. Biochem. 2008 103 383 392
74. M. van der Deen J. Akech T. Wang T. J. FitzGerald D. C. Altieri L. R. Languino J. B. Lian A. J. van Wijnen J. L. Stein G. S. Stein J. Cell. Biochem. 2010 109 828 837
75. M. Gunther M. Laithier O. Brison Mol. Cell. Biochem. 2000 210 131 142
76. S. Lu G. Jenster D. E. Epner Mol. Endocrinol. 2000 14 753 760
77. K. Xu H. Shimelis D. E. Linn R. Jiang X. Yang F. Sun Z. Guo H. Chen W. Li X. Kong J. Melamed S. Fang Z. Xiao T. D. Veenstra Y. Qiu Cancer Cell 2009 15 270 282
78. A. L. Hopkins Nat. Chem. Biol. 2008 4 682 690
79. G. V. Paolini R. H. Shapland W. P. van Hoorn J. S. Mason A. L. Hopkins Nat. Biotechnol. 2006 24 805 815
80. P. J. Kersey J. Duarte A. Williams Y. Karavidopoulou E. Birney R. Apweiler Proteomics 2004 4 1985 1988
81. J. E. Elias S. P. Gygi Nat. Methods 2007 4 207 214
82. P. Kearney P. Thibault J. Bioinf. Comput. Biol. 2003 1 183 200
83. C. Alfarano C. E. Andrade K. Anthony N. Bahroos M. Bajec K. Bantoft D. Betel B. Bobechko K. Boutilier E. Burgess K. Buzadzija R. Cavero C. D'Abreo I. Donaldson D. Dorairajoo M. J. Dumontier M. R. Dumontier V. Earles R. Farrall H. Feldman E. Garderman Y. Gong R. Gonzaga V. Grytsan E. Gryz V. Gu E. Haldorsen A. Halupa R. Haw A. Hrvojic L. Hurrell R. Isserlin F. Jack F. Juma A. Khan T. Kon S. Konopinsky V. Le E. Lee S. Ling M. Magidin J. Moniakis J. Montojo S. Moore B. Muskat I. Ng J. P. Paraiso B. Parker G. Pintilie R. Pirone J. J. Salama S. Sgro T. Shan Y. Shu J. Siew D. Skinner K. Snyder R. Stasiuk D. Strumpf B. Tuekam S. Tao Z. Wang M. White R. Willis C. Wolting S. Wong A. Wrong C. Xin R. Yao B. Yates S. Zhang K. Zheng T. Pawson B. F. Ouellette C. W. Hogue Nucleic Acids Res. 2005 33 D418 D424
84. L. Salwinski C. S. Miller A. J. Smith F. K. Pettit J. U. Bowie D. Eisenberg Nucleic Acids Res. 2004 32 D449 D451
85. S. Peri J. D. Navarro R. Amanchy T. Z. Kristiansen C. K. Jonnalagadda V. Surendranath V. Niranjan B. Muthusamy T. K. Gandhi M. Gronborg N. Ibarrola N. Deshpande K. Shanker H. N. Shivashankar B. P. Rashmi M. A. Ramya Z. Zhao K. N. Chandrika N. Padma H. C. Harsha A. J. Yatish M. P. Kavitha M. Menezes D. R. Choudhury S. Suresh N. Ghosh R. Saravana S. Chandran S. Krishna M. Joy S. K. Anand V. Madavan A. Joseph G. W. Wong W. P. Schiemann S. N. Constantinescu L. Huang R. Khosravi-Far H. Steen M. Tewari S. Ghaffari G. C. Blobe C. V. Dang J. G. Garcia J. Pevsner O. N. Jensen P. Roepstorff K. S. Deshpande A. M. Chinnaiyan A. Hamosh A. Chakravarti A. Pandey Genome Res. 2003 13 2363 2371
86. H. Hermjakob L. Montecchi-Palazzi C. Lewington S. Mudali S. Kerrien S. Orchard M. Vingron B. Roechert P. Roepstorff A. Valencia H. Margalit J. Armstrong A. Bairoch G. Cesareni D. Sherman R. Apweiler Nucleic Acids Res. 2004 32 D452 D455
87. A. Zanzoni L. Montecchi-Palazzi M. Quondam G. Ausiello M. Helmer-Citterich G. Cesareni FEBS Lett. 2002 513 135 140
88. A. Awan H. Bari F. Yan S. Moksong S. Yang S. Chowdhury Q. Cui Z. Yu E. O. Purisima E. Wang IET Syst. Biol. 2007 1 292 297
89. Q. Cui Y. Ma M. Jaramillo H. Bari A. Awan S. Yang S. Zhang L. Liu M. Lu M. O'Connor-McCourt E. O. Purisima E. Wang Mol. Syst. Biol. 2007 3 152
90. Q. Cui Z. Yu E. O. Purisima E. Wang Mol. Syst. Biol. 2006 2 46
91. B. P. Kelley B. Yuan F. Lewitter R. Sharan B. R. Stockwell T. Ideker Nucleic Acids Res. 2004 32 W83 W88
92. E. Antezana M. Egana B. De Baets M. Kuiper V. Mironov Bioinformatics 2008 24 885 887
93. V. Batagelj U. Brandes Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 2005 71 036113
94. J. Li A. E. Lenferink Y. Deng C. Collins Q. Cui E. O. Purisima M. D. O'Connor-McCourt E. Wang Nat. Commun. 2010 1 34