SCOPUS 정보 검색 플랫폼

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 13, Issue 36, 2011, Pages 16236-16246

Crucial importance of the water-entropy effect in predicting hot spots in protein-protein complexes

(5) Oshima, Hiraku a Yasuda, Satoshi a Yoshidome, Takashi a Ikeguchi, Mitsunori b Kinoshita, Masahiro a

a KYOTO UNIVERSITY (Japan)

b YOKOHAMA CITY UNIVERSITY (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEIN; WATER;

ALGORITHM; ARTICLE; CHEMISTRY; ENTROPY; GENETICS; MUTATION; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN DATABASE; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE;

ALGORITHMS; DATABASES, PROTEIN; ENTROPY; MUTATION; PROTEIN INTERACTION MAPPING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEINS; WATER;

EID: 80053238893 PISSN: 14639076 EISSN: None Source Type: Journal
DOI: 10.1039/c1cp21597c Document Type: Article

Times cited : (19)

References (85)

1
- 0032479179
- A. A. Bogan K. S. Thorn J. Mol. Biol. 1998 280 1
- (1998) J. Mol. Biol. , vol.280 , pp. 1
- Bogan, A.A.¹ Thorn, K.S.²

2
- 0035066602
- K. S. Thorn A. A. Bogan Bioinformatics 2001 17 284
- (2001) Bioinformatics , vol.17 , pp. 284
- Thorn, K.S.¹ Bogan, A.A.²

3
- 0028916599
- T. Clackson J. A. Wells Science 1995 267 383
- (1995) Science , vol.267 , pp. 383
- Clackson, T.¹ Wells, J.A.²

4
- 0036469060
- W. L. DeLano Curr. Opin. Struct. Biol. 2002 12 14
- (2002) Curr. Opin. Struct. Biol. , vol.12 , pp. 14
- Delano, W.L.¹

5
- 34548779127
- I. S. Moreira P. A. Fernandes M. J. Ramos Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007 68 803
- (2007) Proteins: Struct., Funct., Bioinf. , vol.68 , pp. 803
- Moreira, I.S.¹ Fernandes, P.A.² Ramos, M.J.³

6
- 70749125843
- S. Lise C. Archambeau M. Pontil D. T. Jones BMC Bioinf. 2009 10 365
- (2009) BMC Bioinf. , vol.10 , pp. 365
- Lise, S.¹ Archambeau, C.² Pontil, M.³ Jones, D.T.⁴

7
- 34548764386
- S. J. Darnell D. Page J. C. Mitchell Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007 68 813
- (2007) Proteins: Struct., Funct., Bioinf. , vol.68 , pp. 813
- Darnell, S.J.¹ Page, D.² Mitchell, J.C.³

8
- 65849158839
- K. Cho D. Kim D. Lee Nucleic Acids Res. 2009 37 2672
- (2009) Nucleic Acids Res. , vol.37 , pp. 2672
- Cho, K.¹ Kim, D.² Lee, D.³

9
- 69949102159
- R. H. Higa C. L. Tozzi Genet. Mol. Biol. 2009 32 626
- (2009) Genet. Mol. Biol. , vol.32 , pp. 626
- Higa, R.H.¹ Tozzi, C.L.²

10
- 66349094681
- N. Tuncbag A. Gursoy O. Keskin Bioinformatics 2009 25 1513
- (2009) Bioinformatics , vol.25 , pp. 1513
- Tuncbag, N.¹ Gursoy, A.² Keskin, O.³

11
- 77954294794
- N. Tuncbag O. Keskin A. Gursoy Nucleic Acids Res. 2010 38 W402
- (2010) Nucleic Acids Res. , vol.38 , pp. 402
- Tuncbag, N.¹ Keskin, O.² Gursoy, A.³

12
- 55649090573
- S. Grosdidier J. Fernández-Recio BMC Bioinf. 2008 9 447
- (2008) BMC Bioinf. , vol.9 , pp. 447
- Grosdidier, S.¹ Fernández-Recio, J.²

13
- 0037195144
- T. Kortemme D. Baker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2002 99 14116
- (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.99 , pp. 14116
- Kortemme, T.¹ Baker, D.²

14
- 0036291145
- R. Guerois J. E. Nielsen L. Serrano J. Mol. Biol. 2002 320 369
- (2002) J. Mol. Biol. , vol.320 , pp. 369
- Guerois, R.¹ Nielsen, J.E.² Serrano, L.³

15
- 58149247893
- A. Benedix C. M. Becker B. L. de Groot A. Caflisch R. A. Böckmann Nat. Methods 2009 6 3
- (2009) Nat. Methods , vol.6 , pp. 3
- Benedix, A.¹ Becker, C.M.² De Groot, B.L.³ Caflisch, A.⁴ Böckmann, R.A.⁵

16
- 0033568644
- I. Massova P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1999 121 8133
- (1999) J. Am. Chem. Soc. , vol.121 , pp. 8133
- Massova, I.¹ Kollman, P.A.²

17
- 0037079570
- S. Huo I. Massova P. A. Kollman J. Comput. Chem. 2002 23 15
- (2002) J. Comput. Chem. , vol.23 , pp. 15
- Huo, S.¹ Massova, I.² Kollman, P.A.³

18
- 0034614387
- C. M. Reyes P. A. Kollman J. Mol. Biol. 2000 295 1
- (2000) J. Mol. Biol. , vol.295 , pp. 1
- Reyes, C.M.¹ Kollman, P.A.²

19
- 45149095736
- T. Yoshidome M. Kinoshita S. Hirota N. Baden M. Terazima J. Chem. Phys. 2008 128 225104
- (2008) J. Chem. Phys. , vol.128 , pp. 225104
- Yoshidome, T.¹ Kinoshita, M.² Hirota, S.³ Baden, N.⁴ Terazima, M.⁵

20
- 10944273651
- Y. Harano M. Kinoshita Chem. Phys. Lett. 2004 399 342
- (2004) Chem. Phys. Lett. , vol.399 , pp. 342
- Harano, Y.¹ Kinoshita, M.²

21
- 25844437141
- Y. Harano M. Kinoshita Biophys. J. 2005 89 2701
- (2005) Biophys. J. , vol.89 , pp. 2701
- Harano, Y.¹ Kinoshita, M.²

22
- 32144439234
- Y. Harano M. Kinoshita J. Phys.: Condens. Matter 2006 18 L107
- (2006) J. Phys.: Condens. Matter , vol.18 , pp. 107
- Harano, Y.¹ Kinoshita, M.²

23
- 33746044524
- Y. Harano M. Kinoshita J. Chem. Phys. 2006 125 024910
- (2006) J. Chem. Phys. , vol.125 , pp. 024910
- Harano, Y.¹ Kinoshita, M.²

24
- 54949140838
- Y. Harano T. Yoshidome M. Kinoshita J. Chem. Phys. 2008 129 145103
- (2008) J. Chem. Phys. , vol.129 , pp. 145103
- Harano, Y.¹ Yoshidome, T.² Kinoshita, M.³

25
- 60149091185
- T. Yoshidome Y. Harano M. Kinoshita Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 2009 79 011912
- (2009) Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. , vol.79 , pp. 011912
- Yoshidome, T.¹ Harano, Y.² Kinoshita, M.³

26
- 65549086981
- K. Amano T. Yoshidome Y. Harano K. Oda M. Kinoshita Chem. Phys. Lett. 2009 474 190
- (2009) Chem. Phys. Lett. , vol.474 , pp. 190
- Amano, K.¹ Yoshidome, T.² Harano, Y.³ Oda, K.⁴ Kinoshita, M.⁵

27
- 65349114143
- T. Yoshidome M. Kinoshita Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. 2009 79 030905(R)
- (2009) Phys. Rev. E: Stat. Phys., Plasmas, Fluids, Relat. Interdiscip. Top. , vol.79
- Yoshidome, T.¹ Kinoshita, M.²

28
- 71549132758
- H. Oshima T. Yoshidome K. Amano M. Kinoshita J. Chem. Phys. 2009 131 205102
- (2009) J. Chem. Phys. , vol.131 , pp. 205102
- Oshima, H.¹ Yoshidome, T.² Amano, K.³ Kinoshita, M.⁴

29
- 70450085558
- T. Yoshidome K. Oda Y. Harano R. Roth Y. Sugita M. Ikeguchi M. Kinoshita Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2009 77 950
- (2009) Proteins: Struct., Funct., Bioinf. , vol.77 , pp. 950
- Yoshidome, T.¹ Oda, K.² Harano, Y.³ Roth, R.⁴ Sugita, Y.⁵ Ikeguchi, M.⁶ Kinoshita, M.⁷

30
- 76749168152
- S. Yasuda T. Yoshidome H. Oshima R. Kodama Y. Harano M. Kinoshita J. Chem. Phys. 2010 132 065105
- (2010) J. Chem. Phys. , vol.132 , pp. 065105
- Yasuda, S.¹ Yoshidome, T.² Oshima, H.³ Kodama, R.⁴ Harano, Y.⁵ Kinoshita, M.⁶

31
- 11844249426
- O. Keskin B. Ma R. Nussinov J. Mol. Biol. 2005 345 1281
- (2005) J. Mol. Biol. , vol.345 , pp. 1281
- Keskin, O.¹ Ma, B.² Nussinov, R.³

32
- 4143121554
- P. Cozzini M. Fornabaio A. Marabotti D. J. Abraham G. E. Kellogg A. Mozzarelli Curr. Med. Chem. 2004 11 3093
- (2004) Curr. Med. Chem. , vol.11 , pp. 3093
- Cozzini, P.¹ Fornabaio, M.² Marabotti, A.³ Abraham, D.J.⁴ Kellogg, G.E.⁵ Mozzarelli, A.⁶

33
- 23244447015
- M. Fuxreiter M. Mezei I. Simon R. Osmany Biophys. J. 2005 89 903
- (2005) Biophys. J. , vol.89 , pp. 903
- Fuxreiter, M.¹ Mezei, M.² Simon, I.³ Osmany, R.⁴

34
- 77956075440
- R. Baron P. Setny J. A. McCammon J. Am. Chem. Soc. 2010 132 12091
- (2010) J. Am. Chem. Soc. , vol.132 , pp. 12091
- Baron, R.¹ Setny, P.² McCammon, J.A.³

35
- 77956583186
- P. Setny R. Baron J. A. McCammon J. Chem. Theory Comput. 2010 6 2866
- (2010) J. Chem. Theory Comput. , vol.6 , pp. 2866
- Setny, P.¹ Baron, R.² McCammon, J.A.³

36
- 78049348054
- G. Hummer Nat. Chem. 2010 2 906
- (2010) Nat. Chem. , vol.2 , pp. 906
- Hummer, G.¹

37
- 0031141042
- N. M. Cann G. N. Patey J. Chem. Phys. 1997 106 8165
- (1997) J. Chem. Phys. , vol.106 , pp. 8165
- Cann, N.M.¹ Patey, G.N.²

38
- 33846076598
- M. Kinoshita Y. Harano R. Akiyama J. Chem. Phys. 2006 125 244504
- (2006) J. Chem. Phys. , vol.125 , pp. 244504
- Kinoshita, M.¹ Harano, Y.² Akiyama, R.³

39
- 72949117638
- A. C. F. Lewis R. Saeed C. Deane Mol. BioSyst. 2010 6 55
- (2010) Mol. BioSyst. , vol.6 , pp. 55
- Lewis, A.C.F.¹ Saeed, R.² Deane, C.³

40
- 79958064379
- M. N. Wass A. David M. J. E. Sternberg Curr. Opin. Struct. Biol. 2011 21 382
- (2011) Curr. Opin. Struct. Biol. , vol.21 , pp. 382
- Wass, M.N.¹ David, A.² Sternberg, M.J.E.³

41
- 0037609791
- B. Ma T. Elkayam H. Wolfson R. Nussinov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 5772
- (2003) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.100 , pp. 5772
- Ma, B.¹ Elkayam, T.² Wolfson, H.³ Nussinov, R.⁴

42
- 34547573955
- Y. Ofran B. Rost PLoS Comput. Biol. 2007 3 e119
- (2007) PLoS Comput. Biol. , vol.3 , pp. 119
- Ofran, Y.¹ Rost, B.²

43
- 0033135638
- T. Lazaridis M. Karplus Proteins: Struct., Funct., Genet. 1999 35 133
- (1999) Proteins: Struct., Funct., Genet. , vol.35 , pp. 133
- Lazaridis, T.¹ Karplus, M.²

44
- 32844457567
- D. Sitkoff K. A. Sharp B. Honig J. Phys. Chem. 1994 98 1978
- (1994) J. Phys. Chem. , vol.98 , pp. 1978
- Sitkoff, D.¹ Sharp, K.A.² Honig, B.³

45
- 63449115524
- M. Kinoshita Front. Biosci. 2009 14 3419
- (2009) Front. Biosci. , vol.14 , pp. 3419
- Kinoshita, M.¹

46
- 63449104638
- M. Kinoshita Int. J. Mol. Sci. 2009 10 1064
- (2009) Int. J. Mol. Sci. , vol.10 , pp. 1064
- Kinoshita, M.¹

47
- 67650754960
- T. Yoshidome M. Kinoshita Chem. Phys. Lett. 2009 477 211
- (2009) Chem. Phys. Lett. , vol.477 , pp. 211
- Yoshidome, T.¹ Kinoshita, M.²

48
- 38349059908
- M. Kinoshita J. Chem. Phys. 2008 128 024507
- (2008) J. Chem. Phys. , vol.128 , pp. 024507
- Kinoshita, M.¹

49
- 0001071677
- P. G. Kusalik G. N. Patey J. Chem. Phys. 1988 88 7715
- (1988) J. Chem. Phys. , vol.88 , pp. 7715
- Kusalik, P.G.¹ Patey, G.N.²

50
- 0001393298
- P. G. Kusalik G. N. Patey Mol. Phys. 1988 65 1105
- (1988) Mol. Phys. , vol.65 , pp. 1105
- Kusalik, P.G.¹ Patey, G.N.²

51
- 33746101803
- T. Imai Y. Harano M. Kinoshita A. Kovalenko F. Hirata J. Chem. Phys. 2006 125 024911
- (2006) J. Chem. Phys. , vol.125 , pp. 024911
- Imai, T.¹ Harano, Y.² Kinoshita, M.³ Kovalenko, A.⁴ Hirata, F.⁵

52
- 36549092790
- P. H. Fries G. N. Patey J. Chem. Phys. 1985 82 429
- (1985) J. Chem. Phys. , vol.82 , pp. 429
- Fries, P.H.¹ Patey, G.N.²

53
- 0000721321
- G. M. Torrie P. G. Kusalik G. N. Patey J. Chem. Phys. 1988 88 7826
- (1988) J. Chem. Phys. , vol.88 , pp. 7826
- Torrie, G.M.¹ Kusalik, P.G.² Patey, G.N.³

54
- 0001692470
- D. R. Bérard G. N. Patey J. Chem. Phys. 1991 95 5281
- (1991) J. Chem. Phys. , vol.95 , pp. 5281
- Bérard, D.R.¹ Patey, G.N.²

55
- 0000910265
- M. Kinoshita M. Harada Mol. Phys. 1993 79 145
- (1993) Mol. Phys. , vol.79 , pp. 145
- Kinoshita, M.¹ Harada, M.²

56
- 0000551227
- M. Kinoshita M. Harada Mol. Phys. 1994 81 1473
- (1994) Mol. Phys. , vol.81 , pp. 1473
- Kinoshita, M.¹ Harada, M.²

57
- 0030096097
- M. Kinoshita D. R. Bérard J. Comput. Phys. 1996 124 230
- (1996) J. Comput. Phys. , vol.124 , pp. 230
- Kinoshita, M.¹ Bérard, D.R.²

58
- 0030575490
- M. Kinoshita S. Iba M. Harada J. Chem. Phys. 1996 105 2487
- (1996) J. Chem. Phys. , vol.105 , pp. 2487
- Kinoshita, M.¹ Iba, S.² Harada, M.³

59
- 10244229165
- M. Kinoshita J. Solution Chem. 2004 33 661
- (2004) J. Solution Chem. , vol.33 , pp. 661
- Kinoshita, M.¹

60
- 15844420128
- M. Kinoshita J. Mol. Liq. 2005 119 47
- (2005) J. Mol. Liq. , vol.119 , pp. 47
- Kinoshita, M.¹

61
- 33746082955
- M. Kinoshita N. Matubayasi Y. Harano M. Nakahara J. Chem. Phys. 2006 124 024512
- (2006) J. Chem. Phys. , vol.124 , pp. 024512
- Kinoshita, M.¹ Matubayasi, N.² Harano, Y.³ Nakahara, M.⁴

62
- 35248897570
- M. Kinoshita Condens. Matter Phys. 2007 10 387
- (2007) Condens. Matter Phys. , vol.10 , pp. 387
- Kinoshita, M.¹

63
- 0019522383
- J. Deisenhofer Biochemistry 1981 20 2361
- (1981) Biochemistry , vol.20 , pp. 2361
- Deisenhofer, J.¹

64
- 0026801084
- H. Gouda H. Torigoe A. Saito M. Sato Y. Arata I. Shimada Biochemistry 1992 31 9665
- (1992) Biochemistry , vol.31 , pp. 9665
- Gouda, H.¹ Torigoe, H.² Saito, A.³ Sato, M.⁴ Arata, Y.⁵ Shimada, I.⁶

65
- 11844296052
- D. Reichmann O. Rahat S. Albeck R. Meged O. Dym G. Schreiber Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 57
- (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. , vol.102 , pp. 57
- Reichmann, D.¹ Rahat, O.² Albeck, S.³ Meged, R.⁴ Dym, O.⁵ Schreiber, G.⁶

66
- 84986512474
- B. R. Brooks R. E. Bruccoleri B. D. Olafson D. J. States S. Swaminathan M. A. Karplus J. Comput. Chem. 1983 4 187
- (1983) J. Comput. Chem. , vol.4 , pp. 187
- Brooks, B.R.¹ Bruccoleri, R.E.² Olafson, B.D.³ States, D.J.⁴ Swaminathan, S.⁵ Karplus, M.A.⁶

67
- 1942423619
- M. Feig J. Karanicolas C. Brooks J. Mol. Graphics Modell. 2004 22 377
- (2004) J. Mol. Graphics Modell. , vol.22 , pp. 377
- Feig, M.¹ Karanicolas, J.² Brooks, C.³

68
- 33747272957
- R. Roth Y. Harano M. Kinoshita Phys. Rev. Lett. 2006 97 078101
- (2006) Phys. Rev. Lett. , vol.97 , pp. 078101
- Roth, R.¹ Harano, Y.² Kinoshita, M.³

69
- 11044228833
- P. M. König R. Roth K. R. Mecke Phys. Rev. Lett. 2004 93 160601
- (2004) Phys. Rev. Lett. , vol.93 , pp. 160601
- König, P.M.¹ Roth, R.² Mecke, K.R.³

70
- 0000538815
- M. L. Connolly J. Appl. Crystallogr. 1983 16 548
- (1983) J. Appl. Crystallogr. , vol.16 , pp. 548
- Connolly, M.L.¹

71
- 33845377446
- M. L. Connolly J. Am. Chem. Soc. 1985 107 1118
- (1985) J. Am. Chem. Soc. , vol.107 , pp. 1118
- Connolly, M.L.¹

72
- 33846112819
- M. Ikeguchi J. Doi J. Chem. Phys. 1995 103 5011
- (1995) J. Chem. Phys. , vol.103 , pp. 5011
- Ikeguchi, M.¹ Doi, J.²

73
- 0037154579
- M. Kinoshita J. Chem. Phys. 2002 116 3493
- (2002) J. Chem. Phys. , vol.116 , pp. 3493
- Kinoshita, M.¹

74
- 33750930677
- Y. Harano R. Roth M. Kinoshita Chem. Phys. Lett. 2006 432 275
- (2006) Chem. Phys. Lett. , vol.432 , pp. 275
- Harano, Y.¹ Roth, R.² Kinoshita, M.³

75
- 33847377913
- Y. Harano R. Roth Y. Sugita M. Ikeguchi M. Kinoshita Chem. Phys. Lett. 2007 437 112
- (2007) Chem. Phys. Lett. , vol.437 , pp. 112
- Harano, Y.¹ Roth, R.² Sugita, Y.³ Ikeguchi, M.⁴ Kinoshita, M.⁵

76
- 79958772867
- S. Yasuda T. Yoshidome Y. Harano R. Roth H. Oshima K. Oda Y. Sugita M. Ikeguchi M. Kinoshita Proteins 2011 79 2161
- (2011) Proteins , vol.79 , pp. 2161
- Yasuda, S.¹ Yoshidome, T.² Harano, Y.³ Roth, R.⁴ Oshima, H.⁵ Oda, K.⁶ Sugita, Y.⁷ Ikeguchi, M.⁸ Kinoshita, M.⁹

77
- 79952758254
- T. Yoshidome Y. Ito M. Ikeguchi M. Kinoshita J. Am. Chem. Soc. 2011 133 4030
- (2011) J. Am. Chem. Soc. , vol.133 , pp. 4030
- Yoshidome, T.¹ Ito, Y.² Ikeguchi, M.³ Kinoshita, M.⁴

78
- 85014175361
- Academic, London
- J. P. Hansen and I. R. Mcdonald, Theory of Simple Liquids, Academic, London, 2006
- (2006) Theory of Simple Liquids
- Hansen, J.P.¹ McDonald, I.R.²

79
- 0000097660
- T. Morita Prog. Theor. Phys. 1960 23 829
- (1960) Prog. Theor. Phys. , vol.23 , pp. 829
- Morita, T.¹

80
- 0000629324
- T. Morita K. Hiroike Prog. Theor. Phys. 1961 25 537
- (1961) Prog. Theor. Phys. , vol.25 , pp. 537
- Morita, T.¹ Hiroike, K.²

81
- 33645723455
- J. S. Perkyns B. M. Pettitt Chem. Phys. Lett. 1992 190 626
- (1992) Chem. Phys. Lett. , vol.190 , pp. 626
- Perkyns, J.S.¹ Pettitt, B.M.²

82
- 36449009271
- J. S. Perkyns B. M. Pettitt J. Chem. Phys. 1992 97 7656
- (1992) J. Chem. Phys. , vol.97 , pp. 7656
- Perkyns, J.S.¹ Pettitt, B.M.²

83
- 65249182572
- M. Kinoshita T. Yoshidome J. Chem. Phys. 2009 130 144705
- (2009) J. Chem. Phys. , vol.130 , pp. 144705
- Kinoshita, M.¹ Yoshidome, T.²

84
- 33646023117
- T. Fawcett Pattern Recognit. Lett. 2006 27 861
- (2006) Pattern Recognit. Lett. , vol.27 , pp. 861
- Fawcett, T.¹

85
- 3242879771
- The PyMOL Molecular Graphics System, Version 1.2r2, Schrödinger, LLC, 2009
- T. Kortemme D. Kim D. Baker Sci. STKE 2004 2004 pl2
- (2004) Sci. STKE , vol.2004 , pp. 2
- Kortemme, T.¹ Kim, D.² Baker, D.³

* 이 정보는 Elsevier사의 SCOPUS DB에서 KISTI가 분석하여 추출한 것입니다.