Optimization of encoded hydrogel particles for nucleic acid quantification

Analytical Chemistry

Volumn 81, Issue 12, 2009, Pages 4873-4881

  Pregibon, Daniel C ^a   Doyle, Patrick S ^a  

^a Massachusetts Institute of Technology Cambridge   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BASIC SCIENCE; CLINICAL DIAGNOSTICS; DRUG DISCOVERY; FLUORESCENT LABELING; HIGH SENSITIVITY; HIGH-THROUGHPUT ANALYSIS; MULTIPLE TARGETS; MULTIPLEXED ANALYSIS; NUCLEIC ACID DETECTION; PARTICLE DESIGN; QUANTITATIVE MODELS; SEMI-INTERPENETRATING NETWORKS; SMALL RNA; WIDE DYNAMIC RANGE;

BIOMOLECULES; ETHYLENE; ETHYLENE GLYCOL; HYDROGELS; POLYETHYLENE GLYCOLS; POLYETHYLENE OXIDES; RESEARCH; RNA; TARGETS;

NUCLEIC ACIDS;

MACROGOL; RNA;

ARTICLE; CONTROLLED STUDY; EXPERIMENTAL MODEL; FLUORESCENCE ANALYSIS; HYBRIDIZATION; HYDROGEL; NUCLEIC ACID ANALYSIS; POROSITY; QUANTITATIVE ANALYSIS; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; VALIDATION STUDY;

DNA; FLUORESCENT DYES; HYDROGELS; MICROFLUIDIC ANALYTICAL TECHNIQUES; NUCLEIC ACID HYBRIDIZATION; POLYETHYLENE GLYCOLS; RNA;

EID: 67249143206     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac9005292     Document Type: Article

References (39)

1. Lamb, J.; Crawford, E. D.; Peck, D.; Modell, J. W.; Blat, I. C.; Wrobel, M. J.; Lerner, J.; Brunet, J.-P.; Subramanian, A.; Ross, K. N.; Reich, M.; Hieronymus, H.; Wei, G.; Armstrong, S. A.; Haggarty, S. J.; Clemons, P. A.; Wei, R.; Carr, S. A.; Lander, E. S.; Golub, T. R. Science 2006, 313, 1929-1935.
2. Calin, G. A.; Ferracin, M.; Cimmino, A.; Di Leva, G.; Shimizu, M.; Wojcik, S. E.; Iorio, M. V.; Visone, R.; Sever, N. I.; Fabbri, M.; Iuliano, R.; Palumbo, T.; Pichiorri, F.; Roldo, C.; Garzon, R.; Sevignani, C.; Rassenti, L.; Alder, H.; Volinia, S.; Liu, C.-g.; Kipps, T. J.; Negrini, M.; Croce, C. M. N. Engl. J. Med. 2005, 353, 1793-1801.
3. Cummins, J. M.; Yiping He, Y.; Leary, R. J.; Pagliarini, R.; Diaz, L. A., Jr.; Sjoblom, T.; Barad, O.; Bentwich, Z.; Szafranska, A. E.; Labourier, E.; Raymond, C. K.; Roberts, B. S.; Juhl, H.; Kinzler, K. W.; Vogelstein, B.; Velculescu, V. E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 3687-3692.
4. Jay, C.; Nemunaitis, J.; Chen, P.; Fulgham, P.; Tong, A. W. DNA Cell Biol. 2007, 26, 293-300.
5. Volinia, S.; Calin, G. A.; Liu, C.-G.; Ambs, S.; Cimmino, A.; Petrocca, F.; Visone, R.; Iorio, M.; Roldo, C.; Ferracin, M.; Prueitt, R. L.; Yanaihara, N.; Lanza, G.; Scarpa, A.; Vecchione, A.; Negrini, M.; Harris, C. C.; Croce, C. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 2257-2261.
6. Nolan, J. P.; Sklar, L. A. Trends Biotechnol. 2002, 20, 9-12.
7. Finkel, N. H.; Lou, X.; Wang, C.; He, L. Anal. Chem. 2004, 76, 352A- 359A.
8. Braeckmans, K.; De Smedt, S. C.; Leblans, M.; Pauwels, R.; Demeester, J. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 447-456.
9. Fulton, R. J.; McDade, R. L.; Smith, P. L.; Kienker, L. J.; Kettman, J. J. R. Clin. Chem. 1997, 43, 1749-1756.
10. Ramaswamy, S.; Tamayo, P.; Rifkin, R.; Mukherjee, S.; Yeang, C. H.; Angelo, M.; Ladd, C.; Reich, M.; Latulippe, E.; Mesirov, J. P.; Poggio, T.; Gerald, W.; Loda, M.; Lander, E. S.; Golub, T. R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 15149-15154.
11. Halperin, A.; Buhot, A.; Zhulina, E. B. Biophys. J. 2005, 89, 796-811.
12. Vainrub, A.; Pettitt, B. M. Biopolymers 2003, 68, 265-270.
13. Levicky, R.; Horgan, A. Trends Biotechnol. 2005, 23, 143-149.
14. Fotin, A. V.; Drobyshev, A. L.; Proudnikov, D. Y.; Perov, A. N.; Mirzabekov, A. D. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 1515-1521.
15. Sorokin, N. V.; Chechetkin, V. R.; Pan'kov, S. V.; Somova, O. G.; Livshits, M. A.; Donnikov, M. Y.; Turygin, A. Y.; Barsky, V. E.; Zasedatelev, A. S. J. Biomol. Struct. Dyn. 2006, 24, 57-66.
16. Zubtsov, D. A.; Savvateeva, E. N.; Rubina, A. Y.; Pan'kov, S. V.; Konovalova, E. V.; Moiseeva, O. V.; Chechetkin, V. R.; Zasedatelev, A. S. Anal. Biochem. 2007, 368, 205-213.
17. Squires, T. M.; Messinger, R. J.; Manalis, S. R. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 417-426.
18. Zubtsov, D. A.; Ivanov, S. M.; Rubina, A. Y.; Dementieva, E. I.; Chechetkin, V. R.; Zasedatelev, A. S. J. Biotechnol. 2006, 122, 16-27.
19. Sorokin, N. V.; Yurasov, D. Y.; Cherepanov, A. I.; Kozhekbaeva, J. M.; Chechetkin, V. R.; Gra, O. A.; Livshits, M. A.; Nasedkina, T. V.; Zasedatelev, A. S. J. Biomol. Struct. Dyn. 2007, 24, 571-578.
20. Gadgil, C.; Yeckel, A.; Derby, J. J.; Hu, W. S. J. Biotechnol. 2004, 114, 31-45.
21. Erickson, D.; Li, D. Q.; Krull, U. J. Anal. Biochem. 2003, 317, 186-200.
22. Bishop, J.; Chagovetz, A. M.; Blair, S. Biophys. J. 2008, 94, 1726-1734.
23. Livshits, M. A.; Mirzabekov, A. D. Biophys. J. 1996, 71, 2795-2801.
24. Henry, M. R.; Wilkins Stevens, P.; Sun, J.; Kelso, D. M. Anal. Biochem. 1999, 276, 204-214.
25. Pregibon, D. C.; Toner, M.; Doyle, P. S. Science 2007, 315, 1393-1396.
26. Dendukuri, D.; Pregibon, D. C.; Collins, J.; Hatton, T. A.; Doyle, P. S. Nat. Mater. 2006, 5, 365-369.
27. Dendukuri, D.; Gu, S. S.; Pregibon, D. C.; Hatton, T. A.; Doyle, P. S. Lab Chip 2007, 7, 818-828.
28. Witte, R. P.; Blake, A. J.; Palmer, C.; Kao, W. J. J. Biomed. Mater. Res., Part A 2004, 71, 508-518.
29. Green, N. M. Methods Enzymol. 1990, 184, 51-67.
30. MacColl, R.; Eisele, L. E.; Williams, E. C.; Bowser, S. S. J. Biol. Chem. 1996, 271, 17157-17160.
31. Mellott, M. B.; Searcy, K.; Pishko, M. V. Biomaterials 2001, 22, 929-941.
32. Cruise, G. M.; Scharp, D. S.; Hubbell, J. A. Biomaterials 1998, 19, 1287-1294.
33. Andrzejewska, E. Prog. Polym. Sci. 2001, 26, 605-665.
34. Meagher, R. J.; Won, J. I.; McCormick, L. C.; Nedelcu, S.; Bertrand, M. M.; Bertram, J. L.; Drouin, G.; Barron, A. E.; Slater, G. W. Electrophoresis 2005, 26, 331-350.
35. Gao, Y.; Wolf, L. K.; Georgiadis, R. M. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 3370-3377.
36. Castoldi, M.; Schmidt, S.; Benes, V.; Noerholm, M.; Kulozik, A. E.; Hentze, M. W.; Muckenthaler, M. U. RNA 2006, 12, 913-920.
37. Wang, H.; Ach, R. A.; Curry, B. RNA 2007, 13, 151-159.
38. Lu, J.; Getz, G.; Miska, E. A.; Alvarez-Saavedra, E.; Lamb, J.; Peck, D.; Sweet-Cordero, A.; Ebet, B. L.; Mak, R. H.; Ferrando, A. A.; Downing, J. R.; Jacks, T.; Horvitz, H. R.; Golub, T. R. Nature 2005, 435, 834-838.
39. Chen, C.; Ridzon, D. A.; Broomer, A. J.; Zhou, Z.; Lee, D. H.; Nguyen, J. T.; Barbisin, M.; Xu, N. L.; Mahuvakar, V. R.; Andersen, M. R.; Lao, K. Q.; Livak, K. J.; Guegler, K. J. Nucleic Acids Res. 2005, 33, e179.